| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 539,720 | C→T | 26.7% | R699C (CGT→TGT) | rpoB → | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 539,720 | 0 | C | T | 26.7% | 16.7 / 4.9 | 15 | R699C (CGT→TGT) | rpoB | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (5/6); new base T (2/2); total (7/8) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.24e-01 | |||||||||||
ACGTCACCCTGATGGACGTTTCGCCGAAGCAGGTTGTTTCCGTTGCAGCGTCGCTGATTCCGTTCCTCGAGCACGACGACGCCAACCGTGCGTTGATGGGTTCGAACATGCAGCGTCAGGCTGTACCGACCCTGCGTGCCGACAAGCCGCTGG‑TAGGTACCGGCATGGAGCGCAACGTTGCCCGTGACTCCGGTGTCTGCGTGGTTGCTCGCCGCGGTGGTGTGATCGACTCGGTCGACGCCAGCCGTATCGTTGTTCGCGTTGCC > NC_002947/539586‑539851 | aCGTCACCCTGATGGACGTTTCGCCGAAGCAGGTTGTTTCCGTTGCAGCGTCGCTGATTCCGTTCCTCGAGCACGACGACGCCAACCGTGCGTTGATGGGTTCGAACATGCAGCGTCAGGCTGTACCGACCCTGCGTGCCGACAAGCCGc < 2:96450/150‑1 (MQ=255) cGTTTCGCCGAAGCAGGTTGTTTCCGTTGCAGTGTCGCGGATCCCGTTCCTCGAGCACGACGACGCCAACCGTGCGTTGATGGGTTCGAACATGCAGCGTCAGGCTGTACCGACCCTGCGTGCCGACAAGCCGCTGG‑TAGGTACCGGCAt < 2:40885/150‑1 (MQ=255) cGTTTCGCCGAAGCAGGTTGTTTCCGTTGCAGCGTCGCTGATTCCGTTCCTCGAGCACGACGACGCCAACCGTGCGTTGATGGGTTCGAACATGCAGCGTCAGGCTGTACCGACCCTGCGTGCCGACAAGCCGCTGG‑TAGGTACCGGCAt < 1:30195/150‑1 (MQ=255) cGTTCCTCGAGCACGACGACGCCAACCGTGCGTTGATGGGTTCGAACATGCAGCGTCAGGCTGTACCGACCCTGTGTGCCGACAAGCCGCTGG‑TGGATGGAAGCAGGTAGAGCAACGTTGCCCGTGACTCCGGTGTCTGCGTGGTTGCTc > 2:395401/1‑150 (MQ=255) cGTTCCTCGAGCACGACGACGCCAACCGTGCGTTGATGGGTTCGAACATGCAGCGTCAGGCTGTACCGACCCTGTGTGCCGACAAGCCGCCGGACAGCAAAAGGGGT‑GAGCGCAACGTTGCCCGTGACTCCGGTGTCTGCGTGGTTGCTc > 2:395293/1‑150 (MQ=255) cACGACGACGCCAACCGTGCGTTGATGGGTTCGAACATGCAGCGTCAGGCTGTACCGACCCTGCGTGCCGACAAGCCGCTGG‑TAGGTACCGGCATGGAGCGCAACGTTGCCCGTGACTCCGGTGTCTGCGTGGTTGCTCGCCGCggtggt < 1:299435/150‑1 (MQ=255) cgacgCCAACCGTGCGTTGATGGGTTCGAACATGCAGCGTCAGGCTGTACCGACCCTGTGTGCCGACAAGCCGCTGG‑TAGGTACCGGCATGGAGCGCAACGTTGCCCGTGACTCCGGTGCAAACTTGGTTGCTCGCCGCGGTGGTGTGAt < 1:395293/150‑1 (MQ=255) cgacgCCAACCGTGCGTTGATGGGTTCGAACATGCAGCGTCAGGCTGTACCGACCCTGTGTGCCGACAAGCCGCTGG‑TAGGTACCGGCATGGAGCGCAACGTTGCCCGTGACTCCGGTCGGTACGTTGTTGCTCGCCGCGGTGGTGTGAt < 1:395401/150‑1 (MQ=255) aaCCGTGCGTTGATGGGTTCGAACATGCAGCGTCAGGCTGTACCGACCCTGCGTGCCGACAAGCCGCTGG‑TAGGTACCGGCATGGAGCGCAACGTTGCCCGTGACTCCGGTGTCTGCGTGGTTGCTCGCCGCGGTGGTGTGATCGACTCg > 2:409553/1‑150 (MQ=255) gTTCGAACATGCAGCGTCAGGCTGTACCGACCCTGCGTGCCGACAAGCCGCTGG‑TAGGTACCGGCATGGAGCGCAACGTTGCCCGTGACTCCGGTGTCTGCGTGGTTGCTCGCCGCGGTGGTGTGATCGACTCGGTCGACGCCAGCCGTa > 1:304566/1‑150 (MQ=255) gTTCGAACATGCAGCGTCAGGCTGTACCGACCCGGCGTGCCGACAAGCCGCTGG‑TAGGTACCGGCATGGAGCGCAACGTTGCCCGTGACTCCGGTGTCTGCGTGGTTGCTCGCCGCGGTGGTGTGATCGACTCGGTCGACGCCAGCCGTa > 2:104124/1‑150 (MQ=255) gAACATGCAGCGTCAGGCTGTACCGACCCTGCGTGCCGACAAGCCGCTGG‑TAGGTACCGGCATGGAGCGCAACGTTGCCCGTGACTCCGGTGTCTGCGTGGTTGCTCGCCGCGGTGGTGTGATCGACTCGGTCGACGCCAGCCGTATCgt > 1:405719/1‑150 (MQ=255) cAGGCTGTACCGACCCTGCGTGCCGACAAGCCGCTGG‑TAGGTACCGGCATGGAGCGCAACGTTGCCCGTGACTCCGGTGTCTGCGTGGTTGCTCGCCGCGGTGGTGTGATCGACTCGGTCGACGCCAGCCGTATCGTTGTTCGCGTTGcc < 2:304566/150‑1 (MQ=255) ggCTGTACCGACCCTGCGTGCCGACAAGCCGCTGG‑TAGGTACCGGCATGGAGCGCAACGTTGCCCGTGACTCCGGTGTCTGCGTGGTTGCTCGCCGCGGTGGTGTGATCGACTCGGTCGACGCCAGCCGTATCGTTGTTCGCGTTGc < 1:334779/147‑1 (MQ=255) ggCTGTACCGACCCTGCGTGCCGACAAGCCGCTGG‑TAGGTACCGGCATGGAGCGCAACGTTGCCCGTGACTCCGGTGTCTGCGTGGTTGCTCGCCGCGGTGGTGTGATCGACTCGGTCGACGCCAGCCGTATCGTTGTTCGCGTTGc > 2:334779/1‑147 (MQ=255) | ACGTCACCCTGATGGACGTTTCGCCGAAGCAGGTTGTTTCCGTTGCAGCGTCGCTGATTCCGTTCCTCGAGCACGACGACGCCAACCGTGCGTTGATGGGTTCGAACATGCAGCGTCAGGCTGTACCGACCCTGCGTGCCGACAAGCCGCTGG‑TAGGTACCGGCATGGAGCGCAACGTTGCCCGTGACTCCGGTGTCTGCGTGGTTGCTCGCCGCGGTGGTGTGATCGACTCGGTCGACGCCAGCCGTATCGTTGTTCGCGTTGCC > NC_002947/539586‑539851 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |