| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,741,280 | C→T | intergenic (+471/+281) | gltA → / ← yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,741,280 | 0 | C | T | 77.2% | 331.3 / 87.8 | 180 | intergenic (+471/+281) | gltA/yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (17/24); new base T (74/65); total (91/89) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.15e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 | |||||||||||
Only 100 of 180 total aligned reads displayed.
TACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AA‑CC‑TCC‑GCCAAC‑T‑GCATTCGTGAA‑CCAAGCAACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGA > NC_002947/4741150‑4741412 | gggTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGaatcc > 1:720513/1‑147 (MQ=255) gTCAGGTTGCCATCCGCCTCCTTGCTGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTCAACTGGGCATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGaatccag < 2:3233824/150‑6 (MQ=255) gTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGaatccag > 1:90272/1‑145 (MQ=255) 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ggTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACtt < 2:3993260/150‑1 (MQ=255) ggTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACtt < 2:2964802/150‑1 (MQ=255) ggTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTC‑TGCGACTT‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACtt < 1:6112307/150‑1 (MQ=255) gTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGtcctc > 2:5006132/1‑83 (MQ=255) gTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGtcctc < 1:5006132/83‑1 (MQ=255) atgcatctctGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTACTCCTGCAA‑CGCCTAGACCTAAGCCAGCGACGGCTTGATCCTGGTCCGAACTAGATAGGCATTATACTTg > 1:3775571/7‑150 (MQ=255) tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTgg > 1:4608794/1‑150 (MQ=255) cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGAc > 1:4534625/1‑150 (MQ=255) aGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGAcc > 1:650339/1‑150 (MQ=255) ttctGGTGAACTTCGTGCTTGCG‑CA‑GC‑TTC‑TGCAACTT‑TCATTCTTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCg < 2:6904909/149‑1 (MQ=255) tctGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTC‑TGCGACTT‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCgg < 1:6589777/150‑1 (MQ=255) ctGGTCCCCTTCGTGCTCGAGCCG‑CC‑ACT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGc < 2:67007/150‑1 (MQ=255) ctGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCC‑CCAGCCGCCTCGACCTTAAAAAAAGATTTAAGCAACTCTGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGc < 1:4795884/150‑1 (MQ=255) gTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCAc < 2:4742915/150‑1 (MQ=255) gTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCAc > 1:4742915/1‑150 (MQ=255) gTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCAc > 2:6233754/1‑150 (MQ=255) gTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCAc > 1:2774914/1‑150 (MQ=255) ccTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCa < 2:4718356/150‑1 (MQ=255) cTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTC‑TGCGACTT‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGt > 2:1909072/1‑109 (MQ=255) ttCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACTCCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACt < 2:2750046/150‑1 (MQ=255) ctCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTC‑TGCGAC‑TGGCATTCTTGAA‑TTCAGGCACAGGCCCCGGACACGGCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACt < 2:3221863/149‑1 (MQ=255) cGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTC‑TGCGACTT‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGa < 1:288236/150‑1 (MQ=255) | TACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AA‑CC‑TCC‑GCCAAC‑T‑GCATTCGTGAA‑CCAAGCAACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAG‑CGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGA > NC_002947/4741150‑4741412 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |