Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | NC_002947 | 4,741,299 | 0 | C | T | 42.0% | 148.8 / 182.2 | 193 | intergenic (+490/+262) | gltA/yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (61/51); new base T (39/42); total (100/93) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.66e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 193 total aligned reads displayed.
CCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AA‑CC‑TCC‑GCCAAC‑TGCATTCGTGAA‑CCAAGCAACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCCGTCCTCGTCCTTG > NC_002947/4741164‑4741441 | ccATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGcc > 1:2621707/1‑150 (MQ=255) ccGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACTGAATCACGCGAACTCGAAATCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCAACTTCGAGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCgg > 1:4854755/1‑150 (MQ=255) gCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGac > 1:1149739/1‑150 (MQ=255) gCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGac > 1:6384145/1‑150 (MQ=255) ctTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGtc > 1:2464825/1‑150 (MQ=255) aTGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGtcctcc < 1:4618752/150‑1 (MQ=255) aTGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GA‑TAC‑CACGACTTGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGtcctcc > 1:438606/1‑150 (MQ=255) tGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CC‑GC‑TTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTcctcct > 2:1697649/1‑150 (MQ=255) 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ccATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGCTCTCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGt < 1:3605875/150‑1 (MQ=255) tGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTcac > 1:916794/1‑150 (MQ=255) gCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCAGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCacac > 1:1716008/1‑150 (MQ=255) gCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTC‑TGCGACTTGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACggaactgg < 1:5610719/150‑7 (MQ=255) tATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCGGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACcgc > 2:1128991/1‑150 (MQ=255) 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(MQ=255) tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTC‑TGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGTTCTTAACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTgg < 1:6936012/150‑1 (MQ=255) aGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGAcc > 1:650339/1‑150 (MQ=255) ctctGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCg < 1:3094929/150‑1 (MQ=255) tctGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTC‑TGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCgg < 1:6589777/150‑1 (MQ=255) ctGGTCCCCTTCGTGCTCGAGCCG‑CC‑ACT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGc < 2:67007/150‑1 (MQ=255) ctGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCC‑CCAGCCGCCTCGACCTTAAAAAAAGATTTAAGCAACTCTGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGc < 1:4795884/150‑1 (MQ=255) tGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGcc > 2:6403495/1‑150 (MQ=255) gTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCAc > 1:4742915/1‑150 (MQ=255) gTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCAc > 1:2774914/1‑150 (MQ=255) gTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCAc > 1:345660/1‑150 (MQ=255) gTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCAc > 2:6233754/1‑150 (MQ=255) cACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCt > 2:480968/1‑150 (MQ=255) ccTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCa < 2:4718356/150‑1 (MQ=255) ttCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACTCCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACt < 2:2750046/150‑1 (MQ=255) tgcgacttGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCcg > 1:5948076/8‑150 (MQ=255) cgacttGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCcgtc < 1:2858356/145‑1 (MQ=255) cttGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCcgtcctc < 1:5298959/148‑1 (MQ=255) aTTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCcgtcctcgtcct > 1:3165764/1‑150 (MQ=255) aTTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCcgtcctcgtcct > 1:2156052/1‑150 (MQ=255) aTTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCcgtcctcgtcct > 2:4963774/1‑150 (MQ=255) ttCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCCGTCCTCGTCCtt < 2:644739/150‑1 (MQ=255) | CCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AA‑CC‑TCC‑GCCAAC‑TGCATTCGTGAA‑CCAAGCAACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCCGTCCTCGTCCTTG > NC_002947/4741164‑4741441 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |