| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,125,923 | A→C | 19.5% | Q221P (CAG→CCG) | PP_5374 → | choline/carnitine/betaine transporter family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,125,923 | 0 | A | C | 19.5% | 64.0 / 15.6 | 36 | Q221P (CAG→CCG) | PP_5374 | choline/carnitine/betaine transporter family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (15/14); new base C (4/3); total (19/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.32e-01 | |||||||||||
GATCCTTTACCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTT‑GATCGTGCTCATTACCCTCGTTACTACCGTATCGGTGATGGCCGGCGTGTCGCGTGGCATGAAGCGCCTTTCGGAATGGAATATGCTGTTGTCGGTGGTGCTGGTG > NC_002947/6125783‑6126071 | gATCCTTTACCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGa > 2:385323/1‑150 (MQ=255)gATCCTTTACCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTCGACATCCTTGCCGTGGTGATTAGCGCATTTGGTGTATTCCAGTCGCTGGGGCTGGGCGTCGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGa < 2:171232/150‑1 (MQ=255) ccGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCTGGCTCAGCCCGGTGttcatt > 1:153491/1‑137 (MQ=255) ccGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCTGGCTCAGCCCGGTGttcatt < 2:153491/141‑5 (MQ=255) aTTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGACTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTg < 2:240860/150‑1 (MQ=255) ggTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTgggg > 2:139176/1‑150 (MQ=255) tGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGt < 2:328033/150‑1 (MQ=255) tATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCAcc < 2:150817/150‑1 (MQ=255) gACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGGCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATAATCTTAGATCggaaga > 2:97252/1‑145 (MQ=255) 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ccGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAgg < 1:485590/78‑1 (MQ=255) cgcgTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCt < 2:282548/104‑1 (MQ=255) cgcgTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCt > 1:282548/1‑104 (MQ=255) gcgTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTT‑GATCGTGCTCATTACCCTCGTTACTACCGTATCGGTGATGGCCGGc < 1:385323/150‑1 (MQ=255) ccAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTT‑GATCGTGCTCATTACCCTCGt > 1:292748/1‑111 (MQ=255) ccAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTT‑GATCGTGCTCATTACCCTCGt < 2:292748/111‑1 (MQ=255) cAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTg < 2:416162/78‑1 (MQ=255) cAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTg > 1:416162/1‑78 (MQ=255) cAGTCGCTGGACCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTgggg < 1:58617/75‑1 (MQ=255) cAGTCGCTGGACCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTgggg > 2:58617/1‑75 (MQ=255) gcctgggcGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTT‑GATCGTGCTCATTACCCTCGTtacta < 1:447837/105‑1 (MQ=255) gcctgggcGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTT‑GATCGTGCTCATTACCCTCGTtacta > 2:447837/1‑105 (MQ=255) gtcaaaCACCTGGCTCAGCCCGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTT‑GATCGTGCTCATTACCCTCGTTACTACCGTATCGGTGATGGCCGGCgtgt > 2:303473/5‑113 (MQ=255) gtcaaaCACCTGGCTCAGCCCGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTT‑GATCGTGCTCATTACCCTCGTTACTACCGTATCGGTGATGGCCGGCgtgt < 1:303473/109‑1 (MQ=255) gAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTT‑GATCGTGCTCATTACCCTCGTTACTACCGTATCGGTGATGGCCGGCGTGTCGCGTGGCATGAAGCGCCTTTCGGAATGGAATATGCtgtt > 2:76952/1‑150 (MQ=255) aaCACCTGGCTCAGCCCGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTT‑GATCGTGCTCATTACCCTCGTTACTACCGTATCGGTGATGGCCGGCGTGTCGCGTGGCATGAAGCGCCTTTCGGAATGGAATATGCtgttg > 2:180137/1‑150 (MQ=255) cacCTGGCTCAGCCCGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTT‑Ga > 2:295655/1‑59 (MQ=37) cacCTGGCTCAGCCCGGTGTTTGACCGGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTT‑Ga < 1:295655/59‑1 (MQ=25) cGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTT‑GATCGTGCTCATTACCCTCGTTACTACCGTATCGGTGATGGCCGGCGTGTCGCGTGGCATGaa > 1:418813/1‑117 (MQ=255) cGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTT‑GATCGTGCTCATTACCCTCGTTACTACCGTATCGGTGATGGCCGGCGTGTCGCGTGGCATGaa < 2:418813/117‑1 (MQ=255) cAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTT‑GATCGTGCTCATTACCCTCGTTACTACCGTATCGGTGATGGCCGGCGTGTCGCGTGGCATGAAGCGCCTTTCGGAATGGAATATGCTGTTGTAGGTGGTGCtggtg > 1:27962/1‑150 (MQ=255) | GATCCTTTACCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTT‑GATCGTGCTCATTACCCTCGTTACTACCGTATCGGTGATGGCCGGCGTGTCGCGTGGCATGAAGCGCCTTTCGGAATGGAATATGCTGTTGTCGGTGGTGCTGGTG > NC_002947/6125783‑6126071 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |