| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,635,606 | T→G | T66P (ACC→CCC) | uvrY ← | BarA/UvrY two‑componenent system response regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,635,606 | 0 | T | G | 95.5% | 286.3 / 2.6 | 89 | T66P (ACC→CCC) | uvrY | BarA/UvrY two‑componenent system response regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/2); new base G (41/44); total (43/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.89e-01 | |||||||||||
GGCCTGGACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGT > NC_002947/4635460‑4635750 | ggCCTGGACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGc < 1:362634/150‑1 (MQ=255) tGGACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCCACTTTCGGCAACAAGCGTGGGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTcc > 1:1200665/1‑150 (MQ=255) aTTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGgccg > 2:16275/1‑150 (MQ=255) tttCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGgccgc > 2:1385382/1‑150 (MQ=255) ttCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGgccgcc < 2:703965/150‑1 (MQ=255) tCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACCACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTGGAGgcccccc < 1:1614618/150‑2 (MQ=255) tCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGGCCGCCGATg > 1:200012/1‑150 (MQ=255) aGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCg > 2:1331182/1‑150 (MQ=255) aGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCg < 1:1525570/150‑1 (MQ=255) ggCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCgg < 2:456503/150‑1 (MQ=255) ggCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCgg < 2:106496/150‑1 (MQ=255) ggCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCgg < 1:1876745/150‑1 (MQ=255) cTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCa > 1:1105675/1‑150 (MQ=255) cTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCa > 2:1407951/1‑150 (MQ=255) cACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCACCGGCCTGAACCAAGCGGGGGGGGAACTGTTCTGACTCGCACACCGTAAACGACTATTCGTTTATGCTAGGTTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCAttt > 1:2224968/1‑150 (MQ=255) cccTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTc < 1:1385382/150‑1 (MQ=255) ccTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTca > 1:1076485/1‑150 (MQ=255) ccTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTca > 2:155010/1‑150 (MQ=255) ttGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTcaca > 1:797680/1‑150 (MQ=255) ttGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGCGGCGCCTCCCGGCCGCCGATGCAGGGCATTTTcacc < 2:1574725/150‑2 (MQ=255) cAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCAcatccat < 2:1105675/150‑1 (MQ=255) gTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAg < 1:1407951/150‑1 (MQ=255) gCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGcac > 1:582841/1‑150 (MQ=255) cGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACaa > 2:854764/1‑150 (MQ=255) cGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACaa > 1:1995677/1‑150 (MQ=255) gcgcCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTcc < 1:1688563/150‑1 (MQ=255) gcgcCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTcc < 1:1177204/150‑1 (MQ=255) gcCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCgg < 1:1783773/150‑1 (MQ=255) ccGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGt < 2:1784824/150‑1 (MQ=255) ccTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCAcatccat > 1:426391/1‑130 (MQ=255) ccTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCAcatccat < 2:426391/130‑1 (MQ=255) ccTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCa < 2:2125489/150‑1 (MQ=255) ccTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCa < 1:1491300/150‑1 (MQ=255) cTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGGCCGCCTGTGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAg > 1:1391776/1‑150 (MQ=255) cTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAg > 1:1256609/1‑150 (MQ=255) tGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGc > 2:1428814/1‑132 (MQ=255) tGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGc < 1:1428814/132‑1 (MQ=255) caaGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCg > 2:1595843/1‑150 (MQ=255) caaGCGTGTGGGGAACGGGCATTCCTAGCACAACCAGAACGCAAATACGTTTATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCTGGGGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCg > 2:1168160/1‑150 (MQ=255) aaGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCgg < 2:1930344/150‑1 (MQ=255) aaGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCgg > 1:170105/1‑150 (MQ=255) gCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGTACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGc < 1:1559859/150‑1 (MQ=255) tgGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGtt > 2:1355357/1‑150 (MQ=255) gggAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCAcatcca < 1:2130156/112‑1 (MQ=255) gggAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCAcatcca > 2:2130156/1‑112 (MQ=255) ggAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCa < 2:1076485/150‑1 (MQ=255) gTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGa < 1:16275/150‑1 (MQ=255) gTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGa > 2:2071812/1‑150 (MQ=255) ttCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGc > 1:743630/1‑132 (MQ=255) ttCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGc < 2:743630/132‑1 (MQ=255) tCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCg < 1:854764/150‑1 (MQ=255) tCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTCCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTc > 1:1371170/1‑117 (MQ=255) tCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTCCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTc < 2:1371170/117‑1 (MQ=255) gCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGa < 2:582841/150‑1 (MQ=255) acCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGc < 1:1162827/142‑1 (MQ=255) acCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGc > 2:1162827/1‑142 (MQ=255) acCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGGGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGGGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAAtct > 1:667540/1‑150 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gCGGGGGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCgtgt < 2:200012/150‑1 (MQ=255) | GGCCTGGACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAATCTCCCTCACCCACCACCTGCAGGCCGTCGATGTCGGCCAACATCCGTGT > NC_002947/4635460‑4635750 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |