| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 907,515 | A→T | 11.6% | L233L (CTT→CTA) ‡ | yjjV ← | putative hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 907,515 | 0 | A | T | 11.6% | 120.5 / 8.3 | 43 | L233L (CTT→CTA) ‡ | yjjV | putative hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (19/19); new base T (3/2); total (22/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.42e-01 | |||||||||||
CGCGCTGTGGACCGTGCTGGTCTGATTCGGGGCCAATCGCATCCCACGCGAATCCCGGTCACCCGAGCTTCACCAGCCGAACAACGTGCAAGCATTGCGGGTGCTGGCCTGTGCCAGCACCTCGACATCCAGCCCCATCACGTGCGCAAGCGCCGTGGCAATTTCCGGCAGATGCTCCGGGCTGTTGCGTACCCCCGGGTACATCGCCGGTGCCATGTCCGGTGAGTCAGTCTCCAGCACCACACTTTCCAGTGGCAGCCGCGCCAAGGTCTTGCGCAGCCGCAGCGCCTGCGGC > NC_002947/907368‑907662 | cgcgCTGTGGACCGTGCTGGTCTGATTCGGGGCCAATCGCATCCCACGCGAATCCCCGTCACCCGAGCTTCACCAGCCGAACAACGTGCAAGCATTGCGGGTGCTGGCCTGTGCCAGCACCTCGACATCCAGCCCCATCACGTGCGCAAg < 1:697269/150‑1 (MQ=255) ccGTGCTGGTCTGATTCGGGGCCAATCGCATCCCACGCGAATCCCGGTCACCCGAGCTTCACCAGCCGAACAACGTGCAAGCATTGCGGGTGCTGGCCTGTGCCAGCACCTCGACATCCAGCCCCATCACGTGCGCAAGCGCCGTGGCaa < 2:284568/150‑1 (MQ=255) cTGGTCTGATTCGGGGCCAATCGCATCCCACGTGAATCCCGGTCACCCGAGCTTCACCAGCCGAACAACGTGCAAGCATTGCGGGTGCTGGCCTGTGCCAGCACCTCGACATCCAGCCCCATCACG‑GCGCTTGCGCacgtgatggggctg > 2:110016‑M2/1‑136 (MQ=255) cTGGTCTGATTCGGGGCCAATCGCATCCCACGCGAATCCCGGTCACCCGAGCTTCACCAGCCGAACAACGTGCAAGCATTGCGGGTGCTGGCCTGTGCCAGCACCTCGACATCCAGCCCCATCACGTGCGCAAGCGCCGTGGCAATTTcc < 2:371469/150‑1 (MQ=255) tCTGATTCGGGGCCAATCGCATCCCACGCGAATCCCGGTCACCCGAGCTTCACCAGCCGAACAACGTGCAAGCATTGCGGGTGCTGGCCTGTGCCAGCACCTCGACATCCAGCCCCATCACGTGCGCAAGCGCCGTGGCAATTTCCGGCa < 1:354733/150‑1 (MQ=255) cTGATTCGGGGCCAATCGCATCCCACGCGAATCCCGGTCACCCGAGCTTCACCAGCCGAACAACGTGCAAGCATTGCGGGTGCTGGCCTGTGCCAGCACCTCGACATCCAGCCCCATCACGTGCGCAAGCGCCGTGGCAATTTCCGGCAg < 1:249043/150‑1 (MQ=255) gCCAATCGCATCCCACGCGAATCCCGGTCACCCTAGCTTCACCAGCCGAACAACGTGCAAGCATTGCGGGTGCTGGCCTGTGCCAGCACCTCGACATCCAGCCCCATCACGTGCGCAAGCGCCGTGGCAATTTCCGGCAGATGCTCCggg > 1:55615/1‑150 (MQ=255) cAATCGCATCCCACGCGAATCCCGGTCACCCGAGCTTCACCAGCCGAACAACGTGCAAGCATTGCGGGTGCTGGCCTGTGCCAGCACCTCGACATCCAGCCCCATCACGTGCGCAAGCGCCGTGGCAATTTCCGGCAGATGCTCCGGGCt < 2:978308/150‑1 (MQ=255) aaTCGCATCCCACGCGAATCCCGGTCACCCGAGCTTCACCAGCCGAACAACGTGCAAGCATTGCGGGTGCTGGCCTGTGCCAGCACCTCGACATCCAGCCCCATCACGTGCGCAAGCGCCGTGGCAATTTCCGGCAGATGCTCCGGGCTg > 1:59153/1‑150 (MQ=255) tCGCATCCCACGCGAATCCCGGTCACCCGAGCTTCACCAGCCGAACAACGTGCAAGCATTGCGGGTGCTGGCCTGTGCCAGCACCTCGACATCCAGCCCCATCACG‑GCGCTTGCGCacgtgatggggctggatgtcgagg < 2:377370‑M2/140‑25 (MQ=255) tCGCATCCCACGCGAATCCCGGTCACCCGAGCTTCACCAGCCGAACAACGTGCAAGCATTGCGGGTGCTGGCCTGTGCCAGCACCTCGACATCCAGCCCCATCACG‑GCGCTTGCGCacgtgatggggctggatgtcgagg > 1:377370‑M2/1‑116 (MQ=255) gAATCCCGGTCACCCGAGCTTCACCAGCCGAACAACGTGCAAGCATTGCGGGTGCTGGCCTGTGCCAGCACCTCGACATCCAGCCCCATCACGTGCGCAAGCGCCGTGGCAATTTCCGGCAGATGCTCCGGGCTGTTGCGTACCCCCggg > 2:266440/1‑150 (MQ=255) aaTCCCGGTCACCCGAGCTTCACCAGCCGAACAACGTGCAAGCATTGCGGGTGCTGGCCTGTGCCAGCACCTCGACATCCAGCCCCATCACGTGCGCAAGCGCCGTGGCAATTTCCGGCAGATGCTCCGGGCTGTTGCGTACCCCCGGGt < 1:266440/150‑1 (MQ=255) cccGGTCACCCGAGCTTCACCAGCCGAACAACGTGCAAGCATTGCGGGTGCTGGGCTGTTCCAGCACCTCGACATCCAGCCCCATCACGTGCGCAAGCGCCGTGGCAATTTCCGGCAGATGCTCCGGCCTGTTGCGTACCCCCGGGTACa > 2:848312/1‑150 (MQ=255) aCCCGAGCTTCACCAGCCGAACAACGTGCAAGCATTGCGGGTGCTGGCCTGTGCCAGCACCTCGACATCCAGCCCCATCACG‑GCGCTTGCGCacgtgatggggctggatgtcgag < 1:753967‑M2/115‑24 (MQ=255) aCCCGAGCTTCACCAGCCGAACAACGTGCAAGCATTGCGGGTGCTGGCCTGTGCCAGCACCTCGACATCCAGCCCCATCACG‑GCGCTTGCGCacgtgatggggctggatgtcgag > 2:753967‑M2/1‑92 (MQ=255) cGAGCTTCACCAGCCGAACAACGTGCAAGCATTGCGGGTGCTGGCCTGTGCCAGCACCTCGACATCCAGCCCCATCACGTGCGCAAGCGCCGTGGCAATTTCCGGCAGATGCTCCGGGCTGTTGCGTACCCCCGGGTACATCGCCGGTGc > 1:1161636/1‑150 (MQ=255) gAGCTTCACCAGCCGAACAACGTGCAAGCATTGCGGGTGCTGGCCTGTGCCAGCACCTCGACATCCAGCCCCATCACGTGCGCAAGCGCCGTCGCAATTTCCAGCAGATGCTCCGGGCTGTTGCGTACCCCCGGGTACATCGCCGGTGcc < 1:405155/150‑1 (MQ=255) gCCGAACAACGTGCAAGCATTGAGGGTGCTGGCCTGTGCCAGCACCTCGACATCCAGCCCCATCACGTGCGCAAGCGCCGTGGCAATTTCCGGCAGATGCTCCGGGCTGTTGCGTACCCCCGGGTACATCGCCGGTGCCATGTCCGGTGa < 2:580212/150‑1 (MQ=255) tGCAAGCATTGCGGGTGCTGGCCTGTGCCAGCACCTCGACATCCAGCCCCATCACGTGCGCAAGCGCCGTGGCAATTTCCGGCAGATGCTCCGGGCTGTTGCGTACCCCCGGGTACATCGCCGGTGCCATGTCCGGTGAGTCAGTCTCCa > 2:917315/1‑150 (MQ=255) tGCAAGCATTGCGGGTGCTGGCCTGTGCCAGCACCTCGACATCCAGCCCCATCACGTGCGCAAGCGCCGTGGCAATTTCCGGCAGATGCTCCGGGCTGTTGCGTACCCCCGGGTACATCGCCGGTGCCATGTCCGGTGAGTCAGTCTCCa < 2:1014112/150‑1 (MQ=255) cATTTCGAGTGCTGTCCTGTGCCAGCACCTTGACATCCAGCCCCATCACGTGCGCAAGCGCCGTGGCAATTTCCGGCAGATGCTCCGGGCTGTTGCGTACCCCCGGGTACATCGCCGGTGCCATGTCCGGTGAGTCAGTCTCCAGcacca < 2:1161636/150‑1 (MQ=255) tGCGGGTGCTGGCCTGTGCCAGCACCTCGACATCCAGCCCCATCACGTGCGCAAGCGCCGTGGCAATTTCCGGCAGATGCTCCGGGCTGTTGCGTACCCCCGGGTACATCGCCGGTGCCATGTCCGGTGAGTCAGTCTCCAGcaccac > 1:75708/1‑148 (MQ=255) tGCGGGTGCTGGCCTGTGCCAGCACCTCGACATCCAGCCCCATCACGTGCGCAAGCGCCGTGGCAATTTCCGGCAGATGCTCCGGGCTGTTGCGTACCCCCGGGTACATCGCCGGTGCCATGTCCGGTGAGTCAGTCTCCAGcaccac < 2:75708/148‑1 (MQ=255) gggTGCTGGCCTGTGCCAGCACCTCGACATCCAGCCCCATCACGTGCGCAAGCGCCGTGGCAATTTCCGGCAGATGCTCCGGGCTGTTGCGTACCCCCGGGTACATCGCCGGTGCCATGTCCGGTGAGTCAGTCTCCAGCACCACACttt > 2:455134/1‑150 (MQ=255) ggTGCTGGCCTGTGCCAGCACCTCGACATCCAGCCCCATCACGTGCGCAAGCGCCGTGGCAATTTCCGGCAGATGCTCCGGGCTGTTGCGTACCCCCGGGTACATCGCCGGTGCCATGTCCGGTGagtca < 1:809170/130‑1 (MQ=255) ggTGCTGGCCTGTGCCAGCACCTCGACATCCAGCCCCATCACGTGCGCAAGCGCCGTGGCAATTTCCGGCAGATGCTCCGGGCTGTTGCGTACCCCCGGGTACATCGCCGGTGCCATGTCCGGTGagtca > 2:809170/1‑130 (MQ=255) ggTGCTGGCCTGTGCCAGCACCTCGACATCCAGCCCCATCACGTGCGCAAGCGCCGTGGCAATTTCCGGCAGATGATAAGAAGGATGGCGTACCCCCGGGTACATCGCCGGTGCCATGTCCGGTGAGTCAGTCTCCAGCACCACACTTTc > 1:980186/1‑150 (MQ=255) cAGCACCTCGACATCCAGCCCCATCACGTGCGCAAGCGCCGTGGCAATTTCCGGCAGATGCTCCGGGCTGtt > 2:554859/1‑72 (MQ=255) cAGCACCTCGACATCCAGCCCCATCACGTGCGCAAGCGCCGTGGCAATTTCCGGCAGATGCTCCGGGCTGtt < 1:554859/72‑1 (MQ=255) cAGCACCTCGACATCCAGCCCCATCACGTGCGCAAGCGCCGTGGCAATTTCCGGCAGATGCTCCGGGCTGTTGCGTACCCCCGGGTACATCGCCGGTGCCATGTCCGGTGagt < 1:1001636/113‑1 (MQ=255) cAGCACCTCGACATCCAGCCCCATCACGTGCGCAAGCGCCGTGGCAATTTCCGGCAGATGCTCCGGGCTGTTGCGTACCCCCGGGTACATCGCCGGTGCCATGTCCGGTGagt > 2:1001636/1‑113 (MQ=255) cACCTCGACATCCAGCCCCATCACGTGCGCAAGCGCCGTGGCAATTTCCGGCAGATGCTCCGGGCTGTTGCGTACCCCCGGGTACATCGCCGGTGCCATGTCCGGTGAGTCAGTCTCCAGCACCACACTTTCCAGTGGCAGCCGCGCCaa < 1:917315/150‑1 (MQ=255) aCCTCGACATCCAGCCCCATCACGTGCGCAAGCGCCGTGGCAATTTCCGGCAGATGCTCCGGGCTGTTGCGTACCCCCGGGTACATCGCCGGTGCCATGTCCGGTGAGTCAGTCTCCAGCACCACACTTTCCAGTGGCAGCCGCGCCAAg > 2:487943/1‑150 (MQ=255) ccTCGACATCCAGCCCCATCACGTGCGCAAGCGCCGTGGCAATTTCCGGCAGATGCTCCGGGCTGTTGCGTACCCCCGGGTACATCGCCGGTGCCATGTCCGGTGAGTCAGTCTCCAGCACCACACTTTCCAGTGGCAGCCGCGCCAAgg > 2:587647/1‑150 (MQ=255) aCATCCAGCCCCATCACGTGCGCAAGCGCCGTGGCAATTTCCGGCAGATGCTCCGGGCTGTTGCGTACCCCCGGGTACATCGCCGGTGCCATGTCCGGTGAGTCAGTCTCCAGCACCACACTTTCCAGTGGCAGCCGCGCCAAGGTCTTg < 1:455134/150‑1 (MQ=255) ccAGCCCCATCACGTGCGCAAGCGCCGTGGCAATTTCCGGCAGATGCTCCGGGCTGTTGCGTACCCCCGGGTACATCGCCGGTGCCATGTCCGGTGAGTCAGTCTCCAGCACCACACTTTCCAGTGGCAGCCGCGCCAAGGTCTTgc < 2:117509/147‑1 (MQ=255) ccAGCCCCATCACGTGCGCAAGCGCCGTGGCAATTTCCGGCAGATGCTCCGGGCTGTTGCGTACCCCCGGGTACATCGCCGGTGCCATGTCCGGTGAGTCAGTCTCCAGCACCACACTTTCCAGTGGCAGCCGCGCCAAGGTCTTgc > 1:117509/1‑147 (MQ=255) aGCCCCATCACGTGCGCAAGCGCCGTGGCAATTTCCGGCAGATGCTCCGGGCTGTTGCGTACCCCCGGGTACATCGCCGGTGCCATGTCCGGTGAGTCAGTCTCCAGCACCACACTTTCCAGTGGCAGCCGCGCCAAGGTCTTGcgcagc < 2:980186/150‑1 (MQ=255) aGCCCCATCACGTGCGCAAGCGCCGTGGCAATTTCCGGCAGATGCTCCGGGCTGTTGCGTACCCCCGGGTACATCGCCGGTGCCATGTCCGGTGAGTCAGTCTCCAGCACCACACTTTCCAGTGGCAGCCGCGCCAAGGTCTTGcgcagc > 1:765039/1‑150 (MQ=255) ccccATCACGTGCGCAAGCGCCGTGGCAATTTCCGGCAGATGCTCCGGGCTGTTGCGTACCCCCGGGTACATCGCCGGTGCCATGTCCGGTGAGTCAGTCTCCAGCACCACACTTTCCAGTGGCAGCCGCGCCAAGGTCTTAcgcacccg > 2:130248/1‑150 (MQ=255) aTCACGTGCGCAAGCGCCGTGGCAATTTCCGGCAGATGCTCCGGGCTGTTGCGTACCCCCGGGTACATCGCCGGTGCCATGTCCGGTGAGTCAGTCTCCAGCACCACACTTTCCAGTGGCAGCCGCGCGAAGGTCTTGcgcagccgcagc > 2:619862/1‑150 (MQ=255) gcAAGCGCCGTGGCAATTTCCGGCAGATGCTCCGGGCTGTTGCGTACCCCCGGGTACATCGCCGGTGCCATGTCCGGTGAGTCAGTCTCCAGCACCACACTTTCCAGTGGCAGCCGCGCCAAGGTCTTGCGCAGCCGCAGCGCCTGCGGc > 1:1147493/1‑150 (MQ=255) aaGCGCCGTGGCAATTTCCGGCAGATGCTCCGGGCTGTTGCGTACCCCCGGGTACATCGCCGGTGCCATGTCCGGTGAGTCAGTCTCCAGCACCACACTTTCCAGTg < 2:458809/107‑1 (MQ=255) aaGCGCCGTGGCAATTTCCGGCAGATGCTCCGGGCTGTTGCGTACCCCCGGGTACATCGCCGGTGCCATGTCCGGTGAGTCAGTCTCCAGCACCACACTTTCCAGTg > 1:458809/1‑107 (MQ=255) | CGCGCTGTGGACCGTGCTGGTCTGATTCGGGGCCAATCGCATCCCACGCGAATCCCGGTCACCCGAGCTTCACCAGCCGAACAACGTGCAAGCATTGCGGGTGCTGGCCTGTGCCAGCACCTCGACATCCAGCCCCATCACGTGCGCAAGCGCCGTGGCAATTTCCGGCAGATGCTCCGGGCTGTTGCGTACCCCCGGGTACATCGCCGGTGCCATGTCCGGTGAGTCAGTCTCCAGCACCACACTTTCCAGTGGCAGCCGCGCCAAGGTCTTGCGCAGCCGCAGCGCCTGCGGC > NC_002947/907368‑907662 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |