| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,057,001:1 | +A | 20.0% | coding (390/990 nt) | PP_2669 ← | outer membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,057,001 | 1 | . | A | 20.0% | 52.0 / 11.8 | 20 | coding (390/990 nt) | PP_2669 | outer membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (8/8); new base A (2/2); total (10/10) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.75e-01 | |||||||||||
GTCTGGGTGCTGGTGTCGATCCAGTGCAGCATGTTGGTGGTTTCGCTGGTGTTGACCGCCCACTTGCCGTCGGGGCTGACCGCCATGCCTTCGGGTTCGATGCCGACTTCGATCTGCCCGAGCACCTTGTCGGTGACGGTG‑TCGATCACCGTCACCAGCGCATCGTCCTCGTTTGATACATACAGCCAGCGGTCGTTGGGGTGCAGGGCGAACTGCTCGGGGTCCTTGCCGGAAGGCAACTCCTTGATGATCTTGCGGGTGGCCACGTCCATC > NC_002947/3056861‑3057133 | gTCTGGGTGCTGGTGTCGATCCAGTGCAGCATGTTGGTGGTTTCGCTGGTGTTGACCGCCCACTTGCCGTCGGGGCTGACCGCCATGCCTTCGGGTTCGATGCCGACTTCGATCTGCCCGAGCACCTTGTCGGTGACGGTG‑TCGATCAcc < 1:312711/150‑1 (MQ=255) gcaTGTTGGTGGTTTCGCTGGTGTTGACCGCCCACTTGCCGTCGGGGATGCTGGCCATGCCTTCGGGTTCGATGCCGACTTCGATCTGCCCGAGCACCTTGTCGGTGACGGTG‑TCGATCACCGTCACCAGCGCATCGTCCTCGTTTGata < 1:492609/150‑1 (MQ=255) ggtggtTTCGCTGGTGTTGACCGCCCACTTGCCGTCGGGGCTGACCGCCATGCCTTCGGGTTCGATGCCGACTTCGATCTGCCCGAGCACCTTGTCGGTGACGGTG‑TCGATCACCGTCACCAGCGCATCGTCCTCGTTTGATACATAcag > 2:466590/1‑150 (MQ=255) ttCGCTGGTGTTGACCGCCCACTTGCCGTCGGGGCTGACCGCCATGCCTTCGGGTTCGATGCCGACTTCGATCTGCCCGAGCACCTTGTCGGTGACGGTGATCGA‑CACCGTCAc < 2:280920/114‑1 (MQ=255) ttCGCTGGTGTTGACCGCCCACTTGCCGTCGGGGCTGACCGCCATGCCTTCGGGTTCGATGCCGACTTCGATCTGCCCGAGCACCTTGTCGGTGACGGTGATCGA‑CACCGTCAc > 1:280920/1‑114 (MQ=255) cTTGCCGTCGGGGCTGACCGCCATGCCTTCGGGTTCGATGCCGACTTCGATCTGCCCGAGCACCTTGTCGGTGACGGTG‑TCGATCACCGTCACCAGCGCATCGTCCTCGTTTGATACATACAGCCAGCGGTCGTTGGGGTGCAGGGc > 1:19342/1‑147 (MQ=255) cTTGCCGTCGGGGCTGACCGCCATGCCTTCGGGTTCGATGCCGACTTCGATCTGCCCGAGCACCTTGTCGGTGACGGTG‑TCGATCACCGTCACCAGCGCATCGTCCTCGTTTGATACATACAGCCAGCGGTCGTTGGGGTGCAGGGc < 2:19342/147‑1 (MQ=255) cTTGCCGTCGGGGCTGACCGCCATGCCTTCGGGTTCGATGCCGACTTCGATCTGCCCGAGCACCTTGTCGGTGACGGTG‑TCGATCACCGTCACCAGCACATCGTCCTCGTTTGATACATACAGCCAGCGGTCGTTGGGGTGCAGGGCGaa > 1:126200/1‑150 (MQ=255) ttGCCGTCGGGGCTGACCGCCATGCCTTCGGGTTCGATGCCGACTTCGATCTGCCCGAGCACCTTGTCGGTGACGGTG‑TCGATCACCGTCACCAGCGCATCGTCCTCGTTTGATACATACAGCCAGCGGTCGTTGGGGTGCAGGGCGAAc > 1:302638/1‑150 (MQ=255) ggggCTGACCGCCATGCCTTCGGGTTCGATGCCGACTTCGATCTGCCCGAGCACCTTGTCGGTGACGGTG‑TCGATCACCGTCACCAGCGCATCGTCCTCGTTTGATACATACAGCCAGCGGTCGTTGGGGTGCAGGGCGAACTGCTCggg < 1:466590/150‑1 (MQ=255) gACCGCCATGCCTTCGGGTTCGATGCCGACTTCGATCTGCCCGAGCACCTTGTCGGTGACGGTG‑TCGATCACCGTCACCAGCGCATCGTCCTCGTTTGATACATACAGCCAGCGGTCGTTGGGGTGCAGGGCGAACTGCTCGGGGTCCtt < 1:243926/150‑1 (MQ=255) ccATGCCTTCGGGTTCGATGCCGACTTCGATCTGCCCGAGCACCTTGTCGGTGACGGTG‑TCGATCACCGTCACCAGCGCATCGTCCTCGTTTGATACATACAGCCAGCGGTCGTTGGGGTGCAGGGCGAACTGCTCGGGGTCCTTGCCgg > 1:259361/1‑150 (MQ=255) cATGCCTTCGGGTTCGATGCCGACTTCGATCTGCCCGAGCACCTTGTCGGTGACGGTG‑TAGATCACCGTCACCAGCGCATCGTCCTCGTTTGATACATACAGCCAGCGGTCGTTGGGGTGCAGGGCGAACTGCTCGGGGTCCTTGCCGGa > 1:439862/1‑150 (MQ=255) gATGCCGACTTCGATCTGCCCGAGCACCTTGTCGGTGACGGTG‑TCGATCACCGTCACCAGCGCATCGTCCTCGTTTGATACATACAGCCAGCGGTCGTTGGGGTGCAGGGCGAACTGCTCGGGGTCCTTGCCGGAAGGCAACTCCTtgat < 2:384193/150‑1 (MQ=255) gACTTCGATCTGCCCGAGCACCTTGTCGGTGACGGTGATCGA‑CACCGTCAcc > 1:323843/1‑52 (MQ=21) gACTTCGATCTGCCCGAGCACCTTGTCGGTGACGGTGATCGA‑CACCGTCAcc < 2:323843/52‑1 (MQ=21) cTTCGATCTGCCCGAGCACCTTGTCGGTGACGGTG‑TCGATCACCGTCACCAGCGCATCGTCCTCGTTTGATACATACAGCCAGCGGTCGTTGGGGTGCAGGGCGAACTGCTCGGGGTCCTTGCCGGAAGGCAACTCCTTGATGATCTTGc < 2:302638/150‑1 (MQ=255) gAGCACCTTGTCGGTGACGGTG‑TCGATCACCGTCACCAGCGCATCGTCCTCGTTTGatacat < 2:1195/62‑1 (MQ=255) gAGCACCTTGTCGGTGACGGTG‑TCGATCACCGTCACCAGCGCATCGTCCTCGTTTGatacat > 1:1195/1‑62 (MQ=255) aCCTTGTCGGTGACGGTG‑TCGATCACCGTCACCAGCGCATCGTCCTCGTTTGATACATACAGCCAGCGGTCGTTGGGGTGCAGGGCGAACTGCTCGGGGTCCTTGCCGGAAGGCAACTCCTTGATGATCTTGCGGGTGGCCACGTCCATc > 1:435289/1‑150 (MQ=255) | GTCTGGGTGCTGGTGTCGATCCAGTGCAGCATGTTGGTGGTTTCGCTGGTGTTGACCGCCCACTTGCCGTCGGGGCTGACCGCCATGCCTTCGGGTTCGATGCCGACTTCGATCTGCCCGAGCACCTTGTCGGTGACGGTG‑TCGATCACCGTCACCAGCGCATCGTCCTCGTTTGATACATACAGCCAGCGGTCGTTGGGGTGCAGGGCGAACTGCTCGGGGTCCTTGCCGGAAGGCAACTCCTTGATGATCTTGCGGGTGGCCACGTCCATC > NC_002947/3056861‑3057133 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |