New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 185347 = | 52 (1.150) | 5 (0.120) | 6/236 | NT | 9.1% | coding (266/957 nt) | PP_0161 | putative transmembrane sensor |
? | NC_002947 | 185384 = | 50 (1.160) | coding (229/957 nt) | PP_0161 | putative transmembrane sensor |
TGCAGGTATTGAGTTGCATCAGCGAGCCATCGGGCAGGGTGAAGACGCGTCGCTCGCCCGTGCCGGTGGCATAGTCTGACGTCCAGGCACTCACAGTATCGAGGTCTTTGGCCAGCCAGCTCGCCGACCCTGCCATGACAACGCCGCCAA‑GCAGCTTCAGCGCCTGTCGAC‑GGCGCAGGCGCTGCTGGCTGGTTTCCAGTGTCTGCAATGCCAGCCCGGCACCCGGGATAGCGCGCAGGTCAAGGTCCTTATGAAGGTGAACCATACGCTGCCAGGCCTGTTCGTTTTCGTGGTG > NC_002947/185198‑185492 | tccagctctgcaacaacagtgcgcgcaatggcgcagcagccaccacgaaaacgaacaggcctggcagcgtatggttcaccttcataaggaccttgacctgcgcgctatcccgggtgccgggctggcattgcagacactggaaaccagcca < 1:733118‑M1/1‑1 (MQ=255) gCGAGCCATCGGGCAGGGTGAAGACGCGTCGCTCGCCCGTGCCGGTGGCATAGTCTGACGTCCAGGCACTCACAGTATCGAGGTCTTTGGCCAGCCAGCTCGCCGACCCTGCCATGACAACGCCGCCAA‑GCAGCTTCAGCGCCTGTCGAc > 2:1082126/1‑150 (MQ=255) cgatctcATCTGGCAGTGTGAAGACGCGTCGCTCGCGCGTGCCGGTGGCATAGTCTGACGTCCAGGCACTCACAGTATCGAGGTCTTTGGCCAGCCAGCTCGCCGACCCTGCCATGACAACGCCGCCAA‑GCAGCTTCAGCGCCTGTCGAc < 2:494580/144‑1 (MQ=255) tggcgcagcagccaccacgaaaacgaacaggcctggcagcgtatggttcaccttcataaggaccttgacctgcgcgctatcccgggtgccgggctggcattgcagacactggaaaccagccA‑GCAGCTTCAGCGCCTGTCGAC‑GGCGCAg < 1:972453‑M1/29‑1 (MQ=255) aTCGGGCAGGGTGAAGACGCGTCGCTCGCACGTGCCGGTGGCATAGTCTGACGTCCAGGCACTCACAGTATCGAGGTCTTTGGCCAGCCAGCTCGCCGACCCTGCCATGACAACGCCGCCAA‑GCAGCTTCAGCGCCTGTCGAC‑gagatcg > 1:494580/1‑144 (MQ=255) ggTGAAGACGCGTCGCTCGCCCGGGCCGGTGGCATAGTCTGACGTCCAGGCACTCACAGTATCGAGGTCTTTGGCCAGCCAGCTCGCCGACCCTGCCATGACAACGCCGCCAA‑GCAGCTTCAGCGCCTGTCGAC‑GGCGCAGGCGctgctg > 2:923331/1‑150 (MQ=255) gTGAAGACGCGTCGCTCGCCCGTGCCGGTGGCATAGTCTGACGTCCAGGCACTCACAGTATCGAGGTCTTTGGCCAGCCAGCTCGCCGACCCTGCCATGACACAGCAGCCTC‑GCATGGTCAGCGCCTGTCGAC‑GGCGCAGGCGCTgctgg > 2:886698/1‑150 (MQ=255) gAAGACGCGTCGCTCGCCCGTGCCGGTGGCATCGTCTGAAGCTTTGATACTCACAGTATCGAGGTCTTTGGCGGGCCTGCTCGCCGACCCTGCCATGACAACGCCGCCAA‑GCAGCTTCAGCGCCTGTCGAC‑GGCGCAGGCGCTgctggct < 1:570204/150‑1 (MQ=255) aaGACGCGTCGCTCGCCCGTGCCGGTGGCATAGTCTGACGTCCAGGCACTCACAGTATCGAGGTCTTTGGCCAGCCAGCTCGCCGACCCTGCCATGACAACGCCGCCAA‑GCAGCTTCAGCGCCTGTCGAC‑GGCGCAGGCGCTgctggctg > 2:1136160/1‑150 (MQ=255) cgctcgcCCGTGCCGGTGGCATAGTCTGACGTCCAGGCACTCACAGTATCGAGGTCTTTGGCCAGCCAGCTCGCCGACCCTGCCATGACAACGCCGCCAA‑GCAGCTTCAGCGCCTGTCGAC‑GGCGCAGGCGCTGCTGGCTGGTTTCCAgt < 2:718771/150‑1 (MQ=255) gcCCGTGCCGGTGGCATAGTCTGACGTCCAGGCACTCACAGTATCGAGGTCTTTGGCCAGCCAGCTCGCCGACCCTGCCATGACAACGCCGCCAA‑GCAGCTTCAGCGCCTGTCGAC‑GGCGCAGGCGCTGCTGGCTGGTTTCCAGTGTCTg < 2:954718/150‑1 (MQ=255) tGCCGGTGGCATAGTCTGACGTCCAGGCACTCACAGTATCGAGGTCTTTGGCCAGCCAGCTCGCCGACCCTGCCATGACAACGCCGCCAA‑GCAGCTTCAGCGCCTGTCGAC‑GGCGCAGGCGCTGCTGGCTGGTTTCCAGGGTCTGCAATg > 1:331263/1‑150 (MQ=255) gTGGCATAGTCTGACGTCCAGGCACTCACAGTATCGAGGTCTTTGGCCAGCCAGCTCGCCGACCCTGCCATGACAACGCCGCCAA‑GCAGCTTCAGCGCCTGTCGAC‑GGCGCAGGCGCTGCTGGCTGGTTTCCAGTGTCTGCAATGCCAGc < 1:1136160/150‑1 (MQ=255) gTGGCATAGTCTGACGTCCAGGCACTCACAGTATCGAGGTCTTTGGCCAGCCAGCTCGCCGACCCTGCCATGACAACGCACTTCA‑TCAGCTTCAGCGCCTGTCGAC‑GGCGCAGGCGCTGCTGGCTGGCTTCCAGTGTCTGCAATGCCAGc > 1:380191/1‑150 (MQ=255) gCATAGTCTGACGTCCAGGCACTCACAGTATCGAGGTCTTTGGCCAGCCAGCTCGCCGACCCTGCCATGACAACGCCGCCAA‑GCCGCTTCAGCTCTTGTCGAC‑GGCGCAGGCGCTGCTGGCTGGTTTCCAGTGTCTGCAATGCCAGCCCg < 2:1069818/150‑1 (MQ=255) gttcaccttcataaggaccttgacctgcgcgctatcccgggtgccgggctggcattgcagacactggaaaccagccA‑GCAGCTTCAGCGCCTGTCGAC‑GGCGCAGGCGCTgctggc < 1:406074‑M1/40‑1 (MQ=255) gttcaccttcataaggaccttgacctgcgcgctatcccgggtgccgggctggcattgcagacactggaaaccagccA‑GCAGCTTCAGCGCCTGTCGAC‑GGCGCAGGCGCTgctggc > 2:406074‑M1/77‑116 (MQ=255) gTCTGACGTCCAGGCACTCACAGTATCGAGGTCTTTGGCCAGCCAGCTCGCCGACCCTGCCATGACAACGCCGCGTA‑TCAGCGGCAGCGCCTGTCGAC‑GGCGCAGGCGCTGCTGGCTGGTTTCCAGTGTCTGCAATGCCAGCCCGGCAcc > 1:1051230/1‑150 (MQ=255) gTCTGACGTCCAGGCACTCACAGTATCGAGGTCTTTGGCCAGCCAGCTCGCCGACCCTGCCATGACAACGCCGCCAA‑GCAGCTTCAGCGCCTGTCGAC‑GGCGCAGGCGCTGCTGGCTGGTTTCCAGTGTCTGCAATGCCAGCCCGGCAcc > 2:951618/1‑150 (MQ=255) tGACGTCCAGGCACTCACAGTATCGAGGTCTTTGGCCAGCCAGCTCGCCGACCCTGCCATGACAACGCCGCCAA‑GCAGCTTCAGCGCCTGTCGAC‑Ggcgc < 2:1138150/100‑1 (MQ=255) tGACGTCCAGGCACTCACAGTATCGAGGTCTTTGGCCAGCCAGCTCGCCGACCCTGCCATGACAACGCCGCCAA‑GCAGCTTCAGCGCCTGTCGAC‑GGCGCAGGCGCTGCTGGCTGGTTTCCAGTGTCTGCAATGCCAGCCCGGCACCCgg > 2:513941/1‑150 (MQ=255) tGACGTCCAGGCACTCACAGTATCGAGGTCTTTGGCCAGCCAGCTCGCCGACCCTGCCATGACAACGCCGCCAA‑GCAGCTTCAGCGCCTGTCGAC‑GGCGCAGGCGCTGCTGGCTGGTTACCAGTGTCTGCAATGCCAGCCCGGCACCCgg < 2:742342/150‑1 (MQ=255) tGACGTCCAGGCACTCACAGTATCGAGGCCTTTGGCCAGCCAGCTCGCCGACCCTGCCATGACAACGCCGCCAA‑GCAGCTTCAGCGCCTGTCGAC‑Ggcgc > 1:1138150/1‑100 (MQ=255) aCGTCCAGGCACTCACAGTATCGAGGTCTTTGGCCAGCCAGCTCGCCGACCCTGCCATGACAACGCCGCCAA‑GCAGCTTCAGCGCCTGTCGAC‑GGCGCAGGCGCTGCTGGCTGGTTTCCAGTGTCTGCAATGCCAGCCCGGCACCCGGGa < 1:800743/150‑1 (MQ=255) cAGGCACTCACAGTATCGAGGTCTTTGGCCAGCCAGCTCGCCGACCCTGCCATGACAACGCCGCCAA‑GCAGCTTCAGCGCCTGTCGAC‑GGCGCAGGCGCTGCTGGCTGGTTTCCAGTGTCTGCAATGCCAGCCCGGCACCCGGGATAgcg > 2:563643/1‑150 (MQ=255) tCACAGTATCGAGGTCTTTGGCCAGCCAGCTCGCCGACCCTGCCATGACAACGCCGCCAA‑GCAGCTTCAGCGCCt > 2:404749/1‑75 (MQ=255) tCACAGTATCGAGGTCTTTGGCCAGCCAGCTCGCCGACCCTGCCATGACAACGCCGCCAA‑GCAGCTTCAGCGCCt < 1:404749/75‑1 (MQ=255) acaGTATCGAGGTCTTTGGCCAGCCAGCTCGCCGACCCTGCCATGACAACGCCGCCAA‑GCAGCTTCAGCGCCTGTCGAC‑GGCGCAGGCGCTGCTGGCTGGTTTCCAGTGTCTGCAATGCCAGCCCGGCACCCg < 2:573852/133‑1 (MQ=255) acaGTATCGAGGTCTTTGGCCAGCCAGCTCGCCGACCCTGCCATGACAACGCCGCCAA‑GCAGCTTCAGCGCCTGTCGAC‑GGCGCAGGCGCTGCTGGCTGGTTTCCAGTGTCTGCAATGCCAGCCCGGCACCCg > 1:573852/1‑133 (MQ=255) acaGTATCGAGGTCTTTGGCCAGCCAGCTCGCCGACCCTGCCATGACAACGCCGCCAA‑GCAGCTTCAGCGCCTGTCGAC‑GGCGCAGGCGCTGCTGGCTGGTTTCCAGTGTCTACAATGCCAGCCCGGCACCCGGGATAGCGCGCAGGTCa > 1:316763/1‑150 (MQ=255) gTATCGAGGTCTTTGGCCAGCCAGCTCGCCGACCCTGCCATGACAACGCCGCCAA‑GCAGCTTCAGCGCCTGTCGAC‑GGCGCAGGCGCTGCTGGCTGGTTTCCAGTGTCTGCAATGCCAGCCCGGCACCCGGGATAGCGCGCAGGTCAAgg < 1:951618/150‑1 (MQ=255) cGAGGTCTTTGGCCAGCCAGCTCGCCGACCCTGCCATGACAACGCCGCCAA‑GCAGCTTCAGCGCCTGTCGAC‑GGCGCAGGCGCTGCTGGCTGGTTTCCAGTGTCTGAAATGCCAGCCCGGCACCCGGGATAGCGCGCAGGTCAAGGTCCt < 1:925057/150‑1 (MQ=255) aGGTCTTTGGCCAGCCAGCTCGCCGACCCTGCCATGACAACGCCGCCAA‑GCAGCTTCAGCGCCTGTCGAC‑GGCGCAGGCGCTGCTGGCTGGTTTCCAGTGTCTGCAATGCCAGCCCGGCACCCGGGATAGCGCGCAGGTCAAGGTCCTTa < 1:1082126/150‑1 (MQ=255) ttttGGCCAGCCAGCTCGCCTACCCGGCCATGACAACGCCGCCAA‑GCAGCTTCAGCGCCTGTCGAC‑GGCGCAGGCGCTGCTGGCTGGTTTCCAGTGTCTGCAATGCCAGCCCGGCACCCGGGATAGCGCGCAGGTCAAGGTCCTTATGaa < 2:671160/149‑1 (MQ=255) tatcccgggtgccgggctggcattgcagacactggaaaccagccAAGCAGCTTCAGCGCCTGTCGAC‑GGCGCAGGCGCTGCTGGCTGGttt < 2:793247‑M1/47‑1 (MQ=255) tatcccgggtgccgggctggcattgcagacactggaaaccagccAAGCAGCTTCAGCGCCTGTCGAC‑GGCGCAGGCGCTGCTGGCTGGttt > 1:793247‑M1/45‑91 (MQ=255) tttGGCCAGCCAGCTCGCCGACCCTGCCATGACAACGCCGCCAA‑GCAGCTTCAGCGCCTGTCGAC‑GGCGCAGGCGCTGCTGGCTGGTTTCCAGTGTc < 1:582692/97‑1 (MQ=255) tttGGCCAGCCAGCTCGCCGACCCTGCCATGACAACGCCGCCAA‑GCAGCTTCAGCGCCTGTCGAC‑GGCGCAGGCGCTGCTGGCTGGTTTCCAGTGTc > 2:582692/1‑97 (MQ=255) tttGGCCAGCCAGCTCGCCGACCCTGCCATGACAACGCCGCCAA‑GCAGCTTCAGCGCCTGTCGAC‑GGCGCAGGCGCTGCTGGCTGGTTTCCAGTGTCTGCAATGCCAGCCCGGCACCCGGGATAGCGCGCAGGTCAAGGTCCTTAt > 1:369386/1‑146 (MQ=255) tttGGCCAGCCAGCTCGCCGACCCTGCCATGACAACGCCGCCAA‑GCAGCTTCAGCGCCTGTCGAC‑GGCGCAGGCGCTGCTGGCTGGTTTCCAGTGTCTGCAATGCCAGCCCGGCACCCGGGATAGCGCGCAGGTCAAGGTCCTTAt < 2:369386/146‑1 (MQ=255) tttGGCCAGCCAGCTCGCCGACCCTGCCATGACAACGCCGCCAA‑GCAGCTTCAGCGCCTGTCGAC‑GGCGCAGGCGCTGCTGGCTGGTTTCCAGTGTCTGCAATGCCAGCCCGGCACCCGGGATAGCGCGCAGGTCAAGGTCCTTATGAAg > 2:391301/1‑150 (MQ=255) ttGGCCAGCCAGCTCGCCGACCCTGCCATGACAACGCCGCCAA‑GCAGCTTCAGCGCCTGTCGAC‑GGCGCAGGCGCTGCTGGCTGGTTTCCAGTGTCTGCAATGCCAGCCCGGCACCCGGGATAGCGCGCAGGTCAAGGTCCTTATGAAgg < 2:904645/150‑1 (MQ=255) ccagccagCTCGCCGACCCTGCCATGACAACGCCGCCAA‑GCAGCTTCAGCGCCTGTCGAC‑GGCGCAGGCGCTGCTGGCTGGTTTCCAGTGTCTGCAATGCCAGCCCGGCACCCGGGATAGCGCGCAGGTCAAGGTCCTTATGAAGGTGaa < 1:563643/150‑1 (MQ=255) cagccagcTCGCCGACCCTGCCATGACAACGCCGCCAA‑GCAGCTTCAGCGCCTGTCGAC‑GGCGCAGGCGCTGTTGGCTGGTTTCCAGTGTCTGCAATGCCAGCCCGGCACCCGGGATAGCGCGCAGGTCAAGGTCCTTATGAAGGTGAAc > 2:733118/1‑150 (MQ=255) cTCGCCGACCCTGCCATGACAACGCCGCCAA‑GCAGCTTCAGCGCCTGTCGAC‑GGCGCAGGCGCTGCTGGCTGGTTTCCAGTGTCTGCAATGCCAGCCCGGCACCCGGGATAGCGCGCAGGTCAAGGTCCTTATGAAGGTGAACCATACGc > 2:333018/1‑150 (MQ=255) aCCCTGCCATGACAACGCCGCCAA‑GCAGCTTCAGCGCCTGTCGAC‑GGCGCAGGCGCTGCTGGCTGGTTTCCAGTGTCTGCAATGCCAGCCCGGCACCCGGGATAGCGCGCAGGTCAAGGTCCTTATGAAGGTGAACCATACGCTGCCAgg > 2:570768/1‑150 (MQ=255) cccTGCCATGACAACGCCGCCAC‑GACGCCTCAGATCTTTTCGAC‑GGCGCACGCGCTGCTGGCTGGTTTCCAGTGTCTGCAATGCCAGCCCGGCACCCGGGATAGCGCGCAGGTCAAGGTCCTTATGAAGGTGAACCATACGCTGCCAGGc < 2:316763/150‑1 (MQ=255) gcTGCCATGACAACGCCGCCAA‑GCAGCTTCAGCGCCTGTCTGC‑GGCGCAGGCGCTGCTGGCTGGTTTGCAGTGTCTGCAGTGCGAGGCCGACACCAGGGATAGCGCGCAGGGCAAAGTACTTATGAAGTGTAACCATACGCTTCCAgctc > 2:162997/2‑147 (MQ=255) cATGACAACGCCGCCAA‑GCAGCTTCAGCGCCTGTCGAC‑GGCGCAGGCGCTGCTGGCTGGTTTCCAGTGTCTGCCATCGCAGCCCGGCACCCGGGATAGAGCGCAGGTAGTGATGGTTAGTAGGGTGAACCATACGCTGCCAGGCCTGTTc > 1:270118/1‑150 (MQ=255) cATGACAACGCCGCCAA‑GCAGCTTCAGCGCCTGTCGAC‑GGCGCAGGCGCTGCTGGCTGGTTTCCAGTGTCTGCAATGCCAGCCCGGCACCCGGGATAGCGCGCAGGTCAAGGTCCTTATGAAGGTGAACCATACGCTGCCAGGCCTGTTc < 1:513941/150‑1 (MQ=255) cATGACAACGCCGCCAA‑GCAGCTTCAGCGCCTGTCGAC‑GGCGCAGGCGCTGCTGGCTGGTTTCCAGTGTCTGCAATGCCAGCCCGGCACCCGGGATAGCGCGCAGGTCAAGGTCCTTATGAAGGTGAACCATACGCTGCCAGGCCTGTTc > 2:977923/1‑150 (MQ=255) tGACAACGCCGCCAA‑GCAGCTTCAGCGCCTGTCGAC‑GGCGCAGGCGCTGCTGGCTGGTTTCCAGTGTCTGCAATGCCAGCCCGGCACCCGGGATAGCGCGCAGGTCAAGGTCCTTATGAAGGTGAACCATACGCTGCCAGGCCTGTTCGt > 2:127356/1‑150 (MQ=255) aCGCCGCCAA‑GCAGCTTCAGCGCCTGTCGAC‑GGCGCAGGCGCTGCTGGCTGGTTTCCAGTGTCTGCAATGCCAGCCCGGCACCCGGGATAGCGCGCAGGTCAAGGTCCTTAt > 2:602374/1‑112 (MQ=255) aCGCCGCCAA‑GCAGCTTCAGCGCCTGTCGAC‑GGCGCAGGCGCTGCTGGCTGGTTTCCAGTGTCTGCAATGCCAGCCCGGCACCCGGGATAGCGCGCAGGTCAAGGTCCTTAt < 1:602374/112‑1 (MQ=255) cgccgcCAA‑GCAGCTTCAGCGCCTGTCGAC‑GGCGCAGGCGCTGCTGGCTGGTTTCCAGTGTCTGCAATGCCAGCCCGGCACCCGGGATAGCGCGCAGGTCAAGGTCCTTATGAAGGTGAACCATACGCTGCCAGGCCTGTTCGTTTTCgt < 1:127356/150‑1 (MQ=255) gccgccAA‑GCAGCTTCAGCGCCTGTCGAC‑GGCGCAGGCGCTGCTGGCTGGTTTCCAGTGTCTGCAATGCCAGCCCGGCACCCGGGATAGCGCGCAGGTCAAGGTCCTTATGAAGGTGAACCATACGCTGCCAGGCCTGtt > 1:91292/1‑140 (MQ=255) gccgccAA‑GCAGCTTCAGCGCCTGTCGAC‑GGCGCAGGCGCTGCTGGCTGGTTTCCAGTGTCTGCAATGCCAGCCCGGCACCCGGGATAGCGCGCAGGTCAAGGTCCTTATGAAGGTGAACCATACGCTGCCAGGCCTGtt < 2:91292/140‑1 (MQ=255) gccgccAA‑GCAGCTTCAGCGCCTGTCGAC‑GGCGCAGGCGCTGCTGGCTGGTTTCCAGTGTCTGCAATGCCAGCCCGGCACCCGGGATAGCGCGCAGGTCAAGGTCCTTATGAACTCGAACCATACGCTGCCAGGCCTGTTCGTTTTCgtg < 1:886698/150‑1 (MQ=255) agccA‑GCAGCGCCTGCGCC‑GTCGACAGGCGCTGAAGCTGCTGGCTGGTTTCCAGTGTCTGCAATGCCAGCCCGGCACCCGGGATAGCGCGCAGGTCAAGGTCCTTATGAAGGTGAACCATACGCTGCCAGGCCTGTTCGTTTTCgtggtg < 2:972453‑M1/146‑1 (MQ=255) ccAA‑GCAGCTTCAGCGCCTGTCGAC‑GGCGCAGGCGCTGCTGGCTGGTTTCCAGTGTCTGCAATGCCAGCCCGGCACCCGGGATAGCGCGCAGGTCAAGGTCCTTa < 2:728375/105‑1 (MQ=255) ccAA‑GCAGCTTCAGCGCCTGTCGAC‑GGCGCAGGCGCTGCTGGCTGGTTTCCAGTGTCTGCAATGCCAGCCCGGCACCCGGGATAGCGCGCAGGTCAAGGTCCTTa > 1:728375/1‑105 (MQ=255) | TGCAGGTATTGAGTTGCATCAGCGAGCCATCGGGCAGGGTGAAGACGCGTCGCTCGCCCGTGCCGGTGGCATAGTCTGACGTCCAGGCACTCACAGTATCGAGGTCTTTGGCCAGCCAGCTCGCCGACCCTGCCATGACAACGCCGCCAA‑GCAGCTTCAGCGCCTGTCGAC‑GGCGCAGGCGCTGCTGGCTGGTTTCCAGTGTCTGCAATGCCAGCCCGGCACCCGGGATAGCGCGCAGGTCAAGGTCCTTATGAAGGTGAACCATACGCTGCCAGGCCTGTTCGTTTTCGTGGTG > NC_002947/185198‑185492 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |