Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,472,028 | C→A | 11.5% | D183Y (GAC→TAC) | PP_3084 ← | ferric siderophore receptor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,472,028 | 0 | C | A | 11.5% | 98.1 / 3.7 | 35 | D183Y (GAC→TAC) | PP_3084 | ferric siderophore receptor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (16/15); new base A (2/2); total (18/17) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.32e-01 |
CCCCGTACAGGCCGTTATAGCTGATGTCGTCGGTGTTCAGCGGCAAACCGCGAATGGTGAACACCTGCGAAAAGTTGCCAAAGCCCGCCGACTGGCGCACTGACGCGTCATTGAGCAGCACGTCACCCAGGGTACGGGCCTGCTGGTCGGCGATGGTCTTGGCGGTATAGCTGGTAACGCTGAACGGCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCACCTTGCCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCAGGTCGCTGTTGATGGT > NC_002947/3471881‑3472172 | ccccGTACAGGCCGTTATAGCTGATGTCGTCGGTGTTCAGCGGCAAACCGCGAATGGTGAACACCTGCGAAAAGTTGCCAAAGCCCGCCGACTGGCGCACTGACGCGTCATTGAGCAGCACGTCACCCAGGGTACGGGCCTGCTGGTCgg > 2:221265/1‑150 (MQ=255) cccGTACAGGCCGTTATAGCTGATGTCGTCGGTGTTCAGCGGCAAACCGCGAATGGTGAACACCTGCGAAAAGTTGCCAAAGCCCGCCGACTGGCGCACTGACGCGTCATTGAGCAGCACGTCACCCAGGGTACGGGCCTGCTGGTCGGc > 1:215413/1‑150 (MQ=255) cGTACAGGCCGTTATAGCTGATGTCGTCGGTGTTCAGCGGCAAACCGCGAATGGTGAACACCTGCGAAAAGTTGCCAAAGCCCGCCGACTGGCGCACTGACGCGTCATTGAGCAGCACGTCACCCAGGGTACGGGCCTGCTGGTCGGCGa > 1:64635/1‑150 (MQ=255) ccGTTATAGCTGATGTCGTCGGTGTTCAGCGGCAAACCGCGAATGGTGAACACCTGCGAAAAGTTGCCAAAGCCCGCCGACTGGCGCACTGACGCGTCATTGAGCAGCACGTCACCCAGGGTACGGGCCTGCTGGTCGGCGATGGTCTTg < 2:118309/150‑1 (MQ=255) tcgGTGTTCAGCGGCAAACCGCGAATGGTGAACACCTGCGAAAAGTTGCCAAAGCCCGCCGACTGGCGCACTGACGCGTCATTGAGCAGCACGTCACCCAGGGTACGGGCCTGCTGGTCGGCGa < 2:189921/124‑1 (MQ=255) tcgGTGTTCAGCGGCAAACCGCGAATGGTGAACACCTGCGAAAAGTTGCCAAAGCCCGCCGACTGGCGCACTGACGCGTCATTGAGCAGCACGTCACCCAGGGTACGGGCCTGCTGGTCGGCGa > 1:189921/1‑124 (MQ=255) tcgGTGTTCAGCGGCAAACCGCGAATGGTGAACACCTGCGAAAAGTTGCCAAAGCCCGCCGACTGGCGCACTGACGCGTCATTGAGCAGCACGTCACCCAGGGTACGGGCCTGCTGGTCGGCGAt < 1:351291/125‑1 (MQ=255) tcgGTGTTCAGCGGCAAACCGCGAATGGTGAACACCTGCGAAAAGTTGCCAAAGCCCGCCGACTGGCGCACTGACGCGTCATTGAGCAGCACGTCACCCAGGGTACGGGCCTGCTGGTCGGCGAt > 2:351291/1‑125 (MQ=255) aCCGCGAATGGTGAACACCTGCGAAAAGTTGCCAAAGCCCGCCGACTGGCGCACTGACGCGTCATTGAGCAGCACGTCACCCAGGGTACGGGCCTGCTGGTCGGCGATGGTCTTGGCGGTATAGCTGGTAACGCTGAACGGCACGTCGCt > 1:201271/1‑150 (MQ=255) cTGCGAAAAGTTGCCAAAGCCCGCCGACTGGCGCACTGACGCGTCATTGAGCAGCACGTCACCCAGGGTACGGGCCTGCTGGTCGGCGATGGTCTTGGCGGTATAGCTGGTAACGCTGAACGGCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAg > 1:293552/1‑150 (MQ=255) ccgACTGGCGCACTGACGCATCATTGAGCAGCACGTCACCCAGGGTACGGGCCTGCTGGTCGGCGATGGTCTTGGCGGTATAGCTGGTAACGCTGAACGGCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACggg < 1:173743/150‑1 (MQ=255) cTGACGCGTCATTGAGCAGCACGTCACCCAGGGTACGGGCCTGCTGGTCGGCGATGGTCTTGGCGGTATAGCTGGTAACGCTGAACGGCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCAc < 1:221265/150‑1 (MQ=255) tGACGCGTCATTGAGCAGCACGTCACCCAGGGTACGGGCCTGCTGGTAGGCGATGGTCTTGGCGGTATAGCTGGTAACGCTGAACGGCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAggc < 1:131981/125‑1 (MQ=255) tGACGCGTCATTGAGCAGCACGTCACCCAGGGTACGGGCCTGCTGGTAGGCGATGGTCTTGGCGGTATAGCTGGTAACGCTGAACGGCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAggc > 2:385684/1‑125 (MQ=255) tGACGCGTCATTGAGCAGCACGTCACCCAGGGTACGGGCCTGCTGGTAGGCGATGGTCTTGGCGGTATAGCTGGTAACGCTGAACGGCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAggc > 2:131981/1‑125 (MQ=255) tGACGCGTCATTGAGCAGCACGTCACCCAGGGTACGGGCCTGCTGGTAGGCGATGGTCTTGGCGGTATAGCTGGTAACGCTGAACGGCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAggc < 1:385684/125‑1 (MQ=255) gACGCGTCATTGAGCAGCACGTCACCCAGGGTACGGGCCTGCTGGTCGTCGATGGTCTTGGCGGTATAGCTGGTAACGCTGAACGGCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCACCt > 1:118736/1‑150 (MQ=255) gcgTCATTGAGCAGCACGTCACCCAGGGTACGGGCCTGCTGGTCGGCGATGGTCTTGGCGGTATAGCTGGTAACGCTGAACGGCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCACCt < 2:123129/147‑1 (MQ=255) gcgTCATTGAGCAGCACGTCACCCAGGGTACGGGCCTGCTGGTCGGCGATGGTCTTGGCGGTATAGCTGGTAACGCTGAACGGCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCACCt > 1:123129/1‑147 (MQ=255) tCATTGAGCAGCACGTCACCCAGGGTACGGGCCTGCTGGTCGGCGATGGTCTTGGCGGTATAGCTGGTAACGCTGAACGGCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCACCTTGCCAg > 1:321603/1‑150 (MQ=255) cATTGAGCAGCACGTCACCCAGGGTACGGGCCTGCTGGTCGGCGATGGTCTTGGCGGTATAGCTGGTAACGCTGAACGGCACGTCGc > 2:129859/1‑87 (MQ=255) cATTGAGCAGCACGTCACCCAGGGTACGGGCCTGCTGGTCGGCGATGGTCTTGGCGGTATAGCTGGTAACGCTGAACGGCACGTCGc < 1:129859/87‑1 (MQ=255) gAGCAGCACGTCACCCAGGGTACGGGCCTGCTGGTCGGCGATGGTCTTGGCGGTATAGCTGGTAACGCTGAACGGCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCACCTTGCCAGGTATc < 2:321603/150‑1 (MQ=255) gcaCGTCACCCAGGGTACGGGCCTGCTGGTCGGCGATGGTCTTGGCGGTATAGCTGGTAACGCTGAACGGCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCACCTTGCCAGGTATCGGTGc > 2:484947/1‑150 (MQ=255) cccAGGGTACGGGCCTGCTGGTCGGCGATGGTCTTGGCGGTATAGCTGGTAACGCTGAACGGCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCACCTTGCCAGGTATCGGTGCTGGCGGcc > 1:229753/1‑150 (MQ=255) cccAGGGTACGGGCCTGCTGGTCGGCGATGGTCTTGGCGGTATAGCGGGTAACGCTGAACGGCACGTCGCTGATTGCGTGGTCGCCCAGCAAGGCAAGGCGGGCGATACGGGCTACCTGGCCAACTTGCCAGGTATCGGGGCTGGCGGcc > 1:194044/1‑150 (MQ=255) cAGGGTACGGGCCTGCTGGTCGGCGATGGTCTTGGCGGTATAGCTGGTAACGCTGAACGGCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCACCTTGCCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCAg > 1:104424/1‑150 (MQ=255) cAGGGTACGGGCCTGCTGGTCGGCGATGGTCTTGGCGGTATAGCTGGTAACGCTGAACGGCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCACCTTGCCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCAg < 2:215413/150‑1 (MQ=255) aCGGGCCTGCTGGTCGGCGATGGTCTTGGCGGTATAGCTGGTAACGCTGAACGGCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCt < 1:487528/110‑1 (MQ=255) aCGGGCCTGCTGGTCGGCGATGGTCTTGGCGGTATAGCTGGTAACGCTGAACGGCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCt > 2:487528/1‑110 (MQ=255) aCGGGCCTGCTGGTCGGCGATGGTCTTGGCGGTATAGCTGGTAACGCTGAACGGCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCACCTTGCCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCAGGTCGCt < 2:104424/150‑1 (MQ=255) gggCCTGCTGGTCGGCGATGGTCTTGGCGGTATAGCTGGTAACGCTGAACGGCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCACCTTGCCAGGTATCGGTGCTGGGGGCCAGGTCGCGGt < 2:201271/150‑1 (MQ=255) ggCCTGCTGGTCGGCGATGGTCTTGGCGGTATAGCTGGTAACGCTGAACGGCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCACCTTGCCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCAGGTCGCTGtt < 1:299841/150‑1 (MQ=255) ctgctgGTCGGCGATGGTCTTGGCGGTATAGCTGGTAACGCTGAACGGCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCACCTTGCCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCAGGTCGCTGTTGAt < 1:484947/150‑1 (MQ=255) ctgGTCGGCGATGGGCTTGGCGGTATAGCTGGTAACGCTTAACGGCCCGTCGCTGATTCCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCACCTTGCCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCAGGTCGCTGTTGAtggt < 2:64635/150‑1 (MQ=255) | CCCCGTACAGGCCGTTATAGCTGATGTCGTCGGTGTTCAGCGGCAAACCGCGAATGGTGAACACCTGCGAAAAGTTGCCAAAGCCCGCCGACTGGCGCACTGACGCGTCATTGAGCAGCACGTCACCCAGGGTACGGGCCTGCTGGTCGGCGATGGTCTTGGCGGTATAGCTGGTAACGCTGAACGGCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCACCTTGCCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCAGGTCGCTGTTGATGGT > NC_002947/3471881‑3472172 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |