Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,635,632 | A→T | M57K (ATG→AAG) | uvrY ← | BarA/UvrY two‑componenent system response regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,635,632 | 0 | A | T | 94.7% | 109.2 / ‑1.1 | 38 | M57K (ATG→AAG) | uvrY | BarA/UvrY two‑componenent system response regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base T (15/21); total (16/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.56e-01 |
GCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTT‑CAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGA > NC_002947/4635485‑4635775 | gCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCttt < 2:584723/150‑1 (MQ=255) cccTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTc < 1:195487/150‑1 (MQ=255) ccTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCAACGCCTCTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCATCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTca > 1:48276/1‑150 (MQ=255) cAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTGGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCAcatccat < 2:264646/150‑1 (MQ=255) cAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCAcatccat < 2:461584/150‑1 (MQ=255) tAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGc < 1:366395/150‑1 (MQ=255) aGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGca < 2:219671/150‑1 (MQ=255) gCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTc < 2:551749/150‑1 (MQ=255) 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gggTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTT‑CAGTGcc > 1:486555/1‑150 (MQ=255) ccTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTT‑CAGTGCCGACTCGc > 2:634000/1‑150 (MQ=255) cTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTT‑CAGTGCCGACTCGcc > 1:309520/1‑150 (MQ=255) tCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTT‑Ca < 2:692748/136‑1 (MQ=255) tCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTT‑Ca > 1:692748/1‑136 (MQ=255) 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cGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTT‑CAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTcacc < 2:309520/150‑1 (MQ=255) ccTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGca > 1:143738/1‑81 (MQ=255) ccTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGca < 2:143738/81‑1 (MQ=255) tGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTT‑CAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCa < 2:223347/150‑1 (MQ=255) tGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCACGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTT‑CAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCa < 1:679128/150‑1 (MQ=255) cAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTT‑CAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGt < 1:634000/150‑1 (MQ=255) cagTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTT‑CAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACAt > 2:423097/1‑150 (MQ=255) gTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTT‑c < 1:623130/86‑1 (MQ=255) gTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTT‑c > 2:623130/1‑86 (MQ=255) ttGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTT‑CAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCgt < 1:560163/150‑1 (MQ=255) ttGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGCGCCAGTTC‑CAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCgt < 2:48276/150‑1 (MQ=255) ttGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTT‑CAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACACACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCgt < 2:544963/150‑1 (MQ=255) ccacatgccgccGATGCCGGGCTTTTTCACATCCATAAGCACAACGTCCGATTTCAGCTCTCGGGCCAGTTT‑CAGGGCCCTCTCGCCTGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGt > 2:610192/7‑150 (MQ=255) cTCCAGGCCGTCCATGCCGCGCTGTTTCACCTCCATCAGCACCACGTCCGGTTTCGGCTCACGGGCCAGTTT‑CAGTGCCGTCTCGGAGGAATCTCCATCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGt < 2:217235/150‑1 (MQ=255) gCCGGGCTTTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTT‑CAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTg < 1:578940/150‑1 (MQ=255) ccGGTCTTTTTCACCTCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCGCCCGGGCCAGTTT‑CAGTGCCGACTCGCCGGAAACTCCCTCACCCATCACCTGCAGGCCGTCGATGTGGGCCAACATCAGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGa < 1:68589/150‑1 (MQ=255) | GCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTT‑CAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGTAATACCGGTTCGTACCAGATCGTGA > NC_002947/4635485‑4635775 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |