Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | NC_002947 | 4,741,298 | 1 | . | T | 58.0% | 389.4 / 300.6 | 193 | intergenic (+489/+263) | gltA/yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (39/42); new base T (61/51); total (100/93) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.66e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 197 total aligned reads displayed.
TACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AA‑CC‑TCC‑GCCAAC‑T‑GCATTCGTGAA‑CCAAGCAACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCCGTCCTCGTCCTTG > NC_002947/4741150‑4741441 | gggTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGaatcc > 1:720513/1‑147 (MQ=255) gTCAGGTTGCCATCCGCCTCCTTGCTGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTCAACTGGGCATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGaatccag < 2:3233824/150‑6 (MQ=255) gTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGaatccag > 1:90272/1‑145 (MQ=255) 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tGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTcctcct < 1:6346708/150‑1 (MQ=255) tGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CC‑GC‑TTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTcctcct > 2:1697649/1‑150 (MQ=255) gTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGc < 2:5261893/150‑1 (MQ=255) tCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCa > 2:7168217/1‑150 (MQ=255) tCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCa > 1:1518058/1‑150 (MQ=255) 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ccATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGt > 2:4882701/1‑150 (MQ=255) ccATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGt < 1:5648695/150‑1 (MQ=255) ccATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGt < 2:2627000/150‑1 (MQ=255) gCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCAGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCacac > 1:1716008/1‑150 (MQ=255) gTATTGAACTGGGTATGGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACcg > 1:6790091/1‑150 (MQ=255) 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ataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTa < 2:3918521/150‑1 (MQ=255) ataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCCCAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACTGCGATAGGCCTTGTa < 2:5734530/150‑1 (MQ=255) taGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTAc > 1:2990410/1‑150 (MQ=255) ggTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACtt > 1:6395025/1‑150 (MQ=255) ggTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTC‑TGCGACTT‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACtt < 1:6112307/150‑1 (MQ=255) gTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGtcctc < 1:5006132/83‑1 (MQ=255) gTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTg > 2:5520688/1‑150 (MQ=255) atgcatctctGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTACTCCTGCAA‑CGCCTAGACCTAAGCCAGCGACGGCTTGATCCTGGTCCGAACTAGATAGGCATTATACTTg > 1:3775571/7‑150 (MQ=255) tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTgg > 1:5865684/1‑150 (MQ=255) cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGAc < 1:932850/150‑1 (MQ=255) ctGGTCCCCTTCGTGCTCGAGCCG‑CC‑ACT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGc < 2:67007/150‑1 (MQ=255) ctGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGc < 1:416529/150‑1 (MQ=255) ctGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCC‑CCAGCCGCCTCGACCTTAAAAAAAGATTTAAGCAACTCTGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGc < 1:4795884/150‑1 (MQ=255) tGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGcc > 2:3517982/1‑150 (MQ=255) tGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGcc > 2:6403495/1‑150 (MQ=255) gTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCAc > 1:4742915/1‑150 (MQ=255) gTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCAc < 2:4742915/150‑1 (MQ=255) gTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCAc > 2:6233754/1‑150 (MQ=255) ttCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACTCCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACt < 2:2750046/150‑1 (MQ=255) ctCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTC‑TGCGAC‑TGGCATTCTTGAA‑TTCAGGCACAGGCCCCGGACACGGCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACt < 2:3221863/149‑1 (MQ=255) cGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTC‑TGCGACTT‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGa < 1:288236/150‑1 (MQ=255) tgcgactt‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCcg > 1:5328189/8‑150 (MQ=255) gactt‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCcgtcc > 2:3162528/5‑150 (MQ=255) aTTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCcgtcctcgtcct > 2:5018766/1‑150 (MQ=255) aTTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCcgtcctcgtcct > 1:2156052/1‑150 (MQ=255) ttCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCCGTCCTCGTCCtt < 2:644739/150‑1 (MQ=255) tCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCCGTCCTCGTCCTTg < 2:425145/150‑1 (MQ=255) | TACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AA‑CC‑TCC‑GCCAAC‑T‑GCATTCGTGAA‑CCAAGCAACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCCGTCCTCGTCCTTG > NC_002947/4741150‑4741441 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |