Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 680,674 | C→T | 9.4% | P64L (CCG→CTG) | PP_0583 → | AraC family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 680,674 | 0 | C | T | 9.4% | 133.6 / 2.8 | 50 | P64L (CCG→CTG) | PP_0583 | AraC family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/22); new base T (2/3); total (25/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CCTGCCCAGACCCCTCTACGCCCGTGCCGAAAGCCTTGGCGCCGGATCGTGGACCACTCGCCACCAGCACGACTGGGTGCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGCGCAGCCTGTACGTGCGCCGCGATGCCTGCCCATGGGCGCCGGAACAATGCCGGGTGCTGGAAGTGACGCCGCTGGCGCG > NC_002947/680528‑680821 | ccTGCCCAGACCCCTCTACGCCCGTGCCGAAAGCCTTGGCGCCGGATCGTGGACCACTCGCCACCAGCACGACTGGGTGCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCa > 2:594297/1‑150 (MQ=255) tGCCCAGACCCCTCTACGCCCGTGCCGAAAGCCTTGGCGCCGGATCGTGGACCACTCGCCACCAGCACGACTGGGTGCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGt > 1:935719/1‑150 (MQ=255) cccAGACCCCTCTACGCCCGTGCCGAAAGCCTTGGCGCCGGATCGTGGACCACTCGCCACCAGCACGACTGGGTGCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTgg > 1:773273/1‑150 (MQ=255) aGACCCCTCTACGCCCGTGCCGAAAGCCTTGGCGCCGGATCGTGGACCACTCGCCACCAGCACGACTGGGTGCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTggggg > 2:175338/1‑150 (MQ=255) tACGTCCGTGCCGAAAGCCTTGGCGCCGGATCGTGGACCACTCGCCACCAGCACGACTGGGTGCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCa > 2:139893/1‑134 (MQ=255) tACGTCCGTGCCGAAAGCCTTGGCGCCGGATCGTGGACCACTCGCCACCAGCACGACTGGGTGCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCa < 1:139893/134‑1 (MQ=255) ccgtccGCGCCGAAAGCCTGCGCGCCGGATCGTGGCCCACTCGCCACCAGCACGACTGGGTGCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATcc < 2:525659/146‑1 (MQ=255) cGTGCCGAAAGCCTTGGCGCCGGATCGTGGACCACTCGCCACCAGCACGACTGGGTGCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCccgcc < 2:602883/150‑1 (MQ=255) gTGCCGAAAGCCTTGGCGCCGGATCGTGGACCACTCGCCACCAGCACGACTGGGTGCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCccgccg > 2:271408/1‑150 (MQ=255) gCCGAAAGCCTTGGCGCCGGATCGTGGACCACTCGCCACCAGCACGACTGGGTGCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGAt < 2:394460/150‑1 (MQ=255) cGAAAGCCTTGGCGCCGGATCGTGGACCACTCGCCACCAGCACGACTGGGTGCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGc < 2:1093484/150‑1 (MQ=255) cGAAAGCCTTGGCGCCGGATCATGGACCACTCGCCACCAGCACGACTGGGTGCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGCCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGc > 2:166835/1‑150 (MQ=255) gAAAGCCTTGGCGCCGGATCGTGGACCACTCGCCACCAGCACGCCTGGGTGCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGcc < 1:271408/150‑1 (MQ=255) gAAAGCCTTGGCGCCGGATCGTGGACCACTCGCCACCAGCACGACTGGGTGCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACTGCGGTggggcaaa > 1:486526/1‑128 (MQ=255) gAAAGCCTTGGCGCCGGATCGTGGACCACTCGCCACCAGCACGACTGGGTGCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACTGCGGTggggcaaa < 2:486526/132‑5 (MQ=255) gAAAGCCTTGGCGCCGGATCGTGGACCACTCGCCACCAGCACGACTGGGTGCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGc < 2:346680/149‑1 (MQ=255) gAAAGCCTTGGCGCCGGATCGTGGACCACTCGCCACCAGCACGACTGGGTGCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGc > 1:346680/1‑149 (MQ=255) tGGACCACTCGCCACCAGCACGACTGGGTGCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCg < 1:1060103/150‑1 (MQ=255) aCTCGCCACCAGCACGACTGGGTGCAATTCTCCTACGTCACCAGCGGCGTACTCGGCGTTTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCaa < 1:917660/150‑1 (MQ=255) tCGCCACCAGCACGACTGGGTGCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTg > 1:530726/1‑133 (MQ=255) tCGCCACCAGCACGACTGGGTGCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTg < 2:530726/133‑1 (MQ=255) gCCACCAGCACGACTGGGTGCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACCAACGCGCCGGACGTTAACTTTCTCATCTGGAGTGTTGCGTGGGGAATCCCGCCGATGCTGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCg < 2:740010/150‑1 (MQ=255) gACTGGGTGCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGCGCAGc < 2:492173/150‑1 (MQ=255) ggTGCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGCGCAGCCTGTa > 2:787559/1‑150 (MQ=255) gCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGCGCAGCCTGTACGt < 2:24315/150‑1 (MQ=255) cAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGCGCAGCCTGTACGTg < 1:113788/150‑1 (MQ=255) aaTTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGCGCAGCCTGTACGTgc > 2:582492/1‑150 (MQ=255) aTCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGCGCAGCCTGTACGTGCGCCGCGAtgcctgc < 2:935719/150‑1 (MQ=255) aTCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGCGCAGCCTGTACGTGCGCCGCGAtgcctgc < 1:594297/150‑1 (MQ=255) cggcgTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCa > 2:307319/1‑95 (MQ=255) cggcgTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCa < 1:307319/95‑1 (MQ=255) cTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGCGCAGCCTGTACGTGcgccgc > 2:310708/1‑129 (MQ=255) cTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGCGCAGCCTGTACGTGcgccgc < 1:310708/129‑1 (MQ=255) tacacGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGCGCAGCCTGTACGTGCGCCGCGATGCCTGCCCATGGGCGCCGGAACAATGCCg > 2:126023/2‑150 (MQ=255) acacGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCAcat > 1:625662/1‑77 (MQ=255) acacGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCt < 2:625662/79‑1 (MQ=255) acacGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGCGCAGCCTGTACGTGCGCCGCGATGCCTGCCCATGGGCGCCGGAACAATGCCgg < 1:175338/150‑1 (MQ=255) acacGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGCGCAGCCTGTACGTGCGCCGCGATGCCTGCCCATGGGCGCCGGAACAATGCCgg > 1:214972/1‑150 (MQ=255) gcgACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGAGGGCCGCGCGGATGCACCGCCATGCCTGCCCATGGGCGCCGGAACAATGCCGGGTGc > 2:31058/1‑150 (MQ=255) gACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGCGCAGCCTGTACGTGCGCCGCGATGCCTGCCCATGGGCGCCGGAACAATGCCGGGTGCTg > 1:468831/1‑150 (MQ=255) cGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTg > 2:295693/1‑64 (MQ=255) cGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTg < 1:295693/64‑1 (MQ=255) aGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGCGCAGCCTGTACGTGCGCCGCGATGCCTGCCCATGGGCGCCGGAAc < 1:531658/130‑1 (MQ=255) aGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGCGCAGCCTGTACGTGCGCCGCGATGCCTGCCCATGGGCGCCGGAAc > 2:531658/1‑130 (MQ=255) ccccccccACTGCGGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGCGCAGc < 1:852833/80‑1 (MQ=255) caccccccACTGCGGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGCGCAGc > 2:852833/5‑84 (MQ=255) ttGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGCGCAGCCTGTACGTGCGCCGCGATGCCTGCCCATGGGCGACAGGCGATTGCCGGGTGCTGGAAGTGAcgccgc < 1:31058/150‑1 (MQ=255) cccACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGCGCAGCCTGTACGTGCGCCGCGATGCCTGCCCATGGGCGCCGGAACAATGCCGGGTGCTGGAAGTGACGCCGCTGgc > 1:1195306/1‑150 (MQ=255) ccACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCAGATGCCGAGCATGAAGTGGACACCACGATGCAAGCCGAGATGCGCAGCCTGTACGTGCGCCGCGATGCCTGCCCATGGGCGCCGGAACAATGCCGGGTGCTGGAAGTGACGCCGCTGgcg > 2:88176/1‑150 (MQ=255) aCCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGCGCAGCCTGTACGTGCGCCGCGATGCCTGCCCATGGGCGCCGGAACAATGCCGGGTGCTGGAAGTGACGCCGCTGgcgcg > 1:685628/1‑150 (MQ=255) | CCTGCCCAGACCCCTCTACGCCCGTGCCGAAAGCCTTGGCGCCGGATCGTGGACCACTCGCCACCAGCACGACTGGGTGCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGCGCAGCCTGTACGTGCGCCGCGATGCCTGCCCATGGGCGCCGGAACAATGCCGGGTGCTGGAAGTGACGCCGCTGGCGCG > NC_002947/680528‑680821 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |