| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 920,954 | G→A | 7.4% | T267I (ACC→ATC) | PP_0802 ← | chemotaxis protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 920,954 | 0 | G | A | 7.4% | 146.9 / 3.2 | 54 | T267I (ACC→ATC) | PP_0802 | chemotaxis protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (26/24); new base A (2/2); total (28/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.68e-01 | |||||||||||
TGCCCGAGTCACCCCCGGCGGCAAGCCGGGGAGTTTGTCGCTGAATATATCAGTGCTCGGCGAACACCACGGTGCGCGCAGCCACCACCAGACAATCGGTCAGCTCTGGCGAGGAGAACTTGGTAAGGATGGCATTGGCCCCGGCCTGGGTCGCCTTTTCACTGCTCATGGCACTGTCCAGTGAGGTGTGCAGCAGCACGTACAGGTGCTGGAAGTCAGGGGTTTCACGCAGCGTGCGGGTGAAGGCGTAGCCGTCCATTTCGCTCATTTCGATGTCGGAGACGATGATGTTGAT > NC_002947/920805‑921099 | tGCCCGAGTCACCCCCGGCGGCAAGCCGGGGAGTTTGTCGCTGAATATATCAGTGCTCGGCGAACACCACGGTGCGCGCAGCCACCACCAGACAATCGGTCAGCTCTGGCGAGGAGAACTTGGTAAGGATGGCATTGGCCCCGGCCTggg < 1:377107/150‑1 (MQ=255) tgTCACCCCCGGCGGCAAGCCGGGGAGTTTGTCGCTGCTTATATCAGTGCTCGGCGAACACCACGGTGCGCGCAGCCACCACCAGACAATCGGTCAGCTCTGGCGAGGAGAACTTGGTAAGGATGGCATTGGCCCCGGCCTGGGTCGCCt < 1:917656/149‑1 (MQ=255) aCCCCCGGCGGCAAGCCGGGGAGTTTGTCGCTGAATATATCAGTGCTCGGCGAACACCACGGTGCGCGCAGCCACCACCAGACAATCGGTCAGCTCTGGCGAGGAGAACTTGGTAAGGATGGCATTGGCCCCGGCCTGGGTCGCCTTTTc > 2:169700/1‑150 (MQ=255) ccGGCGGCAAGCCGGGGAGTTTGTCGCTGAATATATCAGTGCTCGGCGAACACCACGGTGCGCGCAGCCACCACCAGACAATCAGTCAGCTCTGGCGAGGAGAACTTGGTAAGGATGGCATTGGCCCCGGCCTGGGTCGCCTTTTCACTg < 2:417748/150‑1 (MQ=255) ggggAGTTTGTCGCTGAATATATCAGTGCTCGGCGAACACCACGGTGCGCGCAGCCACCACCAGACAATCGGTCAGCTCTGGCGAGGAGAACTTGGTAAGGATGGCATTGGCCCCGGCCTGGGTCGCCTTTGCACTGCTCATGGCACTGt > 1:1031910/1‑150 (MQ=255) tCGCTGAATATATCAGTGCTCGGCGAACACCACGGTGCGCGCAGCCACCACCAGACAATCGGTCAGCTCTGGCGAGGAGAACTTGGTAAGGATGGCATTGGCCCCGGCCTGGGTCGCCTTTTCACTGCTCATGGCACTGTCCAGTGAg < 2:341137/148‑1 (MQ=255) tCGCTGAATATATCAGTGCTCGGCGAACACCACGGTGCGCGCAGCCACCACCAGACAATCGGTCAGCTCTGGCGAGGAGAACTTGGTAAGGATGGCATTGGCCCCGGCCTGGGTCGCCTTTTCACTGCTCATGGCACTGTCCAGTGAg > 1:341137/1‑148 (MQ=255) tCGCTGAATATATCAGTGCTCGGCGAACACCACGGTGCGCGCAGCCACCACCAGACAATCGGTCAGCTCTGGCGAGGAGAACTTGGTAAGGATGGCATTGGCCCCGGCCTGGGTCGCCTTTTCACTGCTCATGGCACTGTCCAGTGAGgt < 1:400921/150‑1 (MQ=255) gCTGAATATATCAGTGCTCGGCGAACACCACGGTGCGCGCAGCCACCACCAGACAATCGGTCAGCTCTGGCGAGGAGAACTTGGTAAGGATGGCATTGGCCCCGGCCTGGGTCGCCTTTTCACTGCTCATGGCACTGTCCAGTGAGgtgt > 1:567999/1‑150 (MQ=255) atCAGTGCTCGGCGAACACCACGGTGCGCGCAGCCACCACCAGACAATCGGTCAGCTCTGGCGAGGAGAACTTGGTAAGGATGGCATTGGCCCCGGCCTGGGTCGCCTTTTCACTGCTCATGGCACTGTCCAGTGAGGTGTgcagcagca > 2:210487/1‑150 (MQ=255) atCAGTGCTCGGCGAACACCACGGTGCGCGCAGCCACCACCAGACAATCGGTCAGCTCTGGCGAGGAGAACTTGGTAAGGATGGCATTGGCCCCGGCCTGGGTCGCCTTTTCACTGCTCATGGCACTGTCCAGTGAGGTGTgcagcagca > 1:802193/1‑150 (MQ=255) tCAGTGCTCGGCGAACACCACGGTGCGCGCAGCCACCACCAGACAATCGGTCAGCTCTGGCGAGGAGAACTTGGTAAGGATGGCATTGGCCCCGGCCTGGGTCGCCTTTTCACTGCTCATGGCACTGTCCAGTGAGGTGTGCAGCAGCAc > 2:954638/1‑150 (MQ=255) aGTGCTCGGCGAACACCACGGTGCGCGCAGCCACCACCAGACAATCGGTCAGCTCTGGCGAGGAGAACTTGGTAAGGATGGCATTGGCCCCGGCCTGGGTCGCCTTTTCACTGCTCATGGCACTGTCCAGTGAGGTGTGCAGCAGCACGt > 1:609305/1‑150 (MQ=255) gAACACCACGGTGCGCGCAGCCACCACCAGACAATCGGTCAGCTCTGGCGAGGAGAACTTGGTAAGGATGGCATTGGCCCCGGCCTGGGTCGCCTTTTCACTGCTCATGGCACTGTCCAGTGAGGTGTGCAGCAGCACGTACAGGTGCTg < 1:745690/150‑1 (MQ=255) cacGGTGCGCGCAGCCACCACCAGACAATCGGTCAGCTCTGGCGAGGAGAACTTGGTAAGGATGGCATTGGCCCCGGCCTGGGTCGCCTTTTCACTGCTCATGGCACTGTCCAGTGAGGTGTGCAGCAGCACGTACAGGTGCTGGAAGTc > 2:763530/1‑150 (MQ=255) ggTGCGCGCAGCCACCACCAGACAATCGGTCAGCTCTGGCGAGGAGAACTTGGTAAGGATGGCATTGGCCCCGGCCTGGGTCGCCTTTTCACTGCTCATGGCACTGTCCAGTGAGGTGTGCAGCAGCACGTACAGGTGCTGGAAGTCAgg < 2:1031910/150‑1 (MQ=255) ggTGCGCGCAGCCACCACCAGACAATCGGTCAGCTCTGGCGAGGAGAACTTGGTAAGGATGGCATTGGCCCCGGCCTGGGTCGCCTTTTCACTGCTCATGGCACTGTCCAGTGAGGTGTGCAGCAGCACGTACAGGTGCTGGAAGTCAgg < 2:609305/150‑1 (MQ=255) gcgcAGCCACCACCAGACAATCGGTCAGCTCTGGCGAGGAGAACTTGGTAAGGATGGCATTGGCCCCGGCCTGGGTCGCCTTTTCACTGCTCATGGCACTGTCCAGTGAGGTGTGCAGCAGCACGTACAGGTGCTGGAAGTCAGGGGttt < 2:1029906/150‑1 (MQ=255) 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tCAGCTCTGGCGAGGAGAACTTGGTAAGGATGGCATTGGCCCCGGCCTGGGTCGCCTTTTCACTGCTCATGGCACTGTCCAGTGAg > 2:147335/1‑86 (MQ=255) ctctGGCGAGGAGAACTTGGTAAGGATGGCATTGGCCCCGGCCTGGGTCGCCTTTTCACTGCTCATGGCACTGTCCAGTGAGGTGTGCAGCAGCACGTACAGGTGCTGGAAGTCAGGGGTTTCACGCAGCGTGCGGGTGAAGGCGTAGcc < 1:161064/150‑1 (MQ=255) tctGGCGAGGAGAACTTGGTAAGGATGGCATTGGCCCCGGCCTGGGTCGCCTTTTCACTGCTCATGGCACTGTCCAGTGAGGTGTGCAGCAGCACGTACAGGTGCTGGAAGTCAGGGGTTTCACGCAGCGTGCGGGTGAAGGCGTAGCCg > 1:233948/1‑150 (MQ=255) aggagAACTTGGTAAGGATGGCATTGGCCCCGGCCTGGGTCGCCTTTTCACTGCTCATGGCACTGTCCAGTGAGGTGTGCAGCAGCACGTACAGGTGCTGGAAGTCAGGGGTTTCACGCAGCGTGCGGGTGAAGGCGTAGCCGTCCAttt < 2:567999/150‑1 (MQ=255) gagaACTTGGTAAGGATGGCATTGGCCCCGGCCTGGGTCGCCTTTTCACTGCTCATGGCACTGTCCAGTGAGGTGTGCAGCAGCACGTACAGGTGCTGGAAGTCAGGGGTTTCACGCa < 2:838890/118‑1 (MQ=255) gagaACTTGGTAAGGATGGCATTGGCCCCGGCCTGGGTCGCCTTTTCACTGCTCATGGCACTGTCCAGTGAGGTGTGCAGCAGCACGTACAGGTGCTGGAAGTCAGGGGTTTCACGCa > 1:838890/1‑118 (MQ=255) 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gCATTGGCCCCGGCCTGGGTCGCCTTTTCACTGCTCATGGCACTGTCCAGTGAGGTGTGCAGCAGCACGTACAGGTGCTGGAAGTCAGGGGTTTCACGCAGCGTGCgg > 1:1011994/1‑108 (MQ=255) aTTGGCCCCGGCCTGGGTCGCCTTTTCACTGCTCATGGCACTGTCCAGTGAGGTGTGCAGCAGCACGTACAGGTGCTGGAAGTCAGGGGTTTCACGCAGCGTGCGGGTGAAGGCGTAGCCGTCCATTTCGCTCATTTCGATGTCGGAGAc > 2:664320/1‑150 (MQ=255) ggCCCCGGCCTGGGTCGCCTTTTCACTGCTCATGGCACTGTCCAGTGAGGTGTGCAGCAGCACGTACCGGTGCTGGAAGTCAGGGGTTTCACGCAGCGTGCGGGTGAAGGCGTAGCCGTCCATTTCGCTCATTTCGATGTCGGAGACgat < 1:678448/150‑1 (MQ=255) gCCCCGGCCTGGGTCGCCTTTTCACTGCTCATGGCACTGTCCAGTGAGGTGTGCAGCAGCACGTACAGGTGCTGGAAGTCAGGGGTTTCACGCAGAGTGCGTTCGAAAGCGAAGCCGTCCATTTCGCTCATTTCGATGTCGGAGACgatg < 1:210487/150‑1 (MQ=255) ccccGGCCTGGGTCGCCTTTTCACTGCTCATGGCACTGTCCAGTGAGGTGTGCAGCAGCACGTACAGGTGCTGGAAGTCAGGGGTTTCACGCAGCGTGCGGGTGAAGGCGTAGCCGTCCATTTCGCTCATTTCGATGTCGGAGACgatga < 1:954638/150‑1 (MQ=255) ccccGGCCTGGGTCGCCTTTTCACTGCTCATGGCACTGTCCAGTGAGGTGTGCAGCAGCACGTACAGGTGCTGGAAGTCAGGGGTTTCACGCAGCGTGCGGGTGAAGGCGTAGCCGTCCATTTCGCTCATTTCGATGTCGGAGACgatga > 1:663568/1‑150 (MQ=255) ccccGGCCTGGGTCGCCTTTTCACTGCTCATGGCACTGTCCAGTGAGGTGTGCAGCAGCACGTACAGGTGCTGGAAGTCAGGGGTTTCACGCAGCGTGCGGGTGAAGGCGTAGCCGTCCATTTCGCTCATTTCGATGTCGGAGACgatga > 1:546498/1‑150 (MQ=255) cccGGCCTGGGTCGCCTTTTCACTGCTCATGGCACTGTCCAGTGAGGTGTGCAGCAGCACGTACAGGTGCTGGAAGTCAGGGGTTTCACGCAGCGTGCGGGTGAAGGCGTAGCCGTCCATTTCGCTCATTTCGATGTCGGAGACgatgat > 2:399342/1‑150 (MQ=255) ccGGCCTGGGTCGCCTTTTCACTGCTCATGGCACTGTCCAGTGAGGTGTGCAGCAGCACGTACAGGTGCTGGAAGTCAGGGGTTTCACGCAGCGTGCGGGTGAAGGCGTAGCCGTCCATTTCGCTCATTTCgt < 2:648382/133‑2 (MQ=255) ccGGCCTGGGTCGCCTTTTCACTGCTCATGGCACTGTCCAGTGAGGTGTGCAGCAGCACGTACAGGTGCTGGAAGTCAGGGGTTTCACGCAGCGTGCGGGTGAAGGCGTAGCCGTCCATTTCGCTCATTTCGa > 1:648382/1‑133 (MQ=255) ccGGCCTGGGTCGCCTTTTCACTGCTCATGGCACTGTCCAGTGAGGTGTGCAGCAGCACGTACAGGTGCTGGAAGTCAGGGGTTTCACGCAGCGTGCGGGTGAAGGCGTAGCCGTCCATTTCGCTCATTTCGATGTCGGAGACGatgatg > 1:646475/1‑150 (MQ=255) cTGGGTCGCCTTTTCACTGCTCATGGCACTGTCCAGAGAGGTGTGCAGCAGCACGTACAGGTGCTGGAAGTCAGGGGTTTCACGCAGCGTGCGGGTGAAGGCGTAGCCGTCCATTTCGCTCATTTCGATGTCGGAGACGATGATGTTGAt > 1:698747/1‑150 (MQ=255) | TGCCCGAGTCACCCCCGGCGGCAAGCCGGGGAGTTTGTCGCTGAATATATCAGTGCTCGGCGAACACCACGGTGCGCGCAGCCACCACCAGACAATCGGTCAGCTCTGGCGAGGAGAACTTGGTAAGGATGGCATTGGCCCCGGCCTGGGTCGCCTTTTCACTGCTCATGGCACTGTCCAGTGAGGTGTGCAGCAGCACGTACAGGTGCTGGAAGTCAGGGGTTTCACGCAGCGTGCGGGTGAAGGCGTAGCCGTCCATTTCGCTCATTTCGATGTCGGAGACGATGATGTTGAT > NC_002947/920805‑921099 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |