Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,169,311 | T→C | 14.0% | I369V (ATC→GTC) | leuA ← | 2‑isopropylmalate synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,169,311 | 0 | T | C | 14.0% | 98.5 / 8.8 | 43 | I369V (ATC→GTC) | leuA | 2‑isopropylmalate synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (18/19); new base C (3/3); total (21/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.83e-01 |
TCACCCTGCACCACCTGGCTGAATTCGATCTGCATGCGACGCGGCAGGCTGATGCCATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTCCCCATCCTGCTGCTTGGCGAAGCCCTTGCGGATGGCGTCCTGGTGCGAGCCGGAGAACGCGGTATGGACCAGATCCCCCACATAGGGGTGACGAGGATGTACCG > NC_002947/1169172‑1169457 | ccACCCTGCACCACCTGGCTGAATTCGATCTGCATGCGACGCGGCAGGCTGATGCCATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGACATCGGCCgca < 2:316451/149‑3 (MQ=255) ccTGCACCACCTGGCTGAATTCGATCTGCATGCGACGCGGCAGGCTGATGCCATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGa > 2:103064/1‑150 (MQ=255) ccTGCACCACCTGGCTGAATTCGATCTGCATGCGACGCGGCAGGCTGATGCCATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGCTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGa > 2:341546/1‑150 (MQ=255) tGCACCACCTGGCTGAATTCGATCTGCATGCGACGCGGCAGGCTGATGCCATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATc < 1:22660/150‑1 (MQ=255) cTGGCTGAATTCGATCTGCATGCGACGCGGCAGGCTGATGCCATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTa > 2:389977/1‑150 (MQ=255) gCTGAATTCGACCTGCATGCGACGCGGCAGGCTGATGCCATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAgg < 1:389977/150‑1 (MQ=255) gCTGAATGCGATTCTTATGCGACTCGGCAGGCTGATGCCATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAgg < 2:157907/150‑1 (MQ=255) gAATTCGATCTGCATGCGACGCGGCAGGCTGATGCCATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCAc < 1:103064/150‑1 (MQ=255) aTTCGATCTGCATGCGACGCGGCAGGCTGATGCCATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCg > 1:77239/1‑135 (MQ=255) aTTCGATCTGCATGCGACGCGGCAGGCTGATGCCATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCg < 2:77239/135‑1 (MQ=255) aTTCGATCTGCATGCGACGCGGCAGGCTGATGCCATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCt > 2:269352/1‑150 (MQ=255) tCGATCTGCATGCGACGCGGCAGGCTGATGCCATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTcc < 1:341546/150‑1 (MQ=255) aTGCGACGCGGCAGGCTGATGCCATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGCCGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTcc < 2:230535/150‑1 (MQ=255) aTGCGACGCGGCAGGCTGATGCCATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGACATCGGCCgca < 2:263303/117‑3 (MQ=255) aTGCGACGCGGCAGGCTGATGCCATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGACATCGGCCgca > 1:263303/1‑115 (MQ=255) tGCGACGCGGCAGGCTGATGCCATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTccc > 1:213602/1‑150 (MQ=255) aGGCTGATGCCATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTCCCCATCCtgctgc < 1:269352/150‑1 (MQ=255) cTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTCCCCATCCTGCTGCTTGGCGAAGCCCTTGCg > 1:350893/1‑150 (MQ=255) cTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTCCCCATCCTGCTGCTTGGCGAAGCCCTTGCg > 2:39983/1‑150 (MQ=255) ccGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATc > 2:334491/1‑72 (MQ=255) ccGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATc < 1:334491/72‑1 (MQ=255) ccTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTCCCCATCCTGCTGCTTGGCGAAGCCCTTGCGGATGGCGTCCTGGTGCGAGCCGgag > 1:406654/1‑150 (MQ=255) tGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTCCCCATCCTGCTGCTTGGCGAAGCCCTTGCGGATGGCGTCCTGGTGCGAGCCGGAGAAcg < 2:350893/150‑1 (MQ=255) cccGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTCCCCATCCTGCTGCTTGGCGAAGCCCTTGCGGATGGCGTCCTGGTGCGAGCCGGAGAAcgcg > 1:215063/1‑150 (MQ=255) ccGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGTTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTCCCCATCCTGCTGCTTGGCGGAGc < 2:335674/111‑1 (MQ=255) ccGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGTTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTCCCCATCCTGCTGCTTGGCGGAGc > 1:335674/1‑111 (MQ=255) ggCTGTTGACGCGGATTACCGTTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTCCCCATCCTGCTGCTTGGCGAAGCCCTTGCGGATGGCGTCCTGGTGCGAGCCGGAGAACGCGGTATGGa < 2:213602/150‑1 (MQ=255) ttGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTCCCCATCCTGCTGCTTGGCGAAGCCCTTGCGGATGGCGTCCTGGTGCGAGCCGGAGAACGCGGTATGGACCTGa < 1:508669/150‑1 (MQ=255) gcgGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTCCCCATCCTGCTGCTTGGCGAAGCCCTTGCGGATGGCGTCCTg > 2:474408/1‑114 (MQ=255) gcgGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTCCCCATCCTGCTGCTTGGCGAAGCCCTTGCGGATGGCGTCCTg < 1:474408/114‑1 (MQ=255) gcgGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTCCCCATCCTGCTGCTTGGCGAAGCCCTTGCGGATGGCGTCCTGGTGCGAGCCGGAGAACGCGGTATGGACCAGATcccc > 1:252208/1‑150 (MQ=255) gcgGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTCCCCATCCTGCTGCTTGGCGAAGCCCTTGCGGATGGCGTCCTGGTGCGAGCCGGAGAACGCGGTATGGACCAGATcccc < 2:406654/150‑1 (MQ=255) ccGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTCCCCATCCTGCTGCTTGGCGAAGCCCTTGCGGATGGCGTCCTGGTGCGAGCCGGAGAACGCGGTATGGACCAGATCCCCCACATAgg > 2:58085/1‑150 (MQ=255) gTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTCCCCATCCTGCTGCTTGGCGAAGCCCTTGCGGATGGCGTCCTGGTGCGa > 1:164349/1‑105 (MQ=255) gTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTCCCCATCCTGCTGCTTGGCGAAGCCCTTGCGGATGGCGTCCTGGTGCGa < 2:164349/105‑1 (MQ=255) gCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTCCCCATCCTGCTGCTTGGCGAAGCCCTTGCGGATg > 2:322955/1‑88 (MQ=255) gCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTCCCCATCCTGCTGCTTGGCGAAGCCCTTGCGGATg < 1:322955/88‑1 (MQ=255) acccGGCCGACATCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTCCCCATCCTGCTGCTTGGCGAAGCCCTTGCGGATGGCGTCCTGGTGCGAGCCGGAGAACGCGGTATGGACCAGATCCCCCACATAGGGGTGACGAGGa > 1:48277/4‑150 (MQ=255) ccGGCCGACATCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTCCCCATCCTGCTGCTTGGCGAAGCCCTTGCGGATGGCGTCCTGGTGCGAGCCGGAGAACGCGGTATGGa < 1:229063/118‑1 (MQ=255) ccGGCCGACATCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTCCCCATCCTGCTGCTTGGCGAAGCCCTTGCGGATGGCGTCCTGGTGCGAGCCGGAGAACGCGGTATGGa > 2:229063/2‑119 (MQ=255) ccGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTCCCCATCCTGCTGCTTGGCGAAGCCCTTGCGGATGGCGTCCTGGTGCGAGCCGGAGAACGCGGTATGGACCAGATCCCCCACATAggg < 2:354038/134‑1 (MQ=255) ccGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTCCCCATCCTGCTGCTTGGCGAAGCCCTTGCGGATGGCGTCCTGGTGCGAGCCGGAGAACGCGGTATGGACCAGATCCCCCACATAggg > 1:354038/1‑134 (MQ=255) cGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTCCCCATCCTGCTGCTTGGCGAAGCCCTTGCGGATGGCGTCCTGGTGCGAGCCGGAGAACGCGGTATGGACCAGATCCCCCACATAGGGGTGACGAGGATGTACCg < 1:58085/150‑1 (MQ=255) | TCACCCTGCACCACCTGGCTGAATTCGATCTGCATGCGACGCGGCAGGCTGATGCCATATTCCTGCTCGAGCAGGTAGGTGATACCGCCTTTGCCCGACTGGCTGTTGACGCGGATTACCGCTTCGTAGCTGCGGCCGATGTCGGCCGGGTCGATCGGCAGGTAAGGCACCTCCCACAGTTCCCCATCCTGCTGCTTGGCGAAGCCCTTGCGGATGGCGTCCTGGTGCGAGCCGGAGAACGCGGTATGGACCAGATCCCCCACATAGGGGTGACGAGGATGTACCG > NC_002947/1169172‑1169457 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |