Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 498,044 | A→C | 8.0% | D638A (GAT→GCT) | PP_0409 → | two‑component system sensor histidine kinase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 498,044 | 0 | A | C | 8.0% | 165.9 / 5.8 | 62 | D638A (GAT→GCT) | PP_0409 | two‑component system sensor histidine kinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/32); new base C (2/3); total (27/35) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.32e-01 |
GGCCCACCTGGAGAGCGTGCGTGAAGAGGAAAAAGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTGGACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCCAGTTGTTCCAGTTGGTACGCGATGTCGCCACTGCCTTGCGTCCGCCGATCCTCGATGCCGGCATTGCCTCGGCCATCGAATGGCAGGCGCGGCGTTTCGAGGCACGTACGCAA > NC_002947/497898‑498189 | ggCCCACCTGGAGAGCGTGCGTGAAGAGGAAAAAGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTGGACCCTGGCCTGAATGATCg < 1:1163396/150‑1 (MQ=255) gCCCACCTGGAGAGCGTGCGTGAAGAGGAAAAAGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTGGACCCTGGCCTGAATGATCGc > 1:1003113/1‑150 (MQ=255) gCCCACCTGGAGAGCGTGCGTGAAGAGGAAAAAGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTGGACCCTGGCCCGAATGATCGc > 2:1058409/1‑150 (MQ=255) ccTGGAGAGCGTGCGTGAAGAGGAAAAAGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGCGCTGGCCTAGGCCGAGCTGGACTCTTGCCTGAATGATCGCCTGGc < 2:897412/150‑1 (MQ=255) ccTGGAGAGCGTGCGTGAAGAGGAAAAAGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTGGACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGc < 1:941180/150‑1 (MQ=255) ccTGGAGAGCGTGCGTGAAGAGGAAAAAGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTGGACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGc < 1:1126275/150‑1 (MQ=255) ccTGGAGAGCGTGCGTGAAGAGGAAAAAGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTGGACCCTGGCCCGAATGATCGCCTGGc < 1:1058409/150‑1 (MQ=255) agagCGTGCGTGAAGAGGAAAAAGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTGGACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCa < 1:149938/150‑1 (MQ=255) cgtgcgtgAAGAGGAAAAAGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTGGACCCTGGCCTGAATGCTCGCCAGGCGATCAttca < 2:448339/150‑4 (MQ=255) gtgcgtgAAGAGGAAAAAGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTGGACCCTGGCCTGAATGCTCGCCAGGCGATCAttcag > 2:537508/1‑146 (MQ=255) tgcgtgAAGAGGAAAAAGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTGGACCCTGGCCTGAATGCTCGCCAGGCGATCAttcagg < 1:537508/150‑6 (MQ=255) cgtgAAGAGGAAAAAGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTGGACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGc < 2:872106/150‑1 (MQ=255) cgtgAAGAGGAAAAAGCCCGTATCGACCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCGTGAGCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGc < 1:210376/150‑1 (MQ=255) gtgAAGAGGAAAAAGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTGGACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGcc > 1:525011/1‑150 (MQ=255) aaGAGGAAAAAGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTGGACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCa < 2:470332/138‑1 (MQ=255) aaGAGGAAAAAGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTGGACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCa > 1:470332/1‑138 (MQ=255) ccGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTGGACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCCAgttgtt < 1:776818/150‑1 (MQ=255) cGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTGGACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCCAGTTGTTc < 1:810363/150‑1 (MQ=255) cGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTGGACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCCAGTTGTTc < 1:75641/150‑1 (MQ=255) gTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTGGACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCCAGTTGTTcc > 1:356080/1‑150 (MQ=255) tCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCAGGCCTATGCCGAGCTGGACCCTGGCCTGAATGATCGCCTCCACTTCATGAAACGCCTGATCGCCCAGTTGTTCCAGt < 1:1001739/150‑1 (MQ=255) cGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTGGACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCCAGTTGTTCCAGtt < 2:424301/150‑1 (MQ=255) cccGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTGGACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCCAGTTGTTCCAGTTgg < 2:1173853/150‑1 (MQ=255) aaGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAGGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTGGACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCt > 2:643666/1‑121 (MQ=255) aaGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAGGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTGGACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCt < 1:643666/121‑1 (MQ=255) tGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTGGACCCTGGCCTGAATGCTCGCCAGGCGATCAtt < 2:746759/110‑2 (MQ=255) tGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTGGACCCTGGCCTGAATGCTCGCCAGGCGATCAtt > 1:746759/1‑109 (MQ=255) tgatgaACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTGGACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCCAGTTGTTCCAGTTg < 1:462563/136‑1 (MQ=255) tgatgaACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTGGACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCCAGTTGTTCCAGTTg > 2:462563/1‑136 (MQ=255) gatgaACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTGGACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCCAGTTGTTCCAGTTGGTACGCGATGTCGcc > 1:730534/1‑150 (MQ=255) aCTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTGGACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCCAGTTGTTCCAGTTGGTACGCGATGTCGCCACTGc < 1:1015398/150‑1 (MQ=255) aCTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTGGACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCCAGTTGTTCCAGTTGGTACGCGATGTCGCCACTGc > 2:819964/1‑150 (MQ=255) aCTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTGGACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCCAGTTGTTCCAGTTGGTACGCGATGTCGCCACTGc < 2:356080/150‑1 (MQ=255) cTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTGGACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCCAGTTGTTCCAGTTGGTACGCGATGTCGCCACTGcc < 1:819964/150‑1 (MQ=255) tGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTGGACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCCAGTTGTTCCAGTTGGTACGCGATGTCGCCACTGCCt > 2:1186517/1‑150 (MQ=255) cAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTGGACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCCAGTTGTTCCAGTTGGTACGCGATGTCGCCACTGCCTTGCGt < 2:1003113/150‑1 (MQ=255) tGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTGGACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCCAGTTGTTCCAGTTGGTACGCGATGTCGCCACTGCCTTGCGTccgc < 1:1024994/150‑1 (MQ=255) gCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTGGACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCCAGTTGTTCCAGTTGGTACGCGATGTCGCCACTGCCTTGCGTccgcc > 1:661390/1‑150 (MQ=255) tGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTGGACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCCAGTTGTTCCAGTTGGTACGCGATGTCGCCACTGCCTTGCGTCCGCCGa < 1:1006681/150‑1 (MQ=255) tGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTGGACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCCAGTTGTTCCAGTTGGTACGCGATGTCGCCACTGCCTTGCGTCCGCCGa > 1:16306/1‑150 (MQ=255) tGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTGGACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCCAGTTGTTCCAGTTGGTACGCGATGTCGCCACTGCCTTGCGTCCGCCGa > 2:241923/1‑150 (MQ=255) gCTTGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTGGACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCCAGTTGTTCCAGTTGGTACGCGATGTCGCCACTGCCTTGCGTCCGCCGATCCTCGATGCCgg > 2:952951/1‑150 (MQ=255) cTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTGGACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCCAGTTGTTCCAGTTGGTACGCGATGTc < 2:295754/114‑1 (MQ=255) cTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTGGACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCCAGTTGTTCCAGTTGGTACGCGATGTc > 1:295754/1‑114 (MQ=255) ggAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTGGACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCCAGTTGTTCCAGTTGGTACGCGATGTCGCCACTGCCTTGCGTCCGCCGATCCTCGATCCCGGCAt > 2:685578/1‑150 (MQ=255) tCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTGGACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCCAGTTGTTCCAGTTGGTACGCGATGTCGCCACTGCCTTGCGTCCGCCGATCCTCGATGCCGGCATTGCCTCg < 2:525011/150‑1 (MQ=255) ggtcTATGCCGAGCTGGACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCCAGTTGTTCCAGTTGGTACGCGATGTCGCCACTGCCTTGCGTCCGCCGATCCTCGATGCCGGCATTGCCTCGGCCATCGAATGGCa < 1:952951/147‑1 (MQ=255) gCCTATGCCGAGCTGGACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCCAGTTGTTCCAGTTGGTACGCGATGTCGCCACTGCCTTg > 2:913550/1‑102 (MQ=255) gCCTATGCCGAGCTGGACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCCAGTTGTTCCAGTTGGTACGCGATGTCGCCACTGCCTTg < 1:913550/102‑1 (MQ=255) gCCGAGCTGGACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCCAGTTGTTCCAGTTGGTACGCGATGTCGCCACTACCGGGCGTCCGCCGATCCCCGATGCCGGCATTGCCTCGGCCATCGAATGGCAGGCgcgg > 1:317754/1‑150 (MQ=255) ggACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCCAGTTGTTCCAGTTGGTACGCGATGTCGCCACTGCCTTGCGTCCGCCGATCCTCGATGCCGGCATTGCCTCGGCCATCGAATGGCAGGCGCGGCGTTTCGa < 2:16306/150‑1 (MQ=255) gACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCCAGTTGTTCCAGTTGGTACGCGATGTCGCCACTGCCTTGCGTccgc < 2:280485/94‑1 (MQ=255) gACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCATGATCGCCCAGTTGTTCCAGTTGGTACGCGATGTCGCCACTGCCTTGCGTccgc > 1:280485/1‑94 (MQ=255) cccTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCCAGTTGTTCCAGTTGGTACGCGATGTCGCCACTGCCTTGCGTCCGCCGATCCTCGATGCCGGCATTGCCTCGGCCATCGAATGGCAGGCGCGGCGTTTCGAGGc < 2:730534/150‑1 (MQ=255) cTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCCAGTTGTTCCAGTTGGTACGCGATGTCGCCACTGCATTGCGTCAGTGGCTCCGCCAGGCCGGCATTGCCTCGGCCATCGAATGGCAGGCGCGGCGTTTCGAGGCAc > 1:142274/1‑150 (MQ=255) cTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCCAGTTGTTCCAGTTGGTACGCGATGTCGCCACTGCCTTGCGTCCGCCGATCCTCGATGCCGGCATTGCCTCGGCCATCGAATGGCAGGCGCGGCGTTTCGAg > 2:215172/1‑141 (MQ=255) cTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCCAGTTGTTCCAGTTGGTACGCGATGTCGCCACTGCCTTGCGTCCGCCGATCCTCGATGCCGGCATTGCCTCGGCCATCGAATGGCAGGCGCGGCGTTTCGAg < 1:215172/141‑1 (MQ=255) cTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCCAGTTGTTCCAGTTGGTACGCGATGTCGCCACTGCCTTGCGTCAGCAGATCAACAAATCATTCACATCCTCGGCCATCGAATGGCAGGCGCGGCGTTTCGAGGCACGTACg > 1:444969/1‑150 (MQ=255) tGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGGCCAGTTGTTCCAGTTGGTACGCGATGTCGCCACTGCCTTGCGTCCGCCGATCCTCGATGCCGGCATTGCCTCGGCCATCGAATGGCAGGCGCGGCGTTTCGAGGCACGTACGc > 2:230475/1‑150 (MQ=255) aaTGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCCAGTTGTTCCAGTTGGGACGCGATGTCGCCACTGCCTTGCGTCCGCCGATCCTCGATGCCGGCATTGCCTCGGCCATCGAATGGCAGGCGCGGCGTTTCGAGGCACGTACGCaa > 1:936763/1‑150 (MQ=255) tGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCCAGTTGTTCCAGTTGGTACGCGATGTCGCCACTGCCTTGCGTCCGCCGATCCTCGATGc > 1:255189/1‑93 (MQ=255) tGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCCAGTTGTTCCAGTTGGTACGCGATGTCGCCACTGCCTTGCGTCCGCCGATCCTCGATGc < 2:255189/93‑1 (MQ=255) | GGCCCACCTGGAGAGCGTGCGTGAAGAGGAAAAAGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTGGACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCCAGTTGTTCCAGTTGGTACGCGATGTCGCCACTGCCTTGCGTCCGCCGATCCTCGATGCCGGCATTGCCTCGGCCATCGAATGGCAGGCGCGGCGTTTCGAGGCACGTACGCAA > NC_002947/497898‑498189 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |