| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 873,421 | G→A | 12.4% | G18S (GGC→AGC) | PP_5457 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 873,421 | 0 | G | A | 12.4% | 142.2 / 7.2 | 57 | G18S (GGC→AGC) | PP_5457 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/24); new base A (3/4); total (28/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 | |||||||||||
CCGAGGATTGCCAGGTGTGCTGTCAGCCTGTGGTGTGCATTCTGCAGGTGCATGGTGACGAATGGATG‑CTTGAAGTCCGCCGCGAGGACGACACCTGATGCAGCGTATCTACGAACCGGAAAGCCTGCTTGAGGCGCAAATGCTGGCAGGCATGCTTGCCAGCGAGGGGATCGATGTACACGTGGTCGGCCGTGACCTTGTCGGTGCCGCCGGCGAGCTGCCCTTGCAGGGCCTGCTGGGGCTCGTCGTGGCTGATGAGCAGGCCGAATGCGCACGGCAGCTGATCGATGCGTAC > NC_002947/873273‑873567 | ccGAGGATTGCCAGGTGTGCTGTCAGCCTGTGGTGTGCATTCTGCAGGTGCATGGTGACGAATGGATG‑CTTGAAGTCCGCCGCGAGGACGACACCTGATGCAGCGTATCTACGAACCGGAAAGCCTGCTTGAGGCGCAAATGCTggcagg > 1:612013/1‑150 (MQ=255) cGAGGATTGCCAGGTGTGCTGTCAGCCTGTGGTGTGCATTCTGCAGGTGCATGGTGACGAATGGATG‑CTTGAAGTCCGCCGCGAGGACGACACCTGATGCAGCGTATCTACGAACCGGAAAGCCTGCTTGAGGCGCAAATGCTggcaggc > 1:1099321/1‑150 (MQ=255) cGAGGATTGCCAGGTGTGCTGTCAGCCTGTGGTGTGCATTCTGCAGGTGCATGGTGACGAATGGATG‑CTTGAAGTCCGCCGCGAGGACGACACCTGATGCAGCGTATCTACGAACCGGAAAGCCTGCTTGAGGCGCAAATGCTggcaggc > 2:505405/1‑150 (MQ=255) gATTGCCAGGTGTGCTGTCAGCCTGTGGTGTGCATTCTGCAGGTGCATGGTGACGAATGGATG‑CTTGAAGTCCGCCGCGAGGACGACACCTGATGCAGCGTATCTACGAACCGGAAAGCCTGCTTGAGGCGCAAATGCTGGCAAGCATGc < 2:344316/150‑1 (MQ=255) tgtgCTGTCAGCCTGTGGTGTGCATTCTGCAGGTGCATGGTGAAG‑TGCGATGACTTCGTGTCCGCCGCGAGGACGACACCTGATGCAGCGTATCTACGAACCGGAAAGCCTGCTTGAGGCGCAAATGCTGGCAGGCATGCTTGCCAGCGa < 2:635042/150‑1 (MQ=255) tgCTGTCAGCCTGTGGTGTGCATTCTGCAGGTGCATGGTGACGAATGGATG‑CTTGAAGTCCGCCGCGAGGACGACACCTGATGCAGCGTATCTACGAACCGGAAAGCCTGCTTGAGGCGCAAATGCTGGCAGGCATGCTTGCCAGCGAgg < 1:502298/150‑1 (MQ=255) tgCTGTAAGCCTGTTGTTTGCATTCTGCAGGTGCATGGTGACGAATGGATG‑CTTGACGTGAGCCGCCAGTTTGAGACTTCATGCAGCGTCTCTACGAACGGGAACGGGTGCTGTAGGTGCAAATGCTGGCAAGCATGCCTGCCAGcattt < 1:574417/150‑5 (MQ=255) tGTCAGCCTGTGGTGTGCATTCTGCAGGTGCATGGTGACGAATGGATG‑CTTGAAGTCCGCCGCGAGGACGACACCTGATGCAGCGTATCTACGAACCGGAAAGCCTGCTTGAGGCGCAAATGCTGGCAGGCATGCTTGCCAGCGAGGGGa > 2:89364/1‑150 (MQ=255) gTCAGCCTGTGGTGTGCATTCTGCAGGTGCATGGTGACGAATGGATG‑CTTGAAGTCCGCCGCGAGGACGACACCTGATGCAGCGTATCTACGAACCGGAAAGCCTGCTTGAGGCGCAAATGCTGGCAGGCATGCTTGCCAGCGAGGGGAt < 2:967457/150‑1 (MQ=255) gCCTGTGGTGTGCATTCTGCAGGTGCATGGTGACGAATGGATG‑CTTGAAGTCCGCCGCGAGGACGACACCTGATGCAGCGTATCTACGAACCGGAAAGCCTGCTTGAGGCGCAAATGCTGGCAGGCATGCTTGCCAGCGAGGGGATCGAt < 2:1099321/150‑1 (MQ=255) gCCTGTGGTGTGCATTCTGCAGGTGCATGGTGACGAATGGATG‑CTTGAAGTCCGCCGCGAGGACGACACCTGATGCAGCGTATCTACGAACCGGAAAGCCTGCTTGAGGCGCAAATGCTGGCAGGCATGCTTGCCAGCGAGGGGATCGAt < 1:1099357/150‑1 (MQ=255) ccTGTGGTGTGCATTCTGCAGGTGCATGGTGACGAATGGATG‑CTTGAAGTCAGCCGCGAGGACGACACCTGATGCAGCGTATCTACGAACCGGAAAGCCTGCTTGAGGGGCAAATGCTGGCAGGCATGCTTGCAAGAGAGGGGATCGATg > 2:85356/1‑150 (MQ=255) gtgtGCATTCTGCAGGTGCATGGTGACGAATGGATG‑CTTGAAGTCCGCCGCGAGGACGACACCTGATGCAGCGTATCTACGAACCGGAAAGCCTGCTTGAGGCGCAAATGCTGGCAGGCATGCTTGCCAGCGAGGGGATCGATGTACACg > 2:248760/1‑150 (MQ=255) gtgtGCATTCTGCAGGTGCATGGTGACGAATGGATG‑CTTGAAGTCCGCCGCGAGGACGACACCTGATGCAGAGACTCTACGAACCGGAAAGCCTGCTTGAGGCGCAAATGCTGGCAGGCATGCTTGCCAGCGAGGGGATCGATGTACACg > 1:145866/1‑150 (MQ=255) tgCATTCTGCAGGTGCATGGTGACGAATGGATG‑CTTGAAGTCCGCCGCGAGGACGACACCTGATGCAGCGTATCTACGAACCGGAAAGCCTGCTTGAGGCGCAAATGCTGGCAGGCATTACTGCCAGCGAGGGGATCGATGTACACGTgg > 2:454507/1‑150 (MQ=255) tgCATTCTGCAGGTGCATGGTGACGAATGGATG‑CTTGAAGTCCGCCGCGAGGACGACACCTGATGCAGCGTATCTACGAACCGGAAAGCCTGCTTGAGGCGCAAATGCTGGCAGGCATGCTTGCCAGCGAGGGGATCGATGTACACGTgg < 1:741072/150‑1 (MQ=255) ttCTGCAGGTGCATGGTGACGAATGGATG‑CTTGAAGTCCGCCGCGAGGACGACACCTGATGCAGCGTATCTACGAACCGGAAAGCCTGCTTGAGGCGCAAATGCTGGCAGGCATGCTTGCCAGCGAGGGGATCGATGTACACGTGGTCgg > 2:964943/1‑150 (MQ=255) tCTGCAGGTGCATGGTGACGAATGGATG‑CTTGAAGTCCGCCGCGAGGACGACACCTGATGCAGCGTATCTACGAACCGGAAAGCCTGCTTGAGGCGCAAATGCTGGCAGGCATGCTTGCCAGCGAGGGGATCGATGTACACGTGGTCGGc < 1:89364/150‑1 (MQ=255) gCATGGTAACGAATGGATG‑CTTGAAGTCCGCCGCGAGGACGACCCCTGATGATGAGTTTCTCTGTGATATAAAGCTCGCCTCAGGCGCAAATGCTGGCAGGCATGCTTGCCAGCGAGGGGATCGATGTACACGTGGTCGGCCGTGACCtt < 1:85356/150‑1 (MQ=255) gAATGGATG‑CTTGAAGTCCGCCGCGAGGACGACACCTGATGCAGCGTATCTACGAACCGGAAAGCCTGCTTGAGGCGCAAATGCTGGCAGGCATGCTTGCCAGCGAGGGGATCGATGTACACGTGGTCGGCCGTGACCTTGTCGGTgccg > 1:1207448/1‑150 (MQ=255) g‑CTTGAAGTCCGCCGCGAGGACGACACCTGATGCAGCGTATCTACGAACCGGAAAGCCTGCTTGAGGCGCAAATGCTGGCAGGCATGCTTGCCAGCGAGGGGATCGATGTACACGTGGTCGGCCGTGACCTTGTCGGTGCCGCCGGCGAg > 1:926598/1‑150 (MQ=255) cTTGAAGTCCGCCGCGAGGACGACACCTGATGCAGCGTATCTACGAACCGGAAAGCCTGCTTGAGGCGCAAACGCTGGCAAGCATGCCTGCCAGcatt > 1:713440/1‑95 (MQ=38) cTTGAAGTCCGCCGCGAGGACGACACCTGATGCAGCGTATCTACGAACCGGAAAGCCTGCTTGAGGCGCAAACGCTGGCAAGCATGCCTGCCAGcatt < 2:713440/98‑4 (MQ=38) aGTCCGCCGCGAGGACGACACCTGATGCAGCGTATCTACGCACCGCCAAGACTGCTTGCGGCGCAACTGCACGCACCCATCGTGCCCACCGATGGGAGCGATGGACACGTGGTCGGCCGTGACCTTGTCGGTGCCGCCGGCGAGCTGccc < 2:1042059/150‑1 (MQ=255) tCCGCCGCGAGGACGCCACCTGATGCAGCGTATCTACGAACCGGAAAGCCTGCTTGAGGCGCAAATGCTGGCAGGCATGCTTGCCAGCGAGGGGATCGATGTACACGTGGTCGGCCGTGACCTTGTCGGTGCCGCCGGCGAGCTGCCCtt < 1:248760/150‑1 (MQ=255) gccgcGAGGACGACACCTGATGCAGCGTATCTACGAACCGGAAAGCCTGCTTGAGGCGCAAATGCTGGCAGGCATGCTTGCCAGCGAggg > 2:447707/1‑90 (MQ=255) gccgcGAGGACGACACCTGATGCAGCGTATCTACGAACCGGAAAGCCTGCTTGAGGCGCAAATGCTGGCAGGCATGCTTGCCAGCGAggg < 1:447707/90‑1 (MQ=255) gccgcGAGGACGACACCTGATGCAGCGTATCTACGAACCGGAAAGCCTGCTTGAGGCGCAAATGCTGGCAGGCATGCTTGCCAGCGAGGGGATCGATGTACACGTGGTCGGCCGTGACCTTGTCGGTGCCGCCGGCGAGCTGCCCtgcaa > 1:951721/1‑146 (MQ=255) gccgcGAGGACGACACCTGATGCAGCGTATCTACGAACCGGAAAGCCTGCTTGAGGCGCAAATGCTGGCAGGCATGCTTGCCAGCGAGGGGATCGATGTACACGTGGTCGGCCGTGACCTTGTCGGTGCCGCCGGCGAGCTGCCCTTGCa < 2:612013/150‑1 (MQ=255) gccgcGAGGACGACACCTGATGCAGCGTATCTACGAACCGGAAAGCCTGCTTGAGGCGCAAATGCTGGCAGGCATGCTTGCCAGCGAGGGGATCGATGTACACGTGGTCGGCCGTGACCTTGTCGGTGCCGCCGGCGAGCTGCCCTTGCa > 1:753465/1‑150 (MQ=255) cgAGGACGACACCTGATGCAGCGTATCTACGAACCGGAAAGCCTGCTTGAGGCGCAAATGCTGGCAGGCATGCTTGCCAGCGAGGGGATCGATGTACACGTGGTCGGCCGTGACCTTGTCGGTGCCGCCGGCGAGCTGCCCTTGCAGGGc < 2:753465/150‑1 (MQ=255) gtacgacACCTGATGCAGCGTATCTACGAACCGGAAAGCCTGCTTGAGGCGCAAATGCTGGCAGGCATGCTTGCCAGCGAGGGGATCGATGTACACGTGGTCGGCCGTGACCTTGTCGGTGCCGCCGGCGAGCTGCCCTTGCAGGGCctg > 2:1010342/3‑150 (MQ=255) acacCTGATGCAGCGTATCTACGAACCGGAAAGCCTGCTTGAGGCGCAAATGCTGGCAGGCATGCTTGCCAGCGAGGGGATCGATGTACACGTGGTCGGCCGTGACCTTGTCGGTGCCGCCGGCGAGCTGCCCTTGCAGGGCCTGCTggg < 1:1010342/150‑1 (MQ=255) cacCTGATGCAGCGTATCTACGAACCGGAAAGCCTGCTTGAGGCGCAAATGCTGGCAGGCATGCTTGCCAGCGAg > 1:1018982/1‑75 (MQ=255) cacCTGATGCAGCGTATCTACGAACCGGAAAGCCTGCTTGAGGCGCAAATGCTGGCAGGCATGCTTGCCAGCGAg < 2:1018982/75‑1 (MQ=255) cacCTGATGCAGCGTATCTACGAACCGGAAAGCCTGCTTGAGGCGCAAATGCTGGCAGGCATGCTTGCCAGCGAGGGGATCGATGTACACGTGGTCGGCCGTGACCTTGTCGGTGCCGCCGGCGAGCTGCCCTTGCAGGGCCTGCTgggg > 1:806505/1‑150 (MQ=255) cTGATGCAGCGTATCTACGAACCGGAAAGCCTGCTTGAGGCGCAAATGCTGGCAGGCATGCTTGCCAGCGAGGGGATCGATGTACACGTGGTCGGCCGTGACCTTGTCGGTGCCGCCGGCGAGCTGCCCTTGCAGGGCCTGCTGGGGCtc > 1:887545/1‑150 (MQ=255) aGCGTATCTACGAACCGGAAAGCCTGCTTGAGGCGCAAATGCTGGCAGGCATGCTTGCCAGCGAGGGGATCGATGTACACGTGGTCGGCCGTGACCTTGTCGGTGCCGCCGGCGAGCTGCCCTTGCAGGGCCTGCTGGGGCTCGTCGTgg < 1:964943/150‑1 (MQ=255) aGCGTATCTACGAACCGGAAAGCCTGCTTGAGGCGCAAATGCTGGCAGGCATGCTTGCCAGCGAGGGGATCGATGTACACGTGGTCGGCCGTGACCTTGTCGGTGCCGCCGGCGAGCTGCCCTTGCAGGGCCTGCTGGGGCTCGTCGTgg < 1:505405/150‑1 (MQ=255) aGCGTATCTACGAACCGGAAAGCCTGCTTGAGGCGCAAATGCTGGCAGGCATGCTTGCCAGCGAGGGGATCGATGTACACGTGGTCGGCCGTGACCTTGTCGGTGCCGCCGGCGAGCTGCCCTTGCAGGGCCTGCTGGGGCTCGTCCTgg < 2:806505/150‑1 (MQ=255) gCGTATCTACGAACCGGAAAGCCTGCTTGAGGCGCAAATGCTGGCAGGCATGc < 2:1145206/53‑1 (MQ=255) gCGTATCTACGAACCGGAAAGCCTGCTTGAGGCGCAAATGCTGGCAGGCATGc > 1:1145206/1‑53 (MQ=255) aCGAACCGGAAAGCCTGCTTGAGGCGCAAATGCTGGCAGGCATGCTTGCCAGCGAGGGGATCGATGTACACGTGGTCGGCCGTGACCTTGTCGGTGCCGCCGGCGAGCTGCCCTTGCAGGGCCTGCTGGGGCTCGTCGTGGCTGATGAGc > 1:832252/1‑150 (MQ=255) aCGAACCGGAAAGCCTGCTTGAGGCGCAAATGCTGGCAGGCATGCTTGCCAGCGAGGGGATCGATGTACACGTGGTCGGCAGTGACCTTGTCGGTGCCGCCGGCGAGCTGCCCTTGCAGGGCCTGCTGGGGCTCGTCGTg < 2:118513/140‑1 (MQ=255) aCGAACCGGAAAGCCTGCTTGAGGCGCAAATGCTGGCAGGCATGCTTGCCAGCGAGGGGATCGATGTACACGTGGTCGGCAGTGACCTTGTCGGTGCCGCCGGCGAGCTGCCCTTGCAGGGCCTGCTGGGGCTCGTCGTg > 1:118513/1‑140 (MQ=255) gAAAGCCTGCTTGAGGCGCAAATGCTGGCAGGCATGCTTGCCAGCGAGGGGATCGATGTACACGTGGTCGGCCGTGACCTTGTCGGTGCCGCCGGCGAGCTGCCCTTGCAGGGCCTGCTgggg < 1:375707/123‑1 (MQ=255) gAAAGCCTGCTTGAGGCGCAAATGCTGGCAGGCATGCTTGCCAGCGAGGGGATCGATGTACACGTGGTCGGCCGTGACCTTGTCGGTGCCGCCGGCGAGCTGCCCTTGCAGGGCCTGCTgggg > 2:375707/1‑123 (MQ=255) aGCCTGCTTGAGGCGCAAATGCTGGCAGGCATGCTTGCCAGCGAGGGGATCGATGTACACGTGGTCGGCCGTGACCTTGTCGGTGCCGCCGGCGAGCTGCCCTTGCAGGGCCTGCTGGGGCTCGTCGTGGCTGATGAGCAGGCCGAATgc < 2:145866/150‑1 (MQ=255) ccTGCTTGAGGCGCAAATGCTGGCAGGCATGCTTGCCAGCGAGTGGATCGATGTACACGTGGTCGGCCGTGACCTTGTCGGTTCGGCCGGCGAGCTGCCCTTGCAGGGCCTGCTGGGGCTCGTCGTGGCTTCTGGGCAGGCCGAATgcgc > 1:509783/1‑150 (MQ=255) ccTGCTTGAGGCGCAAATGCTGGCAGGCATGCTTGCCAGCGAGGGGATCGATGTACACGTGGTCGGCCGTGACCTTGTCGGTGCCGCCGGCGAGCTGCCCTTGCAGGGCCTGCTGGGGCTCGTCGTGGCTGATGAGCAGGCCGAATgcgc > 1:126129/1‑150 (MQ=255) cTGCTTGAGGCGCAAATGCTGGCAGGCATGCTTGCCAGCGAGGGGATCGATGTACACGTGGTCGGCCGTGACCTTGTCGGTGCCGCCGGCGAGCTGCCCTTGCAGGGCCTGCTGGGGCTCGTCGTGGCTGGTGAGCAGGCCGAATGCGCa > 2:795404/1‑150 (MQ=255) gtaaaTGCTGGCAGGCATGTTTGCCAGTGAGGGGATTGATGTACACGTGGTCGGCCGTGACCTTGTCGGTGCCGCCGGCGAGCGGCCCGTGCAGGGCCTGCTGGGGCGCGTCGTGGCTGTTGAGCAGGCCGAATGCGCACAGCAGCTGAt < 2:509783/148‑1 (MQ=255) gcAAATGCTGGCAGGCATGCTTGCCAGCGAGGGGATCGATGTACACGTGGTCGGCCGTGACCTTGTCGGTGCCGCCGGCGAGCTGCCCTTGCAGGGCCTGCTGGGGCTcgtcgt < 2:329107/114‑1 (MQ=255) gcAAATGCTGGCAGGCATGCTTGCCAGCGAGGGGATCGATGTACACGTGGTCGGCCGTGACCTTGTCGGTGCCGCCGGCGAGCTGCCCTTGCAGGGCCTGCTGGGGCTcgtcgt > 1:329107/1‑114 (MQ=255) cAAATGCTGGCAGGCATGCTTGCCAGCGAGGGGATCGATGTACACGTGGTCGGCCGTGACCTTGTCGGTGCCGCCGGCGAGCTGCCCTTGCAGGGCCTGCTGGGGCTCGTCGTGGCTGATGAGCAGGCCGAATGCGCACGGCAGCTGATc < 2:887545/150‑1 (MQ=255) cctcgCTGGCAAGCATGCCTGCCAGCGAGGGGATCGATGTACACGTGGTCGGCCGTGACCTTGTCGGTGCCGCCGGCGAGCTGCCCTTGCAGGGCCTGCTGGGGCTCGTCGTGGCTGATGAGCAGGCCGAATGCGCACGGCAGc < 1:107387/140‑1 (MQ=255) cctcgCTGGCAAGCATGCATGCCAGCGAGGGGATCGATGTACACGTGGTCGGCCGTGACCTTGTCGGTGCCGCCGGCGAGCTGCCCTTGCAGGGCCTGCTGGGGCTCGTCGTGGCTGATGAGCAGGCCGAATGCGCACGGCAGc > 2:107387/5‑144 (MQ=255) tcgCTGGCAAGCATGCCTGCCAGCGAGGGGATCGATGTACACGTGGTCGGCCGTGACCTTGTCGGTGCCGCCGGCGAGCTGCCCTTGCAGGGCCTGCTGGGGCTCGTCGTGGCTGATGAGCAGGCCGAATGCGCACGGCAGCTGATCggt > 2:392765/3‑148 (MQ=255) tGGCAGGCATGCTTGCCAGCGAGGGGATCGATGTACACGTGGTCGGCCGTGACCTTGTCGGTGCCGCCGGCGAGCTGCCCTTGCAGGGCCTGCTGGGGCTCGTCGTGGCTGATGAGCAGGCCGAATGCGCACGGCAGCTGATCGATGCGt > 1:1005435/1‑150 (MQ=255) tGGCAGGCATGCTTGCCAGCGAGGGGATCGATGTACACGTGGTCGGCCGTGACCTTGTCGGTGCCGCCGGCGAGCTGCCCTTGCAGGGCCTGCTGGGGCTCGTCGTGGCTGATGAGCAGGCCGAATGCGCACGGCAGCTGATCGATGCGt > 1:655663/1‑150 (MQ=255) ggcaagcaTGCCTGCCAGCGAGGGGATCGATGTACACGTGGTCGGCCGTGACCTTGTCGGTGCCGCCGGCGAGCTGCCCTTGCAGGGCCTGCTGGGGCTCGTCGTGGCTGATGAGCAGGCCGAATGCGCACGGCAGCTGATCGATGCGTa < 1:24182/150‑1 (MQ=255) gcaggcaTGCTTGCCAGCGAGGGGATCGATGTACACGTGGTCGGCCGTGACCTTGTCGGTGCCGCCGGCGAGCTGCCCTTGCAGGGCCTGCTGGGGCTCGTCGTGGCTGATGAGCAGGCCGAATGCGCACGGCAGCTGATCGATGCGTAc > 1:1117999/1‑150 (MQ=255) | CCGAGGATTGCCAGGTGTGCTGTCAGCCTGTGGTGTGCATTCTGCAGGTGCATGGTGACGAATGGATG‑CTTGAAGTCCGCCGCGAGGACGACACCTGATGCAGCGTATCTACGAACCGGAAAGCCTGCTTGAGGCGCAAATGCTGGCAGGCATGCTTGCCAGCGAGGGGATCGATGTACACGTGGTCGGCCGTGACCTTGTCGGTGCCGCCGGCGAGCTGCCCTTGCAGGGCCTGCTGGGGCTCGTCGTGGCTGATGAGCAGGCCGAATGCGCACGGCAGCTGATCGATGCGTAC > NC_002947/873273‑873567 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |