| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,272,650 | G→A | 23.6% | V172M (GTG→ATG) | PP_2003 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,272,650 | 0 | G | A | 23.6% | 20.5 / 3.9 | 17 | V172M (GTG→ATG) | PP_2003 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (9/4); new base A (2/2); total (11/6) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.61e-01 | |||||||||||
TTCAATGTCACCTGTGCACCGGACGTGAGCGACGATCAGCGCTCGACCATGTTCGCCAACGCCCTCCAGGACCGCTATGCGCTGAAAAAGTCCAACACCTCCGCCAGCCTGGGTGTGGGGGTGCTGGGTTCGGTGTCAATGCCGATCGGCTCCAGTGACGACTCGATGGTCAAGGTGGCCAGTGAGACGGTGACCGCGGCGCAGTTCTATGACCGCTATTTCGCCTTGGTGGAGAGCTACCTGCCCAAGCCGAAAAAAGTGAGCAAG > NC_002947/2272530‑2272796 | ttCAATGTCACCTGTGCACCGGACGTGAGCGACGATCAGCGCTCGACCATGTTCGCCAACGCCCTCCAGGACCGCTATGCGCTGAAAAAGTCCAACACCTCCGCCAGCCTGGGTGTGGGGGTGCTGGGTTCGGTCTCAATGCCGATCGGc > 2:410211/1‑150 (MQ=255) atggccccTGTGCACCGGACGTGAGCCACAATAAGCGCTCACTCGTGTTCGCCGACGCCCTCCAGGACCGCTATTCGCTGAAAAAGTCCAACACCTCCGCCAGCCTGGGTGTGGGGGTGCTGGGTTCGGTGTCAATGCCGATCGGCTCCa < 1:240898/144‑1 (MQ=255) gTCACCTGTGCACCGGACGTGAGCGACGATCAGCGCTCGACCATGTTCGCCAACGCCCTCCAGGACCGCTATGCGCTGAAAAAGTCCAACACCTCCGCCAGCCTGGGTGTGGGGGTGCTGGGTTCGgt > 2:203268/1‑128 (MQ=255) gTCACCTGTGCACCGGACGTGAGCGACGATCAGCGCTCGACCATGTTCGCCAACGCCCTCCAGGACCGCTATGCGCTGAAAAAGTCCAACACCTCCGCCAGCCTGGGTGTGGGGGTGCTGGGTTCGgt < 1:203268/128‑1 (MQ=255) tCACCTGTGCACCGGACGTGAGCGACGATCAGCGCTCGACCATGTTCGCCAACGCCCTCCAGGACCGCTATGCGCTGAAAAAGTCCAACACCTCCGCCAGCCTGGGTGTGGGGGTGCTGGGTTCGGTGTCAATGCCGATCGGCTCCAGTg > 1:275331/1‑150 (MQ=255) aCCTGTGCACCGGACGTGAGCGACGATCAGCGCTCGACCATGTTCGCCAACGCCCTCCAGGACCGCTATGCGCTGAAAAAGTCCAACACCTCCGCCAGCCTGGGTGTGGGGGTGCTGGGTTCGGTGTCAATGCCGATCGGCTCCAGTgac > 2:231467/1‑150 (MQ=255) ggACGTGAGCGACGATCAGCGCTCGACCATGTTCGCCAACGCCCTCCAGGACCGCTATGCGCTGAAAAAGTCCAACACCTCCGCCAGCCTGGGTGTGGGGGTGCTGGGTTCGGTGTCAATGCCGATCGGCTCCAGTGACGACTCGATGGt < 1:231467/150‑1 (MQ=255) aGCGCTCGACCATGTTCGCCAACGCCCTCCAGGACCGCTATGCGCTGAAAAAGTCCAACACCTCCGCCAGCCTGGGTGTGGGGGTGCTGGGTTCGGTGTCAATGCCGATCGGCTCCAGTGACGACTCGATGGTCAAGGTGGCCAGTgaga > 1:342260/1‑150 (MQ=255) cTCGACCATGTTCGCCAACGCCCTCCAGGACCGCTATGCGCTGAAAAAGTCCAACACCTCCGCCAGCCTGGGTGTGGGGGTGCTGGGTTAGGTGTACACGTTGAGCCGCAGCGGTGACGACTCGATGGTCAAGGTGGCCAGTGAGACGGt > 1:494983/1‑150 (MQ=255) gACCATGTTCGCCAACGCCCTCCAGGACCGCTATGCGCTGAAAAAGTCCAACACCTCCGCCAGCCTGGGTGTGGGGGTGCTGGGTTCGGTGTCAATGCCGATCGGCTCCAGTGACGACTCGATGGTCAAGGTGGCCAGTGAGACGGTGAc > 1:442934/1‑150 (MQ=255) cGCTATGCGCTGAAAAAGTCCAACACCTCCGCCAGCCTGGGTGTGGGGGTGCTGGGTTCGGTGTCAATGCCGATCGGCTCCAGTGACGACTCGATGGTCAAGGTGGCCAGTGAGACGGTGACCGCGGCGCAGTTCTATGACCGCTATTTc > 2:486864/1‑150 (MQ=255) tGAAAAAGTCCAACACCTCAGCCAGCCTGGGTGTGGGGGTGCTGGGTTCGGTGTCAATGCCGATCGGCTCAAGTGACGACTCGATGGTCAAGGTGGCCAGTGAGACGATGACCCCAACACAGTTCTATAACCGCTATTTCGCATtggtgg > 2:40933/1‑150 (MQ=255) cAGCCTGGGTGTGGGGATGCTGGGTTCGGTGTCAATGCCGATCGGCTCCAGTGACGACTCGATGGTCAAGGTGGCCAGt < 1:486184/79‑1 (MQ=255) cAGCCTGGGTGTGGGGATGCTGGGTTCGGTGTCAATGCCGATCGGCTCCAGTGACGACTCGATGGTCAAGGTGGCCAGt > 2:486170/1‑79 (MQ=255) cAGCCTGGGTGTGGGGATGCTGGGTTCGGTGTCAATGCCGATCGGCTCCAGTGACGACTCGATGGTCAAGGTGGCCAGt > 2:486184/1‑79 (MQ=255) cAGCCTGGGTGTGGGGATGCTGGGTTCGGTGTCAATGCAGATCGGCTCCAGTGACGACTCGATGGTCAAGGTGGCCAGt < 1:486170/79‑1 (MQ=255) gtgtGGGGGTGCTGGGTTCGGTGTCAATGCCGATCGGCTCCAGTGACGACTCGATGGTCAAGGTGGCCAGTGAGACGGTGACCGCGGCGCAGTTCTATGACCGCTATTTCGCCTTGGTGGAGAGCTACCTGCCCAAGCCGAAAAAAGTGa < 1:486864/150‑1 (MQ=255) ggggTGCTGGGTTCGGTGTCAATGCCGATCGGCTCCAGTGACGACTCGATGGTCAAGGTGGCCAGTGAGACGGTGACCGCGGCGCAGTTCTATGACCGCTATTTCGCCTTGGTGGAGAGCTACCTGCCCAAGCCGAAAAAAGTGAGCAAg < 2:342260/150‑1 (MQ=255) ggggTGCTGGGTTCGGTGTCAATGCCGATCGGCTCCAGTGACGACTCGATGGTCAAGGTGGCCAGTGAGACGGTGACCGCGGCGCAGTTCTACGACCGCTATTTCGCCTTGGTGGAGAGCTACCTGAAAAAAAAAAAAAAAGTGAGCAAg < 2:494983/150‑1 (MQ=255) | TTCAATGTCACCTGTGCACCGGACGTGAGCGACGATCAGCGCTCGACCATGTTCGCCAACGCCCTCCAGGACCGCTATGCGCTGAAAAAGTCCAACACCTCCGCCAGCCTGGGTGTGGGGGTGCTGGGTTCGGTGTCAATGCCGATCGGCTCCAGTGACGACTCGATGGTCAAGGTGGCCAGTGAGACGGTGACCGCGGCGCAGTTCTATGACCGCTATTTCGCCTTGGTGGAGAGCTACCTGCCCAAGCCGAAAAAAGTGAGCAAG > NC_002947/2272530‑2272796 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |