| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 657,272 | T→C | 10.2% | V234A (GTT→GCT) | PP_0564 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 657,272 | 0 | T | C | 10.2% | 132.5 / 5.0 | 49 | V234A (GTT→GCT) | PP_0564 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (15/29); new base C (3/2); total (18/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.59e-01 | |||||||||||
GCATCAAGTCGCTGACCCGCTACCAGACCCGTCTGGCTGCCGGCGACAAGGGCGCTATCTTCTATACCCGCGCCGACAACCTGAACAACTGGCTGGGTGACGTCGCCACCCGTCTGGGCTCGCTGTCGCAGCGCCTGTCGGCCAGCGTTGGCCGGGTCAAGCTCAACACCACGCTGAAGACCGAGTCGGTCGTTGCCGGCCAGGCGCCGCAGGTGGATGAGGAGCTGGTGGAAACCCCATGGCTGCAGATCGACAACGTGTTCTATGAAGCCCGTGGCCAAGCCTGGGCGCTGT > NC_002947/657125‑657418 | gCATCAAGTCGCTGACCCGCTACCAGACCCGTCTGGCTGCCGGCGACAAGGGCGCTATCTTCTATACCCGCGCCGACAACCTGAACAACTGGCTGGGTGACGTCGCCACCCGTCTGGGCTCGCTGTCGCAGCGCCTGTCGGCCAGCGTTg < 2:255905/150‑1 (MQ=255) cAAGTCGCTGACCCGCTACCAGACCCGTCTGGCTGCCGGCGACAAGGGCGCTATCTTCTATACCCGAGCCGACAACCTGAACAACTGGCTGGGTGACGTCGCCACCCGTCTGGGTTCGCTGTCGCAGCGCCTGTCGGCCAGCGTTGGCCg < 1:699015/150‑1 (MQ=255) gTCGCTGACCCGCTACCAGACCCGTCTGGCTGCCGGCGACAAGGGCGCTATCTTCTATACCCGCGCCGACAACCTGAACAACTGGCTGGGTGACGTCGCCACCCGTCTGGGCTCGCTGTCGCAGCGCCTGTCGGCCAGCGTTGGCCGGGt < 1:970472/150‑1 (MQ=255) ccGCTACCAGACCCGTCTGGCTGCCGGCGACAAGGGCGCTATCTTCTATACCCGCGCCGACAACCTGAACAACTGGCTGGGTGACGTCGCCACCCGTCTGGGCTCGCTGTCGCAGCGCCTGTCGGCCAGCGTTGGCCGGGTCAAGCTCaa < 1:485408/150‑1 (MQ=255) gACCCGTCTGGCTGCCGGCGACAAGGGCGCTATCTTCTATACCCGCGCCGACAACCTGAACAACTGGCTGGGTGACGTCGCCACCCGTCTGGGCTCGCTGTCGCAGCGCCTGTCGGCAAGCGTTGGCCGGGTCACGCTCAACACCACGca > 2:63405/1‑149 (MQ=255) cGTCTGGCTGCCGGCGACAAGGGCGCTATCTTCTATACCCGCGCCGACAACCTGAACAACTGGCTGGGTGACGTCGCCACCCGTCTGGGCTCGCTGTCGCAGCGCCTGTCGGCCAGCGTTGGCCGGGTCAAGCTCAACACCACGCTGAAg < 2:54066/150‑1 (MQ=255) tCTGGCTGCCGGCGACAAGGGCGCTATCTTCTATACCCGCGCCGACAACCTGAACAACTGGCTGGGTGACGTCGCCACCCGTCTGGGCTCGCTGTCGCAGCGCCTGTCGGCCAGCGTTGGCCGGGTCAAGCTCAACACCACGCTGAAGaa < 2:903233/150‑2 (MQ=255) cAAGGGCGCGATCTTCTATACCCGCGCCGACAACCTGAACAACTGGCTGGGTGACGTCGCCACCCGTCTGGGCTCGCTGTCGCAGCGCCTGTCGGCCAGCGTTGGCCGGGTCAAGCTCAACACCACGCTGAAGACCGAGTCGGTCGTTGc < 1:356841/150‑1 (MQ=255) 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gcgcCTGTCGGCCAGCGTTGGCCGGGTCAAGCTCAACACCACGCTGAAGACCGAGTCGGTCGTTGCCGGCCAGGCGCCGCCGGTGGATGAGGAGCTGGTGGAAACCCCATGGCTGCAGATCGACAACGTGTTCTATGAAGCCCGt > 2:833056/1‑145 (MQ=255) acccGGCCAACGCTGGCCGGGTCAAGCTCAACACCACGCTGAAGACCGAGTCGGTCGTTGCCGGCCAGGCGCCGCAGGTGGATGAGGAGCTGGTGGAAACCCCATGGCTGCAGATCGACAACGTGTTCTATGAAGCCCGTGGCCAAGCCt > 2:764518/4‑150 (MQ=255) gTCGGCCAGCGTTGGCCGGGTCAAGCTCAACACCACGCTGAAGACCGAGTCGATCGTTGCCGGCCAGGCGCCGCAGGTGGATGAGGAGCTGGTGGAAACCCCATGGCTGCAGATCGACAACGTGTTCTATGAAGCCCGTGGCCAAGCCTg < 1:942030/150‑1 (MQ=255) cGGCCAGCGTTGGCCGGGGCAAGCTCAACACCACGCTGAAGACCGAGTCGGTCGTTGCCGGCCAGCGTCAACGGGTGGATGAGGAGCTGGTGGAAACCCCATGGCTGCAGATCGACAACGTGTTCTATGAAGCCCGTGGCCAAGCCTggg < 1:74844/150‑1 (MQ=255) gCGTTGGCCGGGTCAAGCTCAACACCACGCTGAAGACCGATTCCGTCTTTGCCGGCCAGGCGCCCCAGGTGGATGAAGAGCTGGTGGAAACCCCATGGCTGCAGATCGACAACCTGTTCTATGAAGCCCGTGGCCAAGCCTGGGCGCTGt < 1:1035666/150‑1 (MQ=255) | GCATCAAGTCGCTGACCCGCTACCAGACCCGTCTGGCTGCCGGCGACAAGGGCGCTATCTTCTATACCCGCGCCGACAACCTGAACAACTGGCTGGGTGACGTCGCCACCCGTCTGGGCTCGCTGTCGCAGCGCCTGTCGGCCAGCGTTGGCCGGGTCAAGCTCAACACCACGCTGAAGACCGAGTCGGTCGTTGCCGGCCAGGCGCCGCAGGTGGATGAGGAGCTGGTGGAAACCCCATGGCTGCAGATCGACAACGTGTTCTATGAAGCCCGTGGCCAAGCCTGGGCGCTGT > NC_002947/657125‑657418 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |