| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,377,116:1 | +G | 8.5% | coding (230/492 nt) | PP_2084 → | ribonuclease activity regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,377,116 | 1 | . | G | 8.5% | 172.0 / 11.5 | 47 | coding (230/492 nt) | PP_2084 | ribonuclease activity regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (23/20); new base G (2/2); total (25/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.40e-01 | |||||||||||
TGGCCGCGATTCGTTCGGTGGCCAGATCGTTACCATCAAGTGTTTCGAGGACAATTCGCTGGTCAAGGAGCAGGTCGAACTCGACGGCAAGGGCAAAGTGCTGGTGGTCGATGGCGGTGGGTCGCTGCGCCGTGCGCTGCTCGGCGA‑CATGCTCGCCGAAAAAGCCGCAAAAAACGGTTGGGAAGGCTTGGTGATCTACGGCTGCGTGCGTGATGTCGACGTGCTGATCCAGACCGACGTTGGCGTGCAGGCCCTGGCCAGCCACCCGATGAAGACCGACAAGCGGGG > NC_002947/2376970‑2377257 | tggCCGCGATTCGTTCGGTGGGCAGAGCGTTACCATCAAGTGTTTCGAGGACAATTCGCTGGTCAAGGAGCAGGTCGAACTCGACGGCAAGGGCAAAGTGCTGGTGGTCGATGGCGGTGGGTCGCTGCGCCGTGCGCTGCTCGGCGA‑CAt > 1:1119976/1‑150 (MQ=255) gCCGCGATTCGTTCGGTGGCCAGATCGTTACCATCAAGTGTTTCGAGGACAATTCGCTGGTCAAGGAGCAGGTCGAACTCGACGGCAAGGGCAAAGTGCTGGTGGTCGATGGCGGTGGGTCGCTGCGCCGTGCGCTGCTCGGCGA‑CATGc > 1:773993/1‑150 (MQ=255) gATTCGTTCGGTGGCCAGATCGTTACCATCAAGTGTTTCGAGGACAATTCGCTGGTCAAGGAGCAGGTCGAACTCGACGGCAAGGGCAAAGTGCTGGTGGTCGATGGCGGTGGGTCGCTGCGCCGTGCGCTGCTCGGCGA‑CATGCTCGcc < 1:18070/150‑1 (MQ=255) aTTCGTTCGGTGGCCAGATCGTTACCATCAAGTGTTTCGAGGACAATTCGCTGGTCAAGGAGCAGGTCGAACTCGACGGCAAGGGCAAAGTGCTGGTGGTCGATGGCGGTGGGTCGCTGCGCCGTGCGCTGCTCGGCGA‑CATGCTCGCCg > 1:915231/1‑150 (MQ=255) gCCAGATCGTTACCATCAAGTGTTTCGAGGACAATTCGCTGGTCAAGGAGCAGGTCGAACTCGACGGCAAGGGCAAAGTGCTGGTGGTCGATGGCGGTGGGTCGCTGCGCCGTGCGCTGCTCGGCGA‑CATGCTCGCCGAAAAAGCCGCaa > 1:471156/1‑150 (MQ=255) aGATCGTTACCATCAAGTGTTTCGAGGACAATTCGCTGGTCAAGGAGCAGGTCGAACTCGACGGCAAGGGCAAAGTGCTGGTGGTCGATGGCGGTGGGTCGCTGCGCCGTGCGCTGCTCGGCGA‑CATGCTCGCCGAAAAAGCCGCaaaaa > 1:573771/1‑150 (MQ=255) ccATCAAGTGTTTCGAGGACAATTCGCTGGTCAAGGAGCAGGTCGAACTCGACGGCAAGGGCAAAGTGCTGGTGGTCGATGGCGGTGGGTCGCTGCGCCGTACGCTGCTCGGCGA‑CATGCTCGCCGAAAAAGCCGCAAAAAACGGTTggg > 2:810845/1‑150 (MQ=255) cATCAAGTGTTTCGAGGACAATTCGCTGGTCAAGGAGCAGGTCGAACTCGACGGCAAGGGCAAAGTGCTGGTGGTCGATGGCGGTGGGTCGCTGCGCCGTGCGCTGCTCGGCGA‑CATGCTCGCCGAAAAAGCCGCAAAAAACGGTTGGGa < 2:1119976/150‑1 (MQ=255) tCAAGTGTTTCGAGGACAATTCGCTGGTCAAGGAGCAGGTCGAACTCGACGGCAAGGGCAAAGTGCTGGTGGTCGATGGCGGTGGGTCGCTGCGCCGTGCGCTGCTCGGCGAGCATG‑TCGCCGagca > 1:974156/1‑124 (MQ=255) tCAAGTGTTTCGAGGACAATTCGCTGGTCAAGGAGCAGGTCGAACTCGACGGCAAGGGCAAAGTGCTGGTGGTCGATGGCGGTGGGTCGCTGCGCCGTGCGCTGCTCGGCGAGCATG‑TCGCCGagca < 2:974156/127‑4 (MQ=255) tCAAGTGTTTCGAGGACAATTCGCTGGTCAAGGAGCAGGTCGAACTCGACGGCAAGGGCAAAGTGCTGGTGGTCGATGGCGGTGGGTCGCTGCGCCGTGCGCTGCTCGGCGA‑CATGCTCGCCGAAAAAGCCGCAAAAAACGGTTGGGAAg > 2:587963/1‑150 (MQ=255) tagagtTTCGAGGACAATTCGCTGGTCAAGGACCAGGTCGAACTCGCCGGCAAGGGCAAAGTGCTGGTGGTCGATGGCGGTGGGTCGCTGCGCTCTCAGCTGCACGGCTA‑CATGCTCGCCGCAAAAGCTGCAAGAAACGGTTGGGAAGGc < 2:471156/146‑1 (MQ=255) gtTTCGAGGACAATTCGCTGGTCAAGGAGCAGGTCGAACTCGACGGCAAGGGCAAAGTGCTGGTGGTCGATGGCGGTGGGTCGCTGCGCCGTGCGCTGCTCGGCGA‑CATGCTCGCCGAAAAAGCCGCAAAAAACGGTTGGGAAGGCTTgg < 1:810845/150‑1 (MQ=255) cGAGGACAATTCGCTGGTCAAGGAGCAGGTCGAACTCGACGGCAAGGGCAAAGTGCTGGTGGTCGATGGCGGTGGGTCGCTGCGCCGTGCGCTGCTCGGCGA‑CATGCTCGCCGAAAAAGCCGCAAAAAACGGTTGGGAAGGCTTGGTGAt < 2:573771/150‑1 (MQ=255) gAGGACAATTCGCTGGTCAAGGAGCAGGTCGAACTCGACGGCAAGGGCAAAGTGCTGGTGGTCGATGGCGGTGGGTCGCTGCGCCGTGCGCTGCTCGGCGA‑CNTGCTCANCGAAAAAGCCGCAAAAAACGGTTGGGAAGGCTTGGTGATc < 1:834198/150‑1 (MQ=255) aCAATTCGCTGGTCAAGGAGCAGGTCGAACTCGACGGCAAGGGCAAAGTGCTGGTGGTCGATGGCGGTGGGTCGCTGCGCCGTCACTTGCTCGGCGA‑TATTCCTTCCTAAAAAGCCGCAAAAAACGGTTGGGAAGGCTTGGTGATCTACg < 1:328013/150‑1 (MQ=255) aaTTCGCTGGTCAAGGAGCAGGTCGAACTCGACGGCAAGGGCAAAGTGCTGGTGGTCGATGGCGGTGGGTCGCTGCGCCGTGCGCTGCTCGGCGA‑CATGCTCGCCGAAAAAGCCGCAAAAAACGGTTGGGAAGGCTTGGTGATCTACGGc > 1:309520/1‑150 (MQ=255) aTTCGCTGGTCAAGGAGCAGGTCGAACTCGACGGCAAGGGCAAAGTGCTGGTGGTCGATGGCGGTGGGTCGCTGCGCCGTGCGCTGCTCGGCGA‑CATGCTCGCCGAAAAAGCCGCAAAAAACGGTTGGGAAGGCTTGGTGATCTACGGCt < 1:52253/150‑1 (MQ=255) ttCGCTGGTCAAGGAGCAGGTCGAACTCGACGGCAAGGGCAAAGTGCTGGTGGTCGATGGCGGTGGGTCGCTGCGCCGTGCGCTGCTCGGCGA‑CATGCTCGCCGAAAAAGCCGCAAAAAACGGTTGGGAAGGCTTGGTGATCTACGGCtg > 2:97469/1‑150 (MQ=255) 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aaGGGCAAAGTGCTGGTGGTCGATGGCGGTGGGTCGCTGCGCCGTGCGCTGCTCGGCGA‑CATGCTCGCCGAAAAAGCCGCAAAAAACGGTTGGGAAGGCTTGGTGATCTACGGCTGCGTGCGTGATGTCGACGTGCTGATCCAGACCGAc > 2:572792/1‑150 (MQ=255) aGGGCAAAGTGCTGGTGGTCGATGGCGGTGGGTCGCTGCGCCGTGCGCTGCTCGGCGA‑CATGCTCGCCGAAAAAGCCGCAAAAAACGGTTGGGAAGGCTTGGTGATCTACGGCTGCGTGCGTGATGTCGACGTGCTGATCCAGACCGACg < 2:309520/150‑1 (MQ=255) cAAAGTGCTGGTGGTCGATGGCGGTGGGTCGCTGCGCCGTGCGCTGCTCGGCGA‑CATGCTCGCCGAAAAAGCCGCAAAAAACGGTTGGGAAGGCTTGGTGAt > 2:119953/1‑102 (MQ=255) cAAAGTGCTGGTGGTCGATGGCGGTGGGTCGCTGCGCCGTGCGCTGCTCGGCGA‑CATGCTCGCCGAAAAAGCCGCAAAAAACGGTTGGGAAGGCTTGGTGAt < 1:119953/102‑1 (MQ=255) aaaGTGCTGGTGGTCGATGGCGGTGGGTCGCTGCGCCGTGCGCTGCTCGGCGA‑CATGCTCGCCGAAAAAGCCGCAAAAAACGGTTGGGAAGGCTTGGTGATCGACGGCTGCGTGCGTGATGTCGACGTGCTGATCCAGACCGCCGTTGGc > 1:72778/1‑150 (MQ=255) tggtCGATGGCGGTGGGTCGCTGCGCCGTGCGCTGATGGGCGA‑CATGCGCGAAAAAAAAAAAAAAAAAAACGGTTGGGAAGGCTTGGTGATCTACGGCTGCGTGCGTGATGTCGACGTGCTGATCCAGACCGACGTTGGCGTGCAGGccc < 2:327591/150‑1 (MQ=255) 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tgctCGGCGA‑CATGCTCGCCGAAAAAGCCGCAAAAAACGGTTGGGAAGGCTTGGTGATCTACGGCTGCGTGCGTGATGTCGACGTGCTGATCCAGACCGACGTTGGCGTGCAGGCCCTGGCCAGCCACCCGATGAAGACCGACAAGCggg > 1:837864/1‑150 (MQ=255) gctCGGCGA‑CATGCTCGCCGAAAAAGCCGCAAAAAACGGTTGGGAAGGCTTGGTGATCTACGGCTGCGTGCGTGATGTCGACGTGCTGATCCAGACCGACGTTGGCGTGCAGGCCCTGGCCAGCCACACGATGAAGACCGACAAGCgggg > 1:61371/1‑150 (MQ=255) gA‑CATGCTCGCCGAAAAAGCCGCAAAAAACGGTTGGGAAGGCTTGGTGATCTACGGCTGCGTGCGTGATGTCGACGTGCTGATCCAGACCGACGTTGGCGTGCAGGCCCTGGCCAGCCACCCGATGaa > 2:274487/1‑128 (MQ=255) gA‑CATGCTCGCCGAAAAAGCCGCAAAAAACGGTTGGGAAGGCTTGGTGAGCTACGGCTGCGTGCGTGATGTCGACGTGCTGATCCAGACCGACGTTGGCGTGCAGGCCCTGGCCAGCCACCCGATGaa < 1:274487/128‑1 (MQ=255) | TGGCCGCGATTCGTTCGGTGGCCAGATCGTTACCATCAAGTGTTTCGAGGACAATTCGCTGGTCAAGGAGCAGGTCGAACTCGACGGCAAGGGCAAAGTGCTGGTGGTCGATGGCGGTGGGTCGCTGCGCCGTGCGCTGCTCGGCGA‑CATGCTCGCCGAAAAAGCCGCAAAAAACGGTTGGGAAGGCTTGGTGATCTACGGCTGCGTGCGTGATGTCGACGTGCTGATCCAGACCGACGTTGGCGTGCAGGCCCTGGCCAGCCACCCGATGAAGACCGACAAGCGGGG > NC_002947/2376970‑2377257 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |