Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,904,699 | C→G | 15.2% | L60F (TTG→TTC) | PP_4312 ← | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,904,699 | 0 | C | G | 15.2% | 77.5 / 9.7 | 33 | L60F (TTG→TTC) | PP_4312 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (16/12); new base G (3/2); total (19/14) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.16e-01 |
GCTGTAGCTTTCGTCCCGGCTGCCTTCCTCGACATGCCGCGTGGGGTTGGCGGCAAACACGTAGTCGGCCTTGCCAAAGCGCTCGGGCAGTACACTGGCCAGGTCCAGCGCACGGTTGAGACCTTGGCAGTTCAACTGCCCGAGCCCTTCGCCCGGCTTCTCGCCATGACGCAGAAACACCAGGGTCTGGGTGCCATCCACCGGTTGTGCCCGGCTTTCGACAGCCTCCAGCGCCAACGGCGCGGCGATGGCAGTGAGCACCAGGCTCAGCAGCAAGTGAC > NC_002947/4904567‑4904847 | gctgtagctTTCGTCCCGGCTGCCTTCCTCGACATGCCGCGTGGGGTTGGCGGCAAACACGTAGTCGGCCTTGCCAAAGCGCTCGGGCAGTACACTGGCCAGGTCCAGCGCACGGTTGAGACCTTGGCAGTTCAACTGCCCGAGCCCTTc < 1:224326/150‑1 (MQ=255) ctTTCGTCCCGGCTGCCTTCCTCGACATGCCGCGTGGGGTTGGCGGCAAACACGTAGTAGGCCTTGCCAAAGCGCTCGGGCAGTACACTGGCCAGGTCCAGCGCACGGTTGAGACCTTGGCAGTTCAACTGCCCGAGCCCTTCGCCCGGc < 1:319601/150‑1 (MQ=255) tttCGTCCCGGCTGCCTTCCTCGACATGCCGCGTGGGGTTGGCGGCAAACACGTAGTCGGCCTTGCCAAAGCGCTCGGGCAGTACACTGGCCAGGTCCAGCGCACGGTTGAGACCTTGGCAGTTCAACTGCCCGAGCCCTTCGCCCGGCt > 1:437014/1‑150 (MQ=255) tttCGTCCCGGCTGCCTTCCTCGACATGCCGCGTGGGGTTGGCGGCAAACACGTAGTCGGCCTTGCCAAAGCGCTCGGGCAGTACACTGGCCAGGTCCAGCGCACGGTTGAGACCTTGGCAGTTCAACTGCCCGAGCCCTTCGCCCGGCt < 1:459731/150‑1 (MQ=255) tCCCGGCTGCCTTCCTCGACATGCCGCGTGGGGTTGGCGGCAAACACGTAGTCGGCCTTGCCAAAGCGCTCGGGCAGTACACTGGCCAGGTCCAGCGCACGGTTGAGACCTTGGCAGTTCAACTGCCCGAGCCCTTCGCCCGGCTTCTCg > 2:279664/1‑150 (MQ=255) cTTCCTCGACATGCCGCGTGGGGTTGGCGGCAAACACGTAGTCGGCCTTGCCAAAGCGCTCGGGCAGTACACTGGCCAGGTCCAGCGCACGGTTGAGACCTTGGCAGTTGAACTGccaag > 2:357094/1‑117 (MQ=255) cTTCCTCGACATGCCGCGTGGGGTTGGCGGCAAACACGTAGTCGGCCTTGCCAAAGCGCTCGGGCAGTACACTGGCCAGGTCCAGCGCACGGTTGAGACCTTGGCAGTTGAACTGccaag > 2:357021/1‑117 (MQ=255) cTTCCTCGACATGCCGCGTGGGGTTGGCGGCAAACACGTAGTCGGCCTTGCCAAAGCGCTCGGGCAGTACACTGGCCAGGTCCAGCGCACGGTTGAGACCTTGGCAGTTGAACTGccaag < 1:357021/120‑4 (MQ=255) cTTCCTCGACATGCCGCGTGGGGTTGGCGGCAAACACGTAGTCGGCCTTGCCAAAGCGCTCGGGCAGTACACTGGCCAGGTCCAGCGCACGGTTGAGACCTTGGCAGTTGAACTGccaag < 1:357094/120‑4 (MQ=255) cTTCCTCGACATGCCGCGTGGGGTTGGCGGCAAACACGTAGTCGGCCTTGCCAAAGCGCTCGGGCAGTACACTGGCCAGGTCCAGCGCACGGTTGAGACCTTGGCAGTTCAACTGCCCGAGCCCTTCTCCCGGCTTCTCGACCTGACGCa > 2:97561/1‑150 (MQ=255) ttCCTCGACATGCCGCGTGGGGTTGGCGGCAAACACGTAGTCGGCCTTGCCAAAGCGCTCGGGCAGTACACTGGCCAGGTCCAGCGCACGGTTGAGACCTTGGCAGTTCAACTGCCCGAGCCCTTCGCCCGGCTTCTCGCCATGACGCAg > 1:102278/1‑150 (MQ=255) ccGCGTGGGGTTGGCGGCAAACACGTAGTCGGCCTTGCCAAAGCGCTCGGGCAGTACACTGGCCAGGTCCAGCGCACGGTTGAGACCTTGGCAGTTCAACTGCCCGAGCCCTTCGCCCGGCTTCTCGCCATGACGCAGAAACACCAGGGt > 2:277443/1‑150 (MQ=255) ccTTGCCAAAGCGCTCGGGCAGTACACTGGCCAGGTCCAGCGCACGGTTGAGACCTTGGCAGTTCAACTGCCCGAGCCCTTCGCCCGGc < 2:348160/89‑1 (MQ=255) ccTTGCCAAAGCGCTCGGGCAGTACACTGGCCAGGTCCAGCGCACGGTTGAGACCTTGGCAGTTCAACTGCCCGAGCCCTTCGCCCGGc > 1:348160/1‑89 (MQ=255) ccTTGCCAAAGCGCTCGGGCAGTACACTGGCCAGGTCCAGCGCACGGTTGAGACCTTGGCAGTTCAACTGCCCGAGCCCTTCGCCCGGCTTCTCGCCATGACGCAGAAACACCAGGGTCTGGGTGCCATCCACCGGTTGTGCCCGGCttt > 2:160964/1‑150 (MQ=255) aaaGCGCTCGGGCAGTACACTGGCCAGGTCCAGCGCACGGTTGAGACCTTGGCAGTTCAACTGCCCGAGCCCTTCGCCCGGCTTCTCGCCATGACGCAGAAACACCAGGGTCTGGGTGCCATCCACCGGTTGTGCCCGGCTTTCGACAGc > 2:56159/1‑150 (MQ=255) 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aCCTTGGCAGTTCAACTGCCCGAGCCCTTCGCCCGGCTTCTCGCCATGACGCAGAAACACCAGGGTCTGGGTGCCATCCACCGGTTGTGCCCGGCTTTCGACAGCCTCCAGCGCCAACGGCGCGGCGATGGCAGTGAGCACCAg < 2:445501/144‑1 (MQ=255) ctcgggCAGTTGAACTGCCCGAGCCCTTCGCCCGGCTTCTCGGCATGACGCAGAAAAACGAGGGTCTGGGTGCCATCCACCGGCTGTGCCGGGCTTTCGGCAGCCTCCAGCGCCATCAGCGCGGAGATGGCAGTGAGCAACAGGCTcagc > 2:223728/5‑150 (MQ=255) cTTGGCAGTTCAACTGCCCGAGCCCTTCGCCCGGCTTCTCGCCATGACGCAGAAACACCAGGGTCTGGGTGCCATCCACCGGTTGTGCCCGGCTTTCGACAGCCTCCAGCGCCAACGGCGCGGCGATGGCAGTGAGCACCAGGCTcagca > 1:276994/1‑150 (MQ=255) ttCAACTGCCCGAGCCCTTCGCCCGGCTTCTCGCCATGACGCAGAAACACCAGGGTCTGGGTGCCATCCACCGGTTGTGCCCGGCTTTCAACAGCCTCCAGCGCCAACGGCGCGGCGATGGCAGTGAGCACCAGGCTCAGCAGCAAGTga > 2:502233/1‑150 (MQ=255) tCAACTGCCCGAGCCCTTCGCCCGGCTTCTCGCCATGACGCAGAAATACCAGGGTCTGGGTGCCAGCCACCGGTTGTGCCCGGCTTTCGACAGCCTCCAGCGCCAACGGCGCGGCGATGGCAGTGAGCACCAGGCTCAGCAGCAAGTgac < 2:68084/150‑1 (MQ=255) | GCTGTAGCTTTCGTCCCGGCTGCCTTCCTCGACATGCCGCGTGGGGTTGGCGGCAAACACGTAGTCGGCCTTGCCAAAGCGCTCGGGCAGTACACTGGCCAGGTCCAGCGCACGGTTGAGACCTTGGCAGTTCAACTGCCCGAGCCCTTCGCCCGGCTTCTCGCCATGACGCAGAAACACCAGGGTCTGGGTGCCATCCACCGGTTGTGCCCGGCTTTCGACAGCCTCCAGCGCCAACGGCGCGGCGATGGCAGTGAGCACCAGGCTCAGCAGCAAGTGAC > NC_002947/4904567‑4904847 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |