| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,744,949 | T→C | 11.1% | intergenic (‑33/+308) | PP_1542 ← / ← PP_1543 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,744,949 | 0 | T | C | 11.1% | 84.5 / 3.4 | 36 | intergenic (‑33/+308) | PP_1542/PP_1543 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (16/16); new base C (2/2); total (18/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.70e-01 | |||||||||||
AGGAAATGGTTTCTGTTGCCGGTACGGCATCCCGGGTTCAGTCCCAAGGTGTGCCAGAGCAAGTCGAGCTGCTTCTCGGTGGCTTCGATCATGGCTTTCTCCATGCAAGCACCGGCTTGGCCGGTGTTGTGCCTGATAGTGGCAATTTAATGGCATTTGGGTTATTGATTGTAATACCAGTCAACGAGATGAATACCCGATGGACCGCGAGCCAACAAACCAGGAAATCGCAGCAGCTCTCGGCATTGATGAGGATCAGGTTGATAAGTACCGTCAGGAGGCTGTG > NC_002947/1744813‑1745098 | aGGAAATGGTTTCTGTTGCCGGTACGGCATCCCGGGTTCAGTCCCAAGGTGTGCCAGAGCAAGTCGAGCTGCTTCTCGGTGGCTTCGATCATGGCTTTCTCCATGCAAGCACCGGCTTGGCCGGTGTTGTGCCTGATAGTGGCAATTTaa < 2:118313/150‑1 (MQ=255) gAAATGGTTTCTGTTGCCGGTACGGCATCCCGGGTTCAGTCCCAAGGTGTGCCAGAGCAAGTCGAGCTGCTTCTCGGTGGCTTCGATCATGGCTTTCTCCATGCAAGCACCGGCTTCGCCGGTGTTGTGCCTGATAGTGGCAATTTAATg > 1:54417/1‑150 (MQ=255) aaaTGGTTTCTGTTGCCGGTACGGCATCCCGGGTTCAGTCCCAAGGTGTGCCAGAGCAAGTCGAGCTGCTTCTCGGTGGCTTCGATCATGGCTTTCTCCATGCAAGCACCGGCTTGGCCGGTGTTGTGCCTGATAGTGGCAATTTAATgg < 2:471866/150‑1 (MQ=255) aTGGTTTCTGTTGCCGGTACGGCATCCCGGGTTCAGTCCCAAGGTGTGCCAGAGCAAGTCGAGCTGCTTCTCGGTGGCTTCGATCATGGCTTTCTCCATGCAAGCACCGGCTTGGCCGGTGTTGTGCCTGATAGTGGCAATTTAATGGCa > 2:12547/1‑150 (MQ=255) gTTTCTGTTGCCGGTACGGCATCCCGGGTTCAGTCCCAAGGTGTGCCAGAGCAAGTCGAGCTGCTTCTCGGTGGCTTCGATCATGGCTTTCTCCATGCAAGCACCGGCTTGGCCGGTGTTGTGCCTGATAGTGGCAATTTAATGGCAttt > 1:368864/1‑150 (MQ=255) ttCTGTTGCCGGTACGGCATCCCGGGTTCAGTCCCAAGGTGTGCCAGAGCAAGTCGAGCTGCTTCTCGGTGGCTTCGATCATGGCTTTCTCCATGCAAGCACCGGCTTGGCCGGTGTTGTGCCTGATAGTGGCAATTTAATGGCATTTgg < 2:368864/150‑1 (MQ=255) ttGCCGGTACGGCATCCCGGGTTCAGTCCCAAGGTGTGCCAGAGCAAGTCGAGCTGCTTCTCGGTGGCTTCGATCATGGCTTTCTCCATGCAAGCACCGGCTTGGCCGGTGTTGTGCCTGATAGTGGCAATTTAATg < 2:341045/137‑1 (MQ=255) ttGCCGGTACGGCATCCCGGGTTCAGTCCCAAGGTGTGCCAGAGCAAGTCGAGCTGCTTCTCGGTGGCTTCGATCATGGCTTTCTCCATGCAAGCACCGGCTTGGCCGGTGTTGTGCCTGATAGTGGCAATTTAATg > 1:341045/1‑137 (MQ=255) ttGCCGGTACGGCATCCCGGGTTCAGTCCCAAGGTGTGCCAGAGCAAGTCGAGCTGCTTCTCGGTGGCTTCGATCATGGCTTTCTCCATGCAAGCACCGGCTTGGCCGGTGTTGTGCCTGATAGTGGCAATTTAATGGCATTTGGGTTat > 1:434874/1‑150 (MQ=255) 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(MQ=255) ccAAGGTGTGCCAGAGCAAGTCGAGCTGCTTCTCGGTGGCTTCGATCATGGCTTTCTCCATGCAAGCACCGGCTTGGCCGGTGTTGTGCCTGATAGTGGCAATTTAATGGCATTTGGGTTATTGATTGTAATACCAGTCAACGAGATGaa > 2:305017/1‑150 (MQ=255) gtgCCAGAGCAAGTCGAGCTGCTTCTCGGTGGCTTCGATCATGGCTTTCTCCATGCAAGCACCGGCTTGGCCGGTGTTGTGCCTGATAGTGGCAATTTAATGGCATTTGGGTTATTGATTGTAATACCAGTCAACGAGATGAATACCCGa < 1:12547/150‑1 (MQ=255) aGCTGCTTCTCGGTGGCTTCGATCATGGCTTTCTCCATGCAAGCACCGGCTTGGCCGGTGTTGTGCCTGATAGTGGCAATTTAATGGCATTTGGGTTATTGATTGTAATACCAGTCAACGAGATGAATACCCGATGGACCGCGAGCcaac > 1:305618/1‑150 (MQ=255) ttCTCGGTGGCTTCGATCATGGCTTTCTCCATGCAAGCACCGGCTTGGCCGGTGTTGTGCCTGATAGTGGCAATTTAATGGCATTTGGGTTATTGATTGTAATACCAGTCAACGAGATGAATACCCGATGGACCGCGAGCCAACAAACCa < 2:224311/150‑1 (MQ=255) tctcGGTGGCTTCGATCATGGCTTTCTCCATGCAAGCACCGGCTTGGCCGGTGTTGTGCCTGATAGTGGCAATTTAATGGCATTTGGGTTATTGATTGTAATACCAGTCAACGAGATGAATACCCGATGGACCGCGAGCCAACAAACCAg < 2:305618/150‑1 (MQ=255) 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aaGCACCGGCTTGGCCGGTGTTGTGCCTGATAGTGGCAATTTAATGGCATTTGGGTTATTGATTGTAATACCAGTCAACGAGATGAATACCCGATGGACCGNGAGCCAACAAACCAGGAAATCGCAGCAGCTCTCGGCATTGATGAGGAt < 1:305017/150‑1 (MQ=255) cGGCTTGGCCGGTGTTGTGCCTGATAGTGGCAATTTAATGGCATTTGGGTTATTGATTGTAATACCAGTCAACGAGATGAATACCCGATGGACCGCGAGCCAACAAACCAGGAAATCGCAGCAGCTCTCGGCATTGATGAGGATCAGGtt < 1:3507/150‑1 (MQ=255) ttgtGCCTGATAGTGGCAATTTAATGGCATTTGGGTTATTGATTGTAATACCAGTCAACGAGATGAATACCCGATGGACCGCGAGCCAACAAACCAGGAAATCGCAGCAGCTCTCGGCATTGATGAg < 2:211666/127‑1 (MQ=255) ttgtGCCTGATAGTGGCAATTTAATGGCATTTGGGTTATTGATTGTAATACCAGTCAACGAGATGAATACCCGATGGACCGCGAGCCAACAAACCAGGAAATCGCAGCAGCTCTCGGCATTGATGAg > 1:211666/1‑127 (MQ=255) gtgCCTGACAGTGGCAATTTAATGGCATTTGGGTTATTGATTGTAATACCAGTCAACGAGATGAATACCCGa > 2:55927/1‑72 (MQ=255) gtgCCTGACAGTGGCAATTTAATGGCATTTGGGTTATTGATTGTAATACCAGTCAACGAGATGAATACCCGa > 2:55898/1‑72 (MQ=255) gtgCCTGACAGTGGCAATTTAATGGCATTTGGGTTATTGATTGTAATACCAGTCAACGAGATGAATACCCGa < 1:55927/72‑1 (MQ=255) gtgCCTGACAGTGGCAATTTAATGGCATTTGGGTTATTGATTGTAATACCAGTCAACGAGATGAATACCCGa < 1:55898/72‑1 (MQ=255) tgCCTGATAGTGGCAATTTAATGGCATTTGGGTTATTGATTGTAATACCAGTCAACGAGATGAATACCCGATGGACCGCGAGCCAACAAACCAGGAAATCGCAGCAGCTCTCGGCATTGATGAGGATCAGGTTGATAAGTACCGTCagga > 2:481078/1‑150 (MQ=255) ggtcTGATAGTGGCAATTTAATGGCTTTTGGGTTATTGATTGTAATACCAGTGAACGAGATGAATTCCCTATGGACCGCGAGCCAACAAACCAGGAAATCGCAGCAGCTCTCGGCATCGCCGCGTTTCAGGTTGATAAGTACCGTCagga < 1:450684/147‑1 (MQ=255) tAGTGCCAATTTAATGGCATTTGGGTTATTGATTGTAATACCCGTCAACGAGATTAATACCCGATGGACCGCGAGCCAACAAACCAGGAAATCGCAGCATCACGCTGCATTGATGAGGATCAGGTTGATAAGTACCGTCaggcggttatg < 1:395208/150‑6 (MQ=255) | AGGAAATGGTTTCTGTTGCCGGTACGGCATCCCGGGTTCAGTCCCAAGGTGTGCCAGAGCAAGTCGAGCTGCTTCTCGGTGGCTTCGATCATGGCTTTCTCCATGCAAGCACCGGCTTGGCCGGTGTTGTGCCTGATAGTGGCAATTTAATGGCATTTGGGTTATTGATTGTAATACCAGTCAACGAGATGAATACCCGATGGACCGCGAGCCAACAAACCAGGAAATCGCAGCAGCTCTCGGCATTGATGAGGATCAGGTTGATAAGTACCGTCAGGAGGCTGTG > NC_002947/1744813‑1745098 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |