Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 105,770 | G→A | 7.7% | V188V (GTG→GTA) | cynT → | carbonic anhydrase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 105,770 | 0 | G | A | 7.7% | 145.7 / 2.5 | 52 | V188V (GTG→GTA) | cynT | carbonic anhydrase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/25); new base A (2/2); total (25/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.55e-01 |
TGTTGGCGCCTGGTTGCGCCACGCTGAAGTGGCCCGCACCGTGGTCGAGAACAACTGCTCCTGCGGCAGCGAACACGAGACGATGCAAGTGCTGACCAAAGAGAACGTCATCGCCCAGCTGCATCACTTGCGCACCCATCCTTCGGTGGCCTCGCGCCTGGCAGCCGGTGAGCTGTTCATTCATGGTTGGGTGTACGACATCGAGACCAGCAAGATCGAAGCCTACGACGCCGCCAGCGACAGCTTCCTGCCCTTGGCCGCGGGTGAACCCGTTCCCTGCGCCACTCCGAGAGGC > NC_002947/105623‑105917 | tGTTGGCGCCTGGTTGCGCCACGCTGAAGTGGCCCGCACCGTGGTCGAGAACAACTGCTCCTGCGGCAGCGAACACGAGACGATGCAAGTGCTGACCAAAGAGAACGTCATCGCCCAGCTGCATCACTTGCGCACCCATCCTTCGGTGGc < 2:1196093/150‑1 (MQ=255) gcgcCTGGTTGCGCCACGCTGAAGTGGCCCGCACCGTGGTCGAGAACAACTGCTCCTGCGGCAGCGAACACGAGACGATGCAAGTGCTGACCAAAGAGAACGTCATCGCCAAGCTGCATCACTTGCGCACCCCTCCTTCGGTGGCCTcgc < 1:698190/150‑1 (MQ=255) cTGGTTGCGCCACGCTGAAGTGGCCCGCACCGTGGTCGAGAACAACTGCTCCTGCGGCAGCGAACACGAGACGATGCAAGTGCTGACCAAAGAGAACGTCATCGCCCAGCTGCATCACTTGCGCACCCATCCTTCGGTGGCCTCGCGCCt > 2:1131714/1‑150 (MQ=255) tGGTTGCGCCACGCTGAAGTGGCCCGCACCGTGGTCGAGAACAACTGCTCCTGCGGCAGCGAACACGAGACGATGCAAGTGCTGACCAAGGAGAACGTCATCGCCCAGCTGCATCACTTGCGCACCCATCCTTCGGTGGCCTCGCGCCTg < 2:344789/150‑1 (MQ=255) gcCACGCTGAAGTGGCCCGCACCGTGGTCGAGAACAACTGCTCCTGCGGCAGCGAACACGAGACGATGCAAGTGCTGACCAAAGAGAACGTCATCGCCCAGCTGCATCACTTGCGCACCCATCCTTCGGTGGCCTCGCGCCTGGCAGCCg < 1:1134329/150‑1 (MQ=255) gcCACGCTGAAGTGGCCCGCACCGTGGTCGAGAACAACTGCTCCTGCGGCAGCGAACACGAGACGATGCAAGTGCTGACCAAAGAGAACGTCATCGCCCAGCTGCATCACTTGCGCACCCATCCTTCGGTGGCCTCGCGCCTGGCAGCCg < 1:846722/150‑1 (MQ=255) cACGCTGAAGTGGCCCGCACCGTGGTCGAGAACAACTGCTCCTGCGGCAGCGAACACGAGACGATGCAAGTGCTGACCAAAGAGAACGTCATCGCCCAGCTGCATCACTTGCGCACCCATCCTTCGGTGGCCTCGCGCCTGGCAGCCGGt > 2:504333/1‑150 (MQ=255) cGCTGAAGTTGCCCGCACCGTGGTCGAGAACAACTGCTCCTGCGGCAGCGAACACGAGACGATGCAAGTGCTGACCAAAGAGAACGTCATCGCCCAGCTGCATCACTTGCGCACCCATCCTTCGGTGGCCTCGCGCCTGGCAGCCGGTGa < 2:305445/150‑1 (MQ=255) cGCTGAAGTGGCCCGCACCGTGGTCGAGAACAACTGCTCCTGCGGCAGCGAACACGAGACGATGCAAGTGCTGACCAAAGAGAACGTCATCGCCCAGCTGCATCACTTGCGCACCCATCCTTCGGTGGCCTCGCGCCTGGCAGCCGGTGa < 1:504333/150‑1 (MQ=255) aCCGTGGTCGAGAACAACTGCTCCTGCGGCAGCGAACACGAGACGATGCAAGTGCTGACCAAAGAGAACGTCATCGCCCAGCTGCATCACTTGCGCACCCATCCTTCGGTGGCCTCGCGCCTGGCAGCCGGTGAGCTGTTCATTCATGGt < 1:1131714/150‑1 (MQ=255) gagaACAACTGCTCCTGCGGCAGCGAACACGAGACGATGCAAGTGCTGACCAAAGAGAACGTCATCGCCCAGCTGCATCACTTGCGCACCCATCCTTCGGTGGCCTCGCGCCTGGCAGCCGGTGAGCTGTTCATTCATGGTTg > 2:849184/1‑143 (MQ=255) gagaACAACTGCTCCTGCGGCAGCGAACACGAGACGATGCAAGTGCTGACCAAAGAGAACGTCATCGCCCAGCTGCATCACTTGCGCACCCATCCTTCGGTGGCCTCGCGCCTGGCAGCCGGTGAGCTGTTCATTCATGGTTg < 1:849184/143‑1 (MQ=255) gagaACAACTGCTCCTGCGGCAGCGAACACGAGACGATGCAAGTGCTGACCAAAGAGAACGTCATCGCCCAGCTGCATCACTTGCGCACCCATCCTTCGGTGGCCTCGCGCCTGGCAGCCGGTGAGCTGTTCATTCATGGTTGGGTGTAc > 2:372219/1‑150 (MQ=255) gagaACAACTGCTCCTGCGGCAGCGAACACGAGACGATGCAAGTGCTGACCAAAGAGAACGTCATCGCCCAGCTGCATCACTTGCGCACCCATCCTTCGGTGGCCTCGCGCCTGGCAGCCGGTGAGCTGTTCATTCATGGTTGGGTGTAc < 2:205700/150‑1 (MQ=255) gagaACAACTGCTCCTGCGGCAGCGAACACGAGACGATGCAAGTGCTGACCAAAGAGAACGTCATCGCCCAGCTGCATCACTTGCGCACCCATCCTTCGGTAGCCTCGCGCCTGGCAGCCGGTGAGCTGTTCATTCATGGTTGGGTGTAc > 2:964874/1‑150 (MQ=255) caacTGCTCCTGCGGCAGCGAACACGAGACGATGCAAGTGCTGACCAAAGAGAACGTCATCGCCCAGCTGCATCACTTGCGCACCCATCCTTCGGTAGCCTCGCGCCTGGCAGCCGGTGAGCTGTTCATTCATGGTTGGGTGTACGACAt < 1:964874/150‑1 (MQ=255) tGCTCCTGCGGCAGCGAACACGAGACGATGCAAGTGCTGACCAAAGAGAACGTCATCGCCCAGCTGCATCACTTGCGCACCCATCCTTCGGTGGCCTCGCGCCTGGCAGCCGGTCAGCTGTTCATTCATGGTTGGGTGTACGACATCgag > 1:5428/1‑150 (MQ=255) aaCACGAGACGATGCAAGTGCTGACCAAAGAGAACGTCATCGCCCAGCTGCATCACTTGCGCACCCATCCTTCGGTGGCCTCGCGCCTGGCAGCCGGTGAGCTGTTCATTCATGGTTGGGTGTACGACATCGAGACCAGCAAGATCGAAg < 1:839927/150‑1 (MQ=255) gagaCGATGCAAGTGCTGACCAAAGAGAACGTCATCGCCCAGCTGCATCACTTGCGCACCCATCCTTCGGTGGCCTCGCGCCTGGCAGCCGGTGAGCTGTTCATTCATGGTTGGGTGTACGACATCGAGACCAGCAAGATCGAAGCCTac < 1:259951/150‑1 (MQ=255) aaGTGCTGACCAAAGAGAACGTCCTCGCCCAGCTGCATCACTTGCGCACCCATCCTTCGGTGGCCTCGCGCCTGGCAGCCGGTGAGCTGTTCATTCATGGTTGGGTGTACGACATCGAGACCAGCAAGATCGaa > 2:241631/1‑134 (MQ=255) aaGTGCTGACCAAAGAGAACGTCATCGCCCAGCTGCATCACTTGCGCACCCATCCTTCGGTGGCCTCGCGCCTGGCAGCCGGTGAGCTGTTCATTCATGGTTGGGTGTACGACATCGAGACCAGCAAGATCGaa < 1:241631/134‑1 (MQ=255) aaGTGCTGACCAAAGAGAACGTCATCGCCCAGCTGCATCACTTGCGCACCCATCCTTCGGTGGCCTCGCGCCTGGCAGCCGGTGAGCTGTTCATTCATGGTTGGGTGTACGACATCGAGACCAGCAAGATCGAAGCCTACGACGCCGCCa > 1:1120528/1‑150 (MQ=255) aGTGCTGACCAAAGAGAACGTCATCGCCCAGCTGCATCACTTGCGCACCCATCCTTCGGTGGCCTCGCGCCTGGCAGCCGGTGAGCTGTTCATTCATGGTTGGGTGTACGACATCGAGACCAGCAAGATCGAAGCCTACGACGCCGCCAg < 2:910210/150‑1 (MQ=255) tGCTGACCAAAGAGAACGTCATCGCCCAGCTGCATCACTTGCGCACCCATCCTTCGGTGGCCTCGCGCCTGGCAGCCGGTGAGCTGTTCATTCATGGTTGGGTGTAc > 2:542007/1‑107 (MQ=255) tGCTGACCAAAGAGAACGTCATCGCCCAGCTGCATCACTTGCGCACCCATCCTTCGGTGGCCTAGCGCCTGGCAGCCGGTGAGCTGTTCATTCATGGTTGGGTGTAc < 1:542007/107‑1 (MQ=255) tGACCAAAGAGAACGTCATCGCCCAGCTGCATCACTTGCGCACCCATCCTTCGGTGGCCTCGCGCCTGGCAGCCGGTGAGCTGTTCATTCATGGTTGGGTGTACGACATCGAGACCAGCAAGATCGAAGCCTACGACGCCGCCAGCGACa < 2:1120528/150‑1 (MQ=255) cAAAGAGAACGTCATCGCCCAGCTGCATCACTTGCGCACCCATCCTTCGGTGGCCTCGCGCCTGGCAGCCGGTGAGCTGTTCATTCATGGTTGGGTGTACGACATCGAGACCAGCAAGATCGAAGCCTACGACGCCGCCAGCGACAGCtt > 2:382523/1‑150 (MQ=255) gTCATCGCCCAGCTGCATCACTTGCGCACCCATCCTTCGGTGGCCTCGCGCCTGGCAGCCGGTGAGCTGTTCATTCATGGTTGGGTGTACGAAATCGAGACCAGCAAGATCGAAGCCTACGCCGCCGCCAGCGACCGCTTGCTGCCCttc > 1:520023/1‑149 (MQ=255) tCATCGCCCAGCTGCATCACTTGCGCACCCATCCTTCGGTGGCCTCGCGCCTGGCAGCCGGTGAGCTGTTCATTCATGGTTGGGTGTACGACATCGAGACCAGCAAGATCGAAGCCTACGACGCCGCCAGCGACAGCTTCCTGCCCTTgg > 1:676098/1‑150 (MQ=255) cGCCCAGCTGCATCACTTGCGCACCCATCCTTCGGTGGCCTCGCGCCTGGCAGCCGGTGAGCTGTTCATTCATGGTTGGGTGTACGACATCGAGACCAGCAAGATCGAAGCCTACGACGCCGCCAGCGACAGCTTCCTGCCCTTGGCcgc > 1:833073/1‑150 (MQ=255) gCCCAGCTGCATCACTTGCGCACCCATCCTTCGGTGGCCTCGCGCCTGGCAGCCGGTGAGCTGTTCATTCATGGTTGGGTGTACGACATCGAGACCAGc < 1:944624/99‑1 (MQ=255) gCCCAGCTGCATCACTTGCGCACCCATCCTTCGGTGGCCTCGCGCCTGGCAGCCGGTGAGCTGTTCATTCATGGTTGGGTGTACGACATCGAGACCAGc > 2:944624/1‑99 (MQ=255) cAGCTGCATCACTTGCGCACCCATCCTTCGGTGGCCTCGCGCCTGGCAGCCGGTGAGCTGTTCATTCATGGTTGGGTGTACGACATCGAGACCAGCAAGATCGAAGCCTACGACGCCGCCAGCGACAGCTTCCTGCCCTTGGCCGCGGGt > 2:568884/1‑150 (MQ=255) cATCACTTGCGCACCCATCCTTCGGTGGCCTCGCGCCTGGCAGCCGGTGAGCTGTTCATTCATGGTTGGGTGTACGACATCGAGACCAGCAAGATCGAAGCCTACGACGCCGCCAGCGACAGCTTCCTGCCCTTGGCCGCGGGTGAAccc > 2:678732/1‑150 (MQ=255) aTCACTTGCGCACCCATCCTTCGGTGGCCTCGCGCCTGGCAGCCGGTGAGCTGTTCATTCATGGTTGGGTGTACGACATCga > 2:198279/1‑82 (MQ=255) aTCACTTGCGCACCCATCCTTCGGTGGCCTCGCGCCTGGCAGCCGGTGAGCTGTTCATTCATGGTTGGGTGTACGACATCga < 1:198279/82‑1 (MQ=255) tCACTTGCGCACCCATCCTTCGGTGGCCTCGCGCCTGGCAGCCGGTGAGCTGTTCATTCATGGTTGGGTGTACGACATCGAGACCa < 2:831946/86‑1 (MQ=255) tCACTTGCGCACCCATCCTTCGGTGGCCTCGCGCCTGGCAGCCGGTGAGCTGTTCATTCATGGTTGGGTGTACGACATCGAGACCa > 1:831946/1‑86 (MQ=255) tCACTTGCGCACCCATCCTTCGGTGGCCTCGCGCCTGGCAGCCGGTGAGCTGTTCATTCATGGTTGGGTGTACGACATCGAGACCAGCAAGATCGAAGCCTACGACGCCGCCAGCGACAGCTTCCTGCCCTTGGCCGCGGGTGAACCCGt > 1:758031/1‑150 (MQ=255) tCACTTGCGCACCCATCCTTCGGTGGCCTCGCGCCTGGCAGCCGGTGAGCTGTTCATTCATGGTTGGGTGTACGACATCGAGACCAGCAAGATCGAAGCCTACGACGCCGCCAGCGACAGCTTCCTGCCCTTGGCCGCGGGTGAACCCGt < 2:676098/150‑1 (MQ=255) aCTTGCGCACCCATCCTTCGGTGGCCTCGCGCCTGGCAGCCGGTGAGCTGTTCATTCATGGTTGGGTGTACGACATCGAGACCAGCAAGATCGAAGCCTACGACGCCGCCAGCGACAGCTTCCTGCCCTTGGCCGCGGGTGAACCCGTTc < 2:5428/150‑1 (MQ=255) cTTGCGCACCCATCCTTCGGTGGCCTCGCGCCTGGCAGCCGGTGAGCTGTTCATTCATGGTTGGGTGTACGACATCGAGACCAGCAAGATCGAAGCCTACGACGCCGCCAGCGACAGCTTCCTGCCCTTGGCCGCGGGTGAACCCGTTcc < 1:372219/150‑1 (MQ=255) ttGCGCACCCATCCTTCGGTAGCCTCGCGCCTGGCAGCCGATGAGCTGTTCATTCATGGTTGGGTGTACGACATCGAGACCAGCAAGATCGAAGCCTACGACGCCGCCAGCGACAGCTTCCTGCCCTTGGCCGCgg < 2:794248/136‑1 (MQ=255) ttGCGCACCCATCCTTCGGTAGCCTCGCGCCTGGCAGCCGATGAGCTGTTCATTCATGGTTGGGTGTACGACATCGAGACCAGCAAGATCGAAGCCTACGACGCCGCCAGCGACAGCTTCCTGCCCTTGGCCGCgg > 1:794248/1‑136 (MQ=255) cACCCATCCTGCGGTGGCGTCGCGCCTGGCAGCCGGGTAGCTGGTCATTCATGGTTGGGTGTACGACATCGAGACCAGCAAGATCGAAGCCTACGACGCCGCCAGCGACAGCTTCCTGCCCTTGGCCGCGGGTGAACCCGTTCCGTgcgc < 2:520023/150‑1 (MQ=255) ccATCCTTCGGTGGCCTCGCGCCTGGTGTCACGTGAGCTGTTCATTCATGGTTGGGTGTACGACATCGAGACCAGCAAGATCGAAGCCTACGACGCCGCCAGCGACAGCTTCCTGCCCTTGGCCGCGGGTGAACCCGTTCCCTGCGCCAc > 1:634820/1‑150 (MQ=255) ccATCCTTCGGTGGCCTCGCGCCTGGCAGCCGGTGAGCTGTTCCTTGGTCTTTATTTGTACGACATCGAGACCAGCAAGATCGAAGCCTACGACGCGTCCAACGTCAGCTTCCTGCCCTTGGCCGCGGGTGAACCCGTTCCCTGCGCCAc > 1:937391/1‑150 (MQ=255) ccATCCTTCGGTGGCCTCGCGCCTGGCAGCCGGTGAGCTGTTCATTCATGGTTGGGTGTACGACATCGAGACCAGCAAGATCGAAGCCTACGACGCCGCCAGCGACAGCTTCCTGCCCTTGGCCGCGGGTGAACCCGtt < 2:885334/139‑1 (MQ=255) ccATCCTTCGGTGGCCTCGCGCCTGGCAGCCGGTGAGCTGTTCATTCATGGTTGGGTGTACGACATCGAGACCAGCAAGATCGAAGCCTACGACGCCGCCAGCGACAGCTTCCTGCCCTTGGCCGCGGGTGAACCCGtt > 1:885334/1‑139 (MQ=255) ccATCCTTCGGTGGCCTCGCGCCTGGCAGCCGGTGAGCTGTTCATTCATGGTTGGGTGTACGACATCGAGACCAGCAAGATCGAAGCCTACGACGCCGCCAGCGACAGCTTCCTGCCCTTGGCCGCGGGTAAACCCGTTCCCTGCGCCAc > 2:793461/1‑150 (MQ=255) aTCCTTCGGTGGCCTCGCGCCTGGCAGCCGGTGAGCTGTTCATTCATGGTTGGGTGTACGACATCGAGACCAGCAAGATCGAAGCCTACGACGCCGCCAGCGACAGCTTCCTGCCCTTGGCCGCGGGTGAACCCGTTCCCTGCGCCACTc < 1:382523/150‑1 (MQ=255) gTGGCCTCGCGCCTGGCAGCCGGTGAGCTGTTCATTCATGGTTGGGTGTACGACATCGAGACCCGCCAGATCGAAGCCTACGGCGCCGCCAGCCACCGCTTCCTGCCCTTCGCCGCGCGCGACCCCGATCCCTGCGCCACTCCGAGAGGc > 2:502482/1‑150 (MQ=255) | TGTTGGCGCCTGGTTGCGCCACGCTGAAGTGGCCCGCACCGTGGTCGAGAACAACTGCTCCTGCGGCAGCGAACACGAGACGATGCAAGTGCTGACCAAAGAGAACGTCATCGCCCAGCTGCATCACTTGCGCACCCATCCTTCGGTGGCCTCGCGCCTGGCAGCCGGTGAGCTGTTCATTCATGGTTGGGTGTACGACATCGAGACCAGCAAGATCGAAGCCTACGACGCCGCCAGCGACAGCTTCCTGCCCTTGGCCGCGGGTGAACCCGTTCCCTGCGCCACTCCGAGAGGC > NC_002947/105623‑105917 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |