New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1838113 = | 41 (0.910) | 6 (0.140) | 5/228 | NT | 13.2% | intergenic (+18/+86) | PP_1642/PP_1643 | hypothetical protein/membrane protein |
? | NC_002947 | 1838195 = | 41 (0.990) | intergenic (+100/+4) | PP_1642/PP_1643 | hypothetical protein/membrane protein |
GACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTT‑GCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCCTTCGCCCGCCATGCGCCGCTCATGCTGGAACTTCCAGCGCACGTACAGTAGCCCG > NC_002947/1837970‑1838262 | tgctggcggcgttcgacccggcgcgggcggtattcggctggcttgaagtgctggtgagcctggggctgttcactgcccggctactgtacgtgcgggtttagttccagcatgagcggcgcatggcgggcgaaggcagttagatttTTcgcg > 1:1052795‑M1/145‑150 (MQ=255) gctggcggcgttcgacccggcgcgggcggtattcggctggcttgaagtgctggtgagcctggggctgttcattgccgggctactgtacgtgcgctggaagttccagcatgagcggcgcatggcgggcgaaggcagttagatttTTCGCgg > 1:45586‑M1/144‑150 (MQ=255) aaGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGATAAAATAGGGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTT‑GCTCCCATTCGCGGGCa > 1:220709/1‑150 (MQ=255) ggcgttcgacccggcgcgggcggtattcggctggcttgaagtgctggtgagcctggggctgttcattgccgggctactgtacgtgcgctggaagttccagcatgagcggcgcatggcgggcgaaggcagttagatttTTcgc < 2:44540‑M1/5‑1 (MQ=255) ggcgttcgacccggcgcgggcggtattcggctggcttgaagtgctggtgagccgggggctgttcattgccgggctactgtacgtgcgctggaagttccagcatgagcggcgcatggcgggcgaaggcagttagatttTTcgc > 1:44540‑M1/138‑142 (MQ=255) ccAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTT‑GCTCCCATTCGCGGGCATGCCCg > 2:1064404/1‑150 (MQ=255) agccagcGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTT‑GCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGcgaatg < 2:613726/150‑6 (MQ=255) ccggcgcgggcggtattctgctggcttgaagtgctggtgagcctggggctgttcattgccgggctactgtacgtgcgctggaagttccagcatgagcggcgcatggcgggcgaaggcagttagatttTTCGCGGGCGtgcccgcgaaaaa > 2:1124316‑M1/128‑144 (MQ=255) ccTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTT‑GCTCCCATTCGCGGGCATGc < 1:1084664/130‑1 (MQ=255) ccTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTT‑GCTCCCATTCGCGGGCATGc > 2:1084664/1‑130 (MQ=255) cTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTT‑GCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATcgcac > 2:818051/1‑150 (MQ=255) tctGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTT‑GCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCt < 1:1009901/129‑1 (MQ=255) tctGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTT‑GCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCt > 2:1009901/1‑129 (MQ=255) ggctggcttgaagtgctggtgagcctggggctgttcattgccgggctactgtacgtgcgctggaagttccagcatgagcggcgcatggcgggcgaaggcagttagatttTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACtt < 1:309278‑M1/41‑1 (MQ=255) gTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTT‑GCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTaa > 1:813959/1‑150 (MQ=255) gTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTT‑GCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCAACGCACTTaa > 1:344096/1‑150 (MQ=255) gcagGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTT‑GCTCCCATTCGCGGGCCTGCCCGCTCCCACAGTAATCGCCCCCCACCTCAGGCCt > 2:894319/1‑150 (MQ=255) gCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTT‑GCTCCCATTCGCGGCCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGc > 2:871831/1‑150 (MQ=255) aaCCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTT‑GCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTAcc > 1:151948/1‑150 (MQ=255) ccAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTT‑GCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCtg > 2:484308/1‑150 (MQ=255) cAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTT‑GCTCCCATTCGCGTGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCtgt < 1:333579/150‑1 (MQ=255) gagcctggggctgttcattgccgggctactgtacgtgcgctggaagttccagcatgagcggcgcatggcgggcgaaggcagttagatttTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCtgt > 1:1033981‑M1/90‑150 (MQ=255) aGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTT‑GCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCtgtg < 2:802026/150‑1 (MQ=255) gcctggggctgttcattgccgggctactgtacgtgcgctggaagttccagcatgagcggcgcatggcgggcgaaggcagttagatttTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTgg > 2:309278‑M1/88‑150 (MQ=255) gCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTT‑GCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCtgt < 1:594743/145‑1 (MQ=255) gCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTT‑GCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCtgt > 2:594743/1‑145 (MQ=255) aTGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTT‑GCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCg > 1:295154/1‑150 (MQ=255) gagagCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGAGCACCCCCTCCA‑CATAAAACCCTGGGTTCGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGt < 1:744918/150‑1 (MQ=255) gagCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTT‑GCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGcacgc < 1:1064404/150‑5 (MQ=255) gagCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTT‑GCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGc < 2:220709/150‑1 (MQ=255) cGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTT‑GCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAAt < 2:151948/150‑1 (MQ=255) ccAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACGCCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTT‑GCTCACATTCGCGGGCATGCCAGCTCCCACAGTCATCGCACCGCACTTAAAGCCTGTGCAGTACCGCTGGCAGCGGGCGTGACCCGGCAAAATCTAACtt > 2:161868/1‑149 (MQ=255) cAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTT‑GCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCCCTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGt < 1:834596/129‑1 (MQ=255) cAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTT‑GCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGt > 2:834596/1‑129 (MQ=255) gCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTT‑GCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAgg > 1:185592/1‑87 (MQ=255) gCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTT‑GCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAgg < 2:185592/87‑1 (MQ=255) gCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTT‑GCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCCTTCGCCCGCCATg < 1:818051/150‑1 (MQ=255) catcacCGACAACCATTGAGCCTTGTGTT‑GCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCCTTCGCCCGCCATGcgccgc < 2:1049323/147‑1 (MQ=255) atcGTCAACCATTGAGCCTTGTGTT‑GCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCCTTCGCCCGCCATGCGCCGCTCAt > 1:651097/3‑150 (MQ=255) acCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTT‑GCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCCTTCGCCCGCCATGCGCCGCTCAt > 1:1188588/1‑150 (MQ=255) tCAACCATTGAGCCTTGTGTT‑GCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACt > 2:239076/1‑120 (MQ=255) tCAACCATTGAGCCTTGTGTT‑GCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACt < 1:239076/120‑1 (MQ=255) ggcgggcgaaggcagttagatttTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCg < 2:143887‑M1/68‑1 (MQ=255) ggcgggcgaaggcagttagatttTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCg > 1:143887‑M1/24‑91 (MQ=255) ccTTGTGTT‑GCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCCTTCGCCCGCCATGCGCCGCTCATGCTGGAACTTCCAgcg > 2:450450/1‑150 (MQ=255) cTTGTGTT‑GCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCCTTCGCCCGCCATGCGCCGCTCATGCTGGAACTTCCAgcgc > 2:123943/1‑150 (MQ=255) ttGTGTT‑GCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAAATATACTGCCTTCGCCCGCCATGCGCCGCTCATGCTGGAACTTCCAGCGCa > 1:379216/1‑150 (MQ=255) tgtgTT‑GCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCCTTCGCCCGCCATGCGCCGCTCATGCTGGAACTTCCAGCGCAc < 2:651097/150‑1 (MQ=255) tt‑GCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGc > 1:1190573/1‑55 (MQ=255) tt‑GCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGc < 2:1190573/55‑1 (MQ=255) tt‑GCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCCTTCGCCCGCCATGCGCCGCTCATGCTGGAACTTCCAGCGCACGTAc > 2:376051/1‑150 (MQ=255) tCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCGTTCGCCCGCCATGTGCCGCTCATGCTGGAACTTCCAGCGCACGTACAGTa > 1:369193/1‑150 (MQ=255) tCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCCTTCGCCCGCCATGCGCCGCTCATGCTGGAACTTCCAGCGCACGTACAGTa > 2:151102/1‑150 (MQ=255) tCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCCTTCGCCCGCCATGCGCCGCTCATGCTGGAACTTCCAGCGCACGTAAAGTa > 2:1084550/1‑150 (MQ=255) cccATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCCTTCGCCCGCCATGCGCCGCTCATGCTGGAACTTCCAGCGCACGTACAGTAg > 2:885353/1‑150 (MQ=255) ccATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTgg > 2:333128/1‑66 (MQ=255) ccATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTgg < 1:333128/66‑1 (MQ=255) aTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCCTTCGCCCGCCATGCGCCGCTCATGCTGGAACTTCCAGCGCACGTACAGTAGccc > 2:1150771/1‑150 (MQ=255) TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGACCGCGAAAAATCTAACTGCCTTCGCCCGCCATGCGCCGCTCATGCTGGAACTTCCAGCGCACGTACAGTAGCCCg > 1:871831‑M1/1‑150 (MQ=255) | GACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTT‑GCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCCTTCGCCCGCCATGCGCCGCTCATGCTGGAACTTCCAGCGCACGTACAGTAGCCCG > NC_002947/1837970‑1838262 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |