| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,651,560 | C→A | 19.1% | E321* (GAA→TAA) | fba ← | fructose‑bisphosphate aldolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,651,560 | 0 | C | A | 19.1% | 40.4 / 3.9 | 21 | E321* (GAA→TAA) | fba | fructose‑bisphosphate aldolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (10/7); new base A (2/2); total (12/9) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.30e-01 | |||||||||||
TAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAACGCGCGATGCACACGTCGCGCATGGCCTTGATGGTTTCACCGAAGAACTTGCGTGGGTCGAACTCGCTCGGGTTCTGCGCCATCAGACGGCGCATGGCACCGGTAGAGGCCAGACGCAGGTCGGTATCGATGTTGACCTTGCGC > NC_002947/5651411‑5651708 | tAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTc > 1:403368/1‑150 (MQ=255) aaaaCCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTaa < 2:272950/150‑1 (MQ=255) cATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAACGCGCGAt < 2:403368/150‑1 (MQ=255) tCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTc > 1:180044/1‑109 (MQ=255) tCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTc < 2:180044/109‑1 (MQ=255) aTCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCCGGTACATGCCTTAGCCGGAGATCGGCTTGGTCTTGGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAACGCGCGATGCACACGTCGCGCATGGCCTTGATGGTTTCAc > 1:317237/1‑150 (MQ=255) aGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAACGCGCGATGCACACGTCGCGCATGGCCTTGATGGTTTCACCga > 2:493261/1‑150 (MQ=255) gACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAACGCGCGATGCACACGTCGCGCATGGCCTTGATGGTTTCACCgaagaa < 2:468323/150‑1 (MQ=255) aCCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAACGCGCGa > 1:110525/1‑109 (MQ=255) aCCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAACGCGCGa < 2:110525/109‑1 (MQ=255) tcggcCAGTTCCTCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAACGCGCGATGCACACGTCGCGCATGGCCTTGATGGTTTCACCGAAGAACTTGCGt < 1:105411/149‑1 (MQ=255) gcTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAACGCGCGATGCACACGTCGCGCATGGCCTTGATGGTTTCACCGAAGAACTTGCGTGGGTCGAACTCGCTCGGGTTCTgcg > 2:408588/1‑150 (MQ=255) gTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGGATTGCCCGCGGTTCCGAAGGCTTCGTAACGCGCGATGCACACGTCGCGCATGTCCTTGATGGTTTCACCGAAGAACTTGCGTGGGTCGAACTCGCTCGGGTTCTGCGCCAt > 1:191936/1‑150 (MQ=255) agagagATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAACGCGCGATGCACACGTCGCGCATGGCCTTGATGGTTTCACCGAAGAACTTGCGTGGGTCGAACTCGCTCGGGTTCTGCGCCATCAGACGGCGCATg > 2:278996/1‑150 (MQ=255) tCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCAGAGGTGCCGAAGGCTTCGTAACGCGCGATGCACACGTCGCGCATGGCCTTGATGGTTTAACCGAAGAACTTGCGTGGGTCGAACTCGCTCGGGTTCTGCGCCATCAGACGGCGCATGGCACCgg > 2:358749/1‑150 (MQ=255) gCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAACGCGCGATGCACACGTCGCGCATGGCCTTGATGGTTTCACCGAAGAACTTGCGTGGGTCGAACTCGCTCGGGTTCTGCGCCATCAGACGGCGCATGGCACCGGTag > 1:125135/1‑150 (MQ=255) ttCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTAGTAACGCGCGATGCACACGTCGCGCATGGCCTTGATGGTTTCACCGAAGAACTTGCGTGGGTCGAACTCGCTCGGGTTCTGCGCCATCAGAc < 1:5778/124‑1 (MQ=255) ttCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTAGTAACGCGCGATGCACACGTCGCGCATGGCCTTGATGGTTTCACCGAAGAACTTGCGTGGGTCGAACTCGCTCGGGTTCTGCGCCATCAGAc < 1:5976/124‑1 (MQ=255) ttCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTAGTAACGCGCGATGCACACGTCGCGCATGGCCTTGATGGTTTCACCGAAGAACTTGCGTGGGTCGAACTCGCTCGGGTTCTGCGCCATCAGAc > 2:5778/1‑124 (MQ=255) ttCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTAGTAACGCGCGATGCACACGTCGCGCATGGCCTTGATGGTTTCACCGAAGAACTTGCGTGGGTCGAACTCGCTCGGGTTCTGCGCCATCAGAc > 2:5976/1‑124 (MQ=255) cccGCGGTGCCGACGGCTTCGTAACGCGCGATGCACACGTCGCGCATGGCCTTGATGGTTTCACCGAAGAACTTGCGTGGGTCGAACTCGCTCGGGTTCTGCNCCATCAGACGGCGCATGGCACCGGTAGAGGCCAGACGCAGGTCGGTa < 1:215084/150‑1 (MQ=255) ccGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAACGCGCGATGCACACGTCGCGCATGGCCTTGATGGTTTCACCGAAGAACTTGCGTGGGTCGAACTCGCTCGGGTTCTGCGCCATCAGACGGCGCATGGCACCGGTAGAGGCCAGACGCAGGTCGGTAt > 1:452513/1‑150 (MQ=255) cTTCGTAACGCGCGATGCACACGTCGCGCATGGCCTTGATGGTTTCACCGAAGAACTTGCGTGGGTCGAACTCGCTCGGGTTCTGCGCCATCAGACGGCGCATGGCACCGGTAGAGGCCAGACGCAGGTCGGTATCGATGTTGACCTTgc > 1:141853/1‑150 (MQ=255) tCGTAACGCGCGATGCACACGTCGCGCATGGCCTTGATGGTTTCACCGAAGAACTTGCGTGGGTCGAACTCGCTCGGGTTCTGCGCCATCAGACGGCGCATGGCACCGGTAGAGGCCAGACGCAGGTCGGTATCGATGTTGACCTTgcgc < 2:125135/150‑1 (MQ=255) | TAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAACGCGCGATGCACACGTCGCGCATGGCCTTGATGGTTTCACCGAAGAACTTGCGTGGGTCGAACTCGCTCGGGTTCTGCGCCATCAGACGGCGCATGGCACCGGTAGAGGCCAGACGCAGGTCGGTATCGATGTTGACCTTGCGC > NC_002947/5651411‑5651708 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |