| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,165,388 | A→G | 45.3% | I8T (ATC→ACC) | hexR ← | DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,165,388 | 0 | A | G | 45.3% | ‑0.1 / 36.2 | 31 | I8T (ATC→ACC) | hexR | DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (7/10); new base G (8/6); total (15/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.67e-01 | |||||||||||
GTCGGTTCGCTGACCTTGGCCGCCTGGGCCAGCGCAGCGATGCTGAAACGGGTGGCTTGTTGCGGGTTGAGCAGGATGACTTCGGCGACTTTGCGTTCGGCCTTGTTCAGCTCGTCGAGGCGGCCCTGGATCTGTTCCAGGAGGTTTCGCACGCGGTCCATGGGTGTGTCCTTGGGTCGGGAAGACAGCCGGCTGTGTGAGCAGCAGGCTTTTTGCACGGTCGTCTATCGTACTGTCGGTGCGGTTGACGTACCACTTGTCTGTAACACTTGT > NC_002947/1165259‑1165531 | gtcggtTCGCTGACCTTGGCCGCCTGGGCCAGCGCAGCGATGCTGAAACGGGTGGCTTGTTGCGGGTTGAGCAGGATGACTTCGGCGACTTTGCGTTCGGCCTTGTTCAGCTCGTCGAGGCGGCCCTGGGTCTGTTCCAGGAGGTTTCGc > 1:439188/1‑150 (MQ=255) cggtTCGCTGACCTTGGCCGCCTGGGCCAGCGCAGCGATGCTGAAACGGGTGGCTTGTTGCGGGTTGAGCAGGATGACTTCGGCGACTTTGCGTTCGGCCTTGTTCAGCTCGTCGAGGCGGCCCTGGATCTGTTCCAGGAGGTTTCGCAc < 1:223628/150‑1 (MQ=255) ttCGCTGACCTTGGCCGCCTGGGCCAGCGCAGCGATGCTGAAACGGGTGGCTTGTTGCGGGTTGAGCAGGATGACTTCGGCGACTTTGCGTTCGGCCTTGTTCAGCTCGTCGAGGCGGCCCTGGGTCTGTTCCAGGAGGTTTCGCAcgcg < 1:144506/150‑1 (MQ=255) tGACCTTGGCCGCCTGGGCCAGCGCAGCGATGCTGAAACGGGTGGCTTGTTGCGGGTTGAGCAGGATGACTTCGGCGACTTTGCGTTCGGCCTTGTTCAGCTCGTCGAGGCGGCCCTGGGTCTGTTCCAGGAGGTTTCGCACGCGGTCCa > 2:224184/1‑150 (MQ=255) aaaCGGGTGGCTTGTTGCGGGTTGAGCAGGATGACTTCGGCGACTTTGCGTTCGGCCTTGTTCAGCTCGTCGAGGCGGCCCTGGATCTGTTCCAGGAGGttt < 1:307649/102‑1 (MQ=255) aaaCGGGTGGCTTGTTGCGGGTTGAGCAGGATGACTTCGGCGACTTTGCGTTCGGCCTTGTTCAGCTCGTCGAGGCGGCCCTGGATCTGTTCCAGGAGGttt > 2:307649/1‑102 (MQ=255) aaCGGGTGGCTTGTTGCGGGTTGAGCAGGATGACTTCGGCGACTTTGCGTTCGGCCTTGTTCAGCTCGTCGAGGCGGCCCTGGGTCTGTTCCAGGAGGTTTCGCACGCGGTCCATGGGTGTGTCCTTGGGTCGGGAAGACAGCCGGCtgt < 1:224184/150‑1 (MQ=255) gTTGAGCAGGATGACTTCGGCGACTTTGCGTTCGGCCTTGTTCAGCTCGTCGAGGCGGCCCTGGATCTGTTCCAGGAGGTTTCGCACGCGGTCCATGGGTGTGTCCTTGGGTCGGGAAGa < 1:131116/120‑1 (MQ=255) gTTGAGCAGGATGACTTCGGCGACTTTGCGTTCGGCCTTGTTCAGCTCGTCGAGGCGGCCCTGGATCTGTTCCAGGAGGTTTCGCACGCGGTCCATGGGTGTGTCCTTGGGTCGGGAAGa > 2:131116/1‑120 (MQ=255) gATGACTTCGGCGACTTTGCGTTCGGCCTTGTTCAGCTCGTCGAGGCGGCCCTGGGTCTGTTCCAGGAGGTTTCGCACGCGGTCCATGGGTGTGTCCTTGGGTCGGGAAGACAGCCGGCtgtgt < 2:320034/124‑1 (MQ=255) gATGACTTCGGCGACTTTGCGTTCGGCCTTGTTCAGCTCGTCGAGGCGGCCCTGGGTCTGTTCCAGGAGGTTTCGCACGCGGTCCATGGGTGTGTCCTTGGGTCGGGAAGACAGCCGGCtgtgt > 1:320034/1‑124 (MQ=255) gATGACTTCGGCGACTTTGCGTTCGGCCTTGTTCAGCTCGTCGAGGCGGCCCTGGGTCTGTTCCAGGAGGTTTCGCACGCGGTCCATGGGTGTGTCCTTGGGTCGGGAAGACAGCCGGCTGTGTGAGCAGCAGGCTTTTTGCACGgtcgt > 1:125503/1‑150 (MQ=255) gACTTCGGCGACTTTGCGTTCGGCCTTGTTCAGCTCGTCGAGGCGGCCCTGGGTCTGTTCCAGGAGGTTTCGCACGCGGTCCATGGGTGTGTCCTTGGGTCGGGAAGACAGCCGGCTGTGTGAGCAGCAGGCTTTTTGCACGGTCGTCTa < 2:125503/150‑1 (MQ=255) cTTCGGCGACTTTGCGTTCGGCCTTGTTCAGCTCGTCGAGGCGGCCCTGGATCTGTTCCAGGAGGTTTCGCACGCGGTCCATGGGTGTGTCCtt > 1:114163/1‑94 (MQ=255) cTTCGGCGACTTTGCGTTCGGCCTTGTTCAGCTCGTCGAGGCGGCCCTGGATCTGTTCCAGGAGGTTTCGCACGCGGTCCATGGGTGTGTCCtt < 2:114163/94‑1 (MQ=255) ttCGGCGACTTTGCGTTCGGCCTTGTTCAGCTCGTCGAGGCGGCCCTGGGTCTGTTCCAGGAGGTTTCGCACGCGGTCCATGGGTGTGTCCTTGGGTCGGGAAGACAGCCGGCTGTGTGAGCAGCAGGCTTTTTGCACGgtcgt > 2:94530/1‑144 (MQ=255) ttCGGCGACTTTGCGTTCGGCCTTGTTCAGCTCGTCGAGGCGGCCCTGGGTCTGTTCCAGGAGGTTTCGCACGCGGTCCATGGGTGTGTCCTTGGGTCGGGAAGACAGCCGGCTGTGTGAGCAGCAGGCTTTTTGCACGgtcgt < 1:94530/144‑1 (MQ=255) gTTCGGCCTTGTTCAGCTCGTCGAGGCGGCCCTGGATCTGTTCCAGGAGGTTTCGCACGCGGTCCATGGGTGTGTCCTTGGGTCGGGAAGACAGCCGGCTGTGTGAGCAGCAGGCTTTTTGCACGGTCGTCTATCGTACTGTCGGTGCgg > 1:495984/1‑150 (MQ=255) ttCGGCCTTGTTCAGCTCGTCGAGGCGGCCCTGGATCTGTTCCAGGAGGTTTCGCACGCGGTCCATGGGTGTGTCCTTGGGTCGGGAAGACAGCCGGCtgtgt > 2:259107/1‑103 (MQ=255) ttCGGCCTTGTTCAGCTCGTCGAGGCGGCCCTGGATCTGTTCCAGGAGGTTTCGCACGCGGTCCATGGGTGTGTCCTTGGGTCGGGAAGACAGCCGGCtgtgt < 1:259107/103‑1 (MQ=255) tCGGCCTTGTTCAGCTCGTCGAGGCGGCCCTGGATCTGTTCCAGGAGGTTTCGCACGCGGTCCATGGGTGTGTCCTTGGGTCGGGAAGACAGCCGGCTGTGTGAGCAGCAGGCTTTTTGCACGGTCGTCTATCGTACTGTCGGTGCGGtt < 2:495984/150‑1 (MQ=255) ccTTGTTCAGCTCGTCGAGGCGGCCCTGGATCTGTTCCAGGAGGTTTCGCACGCGGTCCATGGGTGTGTCCTTGGGTCGGGAAGACAGCCGGCTGTGTGag > 1:497809/1‑101 (MQ=255) ccTTGTTCAGCTCGTCGAGGCGGCCCTGGATCTGTTCCAGGAGGTTTCGCACGCGGTCCATGGGTGTGTCCTTGGGTCGGGAAGACAGCCGGCTGTGTGag < 2:497809/101‑1 (MQ=255) cTCGTCGAGGCGGCCCTGGGTCTGTTCCAGGAGGTTTCGCACGCGGTCCATGGgt < 2:316809/55‑1 (MQ=255) cTCGTCGAGGCGGCCCTGGGTCTGTTCCAGGAGGTTTCGCACGCGGTCCATGGgt > 1:316809/1‑55 (MQ=255) tcgtcgAGGCGGCCCTGGGTCTGTTCCAGGAGGTTTCGCCCGCGGTCCATCGGCGGGTCCTTGGGTCGGGAAGACAGCCGGCTGTGTGAGCAGCAGGCTTTTTGCACGGTCGTCTATCGTACTGTCGGTGCGGTTGACGTACCACTTGTc > 1:88958/1‑150 (MQ=255) ggcggcCCTGGGTCTGTTCCAGGAGGTTTCGCACGCGGTCCATGGGTGTGTCCTTGGGTCGGGAAGACAGCCGGCTGTGTGAGCAGCAGGCTTTTTGCACGGTCGTCTATCGTACTGTCGGTGCGGTTGACGTACCACTTGTCTGTAaca > 2:135481/1‑150 (MQ=255) cccTGGATCTGTTCCAGGAGGTTTCGCACGCGGTCCATGGGTGTGTCCTTGGGTCGGGAAGACAGCCGGCTGCGCCAGCAGCAGGCTTCATACATGTTCTTTTATCGTACTGTCGGTTCGGCTGACGTACCACTTGTCTGTAACACTtgt < 1:444288/150‑1 (MQ=255) cagtGGATCTGTTCCAGACGGGTTCGCACGCGGTCCATTGGTGTGTCCTTGGGTTGCGAAGACAGTCGGCTGTGTTGGGAGCAGTCTTTTTGCACGGTCGTCTATCGTACTGTCGGTGCGGTTGACGTACCACTTGGCTGTAACACTtgt < 2:153834/147‑1 (MQ=255) ccTGGATCTGTTCCAGGAGGTTTCGCACGCGGTCCATGGGTGTGTCCTTGGGTCGGGAAGACAGCCGGCTGTGTGAGCAGCAGGCttttt < 1:84673/90‑1 (MQ=255) ccTGGATCTGTTCCAGGAGGTTTCGCACGCGGTCCATGGGTGTGTCCTTGGGTCGGGAAGACAGCCGGCTGTGTGAGCAGCAGGCttttt > 2:84673/1‑90 (MQ=255) | GTCGGTTCGCTGACCTTGGCCGCCTGGGCCAGCGCAGCGATGCTGAAACGGGTGGCTTGTTGCGGGTTGAGCAGGATGACTTCGGCGACTTTGCGTTCGGCCTTGTTCAGCTCGTCGAGGCGGCCCTGGATCTGTTCCAGGAGGTTTCGCACGCGGTCCATGGGTGTGTCCTTGGGTCGGGAAGACAGCCGGCTGTGTGAGCAGCAGGCTTTTTGCACGGTCGTCTATCGTACTGTCGGTGCGGTTGACGTACCACTTGTCTGTAACACTTGT > NC_002947/1165259‑1165531 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |