| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,272,817 | G→A | 12.5% | V23I (GTC→ATC) | PP_3743 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,272,817 | 0 | G | A | 12.5% | 70.9 / 4.2 | 32 | V23I (GTC→ATC) | PP_3743 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (14/14); new base A (2/2); total (16/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.76e-01 | |||||||||||
AACTACCCCAACGCCCCCGCCGTCTTAGATACTGAGTGGTTTATTTCCCTGTGCTTCACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGATCATCCCTGCCCGTGACGAACTTTCAGCGTTCGTCGCCAGCGGCGGTACCATCCGCGGCGCCTATGTGGA > NC_002947/4272674‑4272962 | aaCTACCCCAACGCCCCCGCCGTCTTAGATACTGAGTGGTTTATTTCCCTGTGCTTCACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATg > 1:453220/1‑150 (MQ=255) aCTACCCCAACGCCCCCGCCGTCTTAGATACTGAGTGGTTTATTTCCCTGTGCTTCACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGc < 2:121621/150‑1 (MQ=255) tACCCCAACGCCCCCGCCGTCTTAGATACTGAGTGGTTTATTTCCCTGTGCTTCACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCATCGACGCgg > 2:460531/1‑150 (MQ=255) cAACGCCCCCGCCGTATTAGATAGTGAGTGGTTTATTTCACTGTGCTTCACGCCACTGGAGAAAACGACATGCGCGACCTAACACTCAGCCCGGCGGTGCTGCTCCGGATGCCTGCCGGTGCTGCCTTGGCCGGGGTCGATGCgtcgccc > 2:236357/1‑144 (MQ=255) aaCGCCCCCGCCGTCTTAGATACTGAGTGGTTTATTTCCCTGTGCTTCACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCATCGACGCGGGccagg < 1:460531/150‑5 (MQ=255) cGCCCCCGCCGTCTTAGATACTGAGTGGTTTATTTCCCTGTGCTTCACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTc < 1:345421/150‑1 (MQ=255) ccccGCCGTCTTAGATACTGAGTGGTTTATTTCCCTGTGCTTCACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTCCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGcc > 2:167121/1‑150 (MQ=255) ccgccgTCTTAGATACTGAGTGGTTTATTTCCCTGTGCTTCACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCAc > 2:343745/1‑150 (MQ=255) ccgccgTCTTAGATACTGAGTGGTTTATTTCCCTGTGCTTCACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCAc > 1:83406/1‑150 (MQ=255) tAGATACTGAGTGGTTTATTTCCCTGTGCTTCACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCgg > 1:348266/1‑150 (MQ=255) aCTGAGTGGTTTATTTCCCTGTGCTTCACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTAttt < 2:348266/150‑1 (MQ=255) tGAGTGGTTTATTTCCCTGTGCTTCACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTcc > 2:301097/1‑150 (MQ=255) tttATTTCCCTGTGCTTCACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGc < 1:487879/150‑1 (MQ=255) ttCCCTGTGCTTCACGCTCCTGGAGAACACGACATGCGCCCTCTATTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTAt < 2:83406/150‑1 (MQ=255) tCACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCaa < 2:453220/150‑1 (MQ=255) cACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGAGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAg > 1:340970/1‑150 (MQ=255) gagaACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGc < 1:96622/106‑1 (MQ=255) gagaACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGc > 2:96622/1‑106 (MQ=255) gagaACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCCGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAAc < 1:236357/150‑1 (MQ=255) cATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGa < 1:508192/143‑1 (MQ=255) cATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGa > 2:508192/1‑143 (MQ=255) cACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGATCATCCCTGCCCGt > 1:307823/1‑150 (MQ=255) cTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCCCCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGATCATCCCTGCCCGTGACGaa < 2:151914/150‑1 (MQ=255) tGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGATCATCCCTGCCCGTGACGAAc > 2:226323/1‑150 (MQ=255) cccTGCGCTGCTGCTCCTCATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGCCAAACGGATCATCCCTGCCCGTGACGAACTTTCAGc < 1:270961/150‑1 (MQ=255) gcgcTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGATCATCCCTGCCCGTGACGAACTTTCAGCGTtc < 1:343745/150‑1 (MQ=255) gcctgccGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGATCATCCCTGCCCGTGACGAACTTTCAGCGTTCGTCGCTACCGGCGGTAc > 2:498289/1‑150 (MQ=255) gtcgCCCGCATCGACGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGATCATCCCTGCCCGTGACGAACTTTCa < 1:497638/108‑1 (MQ=255) gtcgCCCGCATCGACGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGATCATCCCTGCCCGTGACGAACTTTCa > 2:497638/4‑111 (MQ=255) gCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGATCATCCCTGCCCGTGACGAACTTTCAGCGTTCGTCGCCAGCGGCGGTACCATCCGCGGCGCCTAtgtg < 2:200372/150‑1 (MQ=255) ccGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGATCATCCCTGCCCGTGACGAACTTTCAGCGTTCGTCGCCAGCGGCGGTACCATCCGCGGCGCCTATGTGGa > 2:48795/1‑150 (MQ=255) ccGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGATCATCCCTGCCCGTGACGAACTTTCAGCGTTCGTCGCCAGCGGCGGTACCATCCGCGGCGCCTATGTGGa < 1:226323/150‑1 (MQ=255) gTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGATCATCCCTGCCCGTGACGAACTTTCAGCGTTCGTCGCCAGCGGCGGTACCATCCGCGGCGCCTAt > 1:41326/1‑141 (MQ=255) gTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGATCATCCCTGCCCGTGACGAACTTTCAGCGTTCGTCGCCAGCGGCGGTACCATCCGCGGCGCCTAt < 2:41326/141‑1 (MQ=255) | AACTACCCCAACGCCCCCGCCGTCTTAGATACTGAGTGGTTTATTTCCCTGTGCTTCACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGATCATCCCTGCCCGTGACGAACTTTCAGCGTTCGTCGCCAGCGGCGGTACCATCCGCGGCGCCTATGTGGA > NC_002947/4272674‑4272962 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |