| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,338,740 | C→T | 10.8% | G40G (GGG→GGA) | PP_5632 ← | allo‑isoleucine metabolism protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,338,740 | 0 | C | T | 10.8% | 91.8 / 3.4 | 37 | G40G (GGG→GGA) | PP_5632 | allo‑isoleucine metabolism protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (18/15); new base T (2/2); total (20/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.00e-01 | |||||||||||
ATCACCTCAGCCTTCGCCACCCCTTGGCGATGGCTGCATGCCTCTTGGTACAGCGCGGAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTA‑CG‑‑‑CTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTGGTATTGCTCGGGGTCGGTCACGTCCACATGGGCTATCCAGTAGGCCTTCATGTGCAGCTCTCCTGTTACGATGATATTT > NC_002947/4338591‑4338887 | aTCACCTCAGCCTTCGCCACCCCTTGGCGATGGCTGCATGCCTCTTGGTACAGCGCGGAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTA‑CG‑‑‑CTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTAcgc > 2:323547/1‑150 (MQ=255) gCCTTCGCCACCCCTTGGCGATGGCTGCATGCCTCTTGGTACAGCGCGGAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTA‑CG‑‑‑CTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACgg > 2:425709/1‑150 (MQ=255) cACCCCTTGGCGATGGCTGCATGCCTCTTGGTACAGCGCGGAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTA‑CG‑‑‑CTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGTCCGCCACGGGCCAGGaa > 2:121547/1‑150 (MQ=255) tGCATGCCTCTTGGTACAGCGCGGAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTA‑CG‑‑‑CTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCt > 1:117296/1‑150 (MQ=255) tGCCTCTTGGTACAGCGCGGAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTA‑CG‑‑‑CTGAAAAACCCGCCCGCCGGCGCGGGCCGCACGACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACAGCCGAATGCCTTGaa > 1:59766/1‑150 (MQ=255) tACAGCGCGGAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTA‑CG‑‑‑CTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTggg < 2:380162/150‑1 (MQ=255) ggAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTA‑CG‑‑‑CTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAg < 2:414410/133‑1 (MQ=255) ggAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTA‑CG‑‑‑CTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAg > 1:414410/1‑133 (MQ=255) gAGCGGTCAAAGGCGACGGCCGGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACAACACCATCGCCCCCTACGCGGTG‑‑CTGC‑‑TGCATCGCCTCACTAGGCCCGCCACGGCCCCGCCAGCGACCGCTGAGTGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTgg < 1:496872/150‑1 (MQ=255) gTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTA‑CG‑‑‑CTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGTCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTa < 1:121547/150‑1 (MQ=255) aGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTA‑CG‑‑‑CTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTActgct > 2:276881/1‑150 (MQ=255) ggCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTA‑CG‑‑‑CTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGATGGGTGTActgctg > 2:467987/1‑150 (MQ=255) gCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTA‑CG‑‑‑CTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTgg < 1:425709/150‑1 (MQ=255) gCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTA‑CG‑‑‑CTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTgg > 2:415924/1‑150 (MQ=255) cTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTA‑CG‑‑‑CTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCCCTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTGGTATTGCTc > 1:208519/1‑150 (MQ=255) cTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTA‑CG‑‑‑CTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTGGTATTGCTc > 2:385472/1‑150 (MQ=255) tGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTA‑CG‑‑‑CTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTGGTATTGCTCg < 2:351310/150‑1 (MQ=255) tGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTA‑CG‑‑‑CTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTGGTATTGCTCg < 2:345313/150‑1 (MQ=255) gcgcGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTA‑CG‑‑‑CTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTGGTATTGCTCgg < 1:415924/150‑1 (MQ=255) aaTCGAACTCGATCACCACACTA‑CG‑‑‑CTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGAccgc < 1:180728/87‑1 (MQ=255) aaTCGAACTCGATCACCACACTA‑CG‑‑‑CTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGAccgc > 2:180728/1‑87 (MQ=255) aTCGAACTCGATCACCACACTA‑CG‑‑‑CTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGGAGCTGGGGCGCGCTGGgt > 2:340833/1‑120 (MQ=255) aTCGAACTCGATCACCACACTA‑CG‑‑‑CTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGgt < 1:340833/120‑1 (MQ=255) gATCACCACACTA‑CG‑‑‑CTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTActgctg > 1:307459/1‑120 (MQ=255) gATCACCACACTA‑CG‑‑‑CTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTActgctg < 2:307459/120‑1 (MQ=255) acacTA‑CG‑‑‑CTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTGGTATTGCTCGGGGTCGGTCACGTCCACATGGGCTATc < 1:323547/150‑1 (MQ=255) tGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCTCGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGgcgcgc > 2:286757/1‑90 (MQ=255) tGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCTCGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGgcgcgc < 1:286757/90‑1 (MQ=255) gCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTGGTATTGCTCGGGGTCGGTCACGTCCACATGGGCTATCCAGTAGGCCTTCa > 2:96120/1‑150 (MQ=255) tAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTGGTATTGCTCGGGGTCGGTCACGTCCACATGGGCTATCCAGTAGGCCTTCAtgt < 2:117296/150‑1 (MQ=255) ccgccctTCCCTCGTCCCACAACCCCCGCCACGGGCCAGGAAGTGACCGCCGAATGCTTTGAACGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTGGTATTGCTCGGGGTCGGTCACGTCCACATGGGCTATCCAGTAGGCCTTCATGTGCAg < 2:59766/147‑1 (MQ=255) tccctTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTGGTATTGCTCGGGGTCGGTCACGTCCACATGGGCTATCCAGTAGGCCTTCATGTGCAGct > 2:501861/1‑150 (MQ=255) ctTCCATCGCCTCACTACGTCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCa > 2:370540/1‑62 (MQ=255) ctTCCATCGCCTCACTACGTCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCa < 1:370540/62‑1 (MQ=255) gCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTggg > 2:133482/1‑60 (MQ=255) gCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTggg < 1:133482/60‑1 (MQ=255) gCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTGGTATTGCTCGGGGTCGGTCACGTCCACATGGGCTATCCAGTAGGCCTTCATGTGCAGCTCTCCTGTTACg > 1:304079/1‑150 (MQ=255) aCTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTGGTATTGCTCGGGGTCGGTCACGTCCACATGGGCTATCCAGTAGGCCTTCATGTGCAGCTCTCCTGTTACgatgat > 1:329196/1‑150 (MQ=255) cgcccgccACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTGGTATTGCTCGGGGTCGGTCACGTCCACATGGGCTATCCAGTAGGCCTTCATGTGCAGCTCTCCTGTTACGATGATAttt < 1:96120/150‑1 (MQ=255) | ATCACCTCAGCCTTCGCCACCCCTTGGCGATGGCTGCATGCCTCTTGGTACAGCGCGGAGCGGTAACAGGCGACGGCCTGCGCGTACGAATCGAACTCGATCACCACACTA‑CG‑‑‑CTGAGGCGTAGCCCTCCCTTCCATCGCCTCACTACGCCCGCCACGGGCCAGGAAGCGACCGCCGAATGCCTTGAAGGCAGCTGGGGCGCGCTGGGTGTACTGCTGGTATTGCTCGGGGTCGGTCACGTCCACATGGGCTATCCAGTAGGCCTTCATGTGCAGCTCTCCTGTTACGATGATATTT > NC_002947/4338591‑4338887 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |