| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,697,127 | C→G | 15.4% | W135C (TGG→TGC) | PP_5595 ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,697,127 | 0 | C | G | 15.4% | 65.2 / 5.8 | 26 | W135C (TGG→TGC) | PP_5595 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (10/12); new base G (2/2); total (12/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.82e-01 | |||||||||||
TGGATGAAACCTTCCCAGCGAGTGATCCGATCTCGCCCTGAAGCAGAATAGGCGGGCTGCCCTTGCAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGAGGCTCGGGGTATCGTAATAGTAAGTGATCACCCGCGCATCCTTGGGCAACGCCGGCTTCTCGCCACCTATTGCCTTGGGATTGGCCAATGCCTCGGGGGTCAGTGG > NC_002947/3696983‑3697276 | tGGATGAAACCTTCCCAGCGAGTGATCCGATCTCGCCCTGAAGCAGAATAGGCGGGCTGCCCTTGCAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGGGGGTCTGGCAGAc < 2:405806/150‑1 (MQ=255) cccAGCGAGTGATCCGATCTCGCCCTGAAGCAGAATAGGCGGGCTGCCCTTGCAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTTCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGc < 2:270444/150‑1 (MQ=255) cGAGTGATCCGATCTCGCCCTGAAGCAGAATAGGCGGGCTGCCCTTGCAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTcaca < 1:167295/150‑1 (MQ=255) tCCGATCTCGCCCTGAAGCAGAATAGGCGGGCTGCCCTTGCAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGGCAGAcccactagg < 2:383457/133‑7 (MQ=255) tCCGATCTCGCCCTGAAGCAGAATAGGCGGGCTGCCCTTGCAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGGCAGAcccactagg > 1:383457/1‑127 (MQ=255) tGAAGCAGAATAGGCGGGCTGCCCTTGCAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGa > 1:300575/1‑150 (MQ=255) aaTAGGCGGGCTGCCCTTGCAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGAGGCTCggg < 1:459685/150‑1 (MQ=255) tGCCCTTGCAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGAGGCTCGGGGTATCGTAATa > 1:478515/1‑150 (MQ=255) cTTGCAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGAc > 1:208395/1‑89 (MQ=255) cTTGCAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGAc < 2:208395/89‑1 (MQ=255) aGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGAGGCTCGGGGTATCGTAATAGTAAGTGAt < 1:109966/150‑1 (MQ=255) aTCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGAGGCTCGGGGTATCGTAATAGTAAGTGATCAccc < 1:435242/150‑1 (MQ=255) ccgcccTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGAGGCTCg > 1:115912/1‑117 (MQ=255) ccgcccTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGAGGCTCg < 2:115912/117‑1 (MQ=255) cgcccTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGAGGCTCGGGGTATCGTAATAGTAAGTGATCACCCGCGCATc > 1:33675/1‑150 (MQ=255) tttGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGAGGCTCGGGGTATCGTAATAGTAAGTGATCACCCGCGCATCCTTgg > 1:36631/1‑150 (MQ=255) tCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCa > 2:290631/1‑59 (MQ=255) tCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCa < 1:290631/59‑1 (MQ=255) gAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGAGGCTCGGGGTATCGTAATAGTAAGTGATCACCCGCGCATCCTTGGGCAACGCCGGCTtctc < 2:33675/150‑1 (MQ=255) gCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGAGGCTCggg < 1:409390/91‑1 (MQ=255) gCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGAGGCTCggg > 2:409390/1‑91 (MQ=255) ttttGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGAGGCTCGGGGTATCGTAATAGTAAGTGATCACCCGCGCATCCTTGGGCAACGCCGGCTTCTCGCCACCTATTGCCTTGGGATTGGACa > 2:333560/1‑150 (MQ=255) tttGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGAGGCTCGGGGTATCGTAATAGTAAGTGATCACCCGCGCATCCTTGGGCAACGCCGGCTTCTCGCCACCTATTGCCTTGGGATTGGCCaa < 1:266903/150‑1 (MQ=255) ccTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGAGGCTCGGGGTATCGTAATAGTAAGTGATCACCCGCGCATCCTTGAGGAACTCCGGCTTCTCGCCACCGATTGCCGTGGGGTTAGCCAATGCCt > 2:408498/1‑150 (MQ=255) cggggTCTGGCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGAGGCTCGGGGTATCGTAATAGTAAGTGATCACCCGCGCATCCTTGGGCAACGCCGGCTTCTCGCCACCTATTGCCTTGGGATTGGCCAATGCCTCggg > 1:336387/3‑150 (MQ=255) tGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGAGGCTCGGGGTATCGTAATAGTAAGTGATCACCCGCGCATCCTTGGGCAACGCCGGCTTCTCGCCACCTATTGCCTTGGGATTGGCCAATGCCTCgggg < 2:36631/150‑1 (MQ=255) ccAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGAGGCTCGGGGTATCGTAATAGTAAGTGATCACCCGCGCATCCTTGGGCAACACCGCCTTCTAGCCACCTATTGCCTTGGGGTTGGCCAATGCCTCGGGGTTCCGttg > 2:98323/1‑148 (MQ=255) | TGGATGAAACCTTCCCAGCGAGTGATCCGATCTCGCCCTGAAGCAGAATAGGCGGGCTGCCCTTGCAGGCGATCGCCCCGCCCTTTGATCTAATTCTGGGAGCGGGCTTGCGCTGGCTCCCAGCCTTTTGCCCTAGTGGGTCTGCCAGACCCCGTTATTTCGCTCACAGTCACTACGGGCCTGGCCGAGGCTCGGGGTATCGTAATAGTAAGTGATCACCCGCGCATCCTTGGGCAACGCCGGCTTCTCGCCACCTATTGCCTTGGGATTGGCCAATGCCTCGGGGGTCAGTGG > NC_002947/3696983‑3697276 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |