| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,864,777 | G→A | 7.0% | A477V (GCG→GTG) | cadA‑III ← | cadmium translocating P‑type ATPase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,864,777 | 0 | G | A | 7.0% | 162.9 / 2.7 | 57 | A477V (GCG→GTG) | cadA‑III | cadmium translocating P‑type ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/28); new base A (2/2); total (27/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.59e-01 | |||||||||||
ACCTCACCGGCAATGACGCCACGCACGCCACGCCCGGCCAGCGCAACGAAGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGACACCGGGTGGTCCGAACGCTCGCCCAGGCTGGCCGCCAAGGCTTGCGCACGGTCTTCGAACAGCGGCGCCAGCACCTTGGCGTCGGTCTGCACCGGCTTGCCATGGGTGATGGTGCCGGTCTTGTCCAGGGCCAGGAAATCAAGGTGGCGGCCACCCTCCAGGTACACGCCACCCTTGA > NC_002947/5864633‑5864921 | aCCTCACCGGTAATGACGCCACGCACGCCACGCCCGGCCAGCGCAACGAAGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGACACCGGGTGGTCCGAACGCTCGCCCAGGCTGGCCGCCAAg < 1:849195/150‑1 (MQ=255) cTCACCGGCAATGACGCCACGCACGCCACGCCCGGCCAGCGCAACGAAGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGACACCGTGTGGTGTGAACTCTCGCCCAGGCTGGCCGCCAAGGc > 1:553810/1‑150 (MQ=255) cACCGGCAATGACGCCACGCACGCCACGCCCGGCCAGCGCAACGAAGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGACAACGGGTGGTCCGAACGCTCGCCCAGGCTGGCCGCCAAGGCtt < 1:455058/150‑1 (MQ=255) ccGGCAATGACGCCACGCACGCCACGCCCGGCCAGCGCAACGAAGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGACACCGGGTGGTCCGAACGCTCGCCCAGGCTGGCCGCCAAGGCTTgc < 2:772055/150‑1 (MQ=255) gCAATGACGCCACGCACGCCACGCCCGGCCAGCGCAACGAAGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGACACCGGGTGGTCCGAACGCTCGCCCAGGCTGGCCGCCAAGGCTTGCGCa > 1:861723/1‑150 (MQ=255) gccacgcacgccacgcCCGGCCAGCGCAACGAAGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGACACCGGGTGGTCCGAACGCTCGCCCAGGCTGGCCGCCAAGGCTTGCGCACGGTCTTc < 2:194715/150‑1 (MQ=255) gccacgcacgccacgcCCGGCCAGCGCAACGAAGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGACACCGGGTGGTCCGAACGCTCGCCCAGGCTGGCCACCAAGGCTTGCGCACGGTCTTc > 2:226315/1‑150 (MQ=255) gccacgcacgccacgcCCGGCCAGCGCAACGAAGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGACACCGGGTGGTCCGAACGCTCGCCCAGGCTGGCCACCAAGGCTTGCGCACGGTCTTc > 2:226234/1‑150 (MQ=255) ccacgcacgccacgcCCGGCCAGCGCAACGAAGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGACACCGGGTGGTCCGAACGCTCGCCCAGGCTGGCCGCCAAGGCTTGCGCACGGTCTTCg < 1:611012/150‑1 (MQ=255) cacgcacgccacgcCCGGCCAGCGCAACGAAGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGACACCGGGTGGTCCGAACGCTCGCCCAGGCTGGCCGCCAAGGCTTGCGCACGGTCTTCGa > 2:505416/1‑150 (MQ=255) ggCCAGCGCAACGAAGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGACACCGGGTGGTCCGAACGCTCGCCCAGGCTGGCCGCCAAGGCTTGCGCACGGTCTTCGAACAGCGGCGCCAGCAc < 2:523490/150‑1 (MQ=255) ggCCAGCGCAACGAAGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGACACCGGGTGGTCCGAACGCTCGCCCAGGCTGGCCGCCAAGGCTTGCGCACGGTCTTCGAACAGCGGCGCCAGCAc > 1:86172/1‑150 (MQ=255) cAGCGCAACGAAGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGACACCGGGTGGTCCGAACGCTCGCCCAGGCTGGCCGCCAAGGCTTGCGCACGGTCTTCGAACAGCGGCGCCAGCACCtt < 1:505416/150‑1 (MQ=255) 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aCCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGACACCGGGTGGTCCGAACGCTCGCCCAGGCTGGCCGCCAAGGCTTGCGCACGGTCTTCGAACAGCGGCGCCAGCACCTTGGCGTCGGTCTGCACCGGc > 2:534276/1‑150 (MQ=255) cGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGACACCGGGTGGTCCGAACGCTCGCCCAGGCTGGCCGCCAAGGCTTGCGCACGGTCTTCGAACAGCGGCGCCAGCACCTTGGCGTCGGTCTGCACCGGCTTGc < 1:544904/150‑1 (MQ=255) cTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGACACCGGGTGGTCCGAACGCTCGCCCAGGCTGGCCGCCAAGGCTTGCGCACGGTCTTCGAACAGCGGCGCCAGCACCTTGGCGTCGGTCTGCACCGGCTTGcgg < 2:86172/150‑3 (MQ=255) agcAAGGCCTGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGACACCGGGTGGTCCGAACGCTCGCCCAGGCTGGCCGCCAAGGCTTGCGCACGGTCTTCGAACAGCGGCGCCAGCACCTTGGCGTCGGTCTGCACCGGCTTGCCa > 2:910177/3‑150 (MQ=255) aaGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGACACCGGGTGGTCCGAACGCTCGCCCAGGCTGGCCGCCAAGGCTTGCGCACGGTCTTCGAACAGCGGCGCCAGCACCTTGGCGTCGGTCTGCACCGGTTTGCCATgg < 1:767763/150‑1 (MQ=255) ggccaggccTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGACACCGGGTGGTCCGAACGCTCGCCCAGGCTGGCCGCCAAGGCTTGCGCACGGTCTTCGAACAGCGGCGCCAGCACCTTGGCGTCGGTCTGCACCGGCTTGCCATGGGt > 2:624436/1‑150 (MQ=255) ccaggccTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGACACCGGGTGGTCCGAACGCTCGCCCAGGCTTGCTGCCAAGGCTTGCGCACGGTCTTCGAACAGCGGCGCCAGCACCTTGGCGTCGGTCTGCACCGGCTTGCCATGGGTGa < 1:748018/150‑1 (MQ=255) cagtgcTTGCTGGTTGCCGAACTCAGCAATGCCGCGCGACATCGGGTGGTCCGAACGCTCGCCCAGGCTGGCCGCCAAAGCTTGCGCACGGTCTTCGAACAGCGGCGCCAGCACCTTGGCGTCGGTCTGCACCGGCTTGCCATGGGTGAt < 2:553810/145‑1 (MQ=255) ctgctTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGACACCGGGTGGTCCGAACGCTCGCCCAGGCTGGCCGCCAAGGCTTGCGCACGGTCTTCGAACAGCGGCGCCAGCACCTTGGCGTCGGTCTGCACCGGCTTGCCATGGGTGATGGTGCCGGt < 1:534276/150‑1 (MQ=255) ctgctTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGACACCGGGTGGTCCGAACGCTCGCCCAGGCTGGCCGCCAAGGCTTGCGCACGGTCTTCGAACAGCGGCGCCAGCACCTTGGCGTCGGTCTGCACCGGCTTGCCATGGGTGATGGTGCCGGt > 2:684468/1‑150 (MQ=255) ctgctTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGACACCGGGTGGTCCGAACGCTCGCCCAGGCTGGCCGCCAAGGCTTGCGCACGGTCTTCGAACAGCGGCGCCAGCACCTTGGCGTCGGTCTGCACCGGCTTGCCATGGGTGATGGTGCCGGt < 2:207586/150‑1 (MQ=255) tgctTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGACACCGGGTGGTCCGAACGCTCGCCCAGGCTGGCCGCCAAGGCTTGCGCACGGTCTTCGAACAGCGGCGCCAGCACCTTGGCGTCGGTCTGCACCGGCTTGCCATGGGTGATGGTGCCGGTc < 2:268199/150‑1 (MQ=255) tgctTGCCGAACTACGCAATGGCGAGGGCCACCGGGTCGTCCGAACGCTCACCCAGGCTAGCCGCAAAGGCTTGCGCCCGGTCTTCGAACAGCGGCGCCAGCACCTTGGCGTCGGTCTGCACCGGCTTGCCATGGGTGATGGTGCCGGTc < 2:554438/150‑1 (MQ=255) gCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGACACCGGGTGGTCCGAACGCTCGCCCAGGCTGGCCGCCAAGGCTTGCGCACGGTCtt > 2:686925/1‑80 (MQ=255) gCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGACACCGGGTGGTCCGAACGCTCGCCCAGGCTGGCCGCCAAGGCTTGCGCACGGTCtt < 1:686925/80‑1 (MQ=255) cGAACTCGGCAATGGCGCGGGACACCGGGTGGTCCGAACGCTCGCCCAGGCTGGCCGCCAAGGCTTGCGCACGGTCTTCGAACAGCGGCGCCAGCACCTTGGCGTCGGTCTGCACCGGCTTGCCATGGGTGATGGTGCCGGTCTTGTccc > 1:207610/1‑149 (MQ=255) 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gcgGGACACCGGGTGGTCCGAACGCTCGCCCAGGCTGGCCGCCAAGGCTTGCGCACGGTCTTCGAACAGCGGCGCCAGCACCTTGGCGTCGGTCTGCACCGGCTTGCCATGGGTGATGGTGCCGGTCTTGTCCAGGGCCAGGAAATCAAg < 2:1140342/150‑1 (MQ=255) tCCGAACGCTCGCCCAGGCTGGCCGCCAAGGCTTGCGCACGGTCTTCGAACAGCGGCGCCAGCACCTTGGCGTCGGTCTGCACCGGc > 2:216958/1‑87 (MQ=255) tCCGAACGCTCGCCCAGGCTGGCCGCCAAGGCTTGCGCACGGTCTTCGAACAGCGGCGCCAGCACCTTGGCGTCGGTCTGCACCGGc < 1:216958/87‑1 (MQ=255) cGAACGCTCGCCCAGGCTGGCCGCCAAGGCTTGCGCACGGTCTTCGAACAGCGGCGCCAGCACCTTGGCGTCGGTCTGCACCGGCTTGCCATGGGTGATGGTGCCGGTCTTGTCCAGGGCCAGGAAATCAAGGTGGCGGCCACCCTCCAg < 2:1126495/150‑1 (MQ=255) cGAACGCTCGCCCAGGCTGGCCGCCAAGGCTTGCGCACGGTCTTCGAACAGCGGCGCCAGCACCTTGGCGTCGGTCTGCACCGGCTTGCCATGGGTGATGGTGCCGGTCTTGTCCAGGGCCAGGAAATCAAGGTGGCGGCCACCCTCCAg < 1:624436/150‑1 (MQ=255) cGAACGCTCGCCCAGGCTGGCCGCCAAGGCTTGCGCACGGTCTTCGAACAGCGGCGCCAGCACCTTGGCGTCGGTCTGCACCGGCTTGCCATGGGTGATGGTGCCGGTCTTGTCCAGGGCCAGGAAATCAAGGTGGCGGCCACCCTCCAg > 1:654723/1‑150 (MQ=255) gcaagCCCAGGCTGGCCGCCAAGGCTTGCGCACGGTCTTCGAACAGCGGCGCCAGCACCTTGGCGTCGGTCTGCACCGGCTTGCCATGGGTGATGGTGCCGGTCTTGTCCAGGGCCAGGAAATCAAGGTGGCGGCCACCCTCCAGGTaca > 2:1015723/5‑150 (MQ=255) tCGCCCAGGCTGGCCGCCAAGGCTTGCGCACGGTCTTCGAACAGCGGCGCCAGCACCTTGGCGTCGGTCTGCACCGGCTTGCCATGGGTGATGGTGCCGGTCTTGTCCAGGGCCAGGAAATCAAGGTGGCGGCCACCCTCCAGGTACACg > 1:1206551/1‑150 (MQ=255) ccAGGCTGGCCGCCAAGGCTTGCGCACGGTCTTCGAACAGCGGCGCCAGCAc < 2:766303/52‑1 (MQ=255) ccAGGCTGGCCGCCAAGGCTTGCGCACGGTCTTCGAACAGCGGCGCCAGCAc > 1:766303/1‑52 (MQ=255) ccAGGCTGGCCGCCAAGGCTTGCGCACGGTCTTCGAACAGCGGCGCCAGCACCTTGGCGTCGGTCTGCACCGGCTTGCCATGGGTGATGGTGCCGGTCTTGTCCAGGGCCAGGAAATCAAGGTGGCGGCCACCCTCCAGGTACACGCCAc > 2:724189/1‑150 (MQ=255) aGGCTGGCCGCCAAGGCTTGCGCACTGTCGTCTAACAGCGGCGCCAGCACCTTGGCGTCGGTCTGCACCGGCTTGCCATGGGTGATGGTGCCGGTCTTGTCCAGGGCCAGGAAATCAAGGTGGCGGCCACCCTCCAGGTACACGCCAccc < 1:146/150‑1 (MQ=255) tGGCCGCCAAGGCTTGCGCACGGTCTTCGAACAGCGGCGCCAGCACCTTGGCGTCGGGCTGCACCGACTTGCCATGGGTGATGGTGCCGGTCTTGTCCAGGGCCAGGAAATCAAGGTGGCGGCCACCCTCCAGGTACACGCCACCCTTGa > 1:300376/1‑150 (MQ=255) | ACCTCACCGGCAATGACGCCACGCACGCCACGCCCGGCCAGCGCAACGAAGTCACTGACCTCGCTCAAGGCCAGGCCTTGCTGCTTGCCGAACTCGGCAATGGCGCGGGACACCGGGTGGTCCGAACGCTCGCCCAGGCTGGCCGCCAAGGCTTGCGCACGGTCTTCGAACAGCGGCGCCAGCACCTTGGCGTCGGTCTGCACCGGCTTGCCATGGGTGATGGTGCCGGTCTTGTCCAGGGCCAGGAAATCAAGGTGGCGGCCACCCTCCAGGTACACGCCACCCTTGA > NC_002947/5864633‑5864921 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |