Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 6,071,939 | C→G | 18.7% | L214F (TTG→TTC) | pstB‑II ← | phosphate ABC transporter ATP‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 6,071,939 | 0 | C | G | 18.7% | 60.9 / 7.5 | 26 | L214F (TTG→TTC) | pstB‑II | phosphate ABC transporter ATP‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (13/8); new base G (2/3); total (15/11) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.20e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GGTATCGGTATCCCCGAATTCGACCAGTTTGCCCATGTACATGAACGCGGTGTAATCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGACTCGTGCAGGCGGTCCTTGACCTCGTC > NC_002947/6071795‑6072088 | ggtatcggtatcCCCGAATTCGACCAGTTTGCCCATGTACATTAACGCGGTGTAATCCCAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTC‑TCGACCTTGAAGGTc < 1:46713/150‑1 (MQ=255) gtatcCCCGAATTCGACCAGTTTGCCCATGTACATGAACGCGGTGTAATCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTGAAGGTCgaagaa < 2:201100/150‑5 (MQ=255) ccGAATTCGACCAGTTTGCCCATGTACATGAACGCGGTGTAATCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTcc > 2:289996/1‑150 (MQ=255) 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2:301500/1‑150 (MQ=255) gTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGa < 1:102572/144‑1 (MQ=255) gTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGa > 2:102572/1‑144 (MQ=255) gatgacgatgGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGctgctgctg < 1:223802/150‑1 (MQ=255) gtgtACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACgctgctgct < 1:197636/139‑1 (MQ=255) gtgtACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACgctgctgct > 2:197636/1‑139 (MQ=255) 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ttcttcGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGACTCGTGCAGGCGGTc > 2:292450/1‑150 (MQ=255) ttcttcGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGACTCGTGCAGGCGGTc > 2:484952/1‑150 (MQ=255) tctcGACCTTGAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATg < 2:200259/78‑1 (MQ=255) tctcGACCTTGAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATg > 1:200259/3‑80 (MQ=255) ttcGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGACTCGTGCAGGCGGTCCtt > 2:449231/1‑150 (MQ=255) gACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGACTCGTGCAGGCGGTCCTTGAc < 1:289996/150‑1 (MQ=255) cAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGACTCGTGCAGGCGGTCCTTGACCTCGTc < 2:38318/150‑1 (MQ=255) | GGTATCGGTATCCCCGAATTCGACCAGTTTGCCCATGTACATGAACGCGGTGTAATCCGAAACACGCGCCGCTTGCTGCATGTTGTGGGTCACGATGACGATGGTGTACTTGGATTTCAATTCATAGATCAGTTCTTCGACCTTCAAGGTCGAGATCGGGTCCAGCGCCGAGCACGGTTCGTCAAGCAGCAGCACCTCCGGCTCCACGGCAATGGTGCGGGCGATGACCAGACGCTGCTGCTGGCCACCGGACAGGCCCAGCGCCGACTCGTGCAGGCGGTCCTTGACCTCGTC > NC_002947/6071795‑6072088 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |