| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,377,121 | Δ1 bp | 8.5% | coding (235/492 nt) | PP_2084 → | ribonuclease activity regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,377,121 | 0 | C | . | 8.5% | 136.8 / 8.5 | 47 | coding (235/492 nt) | PP_2084 | ribonuclease activity regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/22); new base . (2/2); total (23/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.10e-01 | |||||||||||
GCCGCGATTCGTTCGGTGGCCAGATCGTTACCATCAAGTGTTTCGAGGACAATTCGCTGGTCAAGGAGCAGGTCGAACTCGACGGCAAGGGCAAAGTGCTGGTGGTCGATGGCGGTGGGTCGCTGCGCCGTGCGCTGCTCGGCGA‑CATGCTCGCCGAAAAAGCCGCAAAAAACGGTTGGGAAGGCTTGGTGATCTACGGCTGCGTGCGTGATGTCGACGTGCTGATCCAGACCGACGTTGGCGTGCAGGCCCTGGCCAGCCACCCGATGAAGACCGACAAGCGGGGTATTGGCGAT > NC_002947/2376972‑2377267 | gCCGCGATTCGTTCGGTGGCCAGATCGTTACCATCAAGTGTTTCGAGGACAATTCGCTGGTCAAGGAGCAGGTCGAACTCGACGGCAAGGGCAAAGTGCTGGTGGTCGATGGCGGTGGGTCGCTGCGCCGTGCGCTGCTCGGCGA‑CATGc > 1:773993/1‑150 (MQ=255) gATTCGTTCGGTGGCCAGATCGTTACCATCAAGTGTTTCGAGGACAATTCGCTGGTCAAGGAGCAGGTCGAACTCGACGGCAAGGGCAAAGTGCTGGTGGTCGATGGCGGTGGGTCGCTGCGCCGTGCGCTGCTCGGCGA‑CATGCTCGcc < 1:18070/150‑1 (MQ=255) aTTCGTTCGGTGGCCAGATCGTTACCATCAAGTGTTTCGAGGACAATTCGCTGGTCAAGGAGCAGGTCGAACTCGACGGCAAGGGCAAAGTGCTGGTGGTCGATGGCGGTGGGTCGCTGCGCCGTGCGCTGCTCGGCGA‑CATGCTCGCCg > 1:915231/1‑150 (MQ=255) 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2:974156/127‑4 (MQ=255) tCAAGTGTTTCGAGGACAATTCGCTGGTCAAGGAGCAGGTCGAACTCGACGGCAAGGGCAAAGTGCTGGTGGTCGATGGCGGTGGGTCGCTGCGCCGTGCGCTGCTCGGCGA‑CATGCTCGCCGAAAAAGCCGCAAAAAACGGTTGGGAAg > 2:587963/1‑150 (MQ=255) tagagtTTCGAGGACAATTCGCTGGTCAAGGACCAGGTCGAACTCGCCGGCAAGGGCAAAGTGCTGGTGGTCGATGGCGGTGGGTCGCTGCGCTCTCAGCTGCACGGCTA‑CATGCTCGCCGCAAAAGCTGCAAGAAACGGTTGGGAAGGc < 2:471156/146‑1 (MQ=255) gtTTCGAGGACAATTCGCTGGTCAAGGAGCAGGTCGAACTCGACGGCAAGGGCAAAGTGCTGGTGGTCGATGGCGGTGGGTCGCTGCGCCGTGCGCTGCTCGGCGA‑CATGCTCGCCGAAAAAGCCGCAAAAAACGGTTGGGAAGGCTTgg < 1:810845/150‑1 (MQ=255) cGAGGACAATTCGCTGGTCAAGGAGCAGGTCGAACTCGACGGCAAGGGCAAAGTGCTGGTGGTCGATGGCGGTGGGTCGCTGCGCCGTGCGCTGCTCGGCGA‑CATGCTCGCCGAAAAAGCCGCAAAAAACGGTTGGGAAGGCTTGGTGAt < 2:573771/150‑1 (MQ=255) gAGGACAATTCGCTGGTCAAGGAGCAGGTCGAACTCGACGGCAAGGGCAAAGTGCTGGTGGTCGATGGCGGTGGGTCGCTGCGCCGTGCGCTGCTCGGCGA‑CNTGCTCANCGAAAAAGCCGCAAAAAACGGTTGGGAAGGCTTGGTGATc < 1:834198/150‑1 (MQ=255) aCAATTCGCTGGTCAAGGAGCAGGTCGAACTCGACGGCAAGGGCAAAGTGCTGGTGGTCGATGGCGGTGGGTCGCTGCGCCGTCACTTGCTCGGCGA‑TATTCCTTCCTAAAAAGCCGCAAAAAACGGTTGGGAAGGCTTGGTGATCTACg < 1:328013/150‑1 (MQ=255) aaTTCGCTGGTCAAGGAGCAGGTCGAACTCGACGGCAAGGGCAAAGTGCTGGTGGTCGATGGCGGTGGGTCGCTGCGCCGTGCGCTGCTCGGCGA‑CATGCTCGCCGAAAAAGCCGCAAAAAACGGTTGGGAAGGCTTGGTGATCTACGGc > 1:309520/1‑150 (MQ=255) aTTCGCTGGTCAAGGAGCAGGTCGAACTCGACGGCAAGGGCAAAGTGCTGGTGGTCGATGGCGGTGGGTCGCTGCGCCGTGCGCTGCTCGGCGA‑CATGCTCGCCGAAAAAGCCGCAAAAAACGGTTGGGAAGGCTTGGTGATCTACGGCt < 1:52253/150‑1 (MQ=255) ttCGCTGGTCAAGGAGCAGGTCGAACTCGACGGCAAGGGCAAAGTGCTGGTGGTCGATGGCGGTGGGTCGCTGCGCCGTGCGCTGCTCGGCGA‑CATGCTCGCCGAAAAAGCCGCAAAAAACGGTTGGGAAGGCTTGGTGATCTACGGCtg > 2:97469/1‑150 (MQ=255) tGGTCAAGGAGCAGGTCGAACTCGACGGCAAGGGCAAAGTGCTGGTGGTCGATGGCGGTGGGTCGCTGCGCCGTGCGCTGCGCGGCGA‑CATGCTCGCCGAAAAAGCCGCAAAAAACGGTTGGGAAGGCTTGGTGATCTACGGCtgcgtgc > 2:928349/1‑150 (MQ=255) 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cTCGACGGCAAGGGCAAAGTGCTGGTGGTCGATGGCGGTGGGTCGCTGCGCCGTGCGCTGCTCGGCGA‑CATGCTCGCCGAAAAAGCCGCAAAAAACGGTTGGGAAGGCTTGGTGATCTACGGCTGCGTGCGTGATGTCGACGTGCTGATc < 1:38225/150‑1 (MQ=255) gACGGCAAGGGCAAAGTGCTGGTGGTCGATGGCGGTGGGTCGCTGCGCCGTGCGCTGCTCGGCGAGCATG‑TCGCCGa < 1:252341/77‑1 (MQ=255) gACGGCAAGGGCAAAGTGCTGGTGGTCGATGGCGGTGGGTCGCTGCGCCGTGCGCTGCTCGGCGAGCATG‑TCGCCGa > 2:252341/1‑77 (MQ=255) gACGGCAAGGGCAAAGTGCTGGTGGTCGATGGCGGTGGGTCGCTGCGCCGTGCGCTGCTCGGCGA‑CATGCTCGCCGAAAAAGCCGCAAAAAACGGtt < 1:355506/97‑1 (MQ=255) gACGGCAAGGGCAAAGTGCTGGTGGTCGATGGCGGTGGGTCGCTGCGCCGTGCGCTGCTCGGCGA‑CATGCTCGCCGAAAAAGCCGCAAAAAACGGtt > 2:355506/1‑97 (MQ=255) aaGGGCAAAGTGCTGGTGGTCGATGGCGGTGGGTCGCTGCGCCGTGCGCTGCTGGGCGA‑CATGCTCGCCGAAAAAGCCGCAAAAAACGGTTGGGAAGGATTGGTGATTTACGGCAGCGTGTATAATGTGGAGGTGATGATCCTGACCGAc > 2:221805/1‑150 (MQ=255) aaGGGCAAAGTGCTGGTGGTCGATGGCGGTGGGTCGCTGCGCCGTGCGCTGCTCGGCGA‑CATGCTCGCCGAAAAAGCCGCAAAAAACGGTTGGGAAGGCTTGGTGATCTACGGCTGCGTGCGTGATGTCGACGTGCTGATCCAGACCGAc > 2:572792/1‑150 (MQ=255) 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gATGGCGGTGGGTCGCTGCGCCGTGCGCTGCTCGGCGA‑CATGCTCGCCGAAAAAGCCGCAAAAAACGGTTGGGAAGGCTTGGTGa > 2:1019950/1‑85 (MQ=255) gATGGCGGTGGGTCGCTGCGCCGTGCGCTGCTCGGCGA‑CATGCTCGCCGAAAAAGCCGCAAAAAACGGTTGGGAAGGCTTGGTGa < 1:1019950/85‑1 (MQ=255) ggTCGCTGCGCCGTGCGCTGCTCGGCGA‑CATGCTCGCCGAAAAAGCCGCAAAAAACGGTTGGGAAGGCTTGGTGATCTACGGCTGCGTGCGTGATGTCGACGTGCTGATCCAGACCGACGTTGGCGTGCAGGCCCTGGCCAGCCACCCGa < 1:97469/150‑1 (MQ=255) ggTCGCTGCGCCGTGCGCTGCTCGGCGA‑CATGCTCGCCGAAAAAGCCGCAAAAAACGGTTGGGAAGGCTTGGTGATCTACGGCTGCGTGCGTGATGTCGACGTGCTGATCCAGACCGACGTTGGCGTGCAGGCCCTGGCCAGCCACCCGa < 2:770517/150‑1 (MQ=255) ctgctCGGCGA‑CATGCTCGCCGAAAAAGCCGCAAAAAACGGTTGGGAAGGCTTGGTGATCTACGGCTGCGTGCGTGATGTCGACGTGCTGATCCAGACCGACGTTGGCGTGCAGGCCCTGGCCAGCCACCCGATGAAGACCGACAAGCgg < 2:773993/150‑1 (MQ=255) tgctCGGCGA‑CATGCTCGCCGAAAAAGCCGCAAAAAACGGTTGGGAAGGCTTGGTGATCTACGGCTGCGTGCGTGATGTCGACGTGCTGATCCAGACCGACGTTGGCGTGCAGGCCCTGGCCAGCCACCCGATGAAGACCGACAAGCggg > 1:837864/1‑150 (MQ=255) gctCGGCGA‑CATGCTCGCCGAAAAAGCCGCAAAAAACGGTTGGGAAGGCTTGGTGATCTACGGCTGCGTGCGTGATGTCGACGTGCTGATCCAGACCGACGTTGGCGTGCAGGCCCTGGCCAGCCACACGATGAAGACCGACAAGCgggg > 1:61371/1‑150 (MQ=255) gA‑CATGCTCGCCGAAAAAGCCGCAAAAAACGGTTGGGAAGGCTTGGTGATCTACGGCTGCGTGCGTGATGTCGACGTGCTGATCCAGACCGACGTTGGCGTGCAGGCCCTGGCCAGCCACCCGATGaa > 2:274487/1‑128 (MQ=255) gA‑CATGCTCGCCGAAAAAGCCGCAAAAAACGGTTGGGAAGGCTTGGTGAGCTACGGCTGCGTGCGTGATGTCGACGTGCTGATCCAGACCGACGTTGGCGTGCAGGCCCTGGCCAGCCACCCGATGaa < 1:274487/128‑1 (MQ=255) aTGCTCGCCGAAAAAGCCGCAAAAAACGGTTGGGAAGGCTTGGTGATCTACGGCTGCGTGCGTGATGTCGACGTGCTGATCCAGACCGACGTTGGCGTGCAGGCCCTGGCCAGCCACCCGATGAAGACCGACAAGCGGGGTATTGGCGAt < 1:587963/150‑1 (MQ=255) aTGCTCGACGAAAAAACCGCAAAAAACGGTTGGGAAGGCTTGGTGATCTACGGCTGCGTGCGTGATGTCGACGTGCTGATCCAGACCGACGTTGGCGTGCAGGCCCTGGCCAGCCACCCGATGAAGACCGACAAGCGGGGTATTGGCGAt < 2:328642/150‑1 (MQ=255) | GCCGCGATTCGTTCGGTGGCCAGATCGTTACCATCAAGTGTTTCGAGGACAATTCGCTGGTCAAGGAGCAGGTCGAACTCGACGGCAAGGGCAAAGTGCTGGTGGTCGATGGCGGTGGGTCGCTGCGCCGTGCGCTGCTCGGCGA‑CATGCTCGCCGAAAAAGCCGCAAAAAACGGTTGGGAAGGCTTGGTGATCTACGGCTGCGTGCGTGATGTCGACGTGCTGATCCAGACCGACGTTGGCGTGCAGGCCCTGGCCAGCCACCCGATGAAGACCGACAAGCGGGGTATTGGCGAT > NC_002947/2376972‑2377267 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |