| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,385,076 | G→A | 23.6% | G168G (GGC→GGT) | PP_3860 ← | FluMu protein gp47 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,385,076 | 0 | G | A | 23.6% | 22.9 / 4.9 | 17 | G168G (GGC→GGT) | PP_3860 | FluMu protein gp47 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/9); new base A (2/2); total (6/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.65e-01 | |||||||||||
GCGCGACAGCGCCCAGGCGCGGGTCACGCCGGGTACCTCCCGCGCCCACTCTTCGAAGTCGGGGCCATTGCCCACCTTGCTCGGGTTCTGAAACGCCGCCTTGACCCGCGTGCGCAGCTCCTCGATCTCTTCCTGATCGGTACCGCCGGCCAAGCCACCGCTGCCGATTGTTGCCTCAGGATTGACGCCCAAGGCCGGGCTTACGGCGGTCAGCTGGCCCGACTCGACGTTACCCAAGGCGCCAGGTTCTTCGGCGCGCACCGGCACCTGC > NC_002947/4384932‑4385202 | gcgcGACAGCGCCCAGGCGCGGGTCACGCCGGGTACCTCCCGCGCCCACTCTTCGAAGTCGGGGCCATTGCCCACCTTGCTCGGGTTCTGAAACGCCGCCTTGACCCGCGTGCGCAGCTCCTCGATCTCTTCCTGATCGGTACCGCCGGc > 1:209030/1‑150 (MQ=255) cACGCCGGGTACCTCCCGCGCCCACTCTTCGAAGTCGGGGCCATTGCCCACCTTGCTCGGGTTCTGAAACGCCGCCTTGACCCGCGTGCGCAGCTCCTCGATCTCTTCCTGATCGGTACCGCCGGCCAAGCCACCGCTGCCGATTGTTGc < 2:209030/150‑1 (MQ=255) cACGCCGGGTACCTCCCGCGCCCACTCTTCGAAGTCGGGGCCATTGCCCACCTTGCTCGGGTTCTGAAACGCCGCCTTGACCCGCGTGCGCAGCTCCTCGATCTCTTCCTGATCGGTACCGCCGGCCAAGCCACCGCTGCCGATTGTTGc < 2:194249/150‑1 (MQ=255) ccGGGTACCTCCCGCGCCCACTCTTCGAAGTCGGGGCCATTGCCCACCTTGCTCGGGTTCTGAAACGCCGCCTTGACCCGCGTGCGCAGCTCCTCGATCTCTTCCTGATCGGTACCGCCGGCCAAGCCACCGCTGCCGATTGTTGCCTCa < 1:505263/150‑1 (MQ=255) gTACCTCCCGCGCCCACTCTTCGAAGTCGGGGCCATTGCCCACCTTGCTCGGGTTCTGAAACGCCGCCTTGACCCGCGTGCGCAGCTCCTCGATCTCTTCCTGGTCGGTACCGCCGGCCAAGCCACCGCTGCCGATTGTTGCCTCAGGAt < 1:265016/150‑1 (MQ=255) gcCCACTCTTCGAAGTCGGGGCCATTGCCCACCTTGCTCGGGTTCTGAAACGCCGCCTTGACCCGCGTGCGCAGCTCCTCGATCTCTTCCTGATCGGTACCGCCGGCCAAGCCACCGCTGCCGATTGTTGCCTCAGGATTGACGCCCAAg < 1:339976/150‑1 (MQ=255) gTCGGGGCCATTGACCACCCTGCTAGAGTTATTTTGCGGCGCCTTGACCCGCGTGCGCAGCTCCTCGATCTCTTCCTGATCGGTACCGCCGGCCAAGCCACCGCTGCCGATTGTTGCCTCAGGATTGACGCCCAAGGCCGGGCTTAcggc < 2:490881/150‑1 (MQ=255) tCGGGGCCATTGCCCACCTTGCTCGGGTTCTGAAACGCCGCCTTGACCCGCGTGCGCAGCTCCTCGATCTCTTCCTGATCGGTACCGCCGGCCAAGCCACCGCTGCCGATTGTTGCCTCAGGATTGACGCCCAAGGCCGGGCTTAcggcg < 1:256772/150‑1 (MQ=255) aCGCCGCCTTGACCCGCGTGCGCAGCTCCTCGATCTCTTCCTGATCGGTACCGCCGGCCAAGCCACCGCTGCCGATTGTTGCCTCAGGATTGACGCCCAAGGCCGGGCTTACGGCGGTCAGCTGGCCCGACTCGACGTTACCCAAGgcgc > 2:445785/1‑150 (MQ=255) gcAGCTCCTCGATCTCTTCCTGATCGGTACCGCCGGCCAAGCCACCGCTGCCGATTGTTGCCTCAGGATTGACGCCCAAGGCCGGGCTTACGGCGGTCAGCTGGCCCGACTCGACGGTACCCAAGGCGCCAGGTTCTTCGGCGCGCCCCg > 2:201026/1‑150 (MQ=255) ctcctcGATCTCTTCCTGATCGGTACCGCCGGCCAAGCCACCGCTGCCGATTGTTGCCt < 2:495259/59‑1 (MQ=255) ctcctcGATCTCTTCCTGATCGGTACCGCCGGCCAAGCCACCGCTGCCGATTGTTGCCt > 1:495259/1‑59 (MQ=255) tcGATCTCTTCCTGATCGGTACCGCCGGCCAAGCCACCGCTGCCGATTGTTGCCTCAGGATTGACGCCCAAGGCCGGGCTTACGGCGGTCAGATGGCACGTCCAGACCTTACCCGGCGCTGCATTTGCTTCGGCGCGCACCGGCACCTgc < 1:445785/150‑1 (MQ=255) gTACCACCGGCCAAGCCACCGCTGCCGATTGTTGCCTCAGGATTGACGCCCAAGGCCGGGCTTACGGCGGTCAGCTGGCCCGACTCGACGTTACCCAAg < 2:199993/99‑1 (MQ=255) gTACCACCGGCCAAGCCACCGCTGCCGATTGTTGCCTCAGGATTGACGCCCAAGGCCGGGCTTACGGCGGTCAGCTGGCCCGACTCGACGTTACCCAAg < 2:200004/99‑1 (MQ=255) gTACCACCGGCCAAGCCACCGCTGCCGATTGTTGCCTCAGGATTGACGCCCAAGGCCGGGCTTACGGCGGTCAGCTGGCCCGACTCGACGTTACCCAAg > 1:200004/1‑99 (MQ=255) gTACCACCGGCCAAGCCACCGCTGCCGATTGTTGCCTCAGGATTGACGCCCAAGGCCGGGCTTACGGCGGTCAGCTGGCCCGACTCGACGTTACCCAAg > 1:199993/1‑99 (MQ=255) gccgGCCAAGCCACCGCTGCCGATTGTTGCCTCAGGATTGACGCCCAAGGCCGGGCTTACGGCGGTCAGCTGGCCCGACTCGACGTTACCCAAGGCGCCAGGTTCTTCGGCGCGCACCGGCAc < 2:429205/123‑1 (MQ=255) gccgGCCAAGCCACCGCTGCCGATTGTTGCCTCAGGATTGACGCCCAAGGCCGGGCTTACGGCGGTCAGCTGGCCCGACTCGACGTTACCCAAGGCGCCAGGTTCTTCGGCGCGCACCGGCAc > 1:429205/1‑123 (MQ=255) | GCGCGACAGCGCCCAGGCGCGGGTCACGCCGGGTACCTCCCGCGCCCACTCTTCGAAGTCGGGGCCATTGCCCACCTTGCTCGGGTTCTGAAACGCCGCCTTGACCCGCGTGCGCAGCTCCTCGATCTCTTCCTGATCGGTACCGCCGGCCAAGCCACCGCTGCCGATTGTTGCCTCAGGATTGACGCCCAAGGCCGGGCTTACGGCGGTCAGCTGGCCCGACTCGACGTTACCCAAGGCGCCAGGTTCTTCGGCGCGCACCGGCACCTGC > NC_002947/4384932‑4385202 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |