Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,348,749 | 0 | A | G | 46.0% | 170.7 / inf | 541 | intergenic (‑70/+404) | PP_3820/galU | group II intron‑encoding maturase/UTP‑glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (155/136); new base G (129/119); total (284/257) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.95e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.92e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 542 total aligned reads displayed.
ATTTCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCTCACCC > NC_002947/4348631‑4348898 | tttCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCTACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGTTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGt < 2:3821197/150‑1 (MQ=9) ttCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTCACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTg > 2:1805877/1‑150 (MQ=17) ttCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTg > 1:1226399/1‑150 (MQ=32) ttCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTg > 1:4918877/1‑150 (MQ=32) ttCTGCATTACGCTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTg < 2:3965579/150‑1 (MQ=17) cTGCATTACGGTTCCCAAGGAGCCGGCGACGCCTACGGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTGCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑c < 2:1674534/150‑1 (MQ=11) cTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑c < 1:5217210/150‑1 (MQ=17) tGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑Ca > 1:5619941/1‑150 (MQ=32) gCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTCCTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑Caa < 2:2231057/150‑1 (MQ=17) gCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑Caa < 2:5926487/150‑1 (MQ=32) cATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAg > 1:2063154/1‑150 (MQ=18) aTTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGc < 1:1440826/150‑1 (MQ=34) aTTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGc < 2:1302437/150‑1 (MQ=34) ttACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCg > 2:5150968/1‑150 (MQ=21) cGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGCCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCCGCTGACTACTGCANGCTNATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTAc < 1:5895068/150‑1 (MQ=255) ggTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACa < 2:558393/150‑1 (MQ=25) ggTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACa > 2:4974688/1‑150 (MQ=35) tACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGAt < 2:694317/150‑1 (MQ=25) aaCGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTGCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGATCTcc > 1:5742508/1‑150 (MQ=255) agaCGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAgg < 1:6705195/150‑1 (MQ=25) agaCGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAgg < 1:4834310/150‑1 (MQ=35) gaCGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCATTTCGACGCGCTGTAGCACATTTG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAggg > 2:1183160/1‑150 (MQ=11) gaCGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAggg > 1:262965/1‑150 (MQ=35) aCGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAGGGt < 2:6538617/150‑1 (MQ=25) aCGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAGGGt > 2:4076771/1‑150 (MQ=35) ggCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTaa > 1:6919039/1‑150 (MQ=35) gCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTcgcg > 1:6235197/1‑150 (MQ=35) ccTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTCCGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTcgcgc < 1:4345150/150‑1 (MQ=25) tACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGa > 2:4297983/1‑150 (MQ=25) tACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGa > 1:3888800/1‑150 (MQ=35) aCTGGCGGCATAACCTGTTCGACCATTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGATGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGAc < 2:3622315/150‑1 (MQ=255) gcggcATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTc > 1:3018900/1‑150 (MQ=25) ggcATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCt < 2:4422974/150‑1 (MQ=35) ggcATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCt > 1:3155351/1‑150 (MQ=35) cATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGc < 2:2403849/150‑1 (MQ=25) cATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGc < 1:2358110/150‑1 (MQ=35) cATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTCG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGc < 1:1589334/150‑1 (MQ=25) aTAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCt < 1:1371897/150‑1 (MQ=25) aaCCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTa < 1:4465706/150‑1 (MQ=35) ccTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTc < 1:5851272/130‑1 (MQ=37) ccTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATg > 1:3951679/1‑150 (MQ=34) ttCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTg > 2:6019465/1‑150 (MQ=25) ttCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTg > 1:7100186/1‑150 (MQ=25) cGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTc < 2:2675189/150‑1 (MQ=35) 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cccTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGa > 1:3797730/1‑150 (MQ=35) ccTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTcgc > 1:6111924/1‑122 (MQ=37) ccTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGAt > 1:5376710/1‑150 (MQ=25) ccTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGc > 2:2581790/1‑97 (MQ=37) ccTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGAt < 2:2881779/150‑1 (MQ=35) ccTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGAt < 1:5028397/150‑1 (MQ=35) 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cGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGc > 2:6312943/1‑110 (MQ=255) cGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGACTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTggg > 2:252501/1‑150 (MQ=21) ggCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCATACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCACGTATTGGGc > 2:616471/1‑150 (MQ=255) cTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCtt > 1:6507724/1‑150 (MQ=35) ttCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCttt < 2:5351847/150‑1 (MQ=25) ttCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCttt > 2:6386482/1‑150 (MQ=21) ttCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGGATTGGGCttt > 1:2747465/1‑150 (MQ=25) ttCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTCCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCttt > 1:5454686/1‑150 (MQ=25) ggCTGACTTCTGCACGCTTATCTCGTTGTCTTTCGACGCGTGGTAGCACAGTGG‑CAATCGTTCAGATCTCCCAGGGTAATTCGTGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGc < 2:142484/150‑1 (MQ=11) ggCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGc < 1:1272428/150‑1 (MQ=25) ggCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGc < 1:3620668/150‑1 (MQ=35) gCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCg > 2:5734092/1‑150 (MQ=25) aCTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGAttt < 1:3470465/150‑1 (MQ=35) ttCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTtgt > 1:793239/1‑150 (MQ=25) ttCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTtgt < 2:2063154/150‑1 (MQ=25) cTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGc > 1:7147130/1‑150 (MQ=25) cTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGc < 2:830337/150‑1 (MQ=35) cACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCAc < 2:3229915/150‑1 (MQ=25) cACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCAc > 2:1092646/1‑150 (MQ=25) cACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCAATTTGTGCCAc < 2:5287712/150‑1 (MQ=255) cACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTg < 1:5279361/136‑1 (MQ=37) gCTNATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCTc > 2:4519109/1‑150 (MQ=25) gCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCTc > 2:6884707/1‑150 (MQ=25) | ATTTCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGG‑CAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCTCACCC > NC_002947/4348631‑4348898 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |