| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,041,027 | G→T | 22.3% | G196V (GGT→GTT) | PP_2652 → | hydratase/decarboxylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,041,027 | 0 | G | T | 22.3% | 33.3 / 3.9 | 18 | G196V (GGT→GTT) | PP_2652 | hydratase/decarboxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (7/7); new base T (2/2); total (9/9) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.81e-01 | |||||||||||
GCTGGCCAAGTTTTGTGGCTGACAACGTCGGGTTTGAAGCATTGGTGGTCGGCAATAGCCTGGGCGCTGGTATAAATGTGCCGTTGCTCGCCGACCTGGCCGAAACCACCGAGGTGCATGTGGATGGCCAACGGCGCGCCGGTGGCTTGTCTGGCGATGCGGCCACCGACCCGCTGGTGTCGCTGGCTCACCTGTACGCACACGCTGCCGAGCGTGGCCAGACCTTGAAGGCCGGGGATGTCGTGACCACCGGGGCCATGTGCCAGCCGTTCGATTTGCATG > NC_002947/3040886‑3041167 | gCTGGCCAAGTTTTGTGGCTGACAACGTCGGGTTTGAAGCATTGGTGGTCGGCAATAGCCTGGGCGCTGGTATAAATGTGCCGTTGCTCGCCGACCTGGCCGAAACCCCCGAGGTGCATGTGGATGGCCAACGGCGCGCCGGTGGCTTGt > 2:7739/1‑150 (MQ=255) aaCGTCGGGTTTGAAGCATTGGTGGTCGGCAATAGCCTGGGCGCTGGTATAAATGTGCCGTTGCTCGCCGACCTGGCCGAAACCACCGAGGTGCATGTGGATGGCCAACGGCGCGCCGGTGGCTTGTCTGGCGATGCGGCCACCGACCCg > 1:462222/1‑150 (MQ=255) gTTTGAAGCATTGGTGGTCGGCAATAGCCTGGGCGCTGGTATAAATGTGCCGTTGCTCGCCGACCGGGCCGAAACCACCGAGGTGCATGTGGATGGCCAACGGCGCGCCGGTGGCTTGTCTGGCGATGCGGCCACCGACCCGCTGGTGTc < 2:270476/150‑1 (MQ=255) ttGAAGCATTGGTGGTCGGCAATAGCCTGGGCGCTGGTATAAATGTGCCGTTGCTCGCCGACCTGGCCGAAACCACCGAGGTGCATGTGGATGGCCAACGGCGCGCCGGTGGCTTGTCTGGCGATGCGGCCACCGACCCGCTGGTGTCGc < 1:473425/150‑1 (MQ=255) aaGCATTGGTGGTCGGCAATAGCCTGGGCGCTGGTATAAATGTGCCGTTGCTCGCCGACCTGGCCGAAACCACCGAGGTGCATGTGGATGGCCAACGGCGCGCCGGTGGCTTGTCTGGCGATGCGGCCACCGACCCGCTGGTGTCGCTgg < 1:261811/150‑1 (MQ=255) aTTGGTGGTCGGCAATAGCCTGGGCGCTGGTATAAATGTGCCGTTGCTCGCCGACCTGGCCGAAACCACCGAGGTGCATGTGGATGGCCAACGGCGCGCCGGTGGCTTGTCTGGCGATGCGGCCACCGACCCGCTGGTGTCGCTGGCTCa > 2:238039/1‑150 (MQ=255) ttGGTGGTCGGCAATAGCCTGGGCGCTGGTATAAATGTGCCGTTGCTCGCCGACCTGGCCGAAACCACCGAGGTGCATGTGGATGGCCAACGGCGCGCCGGTGGCTTGTCTGGCGATGCGGCCACCGACCCGCTGGTGTCGCTGGCTCAc < 1:238039/150‑1 (MQ=255) gcgcTGGTATAAATGTGCCGTTGCTCGCCGACCTGGCCGAAACCACCGAGGTGCATGTGGATGGCCAACGGCGCGCCGGTGGCTTGTCTGGCGATGCGGCCACCGACCCGCTGGTGTCGCTGGCTCACCTGTACGCACACGCTGCCGAGc > 2:32120/1‑150 (MQ=255) gTATAAATGTGCCGTTGCTCGCCGACCTGGCCGAAACCACCGAGGTGCATGTGGATGGCCAACGGCGCGCCGGTGGCTTGTCTGGCGATGCGGCCACCGAc < 2:139910/101‑1 (MQ=255) gTATAAATGTGCCGTTGCTCGCCGACCTGGCCGAAACCACCGAGGTGCATGTGGATGGCCAACGGCGCGCCGGTGGCTTGTCTGGCGATGCGGCCACCGAc > 1:139910/1‑101 (MQ=255) tGGCCGAAACCACCGAGGTGCATGTGGATGGCCAACGGCGCGCCGGTGGCTTGTCTGGCGATGCGGCCACCGACCCGCTGGTGTCGCTGGCTCACCTGTACGCACACGCTGCCGAGCGTGGCCAGACCTTGAAGGCCGGGGATGTCGTGa < 2:462222/150‑1 (MQ=255) ttcgccGAGGTGCATGTCGATGGTCAACGGCGCGCCGGTGGCTTGTCTGGCGATGCGGCCACCGACCCGCTGGTGTCGCTGGCTCACCTGTACGCACACGCTGCCGAGCGTGGCCAGACCTTGAAGGCCGGGGATGTCGTGACCACCggg < 2:178379/146‑1 (MQ=255) accGAGGTGCATGTGGATGGCCAACGGCGCGCCGGTGGCTTGTCTGGCGATGCGGCCACCGACCCGCTGGTGTCGCTGGCTCACCTGTACGCACACGCTGCCGAGCGTGGCCAGACCTTGAAGGCCGGGGATGTCGTGACCACCggggag > 1:178379/1‑148 (MQ=255) gCCACCGGCGCGCCGTTGGCTTGTCTGGCGATGCGGCCACCGACCCGCTGGTGTCGCTGGCTCACCTGTACGCACACGCTGCCGAGCGTGGCCAGACCTTGaa < 2:216856/103‑1 (MQ=255) gCCACCGGCGCGCCGTTGGCTTGTCTGGCGATGCGGCCACCGACCCGCTGGTGTCGCTGGCTCACCTGTACGCACACGCTGCCGAGCGTGGCCAGACCTTGaa > 1:216856/1‑103 (MQ=255) ccACCGGCGCGCCGTTGGCTTGTCTGGCGATGCGGCCACCGACCCGCTGGTGTCGCTGGCTCACCTGTACGCACACGCTGCCGAGCGTGGCCAGACCTTGAAGGCCGGGGATGTCGTGACCACCgggg > 1:431297/1‑128 (MQ=255) ccACCGGCGCGCCGTTGGCTTGTCTGGCGATGCGGCCACCGACCCGCTGGTGTCGCTGGCTCACCTGTACGCACACGCTGCCGAGCGTGGCCAGACCTTGAAGGCCGGGGATGTCGTGACCACCgggg < 2:431297/128‑1 (MQ=255) ggCGCGCCGGTGGCTTGTCTGGCGATGCGGCCACCGACCCGCTGGTGTCGCTGGCTCACCTGTACGCACACGCTGCCGAGCGTGGCCAGACCTTGAAGGCCGGGGATGTCGTGACCACCGGGGCCATGTGCCAGCCGTTCGATTTGCATg > 2:415191/1‑150 (MQ=255) | GCTGGCCAAGTTTTGTGGCTGACAACGTCGGGTTTGAAGCATTGGTGGTCGGCAATAGCCTGGGCGCTGGTATAAATGTGCCGTTGCTCGCCGACCTGGCCGAAACCACCGAGGTGCATGTGGATGGCCAACGGCGCGCCGGTGGCTTGTCTGGCGATGCGGCCACCGACCCGCTGGTGTCGCTGGCTCACCTGTACGCACACGCTGCCGAGCGTGGCCAGACCTTGAAGGCCGGGGATGTCGTGACCACCGGGGCCATGTGCCAGCCGTTCGATTTGCATG > NC_002947/3040886‑3041167 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |