Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 682,320 | A→C | 10.6% | V319G (GTG→GGG) | PP_0584 ← | methyl‑accepting chemotaxis transducer |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 682,320 | 0 | A | C | 10.6% | 86.0 / 5.3 | 38 | V319G (GTG→GGG) | PP_0584 | methyl‑accepting chemotaxis transducer |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (17/17); new base C (2/2); total (19/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.10e-01 |
CTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGCGGGTCAGGTCACCCTCACCTTGGGCAATGTCTTCCAGGCCATTGGTGACGCTGTTGATCGGGCGCACGATCAGTTTGGCGAAGGCCGCACCGACCACCGCGAACAGCGCGGCCAACACCACAGCGATGACACCGATCAGCCAGGTGAGCCGGGTGGTGGTCTGCATCACTTCGCTTTGTTCGATCAGGCCGATGAAGGTCCAG > NC_002947/682176‑682457 | cTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGCGGGTCAGGTCACCCTCACCTTGGGCAATGTCTTCCAGGCCATTGGTGACGCTGTTGATCGGGCGCACGATc > 1:1069804/1‑150 (MQ=255) cTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGATGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGCGGGTCAGGTCACCCTCACCTTGGGCAATGTCTTCCAGGCCATTGGTGACGCTGTTGATCGGGCGCACGATc > 1:699135/1‑150 (MQ=255) aaTGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGCGGGTCAGGTCACCCTCACCTTGGGCAATGTCTTCCAGGCCATTGGTGACGCTGTTGATCGTGCGCCCGATCaacag < 1:94130/150‑5 (MQ=255) aGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGCGGGTCAGGTCACCCTCACCTTGGGCAATGTCTTCCAGGCCATTGGTGACGCTGTTGATCGGGCGCACGATCAGTTTGGCGAAGGcc > 1:486932/1‑150 (MQ=255) ggTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGCGGGTCAGGTCACCCTCACCTTGGGCAATGTCTTCCAGGCCATTGGTGACGCTGTTGATCGGGCGCACGATCAGTTTGGCGAAGGCCGCACCGa < 2:604006/150‑1 (MQ=255) gTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGCGGGTCAGGTCACCCTCACCTTGGGCAATGTCTTCCAGGCCATTGGTGACGCTGTTGATCGGGCGCACGATCAGTTTGGCGAAGGCCGCACCGac > 1:331300/1‑150 (MQ=255) aaCCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGCGGGTCAGGTCACCCTCACCTTGGGCAATGTCTTCCAGGCCATTGGTGACGCTGTTGATCGGGCGCACGATCAGTTTGGCGAAGGCCGCACCGaccacc > 1:748009/1‑150 (MQ=255) tGGCCAGTTGCGCGTTTTCGTCGCGGCCGCGGAGTTCCAGGTTGCGGGTCAGGTCACTCTCACCTTGGGAAATGTCTTCCAGGCCATTGGTGACGCTGTTGACCGGGCGCACGATCAGTTTGGCTAATGCCGCACCGCCCACCGCGAACa < 2:539363/150‑1 (MQ=255) gtcgCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGCGGGTCAGGTCACCCTCACCTTGGGCAATGTCTTCCAGGCCATTGGTGACGCTGTTGATCGGGCGCACGATCAGTTTGGCGAAGGCCGCACCGACCACCGCGAACAGCGCGGCCAACACCACAGc > 2:361589/1‑150 (MQ=255) ggTTGCGGGTCAGGTCACCCTCACCTTGGGCAATGTCTTCCAGGCCATTGGGGAGGCTGTTGATCGGGCGCACGATCAGTTTGGCGAAGGACGCACCGACCACCGCGAGCGGCGCGGCCAGCACAACAGCGATGACACTGATCAGCCAgg > 2:191898/1‑150 (MQ=255) gtcaCCCTCACCTTGGGCAATGTCTTCCAGGCCATTGGTGACGCTGTTGATCGGGCGCACGATCAGTTTGGCGAAGGCCGCACCGACCACCGCGAACAGCGCGGCCAACACCACAGCGATGACACCGATCAGCCAg > 2:358666/1‑136 (MQ=255) gtcaCCCTCACCTTGGGCAATGTCTTCCAGGCCATTGGTGACGCTGTTGATCGGGCGCACGATCAGTTTGGCGAAGGCCGCACCGACCACCGCGAACAGCGCGGCCAACACCACAGCGATGACACCGATCAGCCAg < 1:358666/136‑1 (MQ=255) gtcaCCCTCACCTTGGGCAATGTCTTCCAGGCCATTGGTGACGCTGTTGATCGGGCGCACGATCAGTTTGGCGAAGGCCGCACCGACCACCGCGAACAGCGCGGCCAACACCACAGCGATGACACCGATCAGCCAGGTGAGCCGggtggt > 1:212501/1‑150 (MQ=255) tcaCCCTCACCTTGGGCAATGTCTTCCAGGCCATTGGTGACGCTGTTGATCGGGCGCACGATCAGTTTGGCGAAGGCCGCACCGACCACCGCGAATAGCGCGGCCAACACCACAGCGATGACACCGATCAGCCAGGTGAGCCGggtggtg < 2:1069804/150‑1 (MQ=255) cccTCACCTTGGGCAATGTCTTCCAGGCCATTGGTGACGCTGTTGATCGGGCGCACGATCAGTTTGGCGAAGGCCGCACCGACCACCGCGAACAGCGCGGCCAACACCACAGCGATGACACCGATCAGCCAGGTGAGCCGGGTGGTGGTc < 2:331300/150‑1 (MQ=255) ccTCACCTTGGGCAATGTCTTCCAGGCCATTGGTCTCGCTGTTGATCGGCCGCACGATCAGTTTGGCGAAGGCCGCACCGACCACCGCGAACAGCGCGGCCAACACCACAGCGATGACACCGATCAGCCAGGTGAGCCGGGTGGTGGTCt < 2:699135/150‑1 (MQ=255) ccTCACCGTGGGCAATGTCTTCCAGGCCATTGGTGACGCTGTTGATCGGGCGCACGATCAGTTTGGCGAAGGCCGCACCGACCACCGCGAACAGCGCGGCCAACACCACAGCGATGACACCGATCAGCCAGGTGAGCCGGGTGGTGGTCt < 2:1143416/150‑1 (MQ=255) tCACCTTGGGCAATGTCTTCCAGGCCATTGGTGACGCTGTTGATCGGGCGCACGATCAGTTTGGCGAAGGCCGCACCGACCACCGCGAACAGCGCGGCCAACACCACCGCGATGACCCCGATAAGCCAGGTGAGCCGGGTGGTGGTCTGc > 2:325504/1‑150 (MQ=255) aCCTTGGGCAATGTCTTCCAGGCCATTGGTGACGCTGTTGATCGGGCGCACGATCAGTTTGGCGAAGGCCGCACCGACCACCGCGAACAGCGCGGCCAACACCACAGCGATGACACCGATCAGCCAGGTGAGCCGGGTGGTGGTCTGCAt < 1:361589/150‑1 (MQ=255) cTTGGGCAATGTCTTCCAGGCCATTGGTGACGCTGTTGATCGGGCGCACGATCAGTTTGGCGAAGGCCGCACCGACCACCGCGAACAGCGCGGCCAACACCACAGCGATGACACCGa > 1:199616/1‑117 (MQ=255) cTTGGGCAATGTCTTCCAGGCCATTGGTGACGCTGTTGATCGGGCGCACGATCAGTTTGGCGAAGGCCGCACCGACCACCGCGAACAGCGCGGCCAACACCACAGCGATGACACCGa < 2:199616/117‑1 (MQ=255) cTTGGGCAATGTCTTCCAGGCCATTGGTGACGCTGTTGATCGGGCGCACGATCAGTTTGGCGAAGGCCGCACCGACCACCGCGAACAGCGCGGCCAACACCACAGCGATGACACCGATCAGCCAGGTGAGCCGGGTGGTGGTCTGCATCa < 2:1097973/150‑1 (MQ=255) cTTGGGCAATGTCTTCCAGGCCATTGGTGACGCTGTTGATAGGGCGCACGATCAGTTTGGCGAAGGCCGCACCGACCACCGCGAACAGCGCGGCCAACACCACAGCGATGACACCGATCAGCCAGGTGAGCCGGGTGGTGGTCTGCATCa < 1:325504/150‑1 (MQ=255) ttGGGCAATGTCTTCCAGGCCATTGGTGACGCTGTTGATCGGGCGCACGATCAGTTTGGCGAAGGCCGCACCGACCACCGCGAACAGCGCGGCCAACACCACAGCGATGACACCGATCAGCCAGGTGAGCCGGGTGGTGGTCTGCATCAc > 2:1087410/1‑150 (MQ=255) aaTGTCTTCCCGGCCATTGGTGACGCTGTTCATCGGGCGCACGATCAGTTTGGCGAAGGCCGCACCGACCACCGCGAACAGCGCGGCCAACACCACAGCGATGACACCGATCAGCCAGGTGAGCCGGGTGGTGGTCTGCATCACTTCGCt < 2:672782/150‑1 (MQ=255) gTCTTCCAGGCCATTGGTGACGCTGTTGATCGGGCGCACGATCAGTTTGGCGAAGGCCGCACCGACCACCGCGAACAGCGCGGCCAACACCACAGCGATGACACCGATCAGCCAGGTGAGCCgg > 1:518308/1‑124 (MQ=255) gTCTTCCAGGCCATTGGTGACGCTGTTGATCGGGCGCACGATCAGTTTGGCGAAGGCCGCACCGACCACCGCGAACAGCGCGGCCAACACCACAGCGATGACACCGATCAGCCAGGTGAGCCgg < 2:518308/124‑1 (MQ=255) ttCCAGGCCATTGGTGACGCTGTTGATCGGGCGCACGATCAGTTTGGCGAAGGCCGCACCGACCACCGCGAACAGCGCGGCCAACACCACAGCGATGACACCGATCAGCCAGGTGAGCCGGGTGGTGGTCTGCATCACTTCGCTTTGTTc > 2:727346/1‑150 (MQ=255) aGGCCATTGGTGACGCTGTTGATCGGGCGCACGATCAGTTTGGCGAAGGCCGCACCGACCACCGCGAACAGCGCGGCCAACACCACAGCGATGACACCGATCAGCCAGGTGAGCCGGGTGGTGGTCTGc < 2:1108217/129‑1 (MQ=255) aGGCCATTGGTGACGCTGTTGATCGGGCGCACGATCAGTTTGGCGAAGGCCGCACCGACCACCGCGAACAGCGCGGCCAACACCACAGCGATGACACCGATCAGCCAGGTGAGCCGGGTGGTGGTCTGc > 1:1108217/1‑129 (MQ=255) aCGCTGTTGATCGGGCGCACGATCAGTTTGGCGAAGGCCGCACCGACCCCCGCGAACAGCGCGGCCAACACCACAGCGATGACACCGATCAGCCAGGTGAGCCGGGTGGTGGTCTGCATCACTTCGCTTTGTTCGATCAGGCCGATGAAg < 2:723435/150‑1 (MQ=255) ccaaactGATCGTGCGCCCGATCAGTTTGGCGAAGGCCGCACCGACCACCGCGAACAGCGCGGCCAACACCACAGCGATGACACCGATCAGCCAGGTGAGCCGGGTGGTGGTCTGCATCACTTCGCTTTGTTCGATCAGGCCGATGAAgg > 1:483969/7‑150 (MQ=255) gCTGTTGATCGGGCGCACGATCAGTTTGGCGAAGGCCGCACCGACCACCGCGAACAGCGCGGCCAACACCACAGCGATGACACCGATCAGCCAGGTGAGCCGGGTGGTGGTCTGCa < 2:1136842/116‑1 (MQ=255) gCTGTTGATCGGGCGCACGATCAGTTTGGCGAAGGCCGCACCGACCACCGCGAACAGCGCGGCCAACACCACAGCGATGACACCGATCAGCCAGGTGAGCCGGGTGGTGGTCTGCa > 1:1136842/1‑116 (MQ=255) gCTGTTGATCGGGCGCACGATCAGTTTGGCGAAGGCCGCACCGACCACCGCGAACAGCGCGGCCAACACCACAGCGATGACACCGATCAGCCAGGTGAGCCGGGTGGTGGTCTGCATCACTTCGCTTTGTTCGATCAGGCCGATGAAGGt > 2:267523/1‑150 (MQ=255) gCTGTTGATCGGGCGCACGATCAGTTTGGCGAAGGCCGCACCGACCACCGCGAACAGCGCGGCCAACACCACAGCGATGACACCGATCAGCCAGGTGAGCCGGGTGGTGGTCTGCATCACTTCGCTTTGTTCGATCAGGCCGATGAAGGt < 1:1087410/150‑1 (MQ=255) actGATCGTGCGCCCGATCAGTTTGGCGAAGGCCGCACCGACCACCGCGAACAGCGCGGCCAACACCACAGCGATGACACCGATCAGCCAGGTGAGCCGGGTGGTGGTCTGCATCACTTCGCTTTGTTCGATCAGGCCGATGAAGGTcca > 1:180699/3‑150 (MQ=255) ctGATCGTGCGCCCGATCAGTTTGGCGAAGGCCGCACCGACCACCGCGAACAGCGCGGCCAACACCACAGCGATGACACCGATCAGCCAGGTGAGCCGGGTGGTGGTCTGCATCACTTCGCTTTGTTCGATCAGGCCGATGAAGGTccag < 2:483969/149‑1 (MQ=255) | CTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGCGGGTCAGGTCACCCTCACCTTGGGCAATGTCTTCCAGGCCATTGGTGACGCTGTTGATCGGGCGCACGATCAGTTTGGCGAAGGCCGCACCGACCACCGCGAACAGCGCGGCCAACACCACAGCGATGACACCGATCAGCCAGGTGAGCCGGGTGGTGGTCTGCATCACTTCGCTTTGTTCGATCAGGCCGATGAAGGTCCAG > NC_002947/682176‑682457 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |