Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 937,771 | A→T | 13.2% | A2618A (GCT→GCA) | PP_0806 ← | surface adhesion protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 937,771 | 0 | A | T | 13.2% | 99.8 / 8.7 | 38 | A2618A (GCT→GCA) | PP_0806 | surface adhesion protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (16/17); new base T (3/2); total (19/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.81e-01 |
CGCTGATGCTGCTGCCATCGGCAGCGACGACCAGTTCGCTCGGGCTGGTCGGCGTGACCACCAGTGGCACGTCGTAGGTCAGCGCTTCAGAGGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCGCAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTACCGACCAGCGTGCCATTGGCATCGCGCACCTCGACGGTAGCACCGGCTTCGCCGCGACCGCCCAAGGTCAGGCCGTCGGCGCCGACGACAATGCTGCT > NC_002947/937626‑937920 | cGCTGATGCTGCTGCCATCGGCAGCGACGACCAGTTCGCTCGGGCTGGTCGGCGTGACCACCAGTGGCACGTCGTAGGTCAGCGCTTCAGAGGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCGCAGCCg > 2:275449/1‑150 (MQ=255) gCTGATGCTGCTGCCATCGGCACCGACGACCAGTTCGCTCGGGCTGGTCGGCGTGACCACCAGTGGCACGTCGTAGGTCAGCGCTTCAGAGGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCGCAGCCgg < 1:440593/150‑1 (MQ=255) gATGCTGCTGCCATCGGCAGCGACGACCAGTTCGCTCGGGCTGGTCGGCGTGACCACCAGTGGCACGTCGTAGGTCAGCGCTTCAGAGGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCGCAGCCGggtc > 1:289289/1‑150 (MQ=255) tgctgctgcCATCGGCAGCGACGACCAGTTCGCTCGGGCTGGTCGGCGTGACCACCAGTGTCACGTCGTAGGTCAGCGCTTCAGAGGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCTGCGCTGCCGggtgaa < 1:290036/150‑4 (MQ=255) tgctgctgcCATCGGCAGCGACGACCAGTTCGCTCGGGCTGGTCGGCGTGACCACCAGTGGCACGTCGTAGGTCAGCGCTTCAGAGGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCGCAGCCGggtcga < 1:342307/150‑1 (MQ=255) tgctgcCATCGGCAGCGACGACCAGTTCGCTCGGGCTGGTCGGCGTGACCACCAGTGGCACGTCGTAGGTCAGCGCTTCAGAGGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCGCAGCCGggtcgaggt > 2:355207/1‑150 (MQ=255) gctgcCATCGGCAGCGACGACCAGTTCGCTCGGGCTGGTCGGCGTGACCACCAGTGGCACGTCGTAGGTCAGCGCTTCAGAGGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCGCAGCCGggtcgaggtc < 2:497578/150‑1 (MQ=255) cATCGGCAGCGACGACCAGTTCGCTCGGGCTGGTCGGCGTGACCACCAGTGGCACGTCGTAGGTCAGCGCTTCAGAGGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCGCAGCCGGGTCGAGGTCGATCa > 2:357188/1‑150 (MQ=255) tCGGCAGCGACGACCAGTTCGCTCGGGCTGGTCGGCGTGACCACCAGTGGCACGTCGTAGGTCAGCGCTTCAGAGGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCGCAGCCGGGTCGAGGTCGATCAgg < 2:64538/150‑1 (MQ=255) cgacCAGTTCGCTCGGGCTGGTCGGCGTGACCACCAGTGGCACGTCGTAGGTCAGCGCTTCAGAGGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCGCAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGt > 2:42275/1‑150 (MQ=255) ttCGCTCGGGCTGGTCGGCGTGACCACCAGTGGCACGTCGTAGGTCAGCGCTTCAGAGGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCGCAGCCgg > 2:490679/1‑117 (MQ=255) ttCGCTCGGGCTGGTCGGCGTGACCACCAGTGGCACGTCGTAGGTCAGCGCTTCAGAGGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCGCAGCCgg < 1:490679/117‑1 (MQ=255) ttCGCTCGGGCTGGTCGGCGTGACCACCAGTGGCACGTCGTAGGTCAGCGCTTCAGAGGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCGCAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGt < 1:355207/150‑1 (MQ=255) cTCGGGCTGGTCGGCGTGACCACCAGTGGCACGTCGTAGGTCAGCGGTTCAGAGGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCGCAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACt < 1:357188/150‑1 (MQ=255) ggCTGGTCGGCGTGACCACCAGTGGCACGTCGTAGGTCAGCGCTTCAGAGGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCGCAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGc < 1:156534/150‑1 (MQ=255) tGACCACCAGTGGCACGTCGTAGGTCAGCGCTTCAGAGGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCGCAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTACCGACCa < 2:289289/150‑1 (MQ=255) caGTGGCACGTCGTAGGTCAGCGCTTCAGAGGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCGCAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTCCCGCCCAGCGTGcc > 2:165053/1‑150 (MQ=255) tGGCACGTCGTAGGTCAGCGCTTCAGAGGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCGCAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTACCGACCAGCGTGCCAtt < 1:42275/150‑1 (MQ=255) tCAGCGCTTCAGAGGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCGCAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTACCGACCAGCGTGCCATTGGCATc > 1:348286/1‑142 (MQ=255) tCAGCGCTTCAGAGGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCGCAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTACCGACCAGCGTGCCATTGGCATc < 2:348286/142‑1 (MQ=255) tCAGCGCTTCAGAGGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCGCAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGCTCCCGCAAGATCTGCCCGGACCCACCAGCGCGCCATGTGCATCGCGCACCt > 2:437618/1‑150 (MQ=255) cAGCGCTTCAGAGGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCGCAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTACCGACCAGCGTGCCATTgg < 2:211824/137‑1 (MQ=255) cAGCGCTTCAGAGGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCGCAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTACCGACCAGCGTGCCATTgg > 1:211824/1‑137 (MQ=255) cTTCAGAGGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCGCAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTACCGACCAGCGTGCCATTGGCATCGCGCACCTCGACgg < 1:463166/150‑1 (MQ=255) tGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCGCAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTACCGACCAGCGTGCCATTGGCATCGCGCACCTCGACGGTAGCACCGGCTTCGCCGCGACCGCCCAAg > 1:145952/1‑150 (MQ=255) tGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCGCAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTACCGACCAGCGTGCCATTGGCATCGCGCACCTCGACGGTAGCACCGGCTTCGCCGCGACCGCCCAAg < 1:275449/150‑1 (MQ=255) ccAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCGCAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTACCGACCAGCGTGCCATTGGCATCGCCCACCTCGACGGTAGCACCGGCTTCGCCGCGACCGCCCAAGGTCa < 1:351648/150‑1 (MQ=255) ccAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCGCAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTACCGACCAGCGTGCCATTGGCATCACGCACCTCGACGGTAGCACCGGCTTCGCCGCGACCGCCCaa < 1:304678/145‑1 (MQ=255) ccAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCGCAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTACCGACCAGCGTGCCATTGGCATCACGCACCTCGACGGTAGCACCGGCTTCGCCGCGACCGCCCaa > 2:304678/1‑145 (MQ=255) tCAGGCGTTCACCCGGCAGCGCAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTACCGACCAGCGTGCCATTGGCATCGCGCACCTCGACGGTAGCACCGGCTTCGCCGCGACCGCCCAAGGTCAGGCCGt > 2:98991/1‑150 (MQ=255) aGGCGTTCACCCGGCAGCGCAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTACCGACCAGCGTGCCATTGGCATCGCGCACCTCGACGGt > 1:80353/1‑110 (MQ=255) aGGCGTTCACCCGGCAGCGCAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTACCGACCAGCGTGCCATTGGCATCGCGCACCTCGACGGt < 2:80353/110‑1 (MQ=255) ctcgaCCCGGCTGCGCTGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTACCGACCAGCGTGCCATTGGCATCGCGCACCTCGACGGTAGCACCGGc > 2:275739/5‑115 (MQ=255) ctcgaCCCGGCTGCGCTGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTACCGACCAGCGTGCCATTGGCATCGCGCACCTCGACGGTAGCACCGGc < 1:275739/111‑1 (MQ=255) ctcgaCCCGGCTGCGCTGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTACCGACCAGCGTGCCATTGGCATCGCGCACCTCGACGGTAGCACCGGCTTCGCCGCGACCGCCCAAGGTCAGGCCGTCGgcgc > 1:77949/5‑150 (MQ=255) ctcgaCCCGGCTGCGCTGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTACCGACCAGCGTGCCATTGGCATCGCGCACCTCGACGGTAGCACCGGCTTCGCCGCGACCGCCCAAGGTCAGGCCGTCGgcgc > 1:77881/5‑150 (MQ=255) aCCCGTCAGCGCAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTATCGACCAGCGTGCCATTGGCATCGCGCACCTCGACGGTAGCACCGGCTTCGCCGCGACCGCCCAAGGTCAGGCCGTCGTCGCcgac > 2:213331/1‑150 (MQ=255) ccGGCAGCGCAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTACCGACCAGCGTGCCATTGGCATCGCGCACCTCGACGGTAGCACCGGCTTCGCCGCGACCGCCCAAGGTCAGGCCGTCGGCGCcgacga > 1:30184/1‑150 (MQ=255) agcCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTACCGACCAGCGTGCCATTGGCATCGCGCACCTCGACGGTAGCACCGGCTTCGCCGCGACCGCCCAAGGTCAGGCCGTCGGCGCCGACGACAATgctgct < 1:98991/150‑1 (MQ=255) | CGCTGATGCTGCTGCCATCGGCAGCGACGACCAGTTCGCTCGGGCTGGTCGGCGTGACCACCAGTGGCACGTCGTAGGTCAGCGCTTCAGAGGCGTTGCCGCTCGGGTCGGTCTGTACCAGGCTCAGGCGTTCACCCGGCAGCGCAGCCGGGTCGAGGTCGATCAGGAAAGTACCGTTCGCGGTCACTGTGCCGGTACCGACCAGCGTGCCATTGGCATCGCGCACCTCGACGGTAGCACCGGCTTCGCCGCGACCGCCCAAGGTCAGGCCGTCGGCGCCGACGACAATGCTGCT > NC_002947/937626‑937920 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |