| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 1419584 | 11 (0.240) | 4 (0.120) | 4/184 | NT | 33.1% | intergenic (‑67/+70) | PP_1242/PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | NC_002947 | = 1419614 | 8 (0.240) | intergenic (‑97/+40) | PP_1242/PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
GCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGACTCGACCAGCCCCTGTACCGCTTCCATTTCATGGATCACGGCCTGCA > NC_002947/1419470‑1419763 | gCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACcctgt < 1:474839‑M2/150‑6 (MQ=255) ggctggtcgagtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcagttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTgg > 1:68237‑M1/82‑150 (MQ=255) ggctggtccagtcttcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacacaatgcaggagcacgacaGACCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTgg > 1:85358‑M1/82‑150 (MQ=255) aGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACcctgtgg > 2:474839‑M2/1‑143 (MQ=255) cTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACcctgtgggagc > 1:931226‑M2/1‑139 (MQ=255) gCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACcctgtgggagcggg > 2:737827‑M2/1‑136 (MQ=255) gtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGt > 2:81260‑M1/72‑150 (MQ=255) tggGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACcctgtgggagcgggcgtgcccgcga < 1:19258‑M2/150‑26 (MQ=255) gggTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACcctgtgggagcgggcgtgcccgcgaa > 2:535948‑M2/1‑124 (MQ=255) ttCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACcctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagag > 2:19258‑M2/1‑121 (MQ=255) cTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACcctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggc > 1:1044281‑M2/1‑119 (MQ=255) ttgtgttgtCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACcctgtgggagcgg > 1:1029082‑M2/1‑116 (MQ=255) ttgtgttgtCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACcctgtgggagcgg < 2:1029082‑M2/129‑14 (MQ=255) agatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGa < 2:661486‑M1/71‑1 (MQ=255) agatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGa > 1:661486‑M1/52‑122 (MQ=255) gTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTACAGTGCGCGACGGCTGTGGTGACCCGGTGGGAGCTGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATg > 1:1191741/1‑150 (MQ=255) aTTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACcctgtgggagcgggcgtgccc > 2:673690‑M2/1‑99 (MQ=255) aTTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACcctgtgggagcgggcgtgccc < 1:673690‑M2/120‑22 (MQ=255) cTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTgg > 2:857645/1‑150 (MQ=255) cTGGAGTGTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCCCGCCCGCTCCCACAGGTACTGTACAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTgg < 2:1191741/150‑1 (MQ=255) cTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACcctgtg < 2:905987‑M2/84‑7 (MQ=255) cTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACcctgtg > 1:905987‑M2/1‑78 (MQ=255) CTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTaaa > 1:653648‑M1/1‑129 (MQ=255) CTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTaaa < 2:653648‑M1/129‑1 (MQ=255) TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGc < 1:576771‑M1/77‑1 (MQ=255) TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGc > 2:576771‑M1/1‑77 (MQ=255) ggaGCGGGCGTGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATc < 1:505298‑M1/147‑1 (MQ=255) GCGGGCGTGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATCAAc > 2:505298‑M1/1‑150 (MQ=255) ACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGAc > 1:481149‑M1/1‑83 (MQ=255) ACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGAc < 2:481149‑M1/83‑1 (MQ=255) GCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGACTc < 1:348713‑M1/150‑1 (MQ=255) gCTCCCACAGGTACTATGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACcctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccagcccaggcaacccagaatccagggaaacaaaacaatgcccaccgacaacacaacagaacccaccacagtcggcaag < 2:546465‑M2/150‑110 (MQ=255) GCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGa < 1:529778‑M1/96‑1 (MQ=255) GCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGa > 2:529778‑M1/1‑96 (MQ=255) cTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACcctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccagcccaggcaacccagaatccagggaaacaaaacaatgcccaccgacaacacaacagaacccaccacagtcggcaaga < 2:498522‑M2/150‑111 (MQ=255) CTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGACTCGACCa < 1:1078483‑M1/150‑1 (MQ=255) tCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACcctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccagcccaggcaacccagaatccagggaaacaaaacaatgcccaccgacaacacaacagaacccaccacagtcggcaagac < 1:1039667‑M2/150‑112 (MQ=255) CCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGACTCGACCAGcc < 2:522707‑M1/150‑1 (MQ=255) GTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCa < 1:1120144‑M1/123‑1 (MQ=255) GTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCa > 2:1120144‑M1/1‑123 (MQ=255) tACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGACTCGACCAGCCCCTGTAc > 2:1035155/1‑150 (MQ=255) aCTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACcctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccagcccaggcaacccagaatccagggaaacaaaacaatgcccaccgacaacacaacagaacccaccacagtcggcaagacctgcttctac > 1:498522‑M2/1‑29 (MQ=255) cTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGAc > 1:483807/1‑131 (MQ=255) cTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGAc < 2:483807/131‑1 (MQ=255) cAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGctc < 2:254123/83‑1 (MQ=255) cAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGctc > 1:254123/1‑83 (MQ=255) cccTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGACTCGACCAGCCCCTGTACCGCTTCCATTTCATGGATCACGGCCTGCa > 2:795518/1‑150 (MQ=255) | GCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGACTCGACCAGCCCCTGTACCGCTTCCATTTCATGGATCACGGCCTGCA > NC_002947/1419470‑1419763 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |