Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,415,901 | G→A | 11.2% | A89T (GCC→ACC) | PP_1238 → | lipoprotein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,415,901 | 0 | G | A | 11.2% | 86.1 / 3.8 | 36 | A89T (GCC→ACC) | PP_1238 | lipoprotein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (12/19); new base A (2/2); total (15/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.67e-01 |
CCGACCGCGCCGATGCAGCTGCCGCCGGACGCCAGCAACGTCAAACGCCTTGACCCGCTGCTGCCGATTCCGCGTAACGTCGCTGACGATACCGTCAAGGGTGAGTTTGAAGTGCCTCGCCCGCAACCGTTGACGGGCGGTGCCGCCCAGGTCACCGACTACAGCCTGCAGCGCAGCGGCAGCAGCCGTTGGGTGCTGGCCCAGCATTCGCCAGCCGAAGTGTGGCCGGTTGCCCGGCAGTTCTTCGAGGACAACGGCTTCCGCATTGCTGAGGAGCGCCCGCAGACGG > NC_002947/1415760‑1416048 | ccGACCGCGCCGATGCAGCTGCCGCCGGACGCCAGCAAAGTCAAACGCCTTAACCCGCTGCTGCCGATTCCGCGTAACGTCGCTGACGATACCGTCAAGGGTGAGTTTGAAGTTCCTCGCCCGCAACCGTTGACGGGCGGTGCCGCCCAg > 1:338913/1‑150 (MQ=255) gcCGATGCAGCTGCCGCCGGACGCCAGCAACGTCAAACGCCTTGACCCGCTGCTGCCGATTCCGCGTAACGTCGCTGACGATACCGTCAAGGGTGAGTTTGAAGTGCCTCGCCCGCAACCGTTGACGGGCGGTGCCGCCCAGGTCACCGa < 2:188681/150‑1 (MQ=255) aTGCAGCTGCCGCCGGACGCCAGCAACGTCAAACGCCTTGACCCGCTGCTGCCGATTCCGCGTAACGTCGCTGACGATACCGTCAAGGGTGAGTTTGAAGTGCCTCGCCCGCAACCGTTGATGGGCGGTGCCGCCCAGGTCACCGACTAc < 2:280420/150‑1 (MQ=255) cgGACGCCAGCAACGTCAAACGCCTTGACCCGCTGCTGCCGATTCCGCGTAACGTCGCTGACGATACCGTCAAGGGTGAGTTTGAAGTGCCTCGCCCGCAACCGTTGACGGGCGGCACCGcccgtcaac < 1:162596/129‑7 (MQ=255) cgGACGCCAGCAACGTCAAACGCCTTGACCCGCTGCTGCCGATTCCGCGTAACGTCGCTGACGATACCGTCAAGGGTGAGTTTGAAGTGCCTCGCCCGCAACCGTTGACGGGCGGCACCGcccgtcaac < 1:162413/129‑7 (MQ=255) cgGACGCCAGCAACGTCAAACGCCTTGACCCGCTGCTGCCGATTCCGCGTAACGTCGCTGACGATACCGTCAAGGGTGAGTTTGAAGTGCCTCGCCCGCAACCGTTGACGGGCGGCACCGcccgtcaac > 2:162596/1‑123 (MQ=255) cgGACGCCAGCAACGTCAAACGCCTTGACCCGCTGCTGCCGATTCCGCGTAACGTCGCTGACGATACCGTCAAGGGTGAGTTTGAAGTGCCTCGCCCGCAACCGTTGACGGGCGGCACCGcccgtcaac > 2:162413/1‑123 (MQ=255) ccAGCAACGTCAAACGCCTTGACCCGCTGCTGCCGATTCCGCGTAACGTCGCTGACGATACCGTCAAGGGTGAGTTTGAAGTGCCTCGCCCGCAACCGTTGACGGGCGGTTGCTCCCAGGTCACCGACTACAGCCTGCAGCGCAGCGgca > 1:387107/1‑150 (MQ=255) tCAAACGCCTTGACCCGCTGCTGCCGATTCCGCTTAACGTCGCTGACGATACCGTCAAGGGTGAGTTTGAAGTGCCTCGCCCGCAACCGTTGACGGGCGGTGCCGCCCAGGTCACCGACTACAGCCTGCAGCGCAGCGGCAGCAGCCGtt < 2:50780/150‑1 (MQ=255) tCAAACGCCTTGACCCGCTGCTGCCGATTCCGCGTAACGTCGCTGACGATACCGTCAAGGGTGAGTTTGAAGTGCCTCGCCCGCAACCGTTGACGGGCGGTGCCGCCCAGGTCACCGACTACAGCCTGCAGCGCAGCGGCAGCAGCCGtt > 2:67929/1‑150 (MQ=255) tCAAACGCCTTGACCCGCTGCTGCCGATTCCGCGTAACGTCGCTGACGATACCGTCAAGGGTGAGTTTGAAGTGCCTCGCCCGCAACCGTTGACGGGCGGTGCCGCCCAGGTCACCGACTACAGCCTGCAGCGCAGCGGCAGCAGCCGtt > 1:248524/1‑150 (MQ=255) aaCGCCCTGACCCGCTGCTGCCGATTCCGCGTAACGTCGCTGACGATACCGTCAAGGGTGAGTTTGAAGTGCCTCGCCCGCAACCGTTGACGGGCGGTGCCGCCCAGGTCAACGACTACAGCCTGCAGCGCAGCGGCAGCAGCCGTTggg < 2:8535/150‑1 (MQ=255) aCGCCTTGACCCGCTGCTGCCGATTCCGCGTAACGTCGCTGACGATACCGTCAAGGGTGAGTTTGAAGTGCCTCGCCCGCAACCGTTGACGGGCGGGGCCGCCCAGGTCACCGACTACAGCCTGCAGCGCAGCGGCAGCAGCCGTTGGGt > 1:21084/1‑150 (MQ=255) gACCCGCTGCTGCCGATTCCGCGTAACGTCGCTGACGATACCGTCAAGGGTGAGTTTGAAGTGCCTCGCCCGCAACCGTTGACGGGCGGTGCCGCCCAGGTCACCGACTACAGCCTGCAGCGCAGCGGCAGCAGCCGTTGGGTGCTGGcc > 2:360163/1‑150 (MQ=255) tgcCGCTTCCGCGTAACGTCGCTGACGATACCGTCAAGGGTGAGTTTGAAGTGCCTCGCCCGCACCCGTTGACGGGCGGTGCCGCCCAGGTCACCGACTACAGCCTGCAGCGCAGCGGCAGCAGCCGTTGGGTGCTGGCCCAGCATTCGc < 2:21084/150‑1 (MQ=255) tgcCGATTCCGCGTAACGTCGCTGACGATACCGTCAAGGGTGAGTTTGAAGTGCCTCGCCCGCAACCGTTGACGGGCGGTGCCGCCCAGGTCACCGACTACAGCCTGCAGCGCAGCGGCAGCAGCCGTTGGGTGCTGGCCCAGCATTCGc < 1:360163/150‑1 (MQ=255) ccGCGTAACGTCGCTGACGATACCGTCAAGGGTGAGTTTGAAGTGCCTCGCCCGCAACCGTTGACGGGCGGTGCCGCCCAGGTCACCGACTACAGCCTGCAGCGCAGCGGCAGCAGCCGTTGGGTGCTGGCCCAGCATTCGCCAGCCGaa < 1:67929/150‑1 (MQ=255) gTAACGTCGCTGACGATACCGATAAGGGTGAGTTTGACGTGCCTCTCCCGCAACCGTTGACTGTCGGTGCCGCCCAGGTCACCGACTACAGCCTGCCGCGCAGCGGCAGCAGCCGTTGGGTGCTGGCCCAGCATTCGCCAGCCGAAgtgt < 2:238443/150‑1 (MQ=255) tAACGTCGCTGACGATACCGTCAAGGGTGAGTTTGAAGTGCCTCGCCCGCAACCGTTGACGGGCGGTGCCGCCCAGGTCACCGACTACAGCCTGCAGCGCAGCGGCAGCAGCCGTTGGGTGCTGGCCCAGCATTCGCCa > 1:488628/1‑139 (MQ=255) tAACGTCGCTGACGATACCGTCAAGGGTGAGTTTGAAGTGCCTCGCCCGCAACCGTTGACGGGCGGTGCCGCCCAGGTCACCGACTACAGCCTGCAGCGCAGCGGCAGCAGCCGTTGGGTGCTGGCCCAGCATTCGCCa < 2:488628/139‑1 (MQ=255) aaCGTCGCTGACGATTCCGTCAAGGGTGAGTTTGAACTGCCACTCCCGCAACCTTTGACGGGCGGTGCCGCCCAGGTCACCGACTACAGCCTGCAGCGCAGCGGCAGCAGCCGTTGGGTGCTGGCCCAGCATTCGCCAGCCGAAGTGTgg < 2:387107/150‑1 (MQ=255) gTCGCTGACGATACCGTCAAGGGTGAGTTTGAAGTGCCTCGCCCGCAACCGTTGACGGGCGGTGCCGCCCAGGTCACCGACTACAGCCTGCAGCGCAGCGGCAGCAGCCGTTGGGTGCTGGCCCAGCATTCGCCAGCCGAAGTGTGGCCg > 1:439360/1‑150 (MQ=255) aCGATACCGTCAAGGGTGAGTTTGAAGTGAATCGTCCGCAACCGTTGACGGGCGGTGCCGCCCAGGTCACCGACTACAGCCTGCAGCGCAGCGGCAGCAGCCGTTGGGTGCTGGCCCAGCATTCGCCAGCCGAAGTGTGGCCGGTTGccc < 2:422359/150‑1 (MQ=255) cAAGGGTGAGTTTGAAGTGCCTCGCCCGCAACCGTTGACGGGCGGTGCCGCCCAGGTCACCGACTACAGCCTGCAGCGCAGCGGCAGCAGCCGTTGGGTGCTGGCCCAGCATTCGCCAGCCGAAGTGTGGCCGGTTGCCCGGCAGttctt < 2:439360/150‑1 (MQ=255) gggTGAGTTTGAAGTGCCTCGCCCGCAACCGTTGACGGGCGGTGCCGCCCAGGTCACCGACTACAGCCTGCAGCGCAGCGGCAGCAGCCGTTGGGTGCTGGCCCAGCATTCGCCAGCCGAAGTGTGGCCGGTTGCCCGGCAGTTCTTCGa < 1:407005/150‑1 (MQ=255) gggTGAGTTTGAAGTGCCTCGCCCGCAACCGTTGACGGGCGGTGCCGCCCAGGTCACCGACTACAGCCTGCAGCGCAGCGGCAGCAGCCGTTGGGTGCTGGCCCAGCATTCGCCAGCCGAAGTGTGGCCGGTTGCCCGGCAGTTCTTCGa < 2:338913/150‑1 (MQ=255) gTTTGAAGTGCCTCGCCCGCAACCGTTGACGGGCGGTGCCGCCCAGGTCACCGACTACAGCCTGCAGCGCAGCGGCAGCAGCCGTTGGGTGc > 2:322228/1‑92 (MQ=255) gTTTGAAGTGCCTCGCCCGCAACCGTTGACGGGCGGTGCCGCCCAGGTCACCGACTACAGCCTGCAGCGCAGCGGCAGCAGCCGTTGGGTGc < 1:322228/92‑1 (MQ=255) cTCGCCCGCAACCGTTGACGGGCGGTGCCGCCCAGGTCACCGACTACAGCCTGCAGCGCAGCGGCAGCAGCCGTTGGGTGCTGGCCCa > 2:402188/1‑88 (MQ=255) cTCGCCCGCAACCGTTGACGGGCGGTGCCGCCCAGGTCACCGACTACAGCCTGCAGCGCAGCGGCAGCAGCCGTTGGGTGCTGGCCCa < 1:402188/88‑1 (MQ=255) cGCCCGCAACCGTTGACGGGCGGTGCCGCCCAGGTCACCGACTACAGCCTGCAGCGCAGCGGCAGCAGCCGTTGGGTGCTGGCCCAGCATTCGCCAGCCGAAGTGTGGCCGGTTg > 2:193454/1‑115 (MQ=255) cGCCCGCAACCGTTGACGGGCGGTGCCGCCCAGGTCACCGACTACAGCCTGCAGCGCAGCGGCAGCAGCCGTTGGGTGCTGGCCCAGCATTCGCCAGCCGAAGTGTGGCCGGTTg < 1:193454/115‑1 (MQ=255) cAACCGTTGACGGGCGGTGCCGCCCAGGTCACCGACTACAGCCTGCAGCGCAGCGGCAGCAGCCGTTGGGTGCTGGCCCAGCATTCGCCAGCCGAAGTGTGGCCGGTTGCCCGGCAGTTCTTCGAGGACAACGGCTTCCGCATTGCTgag < 2:248524/150‑1 (MQ=255) gTTGACGGGCGGTGCCGCCCAGGTCACCGACTACAGCCTGCAGCGCAGCGGCAGCAGCCGTTGGGTGCTGGCCCAGCATTCGCCAGCCGAAGTGTGGCCGGTTGCCCGGCAGTTCTTCGAGGACAACGGCTTCCGCATTGCTGAGGAgcg > 1:290814/1‑150 (MQ=255) gACGGGCGGTGCCGCCCAGGTCACCGACTACAGCCTGCAGCGCAGCGGCAGCAGCCGTTGGGTGCTGGCCCAGCATTCGCCAGCCGAAGTGTGGCCGGTTGCCCGGCAGTTCTTCGAGGACAACGGCTTCCGCATTGCTGAGGAGCGccc > 2:375150/1‑150 (MQ=255) gTGCCGCCCAGGTCACCGACTACAGCCTGCAGCGCAGCGGCAGCAGCCGTTGGGTGCTGGCCCAGCATTCGCCAGCCGAAGTGTGGCCGGTTGCCCGGCAGTTCTTCGAGGACAACGGCTTCCGCATTGCTGAGGAGCGCCCGCAGACgg < 2:290814/150‑1 (MQ=255) | CCGACCGCGCCGATGCAGCTGCCGCCGGACGCCAGCAACGTCAAACGCCTTGACCCGCTGCTGCCGATTCCGCGTAACGTCGCTGACGATACCGTCAAGGGTGAGTTTGAAGTGCCTCGCCCGCAACCGTTGACGGGCGGTGCCGCCCAGGTCACCGACTACAGCCTGCAGCGCAGCGGCAGCAGCCGTTGGGTGCTGGCCCAGCATTCGCCAGCCGAAGTGTGGCCGGTTGCCCGGCAGTTCTTCGAGGACAACGGCTTCCGCATTGCTGAGGAGCGCCCGCAGACGG > NC_002947/1415760‑1416048 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |