| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,299,783 | T→C | 14.8% | Q134R (CAG→CGG) ‡ | PP_1134 ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,299,783 | 0 | T | C | 14.8% | 61.0 / 4.0 | 27 | Q134R (CAG→CGG) ‡ | PP_1134 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (10/13); new base C (2/2); total (12/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.14e-01 | |||||||||||
GCCGTGGTGTTGCGGGTCCTTGATCTGGCTGTACAGCTTGCCGTCCGAGAAGGTACCGGCGCCGCCTTCACCGAACTGCACGTTGGACTCGGGGTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCTTGCCACGTTCGAGGATGATCGGCTTGAAGCCCATTTGTGCCAGCAACAGGCCGGCAAAGATGCCGCACGGGCCGAAACCGACCACGATCGGGCGCTCCTGCAGGCCTGCCGGGGCCTGGCCGACGAA > NC_002947/1299644‑1299922 | gCCGTGGTTTTGCGGGTCCTTGATCTGGCTGTACAGCTTGCCGTCCGAGAAGGTACCGGCGCCGCCTTCACCGAACTTCACGTTGGGCTCGGGGTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTc < 2:202295/150‑1 (MQ=255) tgtTGCGGGTCCTTGATCTGGCTGTACAGCTTGCCGTCCGAGAAGGTACCGGCGCCGCCTTCACCGAACTGCACGTTGGACTCGGGGTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCTTGCCa < 2:261/150‑1 (MQ=255) ttGCGGGTCCTTGATCTGGCTGTACAGCTTGCCGTCCGAGAAGGTACCGGCGCCGCCTTCACCGAACTGCACGTTGGACTCGGGGTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCTTGCCACg > 2:281578/1‑150 (MQ=255) ggTCCTTGATCTGGCTGTACAGCTTGCCGTCCGAGAAGGTACCGGCGCCGCCTTCACCGAACTGCACGTTGGACTCGGGGTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCTTGCCACGTTCGa < 2:289493/150‑1 (MQ=255) aTCTGGCTGTACAGCTTGCCGTCCGAGAAGGTACCGGCGCCGCCTTCACCGAACTGCACGTTGGACTCGGGGTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCTTGCCACGTTCGAGGATGATc > 2:319790/1‑150 (MQ=255) aTCTGGCTGTACAGCTTGCCGTCCGAGAAGGTACCGGCGCCGCCTTCACCGAACTGCACGTTGGACTCGGGGTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCTTGCCACGTTCGAGGATGATc < 1:447789/150‑1 (MQ=255) tCTGGCTGTACAGCTTGCCGTCCGAGAAGGTACCGGCGCCGCCTTCACCGAACTGCACGTTGGACTCGGGGTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCTTGCCACGTTCGAGGATGATCg < 1:128534/150‑1 (MQ=255) gTACAGCTTGCCGTCCGAGAAGGTACCGGCGCCGCCTTCACCGAACTGCACGTTGGACTCGGGGTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGAGCACTTCCTTGCCACGTTCGAGGATGATCGGCTTGaa < 1:411287/150‑1 (MQ=255) tACAGCTTGCCGTCCGAGAAGGTACCGGCGCCGCCTTCACCGAACTGCACGTTGGACTCGGGGTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCTTGACACGTTCTATGATGATCGGCGTGAAg > 2:411287/1‑150 (MQ=255) aCAGCTTGCCGTCCGAGAAGGTACCGGCGCCGCCTTCACCGAACTGCACGTTGGACTCGGGGTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCTTGCCACGTTCGAGGATGATCGGCTTGAAGc < 1:432912/150‑1 (MQ=255) gTACAGGCGCCGCCTTCACCGAACTGCACGTTGGACTCGGGGTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCTTGCCACGTTCGAGGATGATCGGCTTGAAGCCCATTTGTGCCAGCAACAgg > 2:59104/1‑150 (MQ=255) gTACAGGCGCCGCCTTCACCGAACTGCACGTTGGACTCGGGGTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCTTGCCACGTTCGAGGATGATCGGCTTGAAGCCCATTTGTGCCAGCAACAgg < 1:59104/150‑1 (MQ=255) cTTCACCGAACTGCACGTTGGACTCGGGGTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTGgcg < 1:350665/79‑1 (MQ=255) cTTCACCGAACTGCACGTTGGACTCGGGGTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTGgcg > 2:350665/1‑79 (MQ=255) tGCACGTTGGACTCGGGGTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCCAGCGCAccaa < 1:302725/74‑4 (MQ=255) tGCACGTTGGACTCGGGGTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCCAGCGCAccaa < 1:302578/74‑4 (MQ=255) tGCACGTTGGACTCGGGGTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCCAGCGCAccaa > 2:302578/1‑71 (MQ=255) tGCACGTTGGACTCGGGGTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCCAGCGCAccaa > 2:302725/1‑71 (MQ=255) cTCGGGGTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCTTGCCACGTTCGAGGATGATCGGCTTGAAGCCCATTTGTGCCa < 2:381529/107‑1 (MQ=255) cTCGGGGTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCTTGCCACGTTCGAGGATGATCGGCTTGAAGCCCATTTGTGCCa > 1:381529/1‑107 (MQ=255) gggTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCTTGCCACGTTCGAGGATGATCGGCTTGAAGCCCATTTGTGCCAGCAACAgg > 1:447397/1‑111 (MQ=255) gggTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCTTGCCACGTTCGAGGATGATCGGCTTGAAGCCCATTTGTGCCAGCAACAgg < 2:447397/111‑1 (MQ=255) gTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCTAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCTTGCCACTTTCGAGGATGATCGGCTTGAAGCCCATTTGTGCCAGCAACAGGCCGGCAAAGATGCCGCACGGGCCGAAACCGACCACGATCgg < 1:128482/150‑1 (MQ=255) ttGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCTTGCCACGTTCGAGGATGATCGGCTTGAAGCCCATTTGTGCCAGCAACAGGCCGGCAAAGATGCCGCACGGGCCGAAACCGACCACGATCggg < 1:319790/150‑1 (MQ=255) cACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCTTGCCACGTTCGAGGATGATCGGCTTGAAGCCCATTTGTGCCAGCAACAGGCCGGCAAAGATGCCGCACGGGCCGAAACCGACCACGATCGGGCGCTc > 1:224808/1‑150 (MQ=255) gtgtCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCTTGCCACGTTCGAGGATGATCGGCt > 2:418159/1‑52 (MQ=255) cTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCTTGCCACGTTCGAGGATGATCGGCTTGAAGCCCATTTGTGCCAGCAACAGGCCGGCAAAGATGCCGCACGGGCCGAAACCGACCACGATCGGGCGCTCCTGCAGGCCTGCCGGGGCCTGGCCGACGaa > 2:26860/1‑150 (MQ=255) | GCCGTGGTGTTGCGGGTCCTTGATCTGGCTGTACAGCTTGCCGTCCGAGAAGGTACCGGCGCCGCCTTCACCGAACTGCACGTTGGACTCGGGGTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCTTGCCACGTTCGAGGATGATCGGCTTGAAGCCCATTTGTGCCAGCAACAGGCCGGCAAAGATGCCGCACGGGCCGAAACCGACCACGATCGGGCGCTCCTGCAGGCCTGCCGGGGCCTGGCCGACGAA > NC_002947/1299644‑1299922 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |