| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,244,402 | G→C | 16.0% | S221R (AGC→AGG) | aruH ← | arginine‑‑pyruvate transaminase AruH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,244,402 | 0 | G | C | 16.0% | 60.4 / 6.6 | 25 | S221R (AGC→AGG) | aruH | arginine‑‑pyruvate transaminase AruH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (10/11); new base C (2/2); total (12/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.83e-01 | |||||||||||
CGTAGAGCATGCACAGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGTTGTGCGGGCT > NC_002947/4244260‑4244548 | cGTAGAGCATGCACAGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCgg < 2:444194/150‑1 (MQ=255) gCATGCACAGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGa < 1:457314/150‑1 (MQ=255) tGCACAGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTAGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACAt > 1:382813/1‑150 (MQ=255) caGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTc < 2:482874/150‑1 (MQ=255) caGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTc < 2:397673/150‑1 (MQ=255) tttCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATAca < 2:310630/150‑1 (MQ=255) ttCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATAcag < 1:159168/150‑1 (MQ=255) cAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGAc > 1:196179/1‑150 (MQ=255) tGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTc > 1:64483/1‑150 (MQ=255) gAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCa > 2:94863/1‑120 (MQ=255) gAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCa < 1:94863/120‑1 (MQ=255) cacccaccCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGCCTGCCgggcat > 2:161205/1‑93 (MQ=255) cacccaccCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGCCTGCCgggcat < 1:161205/96‑4 (MQ=255) cccATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCa > 2:381018/1‑150 (MQ=255) ccATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCAt > 1:299399/1‑150 (MQ=255) aTGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGa < 1:373313/88‑1 (MQ=255) aTGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGa > 2:373313/1‑88 (MQ=255) ggCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGc < 2:382813/150‑1 (MQ=255) tGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGgcgc < 1:223536/150‑1 (MQ=255) aCGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCa > 2:278831/1‑150 (MQ=255) tCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGaa < 2:196179/150‑1 (MQ=255) tCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGaa > 1:285211/1‑150 (MQ=255) agccccGGCAGCCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCa > 1:49987/4‑66 (MQ=39) agccccGGCAGCCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCa < 2:49987/63‑1 (MQ=39) cAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGTTGTGCGGGCt > 2:494852/1‑150 (MQ=255) | CGTAGAGCATGCACAGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGTTGTGCGGGCT > NC_002947/4244260‑4244548 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |