| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,333,149 | C→A | 14.8% | intergenic (+45/+39) | PP_3804 → / ← yaiW | hypothetical protein/lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,333,149 | 0 | C | A | 14.8% | 68.3 / 2.8 | 27 | intergenic (+45/+39) | PP_3804/yaiW | hypothetical protein/lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (13/10); new base A (2/2); total (15/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.91e-01 | |||||||||||
CCGGGGCCAAGCTGGTGGTGGTGGAGAGTGACCCTGAAGATGCGATTGCGGGGCTCATAGCCAGCGTTGACCAAGTGGTTGGGGCATTGGGCGGGCGCTGATCGGACAGGCCCGCGCGGTGGATGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCAAGGATCGCGGTTGCTGCCAGGCTAACGCTTCATGCACCGCTGATAGCGCTCATCCACCCGCCCGGCAAACCAGGCCGTGGTCAGCTTGCGGGTAATCTTCGGGCTCTTCAGCTCGATGCCCGGTAACACT > NC_002947/4333004‑4333296 | ccGGGGCCAAGCTGGTGGTGGTGGAGAGTGACCCTGAAGATGCGATTGCGGGGCTCATAGCCAGCGTTGACCAAGTGGTTGGGGCATTGGGCGGGCGCTGATCGGACAGGCCCGCGCGGTGGATGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTCGCgg < 1:210250/150‑1 (MQ=255) cAAGCTGGTGGTGGTGGAGAGTGACCCTGAAGATGCGATTGCGGGGCTCATAGCCAGCGTTGACCAAGTGGTTGGGGCATTGGGCGGGCGCTGATCGGACAGGCCCGCGCGGTGGATGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTCGCgg < 2:298692/143‑1 (MQ=255) cAAGCTGGTGGTGGTGGAGAGTGACCCTGAAGATGCGATTGCGGGGCTCATAGCCAGCGTTGACCAAGTGGTTGGGGCATTGGGCGGGCGCTGATCGGACAGGCCCGCGCGGTGGATGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTCGCgg > 1:298692/1‑143 (MQ=255) tggtggtggAGAGTGACCCTGAAGATGCGATTGCATGGCTCATAACCAGCGTTGACCAAGTGGTTGGGGCATTGGGCGGGCGCTGATCGGACAGGCCCGCGCGGTGGATGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCAAg > 1:373704/1‑150 (MQ=255) ccTGAAGATGCGATTGCGGGGCTCATAGCCAGCGTTGACCAAGTGGTTGGGGCATTGGGCGGGCGCTGATCGGACAGGCCCGCGCGGTGGATGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCAAGGATCGCGGTTGCTGCCa > 1:27105/1‑150 (MQ=255) ccTGAAGATGCGATTGCGGGGCTCATAGCCAGCGTTGACCAAGTGGTTGGGGCATTGGGCGGGCGCTGATCGGACAGGCCCGCGCGGTGGATGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCAAGGATCGCGGTTGCTGCCa > 1:274058/1‑150 (MQ=255) ccTGAAGATGCGATTGCGGGGCTCATAGCCAGCGTTGACCAAGTGGTTGGGGCATTGGGCGGGCGCTGATCGGACAGGCCCGCGCGGTGGATGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTAGCGGGTTTACCCGcgaa < 2:162717/131‑4 (MQ=39) ccTGAAGATGCGATTGCGGGGCTCATAGCCAGCGTTGACCAAGTGGTTGGGGCATTGGGCGGGCGCTGATCGGACAGGCCCGCGCGGTGGATGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTAGCGGGTTTACCCGcgaa > 1:162717/1‑128 (MQ=255) tGAAGATGCGATTGCGGGGCTCATAGCCAGCGTTGACCAAGTGGTTGGGGCATTGGGCGGGCGCTGATCGGACAGGCCCGCGCGGTGGATGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCAAGCATCGCGGTTGCTGCCAgg < 2:274058/150‑1 (MQ=255) aTGCGATTGCGGGGCTCATAGCCAGCGTTGACCAAGTGGTTGGGGCATTGGGCGGGCGCTGATCGGACAGGCCCGCGCGGTGGATGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCAAGGATCGCGGTTGCTGCCAGGCTAAc > 2:411005/1‑150 (MQ=255) aTTGCGGGGCTCATAGCCAGCGTTGACCAAGTGGTTGGGGCATTGGGCGGGCGCTGATCGGACAGGCCCGCGCGGTGGATGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCAAGGATCGCGGTTGCTGCCAGGCTAACGCTTc < 2:27105/150‑1 (MQ=255) aGCGTTGACCAAGTGGTTGGGGCATTGGGCGGGCGCTGATCGGACAGGCCCGCGCGGTGGATGGCACGGGCTTCGCCCATCGGCGGGGGTAAACCCGCTCAAGGATCGCGGTTGCTGCCAGGCTAACGCTTCATGCACCGCTGATAgcgc > 1:286274/1‑150 (MQ=255) cAAGTGGTTGGGGCATTGGGCGGGCGCTGATCGGACAGGCCCGCGCGGTGGATGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCAAGGATCGCGGTTGCTGCCa > 2:457461/1‑111 (MQ=255) cAAGTGGTTGGGGCATTGGGCGGGCGCTGATCGGACAGGCCCGCGCGGTGGATGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCAAGGATCGCGGTTGCTGCCa < 1:457461/111‑1 (MQ=255) ggCATTGGGCGGGCGCTGATCGGACAGGCCCGCGCGGTGGATGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTAGCGGGTTTACCCGcggg > 1:31519/1‑78 (MQ=25) ggCATTGGGCGGGCGCTGATCGGACAGGCCCGCGCGGTGGATGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTAGCGGGTTTACCCGcgaa < 2:31519/81‑4 (MQ=25) aTTGGGCGGGCGCTGATCGGACAGGCCCGCGCGGTGGATGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCAAGGATCGCGGTTGCTGCCAGGCTAACGCTTCATGCACCGCTGATAGCGCTCATCCACCCGCCCGGCAAACCa > 1:37532/1‑150 (MQ=255) gcTGATCGGACAGGCCCGCGCGGTGGATGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCAAGGATCGCGGTTGCTGCCAGGCTAACGCTTCATGCACCGCTGATAGCGCTCATCCACCCGCCCGGCAAACCAGGCCGTGGTCa > 1:232238/1‑150 (MQ=255) cagcgCCCGCGCGGTGGATGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCAAGGATCGCGGTTGCTGCCAGGCTAACGCTTCATGCACCGCTGATAGCGCTCATCCACCCGCCCGGCAAACCAGGCCGTGGTCAGCTTGCggg > 1:58442/5‑150 (MQ=255) cgcgGTGGATGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCAAGGATCGCGGTTGCTGCCAGGCTAACGCTTCATGCACCGCTGATAGCGCTCATCCACCCGCCCGGCAAACCAGGCCGTGGTCAGCTTGCGGGTAATCTTCg < 2:58442/150‑1 (MQ=255) cgcgGTGGATGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCAAGGATCGCGGTTGCTGCCAGGCTAACGCTTCATGCACCACTGATAGCGCTCATCCACCCGCCCGGCAAACCAGGCCGTGGTCAGCTTGCGGGTAATCTTCg < 1:319268/150‑1 (MQ=255) aTGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCAAGGATCGCGGTTGCTGCCAGGCTAACGCTTCATGCACCGCTGATAGCGCTCATCCACCCGCCCGGCAAACCAGGCCGTGGTCAGCTTGCGGGTAATCTTCGGGCTCTTc < 1:47140/150‑1 (MQ=255) tGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTCGCNGGTAAACCCGCTCAAGGATCGCGGTTGCTGCCAGGCTAACNCTTCATGCACCGCTGATAGCGCTCATCCACCCGCCCGGCAAACCAGGCCGTGGTCAGCTTGCGGGTAATCTTCGGGCTCTTCa > 2:225950/1‑150 (MQ=255) ggCACGGGCTTCGCCCGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCAAGGATCGCGGTTGCTGCCAGGCTAACGCTTCATGCACCGCTGATAGCGCTCATCCACCCGCCCGGCAAACCAGGCCGTGGTCAGCTTGCGGGTAATCTTCGGGCTCTTCAg > 2:417858/1‑150 (MQ=255) ggCTTCGCCCGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCAAGGACCGCGGTTGCTGCCAGGCTAACGCTTCATGCACCGCTGATAGCGCTCATCCACCCGCCCGGCAAACCAGGCCGTGGTCAGCTTGCGGGTAATCTTCGGGCTCTTCAGCTCGAt < 2:373704/150‑1 (MQ=255) gCCCGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCAAGGATAGCGGTTGCTGCCAGGCTAACGCTTCATGCACCGCTGATAGCGCTCATCCACCCGCCCGGCAAACCAGGCCGTGGTCAGCTTGCGGGTAATCTTCGGGCTCTTCAGCTCGATGCCCgg > 2:181285/1‑150 (MQ=255) ttCGCGGGTAAACCCGCTCAAGGATCGCGGTTGCTGCCAGGCTAACGCTTCATGCACCGCTGATAGCGCTCATCCACCCGCCCGGCAAACCAGGCCGTGGTCAGCTTGCGGGTAATCTTCGGGCTCTTCAGCTCGATGCCCGGTAACACt < 1:411005/150‑1 (MQ=255) | CCGGGGCCAAGCTGGTGGTGGTGGAGAGTGACCCTGAAGATGCGATTGCGGGGCTCATAGCCAGCGTTGACCAAGTGGTTGGGGCATTGGGCGGGCGCTGATCGGACAGGCCCGCGCGGTGGATGGCACGGGCTTCGCCCGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCAAGGATCGCGGTTGCTGCCAGGCTAACGCTTCATGCACCGCTGATAGCGCTCATCCACCCGCCCGGCAAACCAGGCCGTGGTCAGCTTGCGGGTAATCTTCGGGCTCTTCAGCTCGATGCCCGGTAACACT > NC_002947/4333004‑4333296 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |