Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,778,393 | G→A | 21.0% | Q307* (CAG→TAG) | pvdD ← | non‑ribosomal peptide synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,778,393 | 0 | G | A | 21.0% | 33.2 / 4.3 | 19 | Q307* (CAG→TAG) | pvdD | non‑ribosomal peptide synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (9/6); new base A (2/2); total (11/8) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CTGTTGCAGCACATCGATGAAGCGGCTGTGCAGCGCGAAGTCGGCCTTGAGTACCTGGGTGTTGACGAAGAAACCGATCAACCCTTGCACTTCACTGCGGTTACGGTTGGCGATCGGTACGCCCACGCGCACCTGGGGCTGGCCGCTGTAGCGGTGCAGCAAGGTCTGGAACGATGCCAGCAACAGCATGAACAAGGTTACACCCTGGGCATTGGCCAACGCCTTGAGCGACTGCAGCAACACGGCATCGATCTCGATGCCCACCCGCGCGCCGCGCCCGCTG > NC_002947/4778253‑4778535 | cTGTTGCAGCACATCGATGAAGCGGCTGTGCAGCGCGAAGTCGGACTAGACTACCTGGGTGTTGACGAAGAAACCGATCAACCCTTGCACTTCACTGCGGTTACGGTTGGCGATCGGTACGCCCACGCGCACCTGGGGCTGGCCGCTGTa > 2:71331/1‑150 (MQ=255) tCGATGAAGCGGCTGTGCAGCGCGAAGTCGGCCTTGAGTACCTGGGTGTTGACGAAGAAACCGATCAACCCTTGCACTTCACTGCGGTTACGGTTGGCGATCGGTACGCCCACGCGCACCTGGGGCTGGCCGCTGTAGCGGTGCAGCAAg > 2:488856/1‑150 (MQ=255) gATGAAGCGGCTGTGCAGCGCGAAGTCGGCCTTGAGTACCTGGGTGTTGACGAAGAAACCGATCAACCCTTGCACTTCACTGCGGTTACGGTTGGCGATCGGTACGCCCACGCGCACCTGGGGCTGGCCGCTGTAGCGGTGCAGCAAGGt > 1:233157/1‑150 (MQ=255) cTGTGCAGCGCGAAGTCGGCCTTGAGTACCTGGGTGTTGACGAAGAAACCGATCAACCCTTGCACTTCACTGCGGTTACGGTTGGCGATCGGTACGCCCACGCGCACCTGGGGCTGGCCGCTGTAGCGGTGCAGCAAGGTCTGGAACGAt < 1:429293/150‑1 (MQ=255) aGTCGGCCTTGAGTACCTGGGTGTTGACGAAGAAACCGATCAACCCTTGCACTTCACTGCGGTTACGGTTGGCGATCGGTACGCCCACGCGCACCTGGGGCTGGCCGCTGTAGCGGTGCAGCAAGGTCTGGAACGATGCCAGCAACAGCa < 1:488856/150‑1 (MQ=255) tCGGCCTTGAGTACCTGGGTGTTGACGAAGAAACCGATCAACCCTTGCACTTCACTGCGGTTACGGTTGGCGATCGGTACGCCCACGCGCACCTGGGGCTAGCCGCTGTAGCGGTGCAGCAAGGTCTGGAACGATGCCAGCAACAGCATg > 1:118034/1‑150 (MQ=255) tCGGCCTTGAGTACCTGGGTGTTGACGAAGAAACCGATCAACCATTGCACTTCACTGCGGTTACGGTTGGCGATCGGTACGCCCACGCGCACCTGGGGCTAGCCGCTGTAGCGGTGCAGCAAGGTCTGGAACGATGCCAGCAACAGCATg > 1:118040/1‑150 (MQ=255) tgtTGACGAAGAAACCGATCAACCCTTGCACTTCACTGCGGTTACGGTTGGCGATCGGTACGCCCACGCGCACCTGGGGCTGGCCGCTGTAGCGGTGCAGCAAGGTCTGGAACGATGCCAGCAACAGCATGAACAAGGTTACACCCTggg < 1:71331/150‑1 (MQ=255) aCGAAGAAACCGATCAACCCTTGCACTTCACTGCGGTTACGGTTGGCGATCGGTACGCCCACGCGCACCTGGGGCTGGCCGCTGTAGCGGTGCAGCAAGGTCTGGAACGATGCCAGCAACAGCATGAACAAGGTTACACCCTGGGCATTg < 2:233157/150‑1 (MQ=255) ccGATCAACCCTTGCACTTCACTGCGGTTACGGTTGGCGATCGGTACGCCCACGCGCACCTGGGGCTGGCCGCTGTAGCGGTGCAGCAAGGTCTGGAACGATGCCAGCAACAGCATGAACAAGGTTACACCCTGGGCATTGGCCAACGcc > 1:283982/1‑150 (MQ=255) tCAACCCTTGCACTTCACTGCGGTTACGGATGGCGATCGGTACGCCCACGCGCACCTGGGGCTGGCCGCTGTAGCGGTGCAGCAAGGTCTGGAACGATGCCAGCAACAGCATGAACAAGGTTACACCCTGGGCATTGGCCAACGCCTTGa > 1:142566/1‑150 (MQ=255) aaCCCTTGCACTTCACTGCGGTTACGGTTTGCGATCGGTACGCCCACGCGCACCTGGGGCTGGCCGCTGTAGCGGTGCAGCAAGGTCTGGAACGATGCCAGCAACAGCATGAACAAGGTTACACCCTGGGCATTGGCCAACGCCTTGAGc > 2:334340/1‑150 (MQ=255) cggttacggttaGCGACCGGGACTTCGACGCGCACCTGGGGCTAGCCGCTGTAGCGGTGCAGCAAGGTCTGGAACGATGCCAGCAACAGCATGAACAAGGTTACACCCTGGGCATTGGCCAACGCCTTGAGCGACTGCAGCAACACGGCa < 2:118040/150‑1 (MQ=255) cGGTTACGGTTGGCGATCGGTACGTCCACGCGCACCTGGGGCTAGCCGCTGTAGCGGTGCAGCAAGGTCTGGAACGATGCCAGCAACAGCATGAACAAGGTTACACCCTGGGCATTGGCCAACGCCTTGAGCGACTGCAGCAACACGGCa < 2:118034/150‑1 (MQ=255) ccACGCGCACCTGGGGCTGGCCGCTGTAGCGGTGCAGCAAGGTCTGGAACGATGCCAGCAACAGCATGAACAAGGTTACACCCTGGGCATTGGCCAACGCCTTGAGc < 1:460690/107‑1 (MQ=255) ccACGCGCACCTGGGGCTGGCCGCTGTAGCGGTGCAGCAAGGTCTGGAACGATGCCAGCAACAGCATGAACAAGGTTACACCCTGGGCATTGGCCAACGCCTTGAGc > 2:460690/1‑107 (MQ=255) tGGGGCTGGCCGCTGTAGCGGTGCAGCAAGGTCTGGAACGATGCCAGCAACAGCATGAACAAGGTTACACCCTGGGCATTGGCCAACGCCTTGAGCGACTGCAGCAACACGGCATCGATCTCGATGCCCACCCGCGCGCCGCGCCCGCTg > 1:162143/1‑150 (MQ=255) tGGCCGCTGTAGCAGTGCAGCAAGGTCTGGAACGATGCCAGCAACAGCATGAACAAGGTTACACCCTGGGCATTGGCCAACGCCTTGAGCGa < 1:499508/92‑1 (MQ=255) tGGCCGCTGTAGCAGTGCAGCAAGGTCTGGAACGATGCCAGCAACAGCATGAACAAGGTTACACCCTGGGCATTGGCCAACGCCTTGAGCGa > 2:499508/1‑92 (MQ=255) | CTGTTGCAGCACATCGATGAAGCGGCTGTGCAGCGCGAAGTCGGCCTTGAGTACCTGGGTGTTGACGAAGAAACCGATCAACCCTTGCACTTCACTGCGGTTACGGTTGGCGATCGGTACGCCCACGCGCACCTGGGGCTGGCCGCTGTAGCGGTGCAGCAAGGTCTGGAACGATGCCAGCAACAGCATGAACAAGGTTACACCCTGGGCATTGGCCAACGCCTTGAGCGACTGCAGCAACACGGCATCGATCTCGATGCCCACCCGCGCGCCGCGCCCGCTG > NC_002947/4778253‑4778535 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |