| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,649,375 | T→G | 17.3% | E576A (GAG→GCG) ‡ | PP_1446 ← | TonB‑dependent receptor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,649,375 | 0 | T | G | 17.3% | 49.3 / 8.8 | 29 | E576A (GAG→GCG) ‡ | PP_1446 | TonB‑dependent receptor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (13/11); new base G (2/3); total (15/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.78e-01 | |||||||||||
AAGGTGGTGTAGCCATCGGTGCTGGTTTCGTTGGCGGGTTTGCGGTGCTGCGACGCAGCGTGCTGCACGTCTACCCGCGCCTGCCAGCGGTCCAGCTCCCAGACCAGGCCGCTGTTCAGGCGCAGCGGGGCGATGCGGGGCAGTGGCTCGCCACTGTCGAGGTTCTTGGCTCGGGTATAGTCACCGGACAACTCCAGCGCGAAGCTGCCGTAACGGTTCTCGGCCAACTGCCAGCGGTCCTGGGCCTCGATGCCGTAGAAGCGCGCCCGCACGCCTTGGTACTGGTATTCCGGGA > NC_002947/1649228‑1649522 | aaGGTGGTGTAGCCATCGGTGCTGGTTTCGTTGGCGGGTTTGCGGTGCTGCGACGCAGCGTGCTGCACGTCTACCCGCGCCTGCCAGCGGTCCAGCTCCCAGACCAGGCCGCTGTTCAGGCGCAGCGGGGCGATGCGGGGCAGTGGCTCg < 2:476209/150‑1 (MQ=255) tAGCCGTCGGTGCTGGTTTCGTTGGCGGGTTTGCGGTGCTGCGACGCAGCGTGCTGCACGTCTACCCGCGCCTGCCAGCGGTCCAGCTCCCAGACCAGGCCGCTGTTCAGGCGCAGCGGGGCGATGCGGGACAGTGGCGAGCCACTgccc < 1:390938/150‑4 (MQ=255) aTCGGTGCTGGTTTCGTTGGCGGGTTTGCGGTGCTGCGACGCAGCGTGCTGCACGTCTACCCGCGCCTGCCAGCGGTCCAGCTCCCAGACCAGGCCGCTGTTCAGGCGCAGCGGGGCGATGCGGGGCAGTGGCTCGCCACTGTCGAGGtt > 1:166144/1‑150 (MQ=255) 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(MQ=255) gcGACGCAGCGTGCTGCACGTCTACCCGCGCCTGCCAGCGGTCCAGCTCCCAGACCAGGCCGCTGTTCAGGCGCCGCGGGCCTCGCCCGTTCAGGTGCTCGCCACTGTCGAGGTTCTTGGCTCGGGTATAGTCACCGGACAACTCCAgcg > 1:369292/1‑150 (MQ=255) gCGTGCTGCACGTCTACCCGCGCCTGCCAGCGGTCCAGCTCCCAGACCAGGCCGCTGTTCAGGCGCAGCGGGGCGATGCGGGGCAGTGGCTCGCCACTGTCGAGGTTCTTg > 1:308104/1‑111 (MQ=255) gCGTGCTGCACGTCTACCCGCGCCTGCCAGCGGTCCAGCTCCCAGACCAGGCCGCTGTTCAGGCGCAGCGGGGCGATGCGGGGCAGTGGCTCGCCACTGTCGAGGTTCTTg < 2:308104/111‑1 (MQ=255) gcACGTCTACCCGCGCCTGCCAGCGGTCCAGCTCCCAGACCAGGCCGCTGTTCAGGCGCAGCGGGGCGATGCGGGGAAGTGACTCGACACTGTCGAGGTCCTTGCTTCGGGTATAATCACCGCACAACGCCAGCGCGAAGCTGCGGTAAc > 2:111239/1‑150 (MQ=255) aCGTCTACCCGCGCCTGCCAGCGGTCCAGCTCCCAGACCAGGCCGCTGTTCAGGCGCAGCGGGGCGATGCGGGGCAGTGGCTCGCCACTGTCGAGGTTCTTGGCTCGGGTATAGTCACCGGACAACTCCAGCGCGAAGCTGCCGTAACgg > 1:19196/1‑150 (MQ=255) ccAGCGGTCCAGCTCCCAGACCAGGCCGCTGTTCAGGCGCAGCGGGGCGATGCGGGGCAGTGGCTCGCCACTGTCGAg < 2:238077/78‑1 (MQ=255) ccAGCGGTCCAGCTCCCAGACCAGGCCGCTGTTCAGGCGCAGCGGGGCGATGCGGGGCAGTGGCTCGCCACTGTCGAg < 2:238335/78‑1 (MQ=255) ccAGCGGTCCAGCTCCCAGACCAGGCCGCTGTTCAGGCGCAGCGGGGCGATGCGGGGCAGTGGCTCGCCACTGTCGAg > 1:238335/1‑78 (MQ=255) ccAGCGGTCCAGCTCCCAGACCAGGCCGCTGTTCAGGCGCAGCGGGGCGATGCGGGGCAGTGGCTCGCCACTGTCGAg > 1:238077/1‑78 (MQ=255) cAGCGGTCCAGCTCCCAGACCAGGCCGCTGTTCAGGCGCAGCGGGGCGATGCGGGGCAGTGGCTCGCCACTGTCGAGGTTCTTGGCTCGGGTATAGTCACCGGACAGCTCCAGCGCGAAGCTGCCGTAACGGTTCTCGGCCAACTGCCAg < 2:369292/150‑1 (MQ=255) cAGCGGTCCAGCTCCCAGACCAGGCCGCTGTTCAGGCGCAGCGGGGCGATGCGGGGCAGTGGCGAGCCACTgcc < 1:474360/74‑3 (MQ=255) cAGCGGTCCAGCTCCCAGACCAGGCCGCTGTTCAGGCGCAGCGGGGCGATGCGGGGCAGTGGCGAGCCACTgcc > 2:474360/1‑72 (MQ=255) gCGGTCCAGCTCCCAGACCAGGCCGCTGTTCAGGCGCAGCGGGGCGATGCGGGGCAGTGGCTCGCCACTGTCGAGGTTCTTGGCTCGGGtata < 1:436373/93‑1 (MQ=255) gCGGTCCAGCTCCCAGACCAGGCCGCTGTTCAGGCGCAGCGGGGCGATGCGGGGCAGTGGCTCGCCACTGTCGAGGTTCTTGGCTCGGGtata > 2:436373/1‑93 (MQ=255) aGCTCCCAGACCAGGCCGCTGTTCAGGCGCAGCGGGGCGATGCGGGGCAGTGGCTCGCCACTGTCGAGGTTCTTGGCTCGGGTATAGTCACCGGACAACTCCAGCGCGAAGCTGCCGTAACGGTTCTCGGCCAACTGCCAGCGGTCCTgg < 1:364167/150‑1 (MQ=255) aGCTCCCAGACCAGGCCGCTGTTCAGGCGCAGCGGGGCGATGCGGGGCAGTGGCTCGCCACTGTCGAGGTTCTTGGCTCGGGTATAGTCACCGGACAACTCCAGCGCGAAGCTGCCGTAACGGTTCTCGGCCAACTGCCAGCGGTCCTgg < 2:425755/150‑1 (MQ=255) cAGACCAGGCCGCTGTTCAGGCGCAGCGGGGCGATGCGGGGCAGTGGCTCGCCACTGTCGAGGTTCTTGGCTCGGGTATAGTCACCGGACAACTCCAGCGCGAAGCTGCCGTAACGGTTCTCGGCCAACTGCCAGCGGTCCTg > 1:194522/1‑143 (MQ=255) cAGACCAGGCCGCTGTTCAGGCGCAGCGGGGCGATGCGGGGCAGTGGCTCGCCACTGTCGAGGTTCTTGGCTCGGGTATAGTCACCGGACAACTCCAGCGCGAAGCTGCCGTAACGGTTCTCGGCCAACTGCCAGCGGTCCTg < 2:194522/143‑1 (MQ=255) gCGATGCGGGGCAGTGGCTCGCCACTGTCGAGGTTCTTGGCTCGGGTATAGTCACCGGACAACTCCAGCGCGAAGCTGCCGTAACGGTTCTCGGCCAACTGCCAGCGGTCCTGGGCCTCGATGCCGTAGAAGCGCGCCCGCACGCCTTgg < 2:166144/150‑1 (MQ=255) gCTCGCCACTGTCGAGGTTCTTGGCTCGGGTATAGTCACCGGACAACTCCAGCGCGAAGCTGCCGTAACGGTTCTCGGCCAACTGCCAGCGGTCCTGGGCCTCGATGCCGTAGAAGCGCGCCCGCACGCCTTGGTACTGGTATTCCGGGa > 2:346199/1‑150 (MQ=255) | AAGGTGGTGTAGCCATCGGTGCTGGTTTCGTTGGCGGGTTTGCGGTGCTGCGACGCAGCGTGCTGCACGTCTACCCGCGCCTGCCAGCGGTCCAGCTCCCAGACCAGGCCGCTGTTCAGGCGCAGCGGGGCGATGCGGGGCAGTGGCTCGCCACTGTCGAGGTTCTTGGCTCGGGTATAGTCACCGGACAACTCCAGCGCGAAGCTGCCGTAACGGTTCTCGGCCAACTGCCAGCGGTCCTGGGCCTCGATGCCGTAGAAGCGCGCCCGCACGCCTTGGTACTGGTATTCCGGGA > NC_002947/1649228‑1649522 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |