Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,775,005 | C→A | 13.8% | R1436L (CGC→CTC) | pvdD ← | non‑ribosomal peptide synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,775,005 | 0 | C | A | 13.8% | 75.6 / 2.9 | 29 | R1436L (CGC→CTC) | pvdD | non‑ribosomal peptide synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (12/13); new base A (2/2); total (14/15) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.57e-01 |
TCCAGCGCCAGGTCGAACTGGGTGCTGTGCACCTGCCAGTCGACGGCCTCGATCTGCAGCCCCGGCACTTCCCGTGGCGCGCCTTTGGCCTCGGCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAGCGGGTTTTGGTTGAGGATGCGGTCCGGTTTCAAGGCGGCGACCAACTGTTCGAACGGCAGGTCCTGATGGGCCTGGGCATCCAGCGCGGTCTGGCGCACCTGGCGCAGCAGCTCGACGAAACGCAGGCGCAGGTGAAACTCGGCCTTGTGCACCTGGGTATTGA > NC_002947/4774864‑4775149 | tCCAGCGCCAGGTCGAACTGGGTGCTGTGCACCTGCCAGTCGACGGCCTCGATCTGCAGCCCCGGCACTTCCCGTGGCGCGCCTTTGGCCTCGGCCTGCGGTTGGAACATCACCTGGAACAGCGGGTTTTGGTTGAGGATGCGGTCCGGt > 1:492547/1‑150 (MQ=255) gAACTGGGTGCTGTGCACCTGCCAGTCGACGGCCTCGATCTGCAGCCCCGGCACTTCCCGTGGCGCGCCTTTGGCCTCGGCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAGCGGGTTTTGGTTGAGGATGCGGTCCGGTTTCAAGGCGGCGAc < 2:300226/150‑1 (MQ=255) gTGCTGTGCACCTGCCAGTCGACGGCCTCGATCTGCAGCCCCGGCACTTCCCGTGGCGCGCCTTTGGCCTCGGCCTTGAGTTTGAACATCACCTGGAACAGCGGGTTTTGGTTGAGTATGCGGTCCGGTTTCAAGGCGGCGACCAACTGt < 2:233092/150‑1 (MQ=255) tGCTGTGCACCTGCCAGTCGACGGCCTCGATCTGCAGCCCCGGCACTTCCCGTGGCGCGCCTTTGGCCTCGGCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAGCGGGTTTTGGTTGAGGATGCGGTCCGGTTTCAAGGCGGCGACCAACTGtt < 2:357662/150‑1 (MQ=255) cTCGATCTGCAGCCCCGGCACTTCCCGTGGCGCGCCTTTGGCCTCGGCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAGCGGGTTTTGGTTGAGGATGCGGTCCGGTTTCAAGGCGGCGACCAACTGTTCGAACGGCAGGTCCTGATGGGCCTg > 1:123518/1‑150 (MQ=255) cTCGATCTGCAGCCCCGGCACTTCCCGTGGCGCGCCTTTGGCCTCGGCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAGCGGGTTTTGGTTGAGGATGCGGTCCGGTTTCAAGGCGGCGACCAACTGTTCGAACGGCAGGTCCTGATGGGCCTg > 1:252095/1‑150 (MQ=255) tCTGCAGCCCCGGCACTTCCCGTGGCGCGCCTTTGGCCTCGGCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAGCGGGTTTTGGTTGAGGATGAGGTCCGGTTTCAAGGCGGCGACCAACTGTTCGAACGGCAGGTCCTGATGGGCCTgg < 1:82348/146‑1 (MQ=255) tCTGCAGCCCCGGCACTTCCCGTGGCGCGCCTTTGGCCTCGGCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAGCGGGTTTTGGTTGAGGATGAGGTCCGGTTTCAAGGCGGCGACCAACTGTTCGAACGGCAGGTCCTGATGGGCCTgg > 2:82348/1‑146 (MQ=255) cccGGCACTTCCCGTGGCGCGCCTTTGGCCTCGGCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAGCGGGTTTTGGTTGAGGATGCGGTCCGGTTTCAAGGCGGCGACCAACTGTTCGAACGGCAGGTCCTGATGGGCCTGGGCATCCAGcgcg < 2:240791/150‑1 (MQ=255) cGGCACTTCCCGTGGCGCGCCTTTGGCCTCGGCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAGCGGGTTTTGGTTGAGGATGCGGTCCGGTTTCAAGGCGGCGACCAACTGTTCGAACGGCAGGTCCTGATGGGCCTGGGCATCCAg < 2:361124/144‑1 (MQ=255) cGGCACTTCCCGTGGCGCGCCTTTGGCCTCGGCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAGCGGGTTTTGGTTGAGGATGCGGTCCGGTTTCAAGGCGGCGACCAACTGTTCGAACGGCAGGTCCTGATGGGCCTGGGCATCCAg > 1:361124/1‑144 (MQ=255) ttCCCGTGGCGCGCCTTTGGCCTCGGCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAGCGGGTTTTGGTTGAGGATGCGGTCCGGTTTCAAGGCGGCGACCAACTGTTCGAACGGCAGGTCCTGATGGGCCTGGGCATCCAGCGCGGTCTGgcg > 2:497329/1‑150 (MQ=255) ccGTGGCGCGCCTTTGGCCTCGGCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAGCGGGTTTTGGTTGAGGATGCGGTCCGGTTTCAAGGCGGCGACCAACTGTTCGAACGGCAGGTCCTGATGGGCCTGGGCATCCAGCGCGGTCTGGCGCAc < 1:497329/150‑1 (MQ=255) cgcCTTTGGCCTCGGCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAGCGGGTTTTGGTTGAGGATGCGGTCCGGTTTCAAGGCGGCGACCAACTGTTCGAACGGCAGGTCCTGATGGGCCTGGGCATCCAGCGCGGTCTGGCGCACCTGGCgca > 1:90762/1‑150 (MQ=255) cTTTGGCCTCGGCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAGCGGGTTTTGGTTGAGGATGCGGTCCGGTTTCAAGGCGGCGACCAACTGTTCGAACGGCAGGTCCTGAt < 1:427487/108‑1 (MQ=255) cTTTGGCCTCGGCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAGCGGGTTTTGGTTGAGGATGCGGTCCGGTTTCAAGGCGGCGACCAACTGTTCGAACGGCAGGTCCTGAt > 2:427487/1‑108 (MQ=255) tttGGCCTCGGCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAGCGGGTTTTGGTTGAGGATGCGGTCCGGTTTCAAGGCGGCGACCAACTGTTCGAACGGCAGGTCCTGATGGGCCTGGGCATCCAGCGCGGTCTGGCGCa < 1:415291/137‑1 (MQ=255) tttGGCCTCGGCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAGCGGGTTTTGGTTGAGGATGCGGTCCGGTTTCAAGGCGGCGACCAACTGTTCGAACGGCAGGTCCTGATGGGCCTGGGCATCCAGCGCGGTCTGGCGCa > 2:415291/1‑137 (MQ=255) ttGGCCTCGGCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAGCGGGTTTTGGTTGAGGATGCGGTCCGGTTTCAAGGCGGCGACCAACTGTTCGAACGGCAGGTCCTGATGGGCCTGGGCATCCAGCGCGGTCTGGCGCACCTGGCGCagcagc < 2:123518/150‑1 (MQ=255) gCCTCGGCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAGCGGGTTTTGGTTGAGGATGCGGTCCGGTTTCAAGGCGGCGACCAACTGTTCGAACGGCAGGTCCTGATGGGCCTGGGCATCCAGCGCGGTCTGGCGCACCTGGCGCAGCAGCTcg > 2:412313/1‑150 (MQ=255) cTCGGCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAGCGGGTTTTGGTTGAGGATGCGGTCCGGTTTCAAGGCGGCGACCAACTGTTCGAACGGCAGGTCCTGATGGGCCTGGGCATCCAGCGCGGTCTGGCGCACCTGGCGCAGCAGCTcgac < 2:252095/150‑1 (MQ=255) cTCGGCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAGCGGGTTTTGGTTGAGGATGCGGTCCGGTTTCAAGGCGGCGACCAACTGTTCGAACGGCAGGTCCTGATGGGCCTGGGCATCCAGCGCGGTCTGGCGCACCTGGCGCAGCAGCTcgac < 2:90762/150‑1 (MQ=255) gCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAGCGGGTTTTGGTTGAGGATGCGGTCCGGTTTCAAGGCGGCGACCAACTGTTCGAACGGCAGGTCCTGATGGGCCTGGGCATTCAGCGCGGTCTGGCGCACCTGGCGCAGCAGCTCGACGaaa < 1:98183/150‑1 (MQ=255) ccTGGAACAGCGGGTTTTGGTTGAGGATGAGGTCCGGTTTCAAGGCGGCGACCAACTGTTCGAACGGCAGGTCCTGATGGGCCTGGGCATCCAGCGCGGTCTGGCGCACCTGGCGCAGCAGCTCGACGAAACGCAGGCGCAGGTGAAACt > 1:248184/1‑150 (MQ=255) gAACAGCGGGTTTTGGTTGAGGATGCGGTCCGGTTTCAAGGCGGCGACCAACTGTTCGAACGGCAGGTCCTGATGGGCCTGGGCATCCAGCGCGGTCTGGCGCACATGGCGCAGCAGCTCGACGAAACGCAGGCGCAGGTGAAACTCGGc > 2:105290/1‑150 (MQ=255) aGCGGGTTTTGGTTGAGGATGCGGTCCGGTTTCAAGGCGGCGACCAACTGTTCGAACGGCAGGTCCTGATGGGCCTGGGCATCCAGCGCGGTCTGGCGCACCTGGCGCAGCAGCTCGACGAAACGCAGGCGCAGGTGAAACTCGGCCTtg > 2:225260/1‑150 (MQ=255) gTTTTGGTTGAGGATGCGGTCCGGTTTCAAGGCGGCGACCAACTGTTCGAACGGCAGGTCCTGATGGGCCTGGGCATCCAGCGCGGTCTGGCGCACCTGGCGCAGCAGCTCGACGAAACGCAGGCGCAGGTGAAACTCGGCCTTGTGCAc < 2:411961/150‑1 (MQ=255) gTTTTGGTTGAGGATGCGGTCCGGTTTCAAGGCGGCGACCAACTGTTCGAACGGCAGGTCCTGATGGGCCTGGGCATCCAGCGCGGTCTGGCGCACCTGGCGCAGCAGCTCGACGAAACGCAGGCGCAGGTGAAACTCGGCCTTGTGCAc > 2:178301/1‑150 (MQ=255) ggATGAGGTCCGGTTTCAAGGCGGCGACCAACTGTTCGAACGGCAGGTCCTGATGGGCCTGGGCATCCAGCGCGGTCTGGCGCACCTGGCGCAGCAGCTCGACGAAACGCAGGCGCAGGTGAAACTCGGCCTTGTGCACCTGGGTATTGa < 2:248184/150‑1 (MQ=255) | TCCAGCGCCAGGTCGAACTGGGTGCTGTGCACCTGCCAGTCGACGGCCTCGATCTGCAGCCCCGGCACTTCCCGTGGCGCGCCTTTGGCCTCGGCCTGGTGGTTGAACATCACCTGGAACAGCGGGTTTTGGTTGAGGATGCGGTCCGGTTTCAAGGCGGCGACCAACTGTTCGAACGGCAGGTCCTGATGGGCCTGGGCATCCAGCGCGGTCTGGCGCACCTGGCGCAGCAGCTCGACGAAACGCAGGCGCAGGTGAAACTCGGCCTTGTGCACCTGGGTATTGA > NC_002947/4774864‑4775149 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |