| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,396,950 | T→G | 15.4% | L206R (CTG→CGG) ‡ | PP_3001 → | CAIB/BAIF family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,396,950 | 0 | T | G | 15.4% | 52.3 / 5.0 | 26 | L206R (CTG→CGG) ‡ | PP_3001 | CAIB/BAIF family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (15/7); new base G (2/2); total (17/9) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.46e-01 | |||||||||||
CCGGGCGAGGCACCGCCGCTGCTGCGTATTTCCCTGGGCGACATGTACACCGGCATCCACGCGGTGGCGGCGATCAATGCCGCGCTGCTCGGCCGGGTGAGCAGTGGCCGTGGCCAGCACATCGACATGGCGCTGTACGACACCCTGGTGTCGATGCACGAATACGCGGTGCAGTGTTACACGCTGTCCGGTGGCACTGTGTTGCCCCAGCAGACCGGCCACGACATGCCCACCTCGACCCTGTACGGCGTGTTCCGCGCCACCGACGGCGACCTGGTGATCGCCGCCCAGGTC > NC_002947/3396805‑3397098 | ccGGGCGAGGCACCGCCGCTGCTGCGTATTTCCCTGGGCGACATGTACACCGGCATCCACGCGGTGGCGGCGATCAATGCCGCGCTGCTCGGCCGGGTGAGCAGTGGCCGTGGCCAGCACATCGACATGGCGCTGTACGACACCCTGgtg < 1:292591/150‑1 (MQ=255)ccGGGCGAGGCACCGCCGCTGCTGCGTATTTCCCTGGGCGACATGTACACCGGCATCCACGCGGTGGCGGCGATCAATGCCGCGCTGCTCGGCCGGGTGAGCAGTGGCCGTGGCCAGCACATCGACATGGCGCTGTACGACACCCTGgtg > 2:318041/1‑150 (MQ=255) aGGCACCGCCGCTGCTGCGTATTTCCCTGGGCGACATGTACACCGGCATCCACGCGGTGGCGGCGATCAATGCCGCGCTGCTCGGCCGGGTGAGCAGTGGCCGTGGCCAGCACATCGACATGGCGCTGTACGACACCAGGGTGTCgtaca < 2:466548/150‑5 (MQ=255) gCACCGCCGCTGCTGCGTATTTCCCTGGGCGACATGTACACCGGCATCCACGCGGTGGCGGCGATCAAGGCCGCGCTGCTCGGCCGGGTGAGCAGTGGCCGTGGCCAGCACATCGACATGGCGCTGTACGACACCCTGGTGTCGATGCAc < 1:33947/150‑1 (MQ=255) tgcGTATTTCCCTGGGCGACATGTACACCGGCATCCACGCGGTGGCGGCGATCAATGCCGCGCTGCTCGGCCGGGTGAGCAGTGGCCGTGGCCAGCACATCGACATGGCGCTGTACGACACCCTGGTGTCGATGCATGAATACGCGGTGc > 1:506924/1‑150 (MQ=255) gTATTTCCCTGGGCGACATGTACACCGGCATCCACGCGGTGGCGGCGATCAATGCCGCGCTGCTCGGCCGGGTGAGCAGTGGCCGTGGCCAGCACATCGACATGGCGCTGTACGACACCCTGGTGTCGATGCACGAATACGCGGTGCAgt < 2:394725/150‑1 (MQ=255) tGGGCGACATGTACACCGGCATCCACGCGGTGGCGGCGATCAATGCCGCGCTGCTCGGCCGGGTGAGCAGTGGCCGTGGCCAGCACATCGACATGGCGCTGTACGACACCCTGGTGTCGATGCCCGAATACGCGGTGCAGTGTTACACGc > 1:413926/1‑150 (MQ=255) aCGCGGTGGCGGCGATCAATGCCGCGCTGCTCGGCCGGGTGAGCAGTGGCCGTGGCCAGCACATCGACATGGCGCTGTACGACACCCTGGTGTCGATGCACGAATACGCGGTGCAGTGTTACACGCTGTCCGGTGGCACTGTGTTGcccc > 1:58096/1‑150 (MQ=255) ggcgATCAATGCCGCGCTGCTCGGCCGGGTGAGCAGTGGCCGTGGCCAGCACATCGACATGGCGCTGTACGACACCAGGGTGTCgta < 1:115175/87‑3 (MQ=255) ggcgATCAATGCCGCGCTGCTCGGCCGGGTGAGCAGTGGCCGTGGCCAGCACATCGACATGGCGCTGTACGACACCAGGGTGTCgta > 2:115175/1‑85 (MQ=255) aTGCCGCGCTGCTCGGCCGGGTGAGCAGTGGCCGTGGCCAGCACATCGACATGGCGCTGTACGACACCCTGGTGTCGATGCACGAATACGCGGTGCAGTGTTACACGCTGTCCGGTGGCACTGTGTTGCCCCAGCAGACCGGCCACGACa > 2:106166/1‑150 (MQ=255) tGCCGCGCTGCTCGGCCGGGTGAGCAGTGGCCGTGGCCAGCACATCGACATGGCGCTGTACGACCCCCTGGTGTCGATGCACGAATACGCGGTGCAGTGTTCCACGCTGTCCGGTGGCACTGTGTTGCCCCAGCAGACCGGCCACGACAt > 1:153678/1‑150 (MQ=255) ggCCGGGTGAGCAGTGGCCGTGGCCAGCACATCGACATGGCGCTGTACGACACCCTGGTGTCGATGCACGAATACGCGGTGCAGTGTTACACGCTGTCCGGTGGCACTGTGTTGCCCCAGCAGACCGGCCACGACATGCCCACCTCGAcc > 2:141066/1‑150 (MQ=255) gCCGGGTGAGCAGTGGCCGTGGCCAGCACATCGACATGGCGCTGTACGACACCCTGGTGTCGATGCACGAATACGCGGTGCAGTGTTACACGCTGTCCGGTGGCACtgtg > 1:402870/1‑110 (MQ=255) gCCGGGTGAGCAGTGGCCGTGGCCAGCACATCGACATGGCGCTGTACGACACCCTGGTGTCGATGCACGAATACGCGGTGCAGTGTTACACGCTGTCCGGTGGCACtgtg < 2:402870/110‑1 (MQ=255) aGCAGTGGCCGTGGCCAGCACATCGACATGGCGCTGTACGACACCCTGGTGTCGATGCACGAATACGCGGTGCAGTGTTACACGCTGTCCGGTGGCACTGTGTTGCCCCAGGATTCCGGCCACGACATGCCCACCTCGACCCTGTACGGc < 2:58096/150‑1 (MQ=255) aGTGGCCGTGGCCAGCACATCGACATGGCGCTGTACGACACCCTGGTGTCGATGCACGAATACGCGGTGCAGTGTTACACGCTGTCCGGTGGCACTGTGTTGCCCCAGCAGACCGGCCACGACATGCCCACCTCGACCCTGTACGGCgtg > 2:80477/1‑150 (MQ=255) gccgtggccAGCACATCGACATGGCGCTGTACGACACCCTGGTGTCGATGCACGAATACGCGGTGCAGTGTTACACGCTGTCCGGTGGCACTGTGTTGCCCCAGCAGACCGGCCACGACATGCCCACCTCGACCCTGTACGGCGTGTTcc > 2:66536/1‑150 (MQ=255) cgtggccAGCACATCGACATGGCGCTGTACGACACCCTGGTGTCGATGCACGAATACGCGGTGCAGTGTTACACGCTGTCCGGTGGCACTGTGTTGCCCCAGCAGACCGGCCACGACATGCCCACCTCGACCCTGTACGGCGTGTTCcgc < 1:32030/150‑1 (MQ=255) gccAGCACATCGACATGGCGCTGTACGACACCCTGGTGTCGATGCACGAATACGCGGTGCAGTGTTACACGCTGTCCGGTGGCACTGTGTTGCCCCAGCAGACCGGCCACGACATGCCCACCTCGACCCTGTACGGCGTGTTCCGCGCCa > 1:252423/1‑150 (MQ=255) cAGCACATCGACATGGCGCTGTACGACACCCTGGTGTCGATGCACGAATACGCGGTGCAGTGTTACACGCTGTCCGGTGGCACTGTGTTGCCCCAGCAGACCGGCCACGACATGCCCACCTCGACCCTGTACGGCGTGTTCCGCGCCAcc > 1:493301/1‑150 (MQ=255) gcTGTACGACACCCTGGTGTCGATGCACGAATACGCGGTGCAGTGTTACACGCTGTCCGGTGGCACTGTGTTGCCCCAGCAGACCGGCCACGACATGCCCACCTCGACCCTGTACGGCGTGTTCCGCGCCACCGACGGCGACCTGGTGAt > 1:403397/1‑150 (MQ=255) atcGACACCAGGGTGTCGATGCACGAATACGCGGTGCAGTGTTACACGCTGTGCGTTGGCACTGTGTTGCCCCAGCAGACCGGCCACGACATGCCCACCTCGACCCTGTACGGCGTGTTCCGCGCCACCGACGGCGACCTGGTGATcgcc > 1:291300/3‑150 (MQ=255) cacCCTGGTGTCGATGCACGAATACGCGGTGCAGTGTTACACGCTGTCCGGTGGCACTGTGTTGCCCCAGCAGACCGGCCACGACATGCCCACCTCGACCCTGTACGGCGTGTTCCGCGCCACCGACGGCGACCTGGTGATCGCCGCCCa < 1:141066/150‑1 (MQ=255) ccTGGTGTCGATGCACGAATACGCGGTGCAGTGTTACACGCTGTCCGGTGGCACTGTGTTGCCCCAGCAGACCGGCCACGACATGCCCACCTCGACCCTGTCCGGCGTGTTCCGCGCCACCGACGGCGACCTGGTGATCGCCGCCCAGGt > 1:64045/1‑150 (MQ=255) ccTGGTGTCGATGCACGAATACGCGGTGCAGTGTTACACGCTGTCCGGTGGCACTGTGTTGCCCCAGCAGACCGGCCACGACATGCCCACCTCGACCCTGTACGGCGTGTTCCGCGCCACCGACGGCGACCTGGTGATCGCCGCCCAGGt > 1:161570/1‑150 (MQ=255) gtGGTGTCGATGCATGAATACGCGGTGCAGTGTTACACGCTGTCCGGTGGCACTGTGTTGCCCCAGCAGACCGGCCACGACATGCCCACCTCGACCCTGTACGGCGTGTTCCGCGCCACCGACGGCGACCTGGTGATCGCCGCCCAGGTc < 2:506924/149‑1 (MQ=255) | CCGGGCGAGGCACCGCCGCTGCTGCGTATTTCCCTGGGCGACATGTACACCGGCATCCACGCGGTGGCGGCGATCAATGCCGCGCTGCTCGGCCGGGTGAGCAGTGGCCGTGGCCAGCACATCGACATGGCGCTGTACGACACCCTGGTGTCGATGCACGAATACGCGGTGCAGTGTTACACGCTGTCCGGTGGCACTGTGTTGCCCCAGCAGACCGGCCACGACATGCCCACCTCGACCCTGTACGGCGTGTTCCGCGCCACCGACGGCGACCTGGTGATCGCCGCCCAGGTC > NC_002947/3396805‑3397098 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |