Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,635,632 | A→T | M57K (ATG→AAG) | uvrY ← | BarA/UvrY two‑componenent system response regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,635,632 | 0 | A | T | 98.2% | 180.8 / NA | 57 | M57K (ATG→AAG) | uvrY | BarA/UvrY two‑componenent system response regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (30/26); minor base G (1/0); total (31/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATC > NC_002947/4635487‑4635777 | aCCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTtttt < 1:22027/150‑1 (MQ=255) ccTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCGGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCGTTTTca > 1:406775/1‑150 (MQ=255) ttGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTcaca > 2:30826/1‑150 (MQ=255) ttGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTcaca > 1:212748/1‑150 (MQ=255) ggTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCa > 1:139100/1‑150 (MQ=255) gcgcCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTcc < 2:212748/150‑1 (MQ=255) gcCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCCGTTTGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCgg > 1:870775/1‑150 (MQ=255) ccTGCAACAAGCGTGTGGGGAACAGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCa < 2:560027/150‑1 (MQ=255) tGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGc > 1:195517/1‑150 (MQ=255) aacaaGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTcc > 1:527611/1‑150 (MQ=255) caaGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCttt < 2:563917/112‑1 (MQ=255) gtgtGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCa < 2:195517/150‑1 (MQ=255) gggAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTc > 2:1482179/1‑150 (MQ=255) gAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAg < 2:246280/150‑1 (MQ=255) gAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAg > 2:889200/1‑150 (MQ=255) aaCGGGTCTTCCTCGCACCCCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCCGACACCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGt < 1:30826/150‑1 (MQ=255) aaCGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCCACAGCCCTACGTCCGTTGTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGt < 1:889200/150‑1 (MQ=255) cTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACt < 2:1352055/150‑1 (MQ=255) ttCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTGCAGTGCCGACTc > 1:775892/1‑150 (MQ=255) ttCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGCATCGCCGTCTAGACGTCTGTGGGTGGCCTCCTGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCGATCAGCACAACGTCCTGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTc > 1:31963/1‑150 (MQ=255) tCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCGGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCg < 2:406775/150‑1 (MQ=255) tCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCa < 1:1005740/100‑1 (MQ=255) tCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCa > 2:1005740/1‑100 (MQ=255) tCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCg > 2:263265/1‑150 (MQ=255) cacaCCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGaa < 1:263265/150‑1 (MQ=255) cTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTTCCGACTCGCCGGGATCTCCCTCACCCACCACCtc > 2:300886/1‑149 (MQ=255) ttGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGa < 2:1665597/119‑1 (MQ=255) ttGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGa > 1:1665597/1‑119 (MQ=255) gTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCACTCGCCCACCACCTGCAGGcc > 1:88654/1‑150 (MQ=255) tCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCg > 2:922889/1‑150 (MQ=255) tGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCg > 1:134290/1‑110 (MQ=255) tGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCg < 2:134290/110‑1 (MQ=255) cagcagTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGc < 1:110027/84‑1 (MQ=255) cagcagTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGc > 2:110027/1‑84 (MQ=255) agcagTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCATAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAAc > 1:498715/1‑150 (MQ=255) agcagTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACccacca > 1:238047/1‑124 (MQ=255) agcagTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACccacca < 2:238047/124‑1 (MQ=255) tttGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCgg < 2:676145/101‑1 (MQ=255) tttGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCgg > 1:676145/1‑101 (MQ=255) gggTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGAt > 1:1053562/1‑130 (MQ=255) gggTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGAt < 2:1053562/130‑1 (MQ=255) ggCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATAcc < 2:966012/150‑1 (MQ=255) cTCCAGGCCGCCTATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGt < 2:527611/150‑1 (MQ=255) cTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGt > 2:190964/1‑150 (MQ=255) cTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGt > 1:849709/1‑150 (MQ=255) aGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCgtg > 2:1602656/1‑136 (MQ=255) aGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCgtg < 1:1602656/136‑1 (MQ=255) gATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCATAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATc < 2:498715/150‑1 (MQ=255) ccGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCCCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGa < 2:139100/150‑1 (MQ=255) cGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATAc > 1:770485/1‑129 (MQ=255) cGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATAc < 2:283713/129‑1 (MQ=255) cGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATAc > 1:283713/1‑129 (MQ=255) cGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATAc < 2:770485/129‑1 (MQ=255) gggCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTcc < 2:406963/78‑1 (MQ=255) gggCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTcc > 1:406963/1‑78 (MQ=255) gggCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCcaccac < 2:1212747/90‑1 (MQ=255) gggCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCcaccac > 1:1212747/1‑90 (MQ=255) gggCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGatc > 1:424737/1‑150 (MQ=255) | ACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGATC > NC_002947/4635487‑4635777 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |