| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,973,308:1 | +T | 6.6% | coding (609/1713 nt) | PP_2600 ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,973,308 | 1 | . | T | 6.6% | 235.9 / 10.8 | 61 | coding (609/1713 nt) | PP_2600 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (24/33); new base T (2/2); total (26/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.78e-01 | |||||||||||
GACCCACGCCCCGCGCACCTGGCCACCCTCGATCAGCAGGCGTTTGGCCGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCATGTTGAGGAAGGCGGCAAGGTCGGCACCGGCCATGATCGGCATGCCCATGAACGAGGTTTCGCGCATGGTCTTGCGCAA > NC_002947/2973161‑2973457 | gACCCACGCCCCGCGCACCTGGCCACCCTCGATCAGCAGGCGTTTGGCCGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑Cg < 1:313759/150‑1 (MQ=255) aCCCACGCCCCGCGCACCTGGCCACCCTCGATCAGCAGGCGTTTGGCCGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑Cgg > 1:987817/1‑150 (MQ=255) cACGCCCCGCGCACCTGGCCACCCTCGATCAGCAGGCGTTTGGCCGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGcc > 2:145344/1‑150 (MQ=255) ccccGCGCACCTGGCCACCCTCGATCAGCAGGCGTTTGGCCGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCAACATCTTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAggt > 1:918449/1‑150 (MQ=255) gcgcACCTGGCCACCCTCGATCAGCAGGCGTTTGGCCGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTa > 1:787683/1‑150 (MQ=255) cgcACCTGGCCACCCTCGATCAGCAGGCGTTTGGCCGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGAGCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTAc > 2:461097/1‑150 (MQ=255) cACCCTCGATCAGCAGGCGTTTGGCCGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTggcggc < 1:1139315/150‑1 (MQ=255) cTCGATCAGCAGGCGTTTGGCCGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCaaa > 1:116355/1‑150 (MQ=255) 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tttGGCCGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTg < 2:417166/150‑1 (MQ=255) gCCGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTgcagc < 1:145344/150‑1 (MQ=255) ccGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTgcagca < 1:962972/150‑1 (MQ=255) ccGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTgcagca > 1:724380/1‑150 (MQ=255) ggCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAgg < 2:724380/150‑1 (MQ=255) 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gTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGt < 2:787683/150‑1 (MQ=255) ccAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCATGTTGa < 1:847014/150‑1 (MQ=255) gTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCATGTTGAGGaa < 1:1198287/150‑1 (MQ=255) tCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTg < 1:799108/113‑1 (MQ=255) tCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTg > 2:799108/1‑113 (MQ=255) ccTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCATGTTGAGGAAgg < 1:964567/150‑1 (MQ=255) 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gCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCATGTTGAGGAAGGCGGCAAGGTCGGCACCGGCCATGATCGGCATGCCCATGAACGAGGTTTcgc > 1:584041/1‑150 (MQ=255) acctGGCCCG‑CCATGGTCGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCATGTTGAGGAAGGCGGCAAGGTCGGCACCGGCCATGATCGGCATGCCCATGAACGAGGTTTcgc > 1:669634/4‑150 (MQ=255) ggCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCATGTTGAGGAAGGCGGCAAGGTCGGCACCGGCCATGATCGGCATGCCCATGAACGAGGTTTCGCGCAt < 1:939656/150‑1 (MQ=255) ggCCCG‑CCATGGTCGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCATGTTGAGGAAGGCGGCAAGGTCGGCACCGGCCATGATCGGCATGCCCATGAACGAGGTTTCGCGCAt < 2:669634/150‑1 (MQ=255) cGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCATGTTGAGGAAGGCGGCAAGGTCGGCACCGGCCATGATCGGCATGCCCATGAACGAGGTTTCGCGCATGGTc > 1:237751/1‑150 (MQ=255) gccATGGTCGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCATGTTGAGGAAGGCGGCAAGGTCGGCACCGGCCATGATCGGCATGcc < 2:775492/123‑1 (MQ=255) gccATGGTCGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCATGTTGAGGAAGGCGGCAAGGTCGGCACCGGCCATGATCGGCATGcc > 1:775492/2‑124 (MQ=255) cATGG‑CGGGCCAGGTGGTAAAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGTGTCATGTTGAGGAAGGCGGCAGGGTCGGCACCGGCCATGATCGGCATGCCCATGAACGAGGTTTCGCGCATGGTCTTgc < 1:461097/150‑1 (MQ=255) tGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCATGTTGAGGAAGGCGGCAAGGTCGGCACCGGCCATGATCGGCATGCCCATGAACGAGGTTTCGCGCATGGTCTTgcgc > 1:425393/1‑150 (MQ=255) g‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCATGTTGAGGAAGGCGGCAAGGTCGGCACCGGCCATGATCGGCATGCCCATGAACGAGGTTTCGCGCATGGTCTTGCGCaa < 2:237751/150‑1 (MQ=255) | GACCCACGCCCCGCGCACCTGGCCACCCTCGATCAGCAGGCGTTTGGCCGGCGCCGACGCTTGCAGGTGCACACCCAGGTCCTGTGCCGATTTAGCCAGGCGCGCCACCAGTGCCACACCGTTGACCAGGTGCATGGCCCGACCATGG‑CGGGCCAGGTGGTACAGGTGGCGGCCAAAGCGCTTGCACACGTGCAGCAGGGCTTTGGGCGAGCGGGTCATGTTGAGGAAGGCGGCAAGGTCGGCACCGGCCATGATCGGCATGCCCATGAACGAGGTTTCGCGCATGGTCTTGCGCAA > NC_002947/2973161‑2973457 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |