| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,570,431 | T→C | 11.1% | L84P (CTG→CCG) | treY → | maltooligosyl trehalose synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,570,431 | 0 | T | C | 11.1% | 89.6 / 2.4 | 36 | L84P (CTG→CCG) | treY | maltooligosyl trehalose synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (16/16); new base C (2/2); total (18/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.95e-01 | |||||||||||
ACCTGTATGCCTCGCCCATCCTCAAGGCCCGCGCGGGCTCGCGCCATGGCTACGACGTGGTCGATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATC‑CTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGTGCCGACAACCCCTGGTGGCAAAGCCTGCTGGCCTGGGGACGGCGCAGTCCGTATGCAGAGTTCTTCGACATCCAGTGGCACTCCAGCGAC > NC_002947/4570284‑4570561 | aCCTGTATGCCTCGCCCATCCTCAAGGCCCGCGCGGGCTCGCGCCATGGCTACGACGTGGTCGATCCTAGCTTCGTCAACCCGGGTCTTGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCTCCTGGTTGCCTCCCTGCGCTAGCATGGCATGGGGCTGa > 2:360478/1‑150 (MQ=255)aCCTGTATGCCTCGCCCATCCTCAAGGCCCGCGCGGGCTCGCGCCATGGCTACGACGTGGTCGATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCGAGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGa > 2:501211/1‑150 (MQ=255) cTCGCCCATCCTCAAGGCCCGCGCGGGCTCGCGCCATGGCTACGACGTGGTCGATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATC‑CTCGacac > 1:33548/1‑150 (MQ=255) ccATCCTCAAGGCCCGCGCGGGCTCGCGCCATGGCTACGACGTGGTCGATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATC‑CTc < 1:258458/140‑1 (MQ=255) ccATCCTCAAGGCCCGCGCGGGCTCGCGCCATGGCTACGACGTGGTCGATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATC‑CTc < 1:258486/140‑1 (MQ=255) ccATCCTCAAGGCCCGCGCGGGCTCGCGCCATGGCTACGACGTGGTCGATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATC‑CTc > 2:258486/1‑140 (MQ=255) ccATCCTCAAGGCCCGCGCGGGCTCGCGCCATGGCTACGACGTGGTCGATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATC‑CTc > 2:258458/1‑140 (MQ=255) aGGCCCGCGCGGGCTCGCGCCATGGCTACGACGTGGTCGATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATC‑CTCGACACGGTGTCCAACcaca < 2:33548/150‑1 (MQ=255) gCCCGCGCGGGCTCGCGCCATGGCTACGACGTGGTCGATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATC‑CTCGACACGGTGTCCAAc > 2:8209/1‑144 (MQ=255) gCCCGCGCGGGCTCGCGCCATGGCTACGACGTGGTCGATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATC‑CTCGACACGGTGTCCAAc < 1:8209/144‑1 (MQ=255) gcgcCATGGCTACGACGTGGTCGATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATC‑CTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGTGc < 2:170319/150‑1 (MQ=255) gcCATGGCTACGACGTGGTCGATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATC‑CTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGTGCCg > 1:25146/1‑150 (MQ=255) aTGGCTACGACGTGGTCGATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATC‑CTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGTGCCGACa > 2:382174/1‑150 (MQ=255) acgTGGTCGATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATC‑CTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGTGCCGACAACCCCtggt < 1:502465/150‑1 (MQ=255) gTCGATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATC‑CTCGACACg < 2:352381/102‑1 (MQ=255) gTCGATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATC‑CTCGACACg > 1:352381/1‑102 (MQ=255) tCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATC‑CTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGTGc > 2:337697/1‑126 (MQ=255) tCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATC‑CTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGTGc < 1:337697/126‑1 (MQ=255) cTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGCCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATC‑CTCGACACGGTGTCCAACCANATGGCCNTAGGCGGTGCCGNCAACCCCTGGTGGCAAAGCCTGCTGGc < 1:458705/150‑1 (MQ=255) ccGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATC‑CTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGTGCCGACAACCCCTGGTGGCAAAGCCTGCTGGCCTGGGGACgg > 1:324338/1‑150 (MQ=255) ccGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCCGATC‑CTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGTGCCGACAACCCCTGGTGGCAAAGCCTGCTGGCCTGGGGACgg > 1:246707/1‑150 (MQ=255) aGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATC‑CTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGTGCCGACAACCCCTGGTGGCAAAGCCTGCTGGCCTGGGGACGGCGCa < 1:200656/150‑1 (MQ=255) tGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATC‑CTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGTGCCGACAACCCCTGGTGGCAAAGCCTGCTGGCCTGGGGACGGCGCAGTc > 1:256415/1‑150 (MQ=255) ggcgCGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGCACTCACCACACG‑CACATAATCCAACCACATGGCCCTAGGCGGTGCCGACACCCCCTGGTGGGAAAGCCGGCTGGCCTGGGGACGGCGCAGTCCGTAt < 1:369392/150‑1 (MQ=255) ggcgAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGTCAGCATGGCATGGGGCTGATC‑CTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGTGCCGACAACCCCTGGTGGCAAAGCCTGCTGGCCTGGGGACGGCGCAGTCCGTAt < 1:360478/150‑1 (MQ=255) gAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCCGATC‑CTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGTGCCGACAACCCCTGGTGGCAAAGCCTGCTGGCCTGGGGACGGCGCAGTCCGTa < 2:361518/134‑1 (MQ=255) gAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCCGATC‑CTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGTGCCGACAACCCCTGGTGGCAAAGCCTGCTGGCCTGGGGACGGCGCAGTCCGTa > 1:361518/1‑134 (MQ=255) cgcCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCCGATC‑CTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGTGCCGACAACCCCTGGTGGCAAAGCCTGCTGGCCTGGGGACGGCGCAGTCCGTATGCAGAGTTCTTCGACATc < 2:246707/150‑1 (MQ=255) ccTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATC‑CTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGTGCCGACAACCCCTGGTGGCAAAGCCTGCTGGCCTGGGGACGGCGCAGTCCGTATGCAGAGttcttc > 2:161475/1‑130 (MQ=255) ccTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATC‑CTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGTGCCGACAACCCCTGGTGGCAAAGCCTGCTGGCCTGGGGACGGCGCAGTCCGTATGCAGAGttcttc < 1:161475/130‑1 (MQ=255) cTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATC‑CTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGTGCCGACAACCCCTGGTGGCAAAGCCTGCTGGCCTGGGGACGgcg < 2:230027/107‑1 (MQ=255) cTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATC‑CTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGTGCCGACAACCCCTGGTGGCAAAGCCTGCTGGCCTGGGGACGgcg > 1:230027/1‑107 (MQ=255) gcatggGGCTGATC‑CTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGTGCCGACAACCCCTGGTGGCAAAGCCTGCTGGCCTGGGGACGGCGCa > 1:367334/1‑96 (MQ=255) gcatggGGCTGATC‑CTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGTGCCGACAACCCCTGGTGGCAAAGCCTGCTGGCCTGGGGACGGCGCa < 2:367334/96‑1 (MQ=255) ggCTGATC‑CTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGTGCCGACAACCCCTGGTGGCAAAGCCTGCTGGCCTGGGGACGGCGCAGTCCGTATGCAGAGTTCTTCGACATCCAGTGGCACTCCAGCGAc > 2:205722/1‑134 (MQ=255) ggCTGATC‑CTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGTGCCGACAACCCCTGGTGGCAAAGCCTGCTGGCCTGGGGACGGCGCAGTCCGTATGCAGAGTTCTTCGACATCCAGTGGCACTCCAGCGAc < 1:205722/134‑1 (MQ=255) | ACCTGTATGCCTCGCCCATCCTCAAGGCCCGCGCGGGCTCGCGCCATGGCTACGACGTGGTCGATCCTACCTGCGTCAACCCGGAGCTGGGCGGCGAGGCCGCGCTGGAGCGCCTGGTTGCCGCCCTGCGCCAGCATGGCATGGGGCTGATC‑CTCGACACGGTGTCCAACCACATGGCCGTAGGCGGTGCCGACAACCCCTGGTGGCAAAGCCTGCTGGCCTGGGGACGGCGCAGTCCGTATGCAGAGTTCTTCGACATCCAGTGGCACTCCAGCGAC > NC_002947/4570284‑4570561 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |