| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,790,189 | G→T | 10.5% | intergenic (+12/+56) | ynfM → / ← PP_5073 | efflux transporter/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,790,189 | 0 | G | T | 10.5% | 149.7 / 3.9 | 54 | intergenic (+12/+56) | ynfM/PP_5073 | efflux transporter/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (20/28); new base T (3/3); total (23/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGGCCGGTACGGCGGGCGGGGTGTTCTGGCACCAGTGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCC‑GCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCTTGGTCTTGTCGTTG > NC_002947/5790044‑5790338 | tGGCCGGTCCAGCGGGCGGGGTGTTCTGGCACCAGTGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGGCACg > 1:591374/1‑150 (MQ=255) tACGGGGGGCGGGGTGTTCTGGCACCAGTGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCC‑GCAc < 2:726611/150‑1 (MQ=255) gggTGTTCTGGCACCAGTGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGTCACACCC‑GCTCCcacaggttgt > 2:167817/1‑144 (MQ=255) tCTGGCACCAGTGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCC‑GCACCCACAACCTGTGGGAGc < 2:1137360/150‑1 (MQ=255) tGGCACCAGTGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCC‑GCACCCACAACCTGTGGGAGCgg > 1:676581/1‑150 (MQ=255) aCCAGTTGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCC‑GCACCCACAACCTGTGGGAGCGGgtgt < 1:917550/150‑1 (MQ=255) aCCAGTGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCC‑GCACCCACAACCTGTGGGAGCgg > 2:959495/1‑146 (MQ=255) aCCAGTGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCC‑GCACCCACAACCTGTGGGAGCgg < 1:959495/146‑1 (MQ=255) aCCAGTGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCC‑GCACCCACAACCTGTGGGAGCGGgtgt > 1:893018/1‑150 (MQ=255) aCCAGTGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCC‑GCACCCACAACCTGTGGGAGCGGgtgt > 2:116889/1‑150 (MQ=255) ccAGTGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGTCACACCC‑GCTCCCACAGGTTGTGGGTGCGGGcgtg < 1:167817/150‑1 (MQ=37) aGTGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCC‑GCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGAc < 2:370045/150‑1 (MQ=255) gCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCC‑GCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGaa < 1:143348/150‑1 (MQ=255) tGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCC‑GCACCCACaa > 2:897112/1‑122 (MQ=255) tGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCC‑GCACCCACaa < 1:897112/122‑1 (MQ=255) ggAACGGGATCGGGACGTCCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTTATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCC‑GCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAagag < 2:1164635/150‑1 (MQ=255) gAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCC‑GCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAgg < 1:1010276/150‑1 (MQ=255) cGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCC‑GCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCa < 1:776423/150‑1 (MQ=255) gATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCC‑GCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCatca > 2:766754/1‑150 (MQ=255) gATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCC‑GCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCatca < 2:18252/150‑1 (MQ=255) cGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCC‑GCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCatcagat < 2:797111/150‑1 (MQ=255) ggCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCC‑GCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCatcagatca < 1:1127916/150‑1 (MQ=255) cTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCC‑GCCCCAACAACCTGGGGGAGCGGGTGTGACCACAAAGAGGCCATCAGAGCAGt > 2:218309/1‑150 (MQ=255) tGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCC‑GCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGtt < 2:827517/150‑1 (MQ=255) ttCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTGTGATGAACTGCTCAG‑AGGCCCTTCGCTCACGAGCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTtga > 1:1047592/1‑150 (MQ=255) tCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCC‑GCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTtgat < 2:893018/150‑1 (MQ=255) aTTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCC‑GCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTtgatga > 2:892004/1‑150 (MQ=255) gCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCC‑GCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGAtctc > 1:1134056/1‑150 (MQ=255) aGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCC‑GCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGa < 1:798088/150‑1 (MQ=255) ggTGGCCTTGATGGTGGAGTTGCACCTGAGCCAGTTGCCACCCAAATCGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCC‑GCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATatccaca < 2:676581/150‑1 (MQ=255) ttGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCATAACGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCC‑GCACCCACAGGTTGTGGGTGCgggc > 1:975971/1‑91 (MQ=37) ttGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCC‑GCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGa > 2:539871/1‑84 (MQ=255) ttGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCC‑GCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGa < 1:539871/84‑1 (MQ=255) ccTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCC‑GCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACCAGGACGTCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGc < 2:591374/150‑1 (MQ=255) aaGTTGCCACCCAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCC‑GCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCaa < 1:892004/150‑1 (MQ=255) aGTTGCCACCCAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCC‑GCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAAc < 1:766754/150‑1 (MQ=255) cACCCAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCC‑GCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCaa > 1:526820/1‑143 (MQ=255) cACCCAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCC‑GCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCaa < 2:526820/143‑1 (MQ=255) cACCCAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCC‑GCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCAcc > 1:794756/1‑150 (MQ=255) aCCCAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCC‑GCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGAtctc > 2:953812/1‑98 (MQ=255) aCCCAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCC‑GCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGAtctc < 1:953812/98‑1 (MQ=255) cccAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCC‑GCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGc < 2:773247/75‑1 (MQ=255) cccAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCC‑GCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGc > 1:773247/1‑75 (MQ=255) cccAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCC‑GCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCgg > 1:672138/1‑150 (MQ=255) gaacaCGCTGTAATGACTTCGTGGTCACGCGA‑TCTCCCAGAAACTTTGGGAGAGGGTGTGCCCCAGAAGAGGGCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCCGCTCAGCAGGTGGTTTTCAACCTCACCAGTc < 2:448648/146‑1 (MQ=255) gtgtGATGCATTCGTGGGCACGCCC‑GCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGAtct < 2:493674/87‑1 (MQ=255) gtgtGATGCATTCGTGGGCACGCCC‑GCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGAtct > 1:493674/1‑87 (MQ=255) tgtgATGCATTCGTGGGCACGCCC‑GCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCAc < 1:116889/150‑1 (MQ=255) gtgATGCATTCGTGGGCACGCCC‑GCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCAcc < 1:218309/150‑1 (MQ=255) gATGCATTCGTGGGCACGCCC‑GCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCACCCTCACCGGTCAGCTTCAcact > 2:609483/1‑147 (MQ=255) aTGCATTCGTGGGCACGCCC‑GCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCTTg < 1:1007514/150‑1 (MQ=255) aTGCAGTCGTGTTCACGCCC‑GCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCTTg > 2:805638/1‑150 (MQ=255) ttCGTGGTCACGCCC‑GCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAAc > 2:698266/1‑123 (MQ=255) ttCGTGGTCACGCCC‑GCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAAc < 1:698266/123‑1 (MQ=255) gCACGCCC‑GCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATatccac < 2:869183/83‑1 (MQ=255) gCACGCCC‑GCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATatccac > 1:869183/1‑83 (MQ=255) gCACGCCC‑GCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCTTGGTCTTGTCGTTg > 2:122044/1‑150 (MQ=255) | TGGCCGGTACGGCGGGCGGGGTGTTCTGGCACCAGTGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCC‑GCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCTTGGTCTTGTCGTTG > NC_002947/5790044‑5790338 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |