| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,256,582 | (C)8→9 | coding (615/1281 nt) | PP_2853 ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,256,574 | 1 | . | C | 81.8% | 19.7 / 0.7 | 12 | coding (623/1281 nt) | PP_2853 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/2); new base C (5/4); total (5/7) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTCTTTGCCGGTCGGTGCCTTGATGCGCAGGGTGGCCACTGCGTCAGGCCAGGTTTCGTCCTCGTCGAGGAATTTGTAGGCCACCCCGA‑CGTTGATATCGCCGATTTCCGGGTCGCGGGTCACGCTGGCATCGGAAGTGGTTGCCCCGG‑C‑CCCCCCCGCACCACCGGACGAGTAGGTGGACTCGCGGTAAACTACGGGGACGTTGATGTCGAACTGCCAGCGCTGCGCCAGGTTATAGCGGGCAGTCATGTCCAAGGTCCAGTTGTCAGCCTTGATCCGGTCGAG > NC_002947/3256426‑3256710 | gTCTTTGCCGGTCGGTGCCTTGATGCGCAGGGTGGCCACTGCGTCAGGCCAGGTTTCGTCCTCGTCGAGGAATTTGTAGGCCACCCCGA‑CGTTGATATCGCCGATTTCCGGGTCGCGGGTCACGCTGGCATCGGAAGTGGTTGCCCCGG‑c > 1:26059/1‑150 (MQ=255) cTTTGCCGGTCGGTGCCTTGATGCGCAGGGTGGCCACTGCGTCAGGCCAGGTTTCGTCCTCGTCGAGGAATTTGTAGGCCACCCCGA‑CGTTGATATCGCCGATTTCCGGGTCGCGGGTCACGCTGGCATCGGAAGTGGTTGCCCCGG‑c‑cc < 2:26059/150‑1 (MQ=255) gggtGCCTTGATGGGCAGGGTGGCCACTGCGTCAGGCCAGGATTCGACCCCGTTCCGAACTCTG‑ACTTTTGTCCGATCGTTGTTTTCGCCTTTGGCTGTGTGGTGGGTCTCGCTTGCATCGGAAGTGGTTGCCCCGG‑c‑ccccccccgcac < 2:80866/149‑6 (MQ=255) gCCTTGATGTGCAGGGTGGCCACTGCGTCAGGCCAGGTTTCGTCCTCGTCGAGGAATTTGTAGGCCACCCCGA‑CGTTGATATCGCCGATTTCCGGGTCGCGGGTCACGCTGGCATCGGAAGTGGTTGCCCCGG‑c‑ccccccccgca > 1:670481/1‑141 (MQ=255) gCCTTGATGTGCAGGGTGGCCACTGCGTCAGGCCAGGTTTCGTCCTCGTCGAGGAATTTGTAGGCCACCCCGA‑CGTTGATATCGCCGATTTCCGGGTCGCGGGTCACGCTGGCATCGGAAGTGGTTGCCCCGG‑c‑ccccccccgca < 2:670481/145‑5 (MQ=255) ttGAGGCGCAGGGTGGCCACTGCGTCAGGCCAGGTTTCGTCCTCGTGGAGGAATTTGTAGGCCACCCCGA‑CGTTGATATCGCCGTGTTCCGGGTCGCGGGTCACGCTGGCATCGGAAGTGGGTGCCCCGGCC‑CCCCCCCGCACCACCGGa < 2:148672/150‑1 (MQ=255) gTCAGGCCAGGTTTCGTCCTCGTCGAGGAATTTGTAGGCCACCCCGA‑CGTTGATATCGCCGATTTCCGGGTCGCGGGTCACGCTGGCATCGGAAGTGGTTGCCCCGGCC‑CCCCCCCGCACCACCGGACGAGTAGGTGGACTCGCGGTaaa > 2:378555/1‑150 (MQ=255) ccAGGTTTCGTCCTCGTCGAGGAATTTGTAGGCCACCCCGA‑CGTTGATATCGCCGATTTCCGGGTCGCGGGTCACGCTGGCATCGGAAGTGGTTGCCCCGGCC‑CCCCCCCGCACCACCGGACGAGTAGGTGGACTCGCGGTAAACTACgg > 2:288044/1‑150 (MQ=255) tcgtcgAGGAATTTGTAGGCCACCCCGA‑CGTTGATATCGCCGATTTCCGGGTCGCGGGTCACGCTGGCATCGGAAGTGGTTGCCCCGGCC‑CCCCCCCGCACCACCGGACGAGTAGGTGGACTCGCGGTAAACTACGGGGACGTTGATGTc > 1:696241/1‑150 (MQ=255) gtcgAGGAATTTGTAGGCCACCCCGA‑CGTTGATATCGCCGATTTCCGGGTCGCGGGTCACGCTGGCATCGGAAGTGGTTGCCCCGGCC‑CCCCCCCGCACCACCGGACGAGTAGGTGGACTCGCGGTAAACTACGGGGACGTTGATGTCGa > 2:126016/1‑150 (MQ=255) ggAATTTGTAGGCCACCCCGA‑CGTTGATATCGCCGATTTCCGGGTCGCGGGTCACGCTGGCATCGGAAGTGGTTGCCCCGGCC‑CCCCCCCGCACCACCGGACGAGTAGGTGGACTCGCGGTAAACTACGGGGACGTTGATGTCGAACTGc < 1:378555/150‑1 (MQ=255) tatCGCCGATTTCCGGGTCGCGGGTCACGCTGGCATCGGAAGTGGTTGCCCCGGTC‑CCCCCCCGCACCACCGGACGAGTAGGTGGACTCGCGGTAAACGACGGGGACGTTGATGTCGAACTGCCAGCGCTGCGCCAGGTTATAGCGGGCa < 2:97141/150‑1 (MQ=255) tCGCCGATTTCCGGGTCGCGGGTCACGCTGGCATCGGAAGTGGTTGCCCCGGCC‑CCCCCCCGCACCACCGGACGAGTAGGTGGACTCGCGGTAAACTACGGGGACGTTGATGTCGaa > 1:316616/1‑117 (MQ=255) tCGCCGATTTCCGGGTCGCGGGTCACGCTGGCATCGGAAGTGGTTGCCCCGGCC‑CCCCCCCGCACCACCGGACGAGTAGGTGGACTCGCGGTAAACTACGGGGACGTTGATGTCGaa < 2:316616/117‑1 (MQ=255) cgatctCACGCTGGCATCGGAAGTTGTGCCCCCGG‑C‑CCACCCCGCACCACCGGACGAGTAGGTGGACTCGCGGTAAACTACGGGGACGTTGATGTCGAACTGCCAGCGCTGCGCCAGGTTATAGCGGGCAGTCATGTCCAAGGTCCAGtt < 1:297200/145‑1 (MQ=255) catgccACGCTGGCGTCGGACGTGCTTGACCCGC‑CGCTCCCCCGCCCCACCGGACGAGTAGGTGGACCCGCGGTAAACTGCGGGGCCGTTCATGTCGAACTGCCAGCGCCGCGCCGGGTTATAGCGGGCAGTCATGTCCAGGCTCCAGtt < 2:180233/145‑1 (MQ=255) gTGGTTGCCCCGGCC‑CCCCCCCGCACCACCGGACGAGTAGGTGGACTCGCGGTAAACTACGGGGACGTTGATGTCGAACTGCCAGCGCTGCGCCAGGTTATAGCGGGCAGTCATGTCCAAGGTCCAGTTGTCAGCCTTGATCCGGTCGAg < 2:605459/150‑1 (MQ=255) | GTCTTTGCCGGTCGGTGCCTTGATGCGCAGGGTGGCCACTGCGTCAGGCCAGGTTTCGTCCTCGTCGAGGAATTTGTAGGCCACCCCGA‑CGTTGATATCGCCGATTTCCGGGTCGCGGGTCACGCTGGCATCGGAAGTGGTTGCCCCGG‑C‑CCCCCCCGCACCACCGGACGAGTAGGTGGACTCGCGGTAAACTACGGGGACGTTGATGTCGAACTGCCAGCGCTGCGCCAGGTTATAGCGGGCAGTCATGTCCAAGGTCCAGTTGTCAGCCTTGATCCGGTCGAG > NC_002947/3256426‑3256710 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |